应用短串联重复序列分析技术对我国土拉弗菌的分型研究

目的 对我国土拉弗菌进行基因分型研究。方法 应用短串联重复序列 (SSTR)分析技术对我国不同地区分离出的 5株土拉弗菌菌株进行分型。SSTR9和SSTR16两个区域扩增后测序 ,并将结果与国外其它分离株进行比较。结果 5株菌在SSTR9区重复序列的个数分别为 2 1、9、12、9、15 ,片段长度分别为 396bp、2 88bp、315bp、2 88bp和 342bp。在SSTR16区域扩增序列完全相同 ,拷贝数为 2 ,片段长度为 36 1bp。其中 4株菌重复序列多态性与瑞典、芬兰等欧洲株接近 ,而分离自新疆的114菌株在SSTR9区存在独特的重复序列多态性 ,可能是我国特有的基因型。结论 5个分离株均属于B型土拉弗菌 ,与型特异性引物分型结果一致。PCR SSTR分析可作为国内土拉弗菌分型及进行个体菌株区分的可靠方法。

短串联重复序列多态性分析在鉴别妊娠早期葡萄胎和水肿性流产中的临床应用

目的探讨短串联重复序列(STR)多态性分析在鉴别妊娠早期葡萄胎(HM)和水肿性流产(HA)中的临床应用价值。方法收集2015年9月至2016年11月于北京妇产医院计划生育科行高危流产手术、疑似HM的17例患者为研究对象,常规取材固定后分别采用传统组织病理学方法及STR分析方法进行分析。评价STR方法在HM和HA鉴别中的效果。结果 17例可疑HM病例,经组织病理学检查发现9例符合HM[其中完全性HM(CHM)6例,部分性HM(PHM)3例],8例符合HA。STR基因分型结果为10例HM,其中6例CHM(单精纯合型CHM 4例,双精杂合型CHM 2例),4例PHM(均为双精杂合型);7例符合HA。组织病理学诊断中有1例PHM漏诊,1例双精杂合型PHM被误诊为HA。结论STR多态性分析可以作为一种快速、简洁、精准的方法,有效用于妊娠早期HM和HA的鉴别诊断。

CNV结合STR分型技术检测孕早期流产组织潜在葡萄胎效果及风险因素分析

目的:评估基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)结合短串联重复序列(STR)多态性分析技术在检测孕早期(≤9周)流产物组织中潜在葡萄胎病例的应用效果.方法:收集2021年1月-2022年12月行孕早期流产组织CNV-seq结合STR多态性检测病例114例,其中部分新鲜绒毛组织进行CNV-seq结合STR多态性检测,部分组织行病理学检测.比较两种检测方法结果,并分析潜在葡萄胎病例的临床特征和影响因素.结果:CNV-seq结合STR多态性检测共检出染色体异常病例28例,阳性率为24.6%,其中单亲二倍体(UPD)8例,占阳性病例28.6%;病理学检出葡萄胎病例12例,阳性率为10.5%,其中完全性葡萄胎(CHM)10例,占阳性病例的83.3%.两种检测方法的结果一致率为89.5%,Kappa值为0.75,两种方法具较好一致性.潜在葡萄胎病例与非葡萄胎病例在年龄、孕次、流产次、β-hCG水平、超声表现等方面有差异,其中年龄、β-hCG水平和超声表现是潜在葡萄胎危险因素(均P<0.05).结论:CNV-seq结合STR多态性分析技术能有效检测孕早期流产物组织中潜在葡萄胎病例,有助于指导临床治疗和避免再次流产.

DNA分析法快速诊断21三体综合征

目的 建立适合于快速诊断 2 1三体的 DNA分析方法。方法 用 PCR法扩增 2 1号染色体上 2个串联重复序列 D2 1S1435和 D2 1S2 0 5 5基因座 ,聚丙烯酰胺凝胶电泳 ,银染分型。根据谱带的条数和浓度判断是否为2 1三体 ,根据谱带的位置 ,与父母的基因型比对 ,判断三体的亲代来源。结果 应用此法检出所有核型分析确诊的游离型 2 1三体 ,能准确地判断出三体的亲代来源。结论 该法无须细胞培养 ,适于含一定 DNA的各种有核细胞样本 ,检测过程简便、快速 ,较传统方法省时、省力 ,适于大范围的 2

CNV-seq结合STR多态性分析在检测孕早期流产物中潜在葡萄胎病例的应用价值

目的评估基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)结合短串联重复序列(STR)多态性分析技术在检测孕早期(≤9周)流产物组织中潜在葡萄胎病例的应用价值。方法收集行流产物组织CNV-seq结合STR多态性检测的孕早期病例,挑取部分新鲜绒毛组织进行CNV-seq结合STR多态性检测,其余组织常规固定后进行病理组织学检测。结果共纳入782例孕早期病例,经CNV-seq结合STR多态性检测共检出66例(8.44%)潜在葡萄胎病例,其中57例(7.29%)为三倍体,9例(1.15%)为全基因组同源单亲二倍体。57例三倍体中有52例随访到病理形态学结果,其中19例提示为宫腔内绒毛,12例为部分绒毛间质水肿,12例为偶见绒毛、极少许绒毛和少许绒毛,9例未见绒毛。病理形态学提示未见绒毛和少许绒毛的3例三倍体病例的STR基因分型检测示染色体异常三倍体2例、部分性葡萄胎1例。9例全基因组同源单亲二倍体中,经病理形态学及p57Kip2蛋白免疫组织化学染色提示为完全性葡萄胎8例,余1例病理形态学提示少许绒毛,随后经STR基因分型检测证实该病例也为完全性葡萄胎。结论CNV-seq结合STR检测孕早期流产物对发现潜在的葡萄胎病例有一定的价值,特别是完全性葡萄胎;相较于病理组织学检测,STR基因分型检测在孕早期葡萄胎标本中更易获得可靠的结果。

基于低成本聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)电泳芯片的微型DNA分析仪

在低成本的聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)电泳芯片上,利用双通道共聚焦激光诱导荧光检测系统实现了单链DNA快速高效的分离检测.选用0.8mm厚度的PMMA薄片加工微管道,一方面降低了检测限,另一方面提高了散热性能.通过线性聚丙烯酰胺筛分胶液以及使用纤维素衍生物对微管道表面进行动态修饰等条件的优化,芯片完成了高分辨率、高重现性的短串联重复序列(STR)等位基因的快速分型检测.两个STR位点D13S317和CSF1PO的等位基因分型标准物(allelicladder)和实际样本的PCR扩增产物均在3min内达到了基线分离,表明低成本的PMMA电泳芯片在法医学及临床医学领域的基因分析方面具有良好的发展潜能.

WGA、RDB结合STR单体型分析在β⁃地中海贫血胚胎植入前遗传学诊断中的应用

目的分析全基因组扩增技术结合致病位点检测和短串联重复序列单体型分析进行β⁃地中海贫血胚胎植入前遗传学诊断效果。方法对2017年1月至2018年12月在本院进行β⁃地中海贫血植入前遗传学诊断的囊胚检测结果进行分析,统计植入前遗传学诊断检测结果与产前诊断结果。结果纳入统计分析的合计71个检测周期501枚囊胚,检测成功率94.4%(473/501)。其中69对夫妻进行了移植,移植周期92个,生化妊娠率63.04%,临床妊娠率53.26%,合计45对夫妇进行了产前诊断或流产物分析,符合率100%。结论利用全基因组扩增技术结合致病位点检测和短串联重复序列单体型分析进行β⁃地中海贫血胚胎植入前遗传学检测准确率高,能满足临床工作需求。

PCR-STR和PCR-SSCP方法对苯丙酮尿症基因诊断的意义

1目的 探讨苯丙酮尿症的基因诊断方法。2方法 采用聚合酶链反应 -短串联重复序列 (PCR-STR)连锁分析技术和聚合酶链反应 -单链构象多态 (PCR- SSCP)分析技术 ,对 5个苯丙酮尿症家系中 17个成员的苯丙氨酸羟化酶基因突变进行分析。3结果 用 PCR- STR法能准确进行基因诊断的家系 3个 ,5 0 %能排除诊断的家系 2个 ;用 PCR- SSCP法检出 3例已知突变。4结论 联合应用 PCR- STR和 PCR- SSCP技术可以提高苯丙酮尿症的基因诊断率。

假性甲状旁腺功能减退症一个家系GNAS基因的变异分析

目的探讨1个假性甲状旁腺功能减退症家系的遗传学病因。方法选取2020年12月26日于河南省人民医院就诊的1个假性甲状旁腺功能减退症家系为研究对象。采用家系全外显子组测序(trio-WES)对先证者及其父母进行分析,筛选候选变异。随机选取50名健康个体进行限制性片段长度多态性检测,以排除基因位点多态性。采用短串联重复序列(STR)连锁分析确定致病变异的亲代来源。结果Trio-WES及Sanger测序结果显示先证者及母亲均携带GNAS基因c.121C>G(p.His41Asp)变异,家系其余成员及健康对照人群均未发现相同变异,检索数据库未见收录。依据美国医学遗传学与基因组学学会相关指南判断为可能致病变异。结论GNAS基因c.121C>G(p.His41Asp)变异可能是该家系的遗传学病因。上述发现丰富了GNAS基因的变异谱。

实时荧光定量聚合酶链反应检测腓骨肌萎缩症1A型基因重复

腓骨肌萎缩症（Charcot-Marie-Tooth disease,CMT）,是神经系统常见的遗传性疾病之一,根据电生理和病理学研究将其分成两大组：CMT1（脱髓鞘型）和CMT2（神经元型或称轴索型）.该病是一组遗传异质性疾病,目前已发现30个基因座位与不同类型的CMT相关,其中有11型已明确了致病基因,发病率最高的是常染色体显性遗传的CMT1A.我们已先后建立起短串联重复序列分析（STR）和聚合酶链反应（PCR）酶切法检测特异性融合片段来诊断CMT1A基因重复.STR结合银染的方法因有便宜、省时和所需DNA数量少等优点曾被广泛应用,但主要缺点是受杂合率的限制,如果被检测者为纯合子,则无法得出结论;再者,实验结果不稳定,银染重复性不理想.而PCR酶切法的阳性率则较低.因此,为提高基因重复检测的阳性率,并适于在临床应用,我们应用实时荧光定量PCR技术,以SYBRGreen Ⅰ荧光染料为标记物,采用标准曲线的相对定量方法检测了18例CMT1A患者的基因重复,现报道如下.