基于矩阵图谱表达法的蛋白质序列的相似性分析

在DNA序列的混沌游走方法(CGR)及DNA序列的4线图谱表达方法(4-LGR)的基础上,提出了一种新型DNA序列的表达方法—矩阵图谱表达法(MGR),并进一步,在DNA序列的上述三种表达式基础上,分别推广建立了基于经典HP模型的蛋白质序列的图谱表达法,对蛋白质序列的相似性进行了比较验证。研究表明:矩阵图谱表达方法不仅能够说明蛋白质序列间的相似性,而且与传统的方法相比,该方法更具有灵活性和变通性。

蛋白质序列的矩阵图谱表达

基于经典HP模型,利用蛋白质序列的矩阵图谱表达法(MGR)及数值刻画的思想提出了一种新的蛋白质序列的比对方法,通过观察蛋白质序列的数值刻画图及计算两蛋白质序列之间的欧氏距离d,对木聚糖酶两家族的蛋白质序列进行了相似性分析.发现被划分为同一木聚糖酶家族的蛋白质序列之间的相似性更大,而且蛋白质序列的相似性程度与分子大小、结构和分子进化相关.