深圳汉族人群42个常染色体短串联重复序列基因座的遗传多态性

【目的】调查深圳汉族人群42个常染色体短串联重复序列(STR)基因座(含41个非CODIS系统STR基因座)等位基因的遗传多态性,研究其在法医鉴定中的应用价值。【方法】采用AGCU21+1和阅微MR23荧光扩增试剂盒对深圳汉族人群435个无关个体STR基因座进行序列多态性分析。通过Modified-Powerstates和arlequin v3.5软件统计等位基因频率、法医遗传学参数并进行Hardy-Weinberg平衡检验。【结果】深圳汉族人群435个无关个体共检出418个等位基因,均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05/42),频率分布在0.0011~0.5529之间。D1S1656和D21S1270基因座多态性最高,均检出16个等位基因;D4S2408基因座检出的等位基因最少;个体识别能力(DP)为0.7988(D1S1627)~0.9686(D7S3048),多态性信息含量(PIC)为0.5680(D1S1627)~0.8598(D7S3048),杂合度(H)为0.6276(D1S1627)~0.8782(D20S470)。【结论】42个常染色体STR基因座的等位基因在深圳地区汉族群体遗传多态性较好,具有较高的个体识别能力,在个体识别和亲权鉴定尤其是单亲或出现基因突变的情况下具有较高的应用价值;所得的数据亦为STR群体遗传学提供基础数据。

Y染色体短串联重复序列微流控芯片复合扩增检测体系研究

目的构建Y染色体短串联重复序列(Y-STR)微流控芯片扩增检测试剂,并进行性能验证,实现Y-STR基因座的快速全集成检测。方法使用Y-STR微流控芯片检测体系,对其灵敏度、成功率和分型准确率、峰平衡性、精准性和准确性、检材适应性、混合物检测能力和抗抑制性进行验证评估。结果DNA标准品9948的模板量≥8 ng,血卡片数≥3片以及口腔拭子刮擦次数≥7次时可获得Y-STR完整分型;165份样本的全集成检测成功率为91.52%,分型准确率为99.74%;不同荧光通道之间的峰高比值为89.81%;10次运行的等位基因分型标准品的片段大小标准差均在0.5 bp以内,20份样本全集成检测的等位基因片段和相应的等位基因标准品之间的片段准确性均在0.5 bp以内;能够对口腔拭子、血卡、唾液卡、烟蒂、血棉签、布片精斑等检材进行准确分型;混合样本中较小贡献者与较大贡献者在1∶3的比例时可获得完整基因分型;在不同浓度的腐殖酸(50~400 mg/L)、靛蓝(20~100 nmol/L)、血红蛋白(100~500μmol/L)等抑制物的干扰下,该体系可获得完整基因分型。结论该体系可应用于国产Quick TargSeq法医DNA现场快速检测系统使用,可在法医学实践中选用。

联合单核苷酸多态性微阵列及短串联重复序列技术产前诊断Beckwith-Wiedemann综合征胎儿1例

单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array,SNP-array)除了能检出CNV外,还能检测出大多数单亲二倍体(uniparental disomy,UPD)和杂合性缺失(LOH)。本研究利用SNP-array及短串联重复序列技术(short tandem repeat,STR)确诊1例胎儿为父源性单亲同二体导致的Beckwith-Wiedemann综合征(Beckwith-Wiedemann syndrome,BWS)。

人类短串联重复序列HUMTH01基因座的遗传多态性

作者用扩增片段长度多态技术分析了人类短串联重复序列ＨＵＭＴＨ０１基因型及等位基因频率在中国成都地区汉族群体和德国科隆地区白人中的分布。用同步电泳技术比较不同引物ＰＣＲ产物分型结果，评估不同实验室ＨＵＭＴＨ０１群体数据的可比性。计算了２５个群体间ＨＵＭＴＨ０１ＳＴＲ的遗传距离，并构建了系统树。ＨＵＭＴＨ０１ＳＴＲ系统树分析不仅与传统遗传标记结果一致，并且获得了群体遗传的新线索。

成都地区汉族人群17个Y短串联重复序列基因座遗传多态性分析

目的获得17个Y染色体短串联重复序列(Y-STR)基因座在成都汉族人群中的群体遗传学数据。方法应用AmpFlSTRYfilerTM荧光标记复合扩增系统,对成都地区111名无关男性个体血样进行17个Y-STR基因座的复合扩增,用ABI3130遗传分析仪对扩增产物进行检测分析。结果DYS456、DYS389Ⅰ、DYS390、DYS389Ⅱ、DYS458、DYS19、DYS385a/b、DYS393、DYS391、DYS439、DYS635、DYS392、Y-GATA-H4、DYS437、DYS438、DYS448基因座在成都地区汉族群体分别检出3～8个等位基因,DYS385a/b检出36个等位基因组,各基因座基因多样性最低为0.3970(DYS391),最高为0.9561(DYS385a/b)。检测16例女性血样和7种动物血样,17个Y-STR基因座均无扩增产物。另对20个二代父性家系调查显示同一家系成员17个Y-STR基因座单倍型一致,未观察到基因突变。结论上述17个Y-STR基因座构成的单倍型在成都人群中具有较高的遗传多态性,适用于法医个体识别和亲权鉴定、遗传学及人类学的相关研究。

孕妇血浆中游离胎儿DNA短串联重复序列检测

目的:建立一种简便、不依赖于胎儿性别和父本DNA的无创性产前诊断方法。方法:应用降落PCR和二次PCR扩增技术,结合母源DNA对照,以34例孕妇外周静脉血血浆作为标本,口腔上皮细胞拭子作为母源对照,孕妇配偶外周血DNA作为父源对照,检测正常孕妇血浆中游离胎儿DNAD17S1293、D21S11及DXS8377等基因位点。结果:34例孕妇血浆DNA中均检出非母源性等位基因条带,其中17例经父源DNA验证。结论:采用降落PCR和二次PCR扩增技术,可以提高孕早期微量游离胎儿DNA的扩增效率,准确、快捷地获得不依赖于父本DNA的胎儿遗传信息。

西藏藏族人群15个短串联重复序列基因座的遗传多态性

利用多重PCR五色荧光（6FAM、VIC、NED、PET、LIZ）自动化检测技术检测西藏自治区藏族人群DSS1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、VWA、TPOX、D18S51、D5S818及FGA共15个STR基因座遗传多态性，获得15个STR基因座的群体遗传学数据。结果显示：15个STR基因座的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡。15个STR基因座的个体鉴别力（Discrimination power,DP）在0．7555～0．9602之间，杂合度（Heterozygosity,H）在0．5651～0．8530之间，多态性信息含量（Polymorphism information content，PIC）在0．5528～0．8456之间，非父排除率（Probability of paternity exclusion，EPP）在0．3811～0．8549之间，累积个体鉴别力为0．999999999，累积非父排除率为0．999999998。15个短串联重复序列基因座适合作为西藏藏族人群的遗传标记，用于人类学、疾病连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等领域的研究。

广西毛南族人群3个短串联重复序列基因座遗传多态性

目的：调查广西毛南族人群3个短串联重复序列(STR)基因座CSF1PO、TPOX、TH01的遗传多态性,探讨广西毛南族人群的起源。方法：应用荧光标记STR基因扫描技术分析200名广西毛南族无关个体；计算等位基因频率、遗传距离,构建系统发生树。结果：3个STR位点共检出18种等位基因,其频率分布在0．0050～0．4525之间；平均杂合度为0．6850,平均多态信息总量为0．6408,累积个体识别力达0．9969,累积非父排除率达0．9282。广西毛南族与广西壮族、广西水族、海南黎族、云南傣族、云南布依族的遗传关系较近。结论：广西毛南族3个STR基因座属于高度多态性遗传标记,本研究结果佐证了广西毛南族可能起源于百越民族。

广西融水苗族群体中9个短串联重复序列的遗传多态性

目的:了解广西融水苗族人群9个短串联重复序列(STR)D3S1358、vWA、FGA、D8S1179、D21S11、D18S51、D5S818、DO3S317、D7S820遗传多态性分布情况。方法:用枸橼酸钠抗凝法采集融水苗族个体的血样,酚-氯仿抽提法提取DNA,荧光标记复合扩增基因座,用ABI Prismr(?)3100型遗传分析仪对扩增产物进行检测。结果:9个STR位点共检测出97种等位基因、297 种基因型,基因型的分布符合Hardy-Weinberg平衡定律,平均杂合度0.786,累积个人识别力0.999 999 999 97,累积非父排除率0.999 998,多态信息总量0.999 998 89。结论:苗族群体的9个STR位点具有高度多态性和遗传稳定性,可作为广西苗族的民族遗传学研究和法医学鉴定的基础数据。

微量DNA的短串联重复序列分型可行性

目的了解微量DNA分型的法医学应用的可行性。方法一系列浓度的DNA模板用PowerPlexTM16System试剂盒扩增,并用ABI377DNA测序仪进行短串联重复序列(STR)的分型。结果当模板量小于250pg时,部分位点发生了等位基因漏扩,并出现非特异带、杂合子扩增不平衡等干扰分型的杂峰。结论上述这些不正常的现象可能会导致分型错误。在对微量检材的DNA检验结果进行判型时一定要小心谨慎,全面考虑。

短串联重复序列的研究

基因组中由寡核苷酸串联、重复排列的DNA序列，构成数量可变的串联重复序列，其中，微卫星DNA又称为短串联重复停列．是一种可遗传的不稳定的且具有高度多态性的短核苷酸重复序列，具有种类多，分布广，高度多态性等特点，这种多态性标志已广泛用于遗传病及亲子鉴定等．

基因组拷贝数变异测序联合短串联重复序列分型在孕早期自然流产病因分析中的应用

目的:探讨基因组拷贝数变异测序(CNV-Seq)技术联合短串联重复序列(STR)分型对早期自然流产查因的可行性和应用价值,为早期自然流产发生后的再次妊娠提供遗传学的风险评估。方法:选取河南省人民医院医学遗传研究所收集到的545例早期自然流产组织,使用基于高通量测序技术的CNV-Seq平台和基于荧光标记复合扩增的STR分型技术对染色体异常进行联合分析,并使用单核苷酸多态性芯片(SNP-array)对部分特殊异常结果进行验证。结果:CNV-Seq技术联合STR分型成功检测了545例样本,总阳性检出率为55.1%,包括染色体数目异常271例,结构异常23例,单亲二倍体6例。其中联合STR分型额外检出三倍体、单亲二倍体样本及其他染色体数目异常39例。SNP-array平台对6例单亲二倍体样本的验证结果与STR分型检出结果一致。结论:CNV-Seq技术联合STR分型检测可提高染色体异常的阳性检出率,为更准确分析早期自然流产的原因提供依据。

短串联重复序列基因座基因频率在主、被动攻击行为群体分布的比较

攻击行为指采用任何形式伤害另一个生物体,而该生物体所不愿接受的行为,可分为＂冲动性＂和＂预谋性＂两类。如果攻击行为是计划过的、有意识的,则归为预谋性攻击行为或主动攻击行为;如果是自发的或对刺激的反应,个体丧失了对行为的控制,在激怒状态下出现,则归为冲动性攻击行为或被动攻击行为。

荧光标记短串联重复序列复合扩增监测嵌合体的应用研究

本研究采用荧光标记的多重PCR复合扩增短串联重复序列(STR)结合全自动毛细管电泳检测异基因造血干细胞移植后嵌合体水平,并探讨该方法动态监测对移植患者预后判断的作用。采集30例异基因造血干细胞移植患者及其供者移植前后骨髓或外周血的DNA,采用Profiler Plus试剂盒进行PCR扩增,产物经ABI310遗传分析仪进行毛细管电泳,通过供受者基因位点差异和峰面积进行嵌合体的定量检测。结果表明,29例患者在移植后28天形成完全供者嵌合体(complete chimerism,CC),1例形成混合嵌合体(mixed chimerism,MC)。在长期随访中,22例表现为持续完全供者嵌合体,8例混合嵌合体患者中7例原病复发,从完全供者嵌合体转为混合嵌合体。完全供者嵌合体组移植物抗宿主病(GVHD)的发生率明显高于混合嵌合体组。结论 :荧光标记多重复合扩增STR检测嵌合体具有快速、自动化高、可定量及灵敏度高等优点,动态定量监测嵌合体可用于移植动力学研究,对移植物早期植入或被排斥、疾病复发以及GVHD均有预警作用,对实施临床干预治疗有指导价值。

江苏地区汉族人群八个短串联重复序列基因座遗传多态性研究

目的 :了解江苏地区汉族人群D14S30 6、D1S 818、D3S1338、LPL、F13B、F13A0 1、FESFPS和vWA等八个短串联重复序列 (STR)基因座的遗传多态性 ,并获得该群体的遗传学数据。 方法 :采用Chelex 10 0法从江苏地区无亲缘关系的汉族个体血标本 12 2份中提取DNA。特异引物聚合酶链反应。产物经 6 %变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离 ,银染检测。 结果 :这八个STR基因座在江苏地区汉族人群均具有遗传多态性 ,并符合Hardy Wein berg定律 ,它们的个人识别率范围从F13B的 0 .6 86 9到vWA的 0 .92 85 ,非父排除率范围从F13B的 0 .2 4 99到vWA的 0 .6 0 2 6不等。 结论

FGA等15个短串联重复序列在融水县苗族群体中的遗传学分析

目的了解广西融水县苗族群体中15个短串联重复序列（STR）：TPOX、TH01、CSF1PO、D19S433、vWA、D18S51、D5S818、FGA、D8S1179、D21S11、D7S820、D3S1358、D13S317、D16S539、D2S1338遗传多态的分布情况。方法用枸橼酸钠抗凝法采集融水县苗族的血样，酚-氯仿抽提法提取DNA，用AmpFlSTRIdentifilerTM PCR Amplification kit荧光标记复合扩增技术和ABI 3100型遗传分析仪对DNA进行扩增检测。结果15个STR分别检测出5-20种等位基因，11-62种基因型，基因型的分布符合Hardy-Weinberg平衡定律，等位基因频率和基因型频率分布在0.002 4-0.4663和0.004 8-0.274 0之间；平均杂合度0.781 1，累积个人识别力1.000 000 000 00，累积非父排除率0.999 999 998，多态信息总量0.999 999 999 4。结论广西融水苗族群体的15个短串联重复序列基因座具有高度多态性和遗传稳定性，实用价值高，可作为广西苗族群体的民族遗传学研究和法医学鉴定的基础数据。

应用四个短串联重复序列基因座研究七个民族间的遗传关系

目的：调查广西黑衣壮族人群4个短串联重复序列(short tandem repeats,STR)基因座：D5S818、D7S820、D13S317、vWA的群体遗传分布资料,探讨7个民族间的遗传关系。方法：应用荧光标记STR基因扫描技术分析152名广西黑衣壮族无关个体。以遗传距离和系统发生树来分析7个民族间遗传关系。结果：4个STR基因座平均观察杂合度为0．7814；平均多态信息总量为0．7375；累积个体识别力达0．9928809,累积非父排除率达0．9928809。新疆乌孜别克族、新疆维吾尔族、甘肃裕固族、云南白族、广西黑衣壮族、浙江畲族聚为一群,东部蒙古族自成一群。结论：广西黑衣壮族的4个STR基因座属高度遗传多态性标记；新疆乌孜别克族和维吾尔族、广西黑衣壮族和浙江畲族遗传关系较近。

常染色体短串联重复序列基因座在河南汉族人群亲子鉴定中的应用

目的:分析24个常染色体短串联重复序列(STR)在河南省汉族群体的遗传多态性及其在亲子鉴定案例中的应用价值。方法:应用多位点复合PCR扩增技术及聚丙烯酰胺凝胶电泳分型技术,对773例亲子鉴定案例进行分析。结果:D7S3048、D18S51、D8S1179、D8S1132、D11S2368、D2S1338、D4S2639和D12S391的个体识别率≥0.94,观察杂合度≥0.79,多态性信息含量≥0.80,且这些位点参与联合排除父权率均在40%以上。结论:短串联重复序列D7S3048、D18S51、D8S1179、D8S1132、D11S2368、D2S1338、D4S2639和D12S391可作为亲子鉴定的首选基因座,在法医学应用和群体遗传学研究中有较高的价值。

广西毛南族17个Y染色体短串联重复序列基因座遗传多态性

目的：调查17个Y染色体短串联重复序列（Y-STR）基因座及其单倍型在广西毛南族人群中的分布情况。方法：应用AmpF1STR Yfiler^TM荧光标记复合扩增系统，对毛南族208名无关男性个体血样进行17个Y-STR位点的复合扩增，用ABI PRISM310遗传分析仪对扩增产物进行检测分析。结果：DYS456、DYS389I、DYS390、DYS389Ⅱ、DYS458、DYS19、DYS385a＼b、DYS393、DYS391、DYS139、DYS635、DYS392、y-GATA-H4、DYS437、DYS438、DYS448各位点遗传多样性（GD值）分布在0．5852-0．9770之间。17个Y-STR位点共同构成的单倍型205种，其单倍型多样性为0．999785。广西毛南族与其他群体的Y-STR位点等位基因分布差异具有统计学意义。结论：广西毛南族17个Y-STR位点具有丰富的遗传多样性，可为父权鉴定和父系进化研究提供有价值的遗传学资料。