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眶棘鲈属鱼类DNA条形码及分子系统进化研究
1
作者
陈厚桦
陈震翰
+4 位作者
陈玉佩
叶嘉文
李培源
林蠡
梁日深
《仲恺农业工程学院学报》
CAS
2022年第2期20-25,共6页
为在分子层面分析我国眶棘鲈属(Scolopsis)鱼类系统进化关系,同时探讨COⅠ基因作为DNA条形码在眶棘鲈属鱼类物种鉴定的适用性.本研究对采集的9种眶棘鲈COⅠ基因部分序列进行PCR扩增及测序,结合GenBank下载的5种眶棘鲈COⅠ基因序列共同分...
为在分子层面分析我国眶棘鲈属(Scolopsis)鱼类系统进化关系,同时探讨COⅠ基因作为DNA条形码在眶棘鲈属鱼类物种鉴定的适用性.本研究对采集的9种眶棘鲈COⅠ基因部分序列进行PCR扩增及测序,结合GenBank下载的5种眶棘鲈COⅠ基因序列共同分析.结果表明,14种眶棘鲈的种内平均遗传距离为:0.0025;种间平均遗传距离为0.1794,种间距离是种内的71.76倍.在分子系统进化树上,14种眶棘鲈主要形成3个分支:分支Ⅰ包含4种眶棘鲈,这4种眶棘鲈眶下骨均具大棘,与形态学分类结果一致;分支Ⅱ包含4种眶棘鲈,分支Ⅲ包含6种眶棘鲈,但进化树部分节点的支持率相对较低,表明COⅠ基因在眶棘鲈属鱼类中可作为有效的DNA条形码基因以区分物种,但不一定适合用于分子系统进化分析.另外,部分资料中认为是同种异名的条纹眶棘鲈(Scolopsis taeniopterus)与双斑眶棘鲈(Scolopsis bimaculata)、单带眶棘鲈(Scolopsis monogramma),彼氏眶棘鲈(Scolopsis affinis)与黄带眶棘鲈(Scolopsis aurata),本研究COⅠ遗传距离分别为0.160、0.118和0.122,均远大于Hebert推荐的区分不同物种的最小遗传距离2%,各自应分别为独立物种.
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关键词
眶棘鲈属
COⅠ基因
系统进化
下载PDF
职称材料
基于RAG2基因序列分析仿石鲈科鱼类及其相关种类系统进化关系
被引量:
2
2
作者
梁日深
周爱国
+2 位作者
陈金涛
邹青
邹记兴
《水产学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第5期651-660,共10页
为探讨仿石鲈科鱼类目前存在的分类争议问题,测定了仿石鲈科(Haemulidae),金线鱼科(Nemipteridae),眶棘鲈属(Scolopsis)等相关科属共33种鱼类RAG2基因部分序列,利用最大简约法(MP法)和贝叶斯分析法(BI法),并以黄鹦嘴鱼作为外类群构建分...
为探讨仿石鲈科鱼类目前存在的分类争议问题,测定了仿石鲈科(Haemulidae),金线鱼科(Nemipteridae),眶棘鲈属(Scolopsis)等相关科属共33种鱼类RAG2基因部分序列,利用最大简约法(MP法)和贝叶斯分析法(BI法),并以黄鹦嘴鱼作为外类群构建分子系统进化树。结果显示,33种鱼类共形成三大类群,其中仿石鲈科8个属聚成一类群,金线鱼属和眶棘鲈属的种类聚成另一类群,眶棘鲈属未能与仿石鲈科形成单系。同时,基于属间遗传距离比较,眶棘鲈属与金线鱼科的遗传距离比其与仿石鲈科各属的遗传距离要小得多,表明眶棘鲈属与金线鱼科有更近的亲缘关系,支持眶棘鲈属隶属于金线鱼科的观点。此外,传统分类资料中归类于仿石鲈科的髭鲷属(Hapalogenys)也没有与仿石鲈科聚成单系,而是独自形成一支,位于进化树基部,显示出髭鲷属与仿石鲈科关系较远,与近年来认为髭鲷属应该从仿石鲈科中划分出去的结果一致。在仿石鲈科内部,少棘胡椒鲷属(Diagramma)中的少棘胡椒鲷与胡椒鲷属(Plectorhinchus)的种类关系很近。在进化树上,少棘胡椒鲷位于胡椒鲷属的内部,花尾胡椒鲷最先分化出来,位于该分支基部,支持少棘胡椒鲷归为胡椒鲷属,名称沿用原来的学名胡椒鲷的观点。
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关键词
仿石
鲈
科
眶棘鲈属
髭鲷
属
少
棘
胡椒鲷
属
系统发育
重组激活基因
下载PDF
职称材料
题名
眶棘鲈属鱼类DNA条形码及分子系统进化研究
1
作者
陈厚桦
陈震翰
陈玉佩
叶嘉文
李培源
林蠡
梁日深
机构
仲恺农业工程学院动物科技学院
广东省水环境与水产品安全工程技术研究中心
广州市水产病害与水禽养殖重点实验室
出处
《仲恺农业工程学院学报》
CAS
2022年第2期20-25,共6页
基金
国家自然科学基金项目(31802300)
广东省自然科学基金项目(2018A0303130104)
+1 种基金
仲恺农业工程学院研究生科技创新项目(KJCX2021019)
广东省教育厅特色创新类项目(2019KTSCX061)。
文摘
为在分子层面分析我国眶棘鲈属(Scolopsis)鱼类系统进化关系,同时探讨COⅠ基因作为DNA条形码在眶棘鲈属鱼类物种鉴定的适用性.本研究对采集的9种眶棘鲈COⅠ基因部分序列进行PCR扩增及测序,结合GenBank下载的5种眶棘鲈COⅠ基因序列共同分析.结果表明,14种眶棘鲈的种内平均遗传距离为:0.0025;种间平均遗传距离为0.1794,种间距离是种内的71.76倍.在分子系统进化树上,14种眶棘鲈主要形成3个分支:分支Ⅰ包含4种眶棘鲈,这4种眶棘鲈眶下骨均具大棘,与形态学分类结果一致;分支Ⅱ包含4种眶棘鲈,分支Ⅲ包含6种眶棘鲈,但进化树部分节点的支持率相对较低,表明COⅠ基因在眶棘鲈属鱼类中可作为有效的DNA条形码基因以区分物种,但不一定适合用于分子系统进化分析.另外,部分资料中认为是同种异名的条纹眶棘鲈(Scolopsis taeniopterus)与双斑眶棘鲈(Scolopsis bimaculata)、单带眶棘鲈(Scolopsis monogramma),彼氏眶棘鲈(Scolopsis affinis)与黄带眶棘鲈(Scolopsis aurata),本研究COⅠ遗传距离分别为0.160、0.118和0.122,均远大于Hebert推荐的区分不同物种的最小遗传距离2%,各自应分别为独立物种.
关键词
眶棘鲈属
COⅠ基因
系统进化
Keywords
Scolopsis
COⅠgene
Phylogeny
分类号
S961.6 [农业科学—水产养殖]
下载PDF
职称材料
题名
基于RAG2基因序列分析仿石鲈科鱼类及其相关种类系统进化关系
被引量:
2
2
作者
梁日深
周爱国
陈金涛
邹青
邹记兴
机构
华南农业大学动物科学学院
清远市北江水产科学研究所
出处
《水产学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第5期651-660,共10页
基金
国家自然科学基金项目(30972258
30771652)
文摘
为探讨仿石鲈科鱼类目前存在的分类争议问题,测定了仿石鲈科(Haemulidae),金线鱼科(Nemipteridae),眶棘鲈属(Scolopsis)等相关科属共33种鱼类RAG2基因部分序列,利用最大简约法(MP法)和贝叶斯分析法(BI法),并以黄鹦嘴鱼作为外类群构建分子系统进化树。结果显示,33种鱼类共形成三大类群,其中仿石鲈科8个属聚成一类群,金线鱼属和眶棘鲈属的种类聚成另一类群,眶棘鲈属未能与仿石鲈科形成单系。同时,基于属间遗传距离比较,眶棘鲈属与金线鱼科的遗传距离比其与仿石鲈科各属的遗传距离要小得多,表明眶棘鲈属与金线鱼科有更近的亲缘关系,支持眶棘鲈属隶属于金线鱼科的观点。此外,传统分类资料中归类于仿石鲈科的髭鲷属(Hapalogenys)也没有与仿石鲈科聚成单系,而是独自形成一支,位于进化树基部,显示出髭鲷属与仿石鲈科关系较远,与近年来认为髭鲷属应该从仿石鲈科中划分出去的结果一致。在仿石鲈科内部,少棘胡椒鲷属(Diagramma)中的少棘胡椒鲷与胡椒鲷属(Plectorhinchus)的种类关系很近。在进化树上,少棘胡椒鲷位于胡椒鲷属的内部,花尾胡椒鲷最先分化出来,位于该分支基部,支持少棘胡椒鲷归为胡椒鲷属,名称沿用原来的学名胡椒鲷的观点。
关键词
仿石
鲈
科
眶棘鲈属
髭鲷
属
少
棘
胡椒鲷
属
系统发育
重组激活基因
Keywords
Haemulidae
Scolopsis
Hapalogenys
Diagramma
phylogeny
recombination activatinggenes (RAGs)
分类号
Q178.1 [生物学—水生生物学]
S917.4 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
眶棘鲈属鱼类DNA条形码及分子系统进化研究
陈厚桦
陈震翰
陈玉佩
叶嘉文
李培源
林蠡
梁日深
《仲恺农业工程学院学报》
CAS
2022
0
下载PDF
职称材料
2
基于RAG2基因序列分析仿石鲈科鱼类及其相关种类系统进化关系
梁日深
周爱国
陈金涛
邹青
邹记兴
《水产学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013
2
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职称材料
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