深圳汉族人群42个常染色体短串联重复序列基因座的遗传多态性

【目的】调查深圳汉族人群42个常染色体短串联重复序列(STR)基因座(含41个非CODIS系统STR基因座)等位基因的遗传多态性,研究其在法医鉴定中的应用价值。【方法】采用AGCU21+1和阅微MR23荧光扩增试剂盒对深圳汉族人群435个无关个体STR基因座进行序列多态性分析。通过Modified-Powerstates和arlequin v3.5软件统计等位基因频率、法医遗传学参数并进行Hardy-Weinberg平衡检验。【结果】深圳汉族人群435个无关个体共检出418个等位基因,均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05/42),频率分布在0.0011~0.5529之间。D1S1656和D21S1270基因座多态性最高,均检出16个等位基因;D4S2408基因座检出的等位基因最少;个体识别能力(DP)为0.7988(D1S1627)~0.9686(D7S3048),多态性信息含量(PIC)为0.5680(D1S1627)~0.8598(D7S3048),杂合度(H)为0.6276(D1S1627)~0.8782(D20S470)。【结论】42个常染色体STR基因座的等位基因在深圳地区汉族群体遗传多态性较好,具有较高的个体识别能力,在个体识别和亲权鉴定尤其是单亲或出现基因突变的情况下具有较高的应用价值;所得的数据亦为STR群体遗传学提供基础数据。

成都地区汉族人群17个Y短串联重复序列基因座遗传多态性分析

目的获得17个Y染色体短串联重复序列(Y-STR)基因座在成都汉族人群中的群体遗传学数据。方法应用AmpFlSTRYfilerTM荧光标记复合扩增系统,对成都地区111名无关男性个体血样进行17个Y-STR基因座的复合扩增,用ABI3130遗传分析仪对扩增产物进行检测分析。结果DYS456、DYS389Ⅰ、DYS390、DYS389Ⅱ、DYS458、DYS19、DYS385a/b、DYS393、DYS391、DYS439、DYS635、DYS392、Y-GATA-H4、DYS437、DYS438、DYS448基因座在成都地区汉族群体分别检出3～8个等位基因,DYS385a/b检出36个等位基因组,各基因座基因多样性最低为0.3970(DYS391),最高为0.9561(DYS385a/b)。检测16例女性血样和7种动物血样,17个Y-STR基因座均无扩增产物。另对20个二代父性家系调查显示同一家系成员17个Y-STR基因座单倍型一致,未观察到基因突变。结论上述17个Y-STR基因座构成的单倍型在成都人群中具有较高的遗传多态性,适用于法医个体识别和亲权鉴定、遗传学及人类学的相关研究。

广州地区汉族群体15个短串联重复序列基因座遗传多态性分析

目的:调查广州地区汉族人群15个短串联重复序列(short tandem repeat,STR)基因座遗传多态性分布。方法:应用荧光标记多重PCR方法和毛细管电泳技术,检测156名汉族无关个体的15个STR基因座基因型。结果:15个STR基因座的基因频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡,15个STR遗传标记均具有高度多态性,杂合度均超过0.64,15个基因座的个体识别力在0.816～0.966之间,非父排除率在0.343～0.725之间,匹配概率在0.038～0.184之间。15个基因座的累积个体识别能力为0.999 999以上,累积非父排除率为0.999 75,累积匹配概率为8.84×10-18。结论:该15个STR基因座具有高度多态性,可用于移植术后供者植入状态的监测。

非缺失型女性Duchenne型肌营养不良症患者短串联重复序列多态性分析

目的检测1例女性Duchenne型肌营养不良症(DMD)患者Dystrophin基因的突变情况及其短串联重复序列多态性,以探讨其发病机制。方法用多重PCR方法检测1例女性DMD患者的Dystrophin 基因,并用PCR结合基因扫描的方法连锁分析该患者及其家系的5个微卫星DNA位点(STR-44、45、49、40、5' DysⅡ)多态性。结果该患者和其儿子均为非缺失型DMD。短串联重复序列多态单倍型连锁分析发现女性DMD患者STR单倍型有两种情况:(1)和其患病的儿子Ⅳ-1具有一样的单倍型,该单倍型来自其未患病的母亲Ⅱ-1;(2)因该女性DMD患者儿子的第45内含子缺失,该患者的母亲有可能是嵌合体,该女性DMD患者只遗传了父亲的等位基因,则她的单倍型与其母亲及患病的儿子都不同。结论该女性患者由Dystrophin基因突变引起的可能性较小,她和患病的儿子的单倍型可能相同或不相同,说明其发病与短串联重复序列多态性关系不密切。

D16S539等5个短串联重复序列基因座遗传多态性分析

目的 探讨河南汉族群体 D16S53 9、D7S82 0、D13 S3 17、D8S1179和 D2 1S11等 5个基因座基因频率 ,获得群体遗传学数据。方法 随机抽取 2 0 9名河南汉族群体无血缘关系个体的静脉血 ,柠檬酸抗凝剂抗凝 ,酚 -氯仿法提取 DNA ,应用 PCR技术扩增上述 5个 STR基因座 ,聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳分型。结果 2 0 9名个体中 D16S53 9、D7S82 0、D13 S3 17、D8S1179和 D2 1S11等 5个基因座分别检出 7、8、8、10、15个等位基因 ,基因型分布符合 Hardy-Weinberg平衡。 5个基因座的杂合度分别为 0 .790 7、0 .80 56、0 .7914、0 .82 3 9、0 .80 46,多态信息含量分别为 0 .7712、0 .780 1、0 .7694、0 .80 0 9、0 .7816,个人识别能力在 0 .9416、0 .93 67、0 .9511、0 .9546、0 .93 0 8,非父排除概率分别为 0 .610 6、0 .6179、0 .614 5、0 .70 2 2、0 .6712。结论 5个 STR基因座具有高度多态性遗传标记特征 。

中国南方汉族群体11个Y染色体-短串联重复序列基因座及单倍型遗传多态性分析

目的：获得11个（DYS588,DYS508,DYS576,DYS504,DYS643,DYS505,DYS461,DYS533,DYS481,DYS634,DYS607）Y染色体-短串联重复序列（STR）基因座及单倍型在中国南方汉族群体中的遗传多态性分布情况,探讨其法医学应用价值。方法：对中国南方汉族160名无关男性个体进行11个Y-STR基因座的荧光标记复合扩增;用ABI310遗传分析仪对扩增后产物进行检测;GeneScan、Genotyper软件进行基因分型。结果：11个Y-STR基因座分别检测到8、7、7、7、6、7、6、4、11、4、6个等位基因,频率分布在0.006 3-0.900 0之间。各基因座基因多样性（GD）值分布在0.189 5-0.803 1之间,以DYS481最高;160名无关男性个体共检测到155种单倍型,其中151种只出现1次,3种2次,1种3次,单倍型的GD值为0.999 5。另对45个2代父性家系调查显示同一家系成员11个Y-STR基因座单倍型一致,未观察到基因突变。结论：中国南方汉族群体11个Y-STR基因座具有较高的遗传多态性,在法医学及人类遗传学方面具有应用价值。

湖北汉族群体8个短串联重复序列位点遗传多态性分析

为了解中国汉族人短串联重复序列 (STR)位点的遗传多态性分布 ,选取了 8个STR位点 :vWA31A、THOI、TPOX、F13A0 1、FES、D5S818、D7S82 0和D13S317,采用Chelex法从 10 2名无血缘关系的汉族个体血液中提取DNA ,应用STR -聚合酶链反应 (polymerasechainreaction ,PCR)扩增 ,变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离 ,银染法显影技术 ,对汉族人群上述 8个位点进行遗传多态性调查。结果 :8个STR位点基因型观察数 12～ 2 1个 ,等位片段数 6～ 8个 ,多态信息含量介于 0 5 5 2 0～ 0 785 5之间 ,个人识别概率介于 0 790 5～ 0 9318之间 ,其中 6个STR位点在中国汉族人群中的等位基因频率分布与白色人种、黑色人种之间均具有显著差异。结果表明 :8个STR位点的基因型分布均符合Hardy Weinberg平衡 。

一个遗传性凝血因子XⅢ缺乏症家系FXⅢA链基因5’-端短串联重复序列[AAAG]n多态性分析

目的:分析一个遗传性凝血因子XⅢ缺乏症家系FXⅢA基因5’-端非翻译区STR多态性,对该亚基的突变位点进行遗传分离分析。方法:应用PCR扩增、变性聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染法技术分析一个经测序确诊的凝血因子XⅢ基因缺乏的家系的凝血因子XⅢA亚基基因5’-端侧翼非翻译区短串联重复序列AAAGn。结果:在该家系中检测出两种基因型,先证者及其弟XⅢA亚基基因5’-端侧翼非翻译区短串联重复序列AAAGn的基因型为L2/L2基因型,先证者的父亲、母亲及其妹的基因型为L1/L2,先证者的XⅢA链基因的突变位点分别与父源的L2和母源的L2位点连锁。结论:根据家系XⅢA亚基基因5’-端侧翼非翻译区短串联重复序列AAAGn与FXⅢA基因突变位点的连锁关系可确定突变的遗传分离特点。

中国深圳地区12个X染色体短串联重复序列基因座的遗传多态性:一项家系调查分析

背景:X染色体短串联重复序列(short tandem repeat on chromosome X,X-STR)具有特殊的遗传规律,使其在法医物证鉴定中表现出常染色体遗传标记无法比拟的优点。但其群体遗传学研究数据远比不上常染色体STR,尤其是单倍型遗传数据的报道在国内外均很少见。目的:通过家系分析,研究深圳地区12个X染色体STR基因座的遗传多态性,为X-STR在法医学、遗传学的应用提供科学有效的数据。方法:常规Chelex-100法提取118个家系的血样DNA,使用Investigator Argus X-12试剂盒进行PCR扩增。用直接计数法和Excel软件统计231个无关个体的等位基因频率,并用卡方检验对女性样本的12个X-STR基因座进行Hardy-Weinberg平衡检验,根据公式计算个体识别力和平均排除率。采用家系分析确定女性样本的单倍型,用直接计数法和Excel软件计算111位父亲和119位母亲的4个连锁群的单倍型频率。结果与结论:(1)基因多态性分析:DXS10135基因座的多态性最高,检出了21个等位基因;DXS7423基因座多态性最差,仅有4个等位基因;男性累积个体识别力DPm为0.999 999 99;女性累积个体识别力DPf为0.999 999 99;累积三联体平均排除率MECtrio为0.999 999 99;累积二联体平均排除率MECduo为0.999 998 11;(2)单倍型分析:试验获得了349个单倍型。连锁群X1-X4中分别有238,139,153和157个不同的单倍型;(3)结果说明,X-12检测系统在中国深圳地区具有较高的遗传多态性,在法医学个体识别及亲权鉴定中具有重要的应用价值。

云南汉族15个短串联重复序列基因座遗传多态性特征及分析

目的：调查云南地区汉族的D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、VWA、TPOX、D18S51、D5S818、FGA 15个短串联重复序列（Short tandem repeat,STR）基因座的遗传多态性。方法：收集云南汉族313名无关个体血样,提取DNA,PCR复合扩增并利用ABI-3130型基因分析仪进行毛细管电泳检测每个样本各基因座的等位基因大小,分别统计每个STR基因座各基因型的频率,并进行Hardy-Weinberg遗传平衡检验。结果：云南汉族这15个STR基因座各基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡（P〉0.05）,杂合度在0.636～0.901,匹配概率在0.034～0.220,单一STR位点的个体识别率在0.780~0.966、非父排除率在0.336～0.797、多态性信息总量在0.555～0.860,联合使用这15个位点所产生的累积个体识别率大于0.999 999 99,累积非父排除率等于0.999 998 408。与中国其他地区汉族群体这15个STR基因座等位基因频率分布相比有较高的相似性,但也有轻微的地区差异。结论：云南汉族的D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、VWA、TPOX、D18S51、D5S818、FGA这15个STR基因座具有高度的多态性,与中国其他地区汉族群体有较高的相似性,在法医学中的亲子鉴定和个人识别方面具有较高应用价值。

短串联重复序列多态性分析在鉴别妊娠早期葡萄胎和水肿性流产中的临床应用

目的探讨短串联重复序列(STR)多态性分析在鉴别妊娠早期葡萄胎(HM)和水肿性流产(HA)中的临床应用价值。方法收集2015年9月至2016年11月于北京妇产医院计划生育科行高危流产手术、疑似HM的17例患者为研究对象,常规取材固定后分别采用传统组织病理学方法及STR分析方法进行分析。评价STR方法在HM和HA鉴别中的效果。结果 17例可疑HM病例,经组织病理学检查发现9例符合HM[其中完全性HM(CHM)6例,部分性HM(PHM)3例],8例符合HA。STR基因分型结果为10例HM,其中6例CHM(单精纯合型CHM 4例,双精杂合型CHM 2例),4例PHM(均为双精杂合型);7例符合HA。组织病理学诊断中有1例PHM漏诊,1例双精杂合型PHM被误诊为HA。结论STR多态性分析可以作为一种快速、简洁、精准的方法,有效用于妊娠早期HM和HA的鉴别诊断。

西藏藏族人群15个短串联重复序列基因座的遗传多态性

利用多重PCR五色荧光（6FAM、VIC、NED、PET、LIZ）自动化检测技术检测西藏自治区藏族人群DSS1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、VWA、TPOX、D18S51、D5S818及FGA共15个STR基因座遗传多态性，获得15个STR基因座的群体遗传学数据。结果显示：15个STR基因座的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡。15个STR基因座的个体鉴别力（Discrimination power,DP）在0．7555～0．9602之间，杂合度（Heterozygosity,H）在0．5651～0．8530之间，多态性信息含量（Polymorphism information content，PIC）在0．5528～0．8456之间，非父排除率（Probability of paternity exclusion，EPP）在0．3811～0．8549之间，累积个体鉴别力为0．999999999，累积非父排除率为0．999999998。15个短串联重复序列基因座适合作为西藏藏族人群的遗传标记，用于人类学、疾病连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等领域的研究。

广西融水苗族群体中9个短串联重复序列的遗传多态性

目的:了解广西融水苗族人群9个短串联重复序列(STR)D3S1358、vWA、FGA、D8S1179、D21S11、D18S51、D5S818、DO3S317、D7S820遗传多态性分布情况。方法:用枸橼酸钠抗凝法采集融水苗族个体的血样,酚-氯仿抽提法提取DNA,荧光标记复合扩增基因座,用ABI Prismr(?)3100型遗传分析仪对扩增产物进行检测。结果:9个STR位点共检测出97种等位基因、297 种基因型,基因型的分布符合Hardy-Weinberg平衡定律,平均杂合度0.786,累积个人识别力0.999 999 999 97,累积非父排除率0.999 998,多态信息总量0.999 998 89。结论:苗族群体的9个STR位点具有高度多态性和遗传稳定性,可作为广西苗族的民族遗传学研究和法医学鉴定的基础数据。

江苏地区汉族人群八个短串联重复序列基因座遗传多态性研究

目的 :了解江苏地区汉族人群D14S30 6、D1S 818、D3S1338、LPL、F13B、F13A0 1、FESFPS和vWA等八个短串联重复序列 (STR)基因座的遗传多态性 ,并获得该群体的遗传学数据。 方法 :采用Chelex 10 0法从江苏地区无亲缘关系的汉族个体血标本 12 2份中提取DNA。特异引物聚合酶链反应。产物经 6 %变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离 ,银染检测。 结果 :这八个STR基因座在江苏地区汉族人群均具有遗传多态性 ,并符合Hardy Wein berg定律 ,它们的个人识别率范围从F13B的 0 .6 86 9到vWA的 0 .92 85 ,非父排除率范围从F13B的 0 .2 4 99到vWA的 0 .6 0 2 6不等。 结论

联合单核苷酸多态性微阵列及短串联重复序列技术产前诊断Beckwith-Wiedemann综合征胎儿1例

单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array,SNP-array)除了能检出CNV外,还能检测出大多数单亲二倍体(uniparental disomy,UPD)和杂合性缺失(LOH)。本研究利用SNP-array及短串联重复序列技术(short tandem repeat,STR)确诊1例胎儿为父源性单亲同二体导致的Beckwith-Wiedemann综合征(Beckwith-Wiedemann syndrome,BWS)。

中国江苏地区汉人群五个高多态性短串联重复序列(STR)基因座基因频率分布调查

为选择有较好基因频率分布的短串联重复序列遗传标记,对中国江苏地区随机汉族人群的D5S818、D19S253、D12S391、D2S1338和D22S684 5个微卫星基因座进行了基因频率分布调查,并评估它们作为法医遗传标记在中国江苏地区汉族群体中的效能。采用Chelex-100法从中国江苏地区无血缘关系汉族个体的血样本105份中提取DNA,特异引物聚合酶链反应,产物经6％变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,银染检测。这5个STR基因座在中国江苏地区汉人群均显具有高度遗传多态性并符合Hardy-Weinberg定律,它们的个人识别率(DP)范围从D5S818的0.892 8到 D2S1338的 0.952 7,非父排除率(PE)范围从 D5S818的0.538 5到D2S1338的0.690 7不等。5个基因座的联合 DP值和联合 PE分别为0.999 997和0.991 8。在D22S684基因座,首次在汉人群报道的等位基因频率分布与英国Caucasian,Afro-Caribbean和Asian fom the Indian 3个人群相比较,卡方检验有显著差异(P<0.005)。为常规应用这 8个STR遗传标记在中国江苏地区汉人群中进行亲子鉴定和个人识别提供了概率计算依据和群体遗传学数据。

广西毛南族17个Y染色体短串联重复序列基因座遗传多态性

目的：调查17个Y染色体短串联重复序列（Y-STR）基因座及其单倍型在广西毛南族人群中的分布情况。方法：应用AmpF1STR Yfiler^TM荧光标记复合扩增系统，对毛南族208名无关男性个体血样进行17个Y-STR位点的复合扩增，用ABI PRISM310遗传分析仪对扩增产物进行检测分析。结果：DYS456、DYS389I、DYS390、DYS389Ⅱ、DYS458、DYS19、DYS385a＼b、DYS393、DYS391、DYS139、DYS635、DYS392、y-GATA-H4、DYS437、DYS438、DYS448各位点遗传多样性（GD值）分布在0．5852-0．9770之间。17个Y-STR位点共同构成的单倍型205种，其单倍型多样性为0．999785。广西毛南族与其他群体的Y-STR位点等位基因分布差异具有统计学意义。结论：广西毛南族17个Y-STR位点具有丰富的遗传多样性，可为父权鉴定和父系进化研究提供有价值的遗传学资料。

青海撒拉族人群21个短串联重复序列基因座的遗传多态性

目的调查21个短串联重复序列（STR）基因座在青海撒拉族人群中的遗传多态性以及与其他民族之间的遗传学差异。方法采用国产AGCU21＋1荧光标记复合扩增试剂盒，对青海省化隆县甘都镇120名撒拉族个体的静脉血进行多态性检测。并应用SPSS13．0软件分别与浙江汉族、宁夏汉族、拉萨藏族、湖北土家族人群进行21个STR基因座的等位基因频率分布差异分析。结果21个STR基因座在120名撒拉族无关个体中的等位基因频率介于0．0042—0．4917，基因型频率介于0．0083—0．3750。个体识别能力介于0．796—0．948，杂合度介于0．650—0．817，多态信息含量介于0．590—0．810，非父排除概率介于0．355—0．630。累积耦合概率为1．75×10-20，累积非父排除概率为0．9999999。在21个STR基因座中，撒拉族人群与浙江汉族、宁夏汉族、拉萨藏族、湖北土家族人群分别在14、12、12、13个基因座差异具有统计学意义（P〈0．05）。结论21个STR基因座在青海撒拉族人群中具有较好的遗传多态性，适用于该地区撒拉族人群的群体遗传学、疾病相关基因筛选、法医学个体识别等研究。

短串联重复序列D3S1359基因座的多态性

应用PCR、聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳及银染技术对STRD3S1359基因座进行多态性调查，首次获得中国汉族人群的基因频率分布数据。检出19个等位基因，59个基因型，基因型频率分布符合Hardy－Weinberg平衡。观察352次减数分裂未发现突变基因，DP值为0．9380，三联体PE值0．6311，二联体PE值0．4568，PIC值0．7824。证实D3S1359是一个高信息含量的STR标记系统。