基于DNA条形码技术对常见石首鱼科鱼胶的物种鉴定

目的运用DNA条形码技术对常见石首鱼科鱼胶进行物种鉴定。方法通过对26份鱼胶样品基因组DNA提取,聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增细胞色素C氧化酶Ⅰ(cytochrome c oxidase,COI)基因、测序,用生命条形码数据(barcode of life data,BOLD)物种鉴定系统,与数据库中已有鱼类序列进行比对分析,鉴定出各鱼胶的物种;根据Kimura双参数模型计算样品序列遗传距离,并将所得序列使用邻接法(neighbor-joining,NJ)和最大简约法(maximum parsimony,MP)构建系统发育树,进行聚类分析。结果26份鱼胶样品通过鉴定引物“Fish-F”“Fish-R”均可实现扩增,条带清晰,扩增和测序成功率均为100%;BOLD鉴定结果显示,26份鱼胶样品中23份能够确定物种来源(相似性达98%以上),包括石首鱼科12属15种鱼类,且多数为外来物种,另外3份鱼胶可推测其近缘物种。此外,系统发育树聚类分析结果与物种鉴定结果一致。结论目前石首鱼类鱼胶来源物种较多,且多为外来基原鱼种。DNA条形码技术与BOLD鉴定系统相结合,可对大部分鱼胶进行准确的物种鉴定。

基于线粒体CO1基因的DNA条形码在石首鱼科(Sciaenidae)鱼类系统分类中的应用

采用CO1基因特异扩增测序及与GenBank已有序列联配分析的方法,进行了石首鱼科19属30种鱼类75个CO1基因片段的序列比较和系统进化研究,结果表明,石首鱼科鱼类该片段的平均GC含量为48.3%,其中第2密码子位点含量最高(51%-58.4%,平均56.6%),第1密码子变化范围最大(27.6%-54.1%,平均44.9%),第3密码子差别较小(41.6%-43.6%,平均42.7%)。依据Kimura-2-parameter模型,30种石首鱼科鱼类种内遗传距离平均值为0.006,种间为0.210,种间遗传距离是种内的35倍;在分子系统树上,28个种(93.3%)可形成单系,18个属(94.7%)可聚为独立的分支;与形态学分类不同的是,由黑鳃梅童鱼(Collichthys lucidus)与棘头梅童鱼(C.niveatus)的遗传距离(0.004)推断二者遗传变异尚未达到种的分化水平,灰鳍彭纳石首鱼(Pennahia anea)与白姑鱼(Argyrosomus argentatus)的形态学特征相似性和条形码序列同源性都提示二者可能为同种异名,而红牙(Otolithes ruber)印度洋和南海两个地理群体间的遗传分化已经达到种的水平。本研究证明线粒体CO1基因可作为DNA条形码对石首鱼科鱼类进行有效的物种鉴定,亦可用于探讨石首鱼科的属、种分类单元系统发育问题。

大黄鱼微卫星标记引物在石首鱼科几个近缘种中的通用性研究

本研究分析了8对大黄鱼(Pseudosciaena crocea)微卫星标记引物在石首鱼科5个亚科8属10个种中的通用性。结果表明,大黄鱼微卫星标记引物在黄鱼亚科鱼类中有较高的通用性,其中位点PC1C4,PC4H12,PC5E11,PC8F5,PC10F10,PC10G6的引物可在小黄鱼(P.polyactis)和棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)中获得清晰扩增条带,位点PC7H4引物也可在小黄鱼中扩增,上述可扩增位点在两个种中均得到多个等位基因,表现出较高的多态性;大黄鱼微卫星标记引物在白姑鱼亚科、叫姑鱼亚科、牙亚科及石首鱼亚科鱼类中也有较高的通用性,其中在银牙(Otolithes argenteus)中得到6个可扩增位点(PC1C4,PC4H12,PC7A2,PC7H4,PC10F10,PC10G6),在鮸状黄姑鱼(Nibea miichthioides)、丁氏(Wak tingi)和眼斑拟石首鱼(Sciaenops ocellatus)中各得到5个可扩增位点,在浅色黄姑鱼(N.Chui)和尖头黄鳍牙(Chrysochir aureus)中各得到4个可扩增位点,在皮氏叫姑鱼(Johnius belengerii)中得到3个可扩增位点(PC7H4,PC10F10,PC10G6)。位点PC10F10和PC10G6引物在10个种中都可得到清晰的扩增产物,可作为10种石首鱼的通用标记。引物PC5E11和PC8F5只在黄鱼亚科中得到扩增产物,为黄鱼亚科特异性标记。

基于RAG1基因的中国近海13种石首鱼科鱼类系统进化关系

为探讨中国近海石首鱼类的系统进化关系,通过PCR扩增和序列测定,获得了石首鱼类9属13个种类的RAG1基因序列。对序列变异进行分析,基于Kimura双参数法计算属间和种间的遗传距离,并结合GenBank中的同源序列,以攀鲈为外群构建分子系统进化树。将所得的分子数据与形态学分类进行比较,推论如下:(1)中国近海石首鱼类分为两个类群。(2)叫姑鱼亚科与石首鱼亚科以极高的置信度(90%)聚类,并处于系统进化树的基部,支持了形态学上二者是原始种类的分类观点。(3)分子系统树显示黄姑鱼属比银姑鱼属更为原始,但二者在形态分类上归为一个亚科的观点有待进一步商榷。(4)支持尖头黄鳍牙与银牙置于同一牙亚科的不同属的观点。(5)支持了形态学上黄鱼亚科分化最晚的结论。

石首鱼科鱼肌肉胆碱酯酶对有机磷化合物反应灵敏度的研究

胆碱酯酶对有机磷化合物的反应灵敏度高，特异性强，但不同来源的生物材料的胆碱酯酶在灵敏度上差异甚大。鲈形目石首鱼科的小黄鱼、大黄鱼、白姑鱼、和黄姑鱼肌肉胆碱酯酶对沙林和ＶＸ均相当敏感，两种化合物对它们的胆碱酯酶抑制的ＰＩ＿（５０）值几乎均在７．０以上。进一步研究，这些胆碱酯酶可能成为分折有机磷化合物和农药的有效生物试剂，对筛选生物活性物质有一定的指导意义。

基于CO Ⅰ基因的DNA条形码技术在石首鱼科鱼类系统分类中的应用

为探讨DNA条形码技术在石首鱼科鱼类物种鉴定中的有效性,本研究扩增测序7个物种的石首鱼科CO Ⅰ基因序列,并从GenBank下载同源序列,最终获得石首鱼科14属23种65个个体的CO Ⅰ基因进行序列分析和系统进化研究。结果表明,石首鱼科CO Ⅰ基因序列中A+T含量高于G+C含量,且第1个密码子位点G+C含量显著高于第2和第3密码子位点。石首鱼科种内遗传距离为0~0.014,平均种内遗传距离为0.004,种间遗传距离为0.050~0.368,平均种间遗传距离为0.202,是种内遗传距离的50.5倍。在系统进化树上,除仅有单一序列的物种外,其他种类的不同个体分别聚为独立的一支;黄鱼属、梅童鱼属有明显的单系性,而白姑鱼属、黄姑鱼属、叫姑鱼属没有呈现明显的单系性。以上结果表明,线粒体CO Ⅰ基因可以实现石首鱼科鱼类的有效鉴定,并且可以用来进行属、种水平的系统进化分析。

西北非石首鱼科鱼类及其渔业

石首鱼类是西非沿海国家传统渔业对象之一,也是我国西非捕捞船队的主要渔获对象。自1985年3月,我国首批远洋捕捞船队进入西非海区生产以来,目前已得到稳步发展,但有关鱼种识别,主要鱼种的生活习性、分布和资源利用等情况,尚欠了解。为此,本文依各鱼种的主要鉴别特征。对现存的16个种进行了分类检索。而有关的习性、分布以及西北非石首鱼渔业等。也尽可能地作了介绍.

上海和浙江科学家共同绘就首张石首鱼科鱼类基因组图谱，揭示黄鱼种质退化之谜

据2011年2月2日《新民晚报》消息，经过一年多的合作研究，由浙江海洋学院、上海交通大学、复旦大学和上海佰真生物科技有限公司等单位联合组成的大黄鱼基因组计划项目组，已经取得了突破性进展，成功绘就了首份大黄鱼基因组序列草图，图谱覆盖了大黄鱼基因组序列的85％以上，这也是世界石首鱼科鱼类的首例基因组序列图谱。

基于MaxEnt模型的中国近海主要石首鱼科鱼类潜在适生区

石首鱼科鱼类是我国的主要经济鱼类之一,为了解其潜在适生区分布情况和海洋环境因子对其分布的影响,本研究采用MaxEnt模型结合10种环境因子对我国近海分布的6属12种石首鱼科鱼类的适生区进行分析,使用受试者工作特征曲线对模型准确度进行验证,采用刀切法评估环境因子的重要性,绘制鱼类潜在适生区分布图并识别主导环境因子。结果表明:模型平均曲线下面积值达0.943,验证模型准确度良好,结果可靠;总体而言,石首鱼科鱼类大多数种类分布于渤海湾、黄海中南部、长江口海域、福建沿海以及珠江口海域,其中珠江口海域石首鱼科鱼类丰富度最高;影响石首鱼科鱼类潜在适生区分布的主导环境因子为溶解氧浓度、离岸距离及初级生产力;白姑鱼属在全国沿海均有分布,2个以上种类共同潜在适生区主要分布在长江口以南海域,集中分布于台湾海峡、广东沿岸及海南岛北部海域;叫姑鱼属在全国均有分布,大多数鱼类的潜在适生区分布在黄渤海、东海、台湾海峡以及珠江口海域;黄鱼属2个种类的共同潜在适生区从长江口以南连续分布至闽中渔场以北海域,长江口外海为最集中分布区;梅童鱼属2个种类的共同潜在适生区呈大面积块状分布于江苏连云港以南和长江口以北海域。

石首鱼或成深远海养殖潜力品种

石首鱼因脑中耳石大而得名,《淳熙三山志》卷四二记载:“石首鱼,头中有石如棋子”。石首鱼是我国重要的经济鱼类,金鱼、大黄鱼、黄唇鱼等高经济价值的鱼类均属于石首鱼科。作为广东沿海城市的重要经济鱼类,石首鱼类被视作深远海养殖的适宜品种,多地正开展石首鱼类的养殖试验,为“粤海粮仓”注入新生力量。

2006～2007年福建沿岸海域石首鱼类资源量时空变化

基于2006～2007年福建沿岸海域4个航次的底拖网调查,分析了福建沿岸海域石首鱼科鱼类的资源现状.结果表明:4个航次共捕获石首鱼类16种,其中春季捕获石首鱼类10种,夏季和冬季均捕获14种,秋季捕获12种.不同航次捕获的石首鱼类占所有鱼类总渔获量的比例为10.43%～23.23%,平均15.71%.平均资源密度和平均个体密度分别为81.49 kg/km2和3 663.06 ind./km2.平均资源密度和平均个体密度均以秋季最高,分别为130.02 kg/km2和5 702.64 ind./km2.闽东沿岸海域、闽江口及其附近海域、闽中沿岸海域和厦门沿岸海域石首鱼类的全年平均资源密度分别为70.75、96.23、22.54和84.57 kg/km2.在各种石首鱼类中,叫姑鱼(Johnius belengerii)的资源密度和个体密度最大,其次是丁氏(Wak tingi).叫姑鱼的相对重要性指数最高,为871.01,仅叫姑鱼为优势种.与近20 a前的调查资料相比较,石首鱼类的渔获量占鱼类总渔获量的比例升高,但资源密度显著下降,必须采取措施,避免开发强度的继续增加,以利于其资源的可持续利用.

我国东南沿海的石首鱼生产

石首鱼科(Sciaenidae)鱼类,是我国重要的海洋经济鱼类。这一科鱼类的耳石特别发达,古人形容为“首有白石二枚坚如玉”,“脑中有石如棋子”。石首鱼亦由此得名。我国东南沿海主要的石首鱼科经济鱼类有大黄鱼(Pseudosciaena crocea)、小黄鱼(Pseudosciaena polyactis)、(鱼免)鱼(Miichthys miiuy)和梅童鱼(Collichthys lucida)等。

眼斑拟石首鱼养殖密度与经济效益分析

眼斑拟石首鱼俗称美国红鱼、红鼓、白花鱼、红鱼、斑点鲈、尾斑鲈。属鲈彤目、石首鱼科、拟厂首鱼属。

石首鱼——脑中有石的鱼

石首鱼是鲈行目,石首鱼科鱼类的统称。石首鱼体稍长,侧扁,口大。头骨具粘液腔,体被栉鳞。耳石很大,因而得名"石首"。鳔发达,多数石首鱼可通过鳔上肌肉的活动发出声音,鳔起到共鸣室的作用。石首鱼是底栖、肉食性鱼类,主要以软体动物为食。

大黄鱼网箱筏架吊笼养殖长牡蛎试验

大黄鱼(Larimichthys crocea),隶属于硬骨鱼纲(Osteichthyes),鲈形目(Perciformes),石首鱼科(Sciaenidae),黄鱼属(Larimichthys),是近海集群暖温性洄游鱼类,素有海水“国鱼”的美誉,主要分布于我国黄海南部、东海和南海等海域。20世纪80年代后期,随着养殖技术的突破,大黄鱼养殖业在我国福建、浙江、广东、江苏等沿海省份相继发展起来,象山港作为浙江省最早的大黄鱼养殖区域,网箱养殖是其最主要的养殖方式。

黄姑鱼“全雌1号”:雌性率可达100%

黄姑鱼(Nibea albiflora)俗称黄婆鸡、黄姑、铜罗鱼等,属石首鱼科、黄姑鱼属,为近海暖温性中下层经济鱼类,分布于中国、朝鲜半岛和日本南部沿海,是我国重要的海水经济鱼类,具有抗病抗逆性强、营养价值高、市场认可度好等优点.国内学者已经在黄姑鱼苗种繁育、养殖技术、生态毒理、病害防治和群体遗传学分析等方面做了大量的研究.随着黄姑鱼繁育技术日趋成熟,其养殖规模在浙江、福建以及山东、河北等地沿海迅速扩大,已经成为我国重要的海水鱼类养殖品种.

不同碳氮比水平对大黄鱼苗池生物絮团形成和水质的影响

大黄鱼属石首鱼科、大黄鱼属,是我国目前规模最大的海水养殖鱼品种之一。大黄鱼育苗主要采用春季升温育苗方法,需将海区10℃左右的海水加热至25℃以上才能满足大黄鱼育苗的需要(黄伟卿等,2019)。由于大黄鱼采用的是工厂化高密度育苗技术,投饵量和换水量均较大,育苗期间每天都有数万吨加热过的育苗废水排入海区,能量浪费及环境污染现象较为突出。

双棘黄姑鱼染色体组型分析

以头肾细胞为材料,采用PHA体内注射,空气干燥法制片,分析了双棘黄姑(Nibeadiacanthus)的染色体组型.结果表明:其染色体组型为:2n=48=24t,NF=48.在已进行过染色体组型分析的石首鱼类中,除大黄鱼外,染色体组型均为2n=48t.

大黄鱼肌肉和血液生化组分的分析

采用先进的柱后衍生高效液相色谱技术,测定了深水网箱养殖的大黄鱼、传统网箱养殖的大黄鱼和野生大黄鱼的肌肉水解氨基酸组成及养殖大黄鱼血液中的游离氨基酸组成,同时还分析了鱼体肌肉的一般营养成分.结果表明:深水网箱养殖大黄鱼的肉质和口味明显好于传统网箱养殖大黄鱼,与野生大黄鱼具有可比性,并且已经形成特色.养殖和野生大黄鱼必需氨基酸的比值相对稳定,从而得出了大黄鱼必需氨基酸的组成模式.

日本黄姑鱼育苗中的饵料问题

日本黄姑鱼（Nibea japonica），属鲈形目，石首鱼科，黄姑鱼属。其生长速度快，肉味鲜美，是为促进我省深水网箱养殖业的发展而从韩国引进的优良养殖鱼种。进行日本黄姑鱼大规模的工厂化人工育苗生产，如何保证充足适宜的饵料和在生产中的正确使用，已成为影响育苗成败的关键。