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题名短尾负鼠microRNA前体的计算鉴定与分析
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作者
姜毅
罗野婯
刘沅
郑新娟
孙远东
袁志栋
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机构
湖南科技大学生命科学学院
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出处
《生命科学研究》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第4期283-291,共9页
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基金
国家自然科学基金青年项目(31100914)
湖南省普通高等学校教学改革研究项目(教育厅批准号220)
湖南科技大学博士启动基金资助项目(E51178)
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文摘
目前,关于microRNA(miRNA)的研究越来越多,但是有关负鼠miRNA的研究却相对较少.为了研究灰色短尾负鼠(Monodelphis domestica)的miRNA,以人和小鼠的miRNA为参考序列,分别利用BLAST、比较基因组学两种方法获得可能的短尾负鼠前体序列(pre-miRNA),并各自用机器学习方法分类鉴定,取这两个结果的交集即得到54条新的短尾负鼠pre-miRNA.将这些新发现的pre-miRNA与miRBase19中已经报道的156条pre-miRNA序列合并,设置miRNA基因间距为5 000 bp时,这些miRNA基因可以形成26个基因簇.这些新发现的miRNA均位于编码基因的间区,同时除部分外,新发现的miRNA基因可以归类到31个已知的miRNA家族.最后,计算分析了保守的新发现的39个miRNA基因的靶基因及其功能.
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关键词
MIRNA
BLAST
比较基因组学
短尾负鼠
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Keywords
miRNA
BLAST
comparative genomics
Opossum
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分类号
Q74
[生物学—分子生物学]
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