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眼表外胚层与表面外胚层转录组差异分析
1
作者
孙露
张灿伟
+6 位作者
宋玉雯
李建新
段练
高阳
谢月美
王露萍
党光福
《国际眼科杂志》
CAS
2024年第5期677-685,共9页
目的:通过RNA-seq分析眼表外胚层(OSE)与表面外胚层(SE)转录组表达差异,揭示OSE转录组景观及转录调控网络。方法:人类胚胎干细胞(hES)被分化成OSE细胞和SE细胞,利用RNA-seq分析了OSE与SE之间差异表达的基因(DEGs)。基于这些差异表达基因...
目的:通过RNA-seq分析眼表外胚层(OSE)与表面外胚层(SE)转录组表达差异,揭示OSE转录组景观及转录调控网络。方法:人类胚胎干细胞(hES)被分化成OSE细胞和SE细胞,利用RNA-seq分析了OSE与SE之间差异表达的基因(DEGs)。基于这些差异表达基因,进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集以及蛋白质-蛋白质交互作用(PPI)网络分析,并筛选出了关键的转录因子(TFs)和枢纽基因。使用NetworkAnalyst平台构建了TF-基因和TF-miRNA调控网络。结果:OSE与SE共筛选出4 182个差异基因,OSE细胞中上调基因2 771个,下调基因1 411个。GO-BP富集分析显示OSE上调基因主要集中在离子跨膜转运的调节、轴突发育、调节化学突触传递等相关生物学进程,下调基因主要富集在核分裂、染色体分离、细胞周期相变的调控等生物学进程;KEGG富集分析显示OSE上调基因主要富集在可卡因成瘾、轴突导向、苯丙胺成瘾等通路,下调基因主要富集于癌症中的蛋白聚糖、ECM-受体相互作用、蛋白质消化和吸收、细胞因子-细胞因子受体相互作用等通路。与SE相比,OSE细胞中有204个TFs(FOS、EGR1、POU5F1、SOX2和PAX6等)上调,80个TFs(HAND2、HOXB6、HOXB5、HOXA5和HOXB8等)下调。在OSE细胞中发现了6个上调和9个下调枢纽基因,并根据这些枢纽基因构建了TF-基因和TF-miRNA调控网络。结论:RNA-seq分析阐明了OSE和SE细胞的转录组特征,这些数据可为OSE及角结膜上皮发育调控及体外定向诱导等研究提供指导。
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关键词
眼表外胚层
表
面
外胚层
转录组
差异基因
信号通路
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职称材料
题名
眼表外胚层与表面外胚层转录组差异分析
1
作者
孙露
张灿伟
宋玉雯
李建新
段练
高阳
谢月美
王露萍
党光福
机构
山东第一医科大学第一附属医院眼科
山东第一医科大学
中山大学中山眼科中心
中国山东省淄博市市立医院眼科
首都医科大学附属北京友谊医院眼科
出处
《国际眼科杂志》
CAS
2024年第5期677-685,共9页
基金
国家自然科学基金资助项目(No.82000853)
山东省自然科学基金资助项目(No.ZR2022MH154)。
文摘
目的:通过RNA-seq分析眼表外胚层(OSE)与表面外胚层(SE)转录组表达差异,揭示OSE转录组景观及转录调控网络。方法:人类胚胎干细胞(hES)被分化成OSE细胞和SE细胞,利用RNA-seq分析了OSE与SE之间差异表达的基因(DEGs)。基于这些差异表达基因,进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集以及蛋白质-蛋白质交互作用(PPI)网络分析,并筛选出了关键的转录因子(TFs)和枢纽基因。使用NetworkAnalyst平台构建了TF-基因和TF-miRNA调控网络。结果:OSE与SE共筛选出4 182个差异基因,OSE细胞中上调基因2 771个,下调基因1 411个。GO-BP富集分析显示OSE上调基因主要集中在离子跨膜转运的调节、轴突发育、调节化学突触传递等相关生物学进程,下调基因主要富集在核分裂、染色体分离、细胞周期相变的调控等生物学进程;KEGG富集分析显示OSE上调基因主要富集在可卡因成瘾、轴突导向、苯丙胺成瘾等通路,下调基因主要富集于癌症中的蛋白聚糖、ECM-受体相互作用、蛋白质消化和吸收、细胞因子-细胞因子受体相互作用等通路。与SE相比,OSE细胞中有204个TFs(FOS、EGR1、POU5F1、SOX2和PAX6等)上调,80个TFs(HAND2、HOXB6、HOXB5、HOXA5和HOXB8等)下调。在OSE细胞中发现了6个上调和9个下调枢纽基因,并根据这些枢纽基因构建了TF-基因和TF-miRNA调控网络。结论:RNA-seq分析阐明了OSE和SE细胞的转录组特征,这些数据可为OSE及角结膜上皮发育调控及体外定向诱导等研究提供指导。
关键词
眼表外胚层
表
面
外胚层
转录组
差异基因
信号通路
Keywords
ocular surface ectoderm
surface ectoderm
transcriptome
differential expressed genes
signaling pathways
分类号
R394 [医药卫生—医学遗传学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
眼表外胚层与表面外胚层转录组差异分析
孙露
张灿伟
宋玉雯
李建新
段练
高阳
谢月美
王露萍
党光福
《国际眼科杂志》
CAS
2024
0
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