一个新硝基还原酶基因NOR1编码区单核苷酸多态及与鼻咽癌的关联分析

NOR1基因是中南大学湘雅医学院肿瘤研究所克隆的一个鼻咽癌表达下调新基因 ,生物信息学预测NOR1基因含有硝基还原酶结构域 ,该基因可能参与亚硝胺类化学致癌物在体内的代谢过程 ,从而与鼻咽癌的发生密切相关 .通过采用病例 对照的研究方法 ,利用测序技术对 144名鼻咽癌患者和匹配的 144名正常人NOR1基因编码区单核苷酸多态 (codingregionsinglenucleotidepolymorphisms ,cSNPs)进行基因分型 ,关联分析结果显示所检测到的两个cSNPs之间存在连锁不平衡 ,且均与鼻咽癌发病相关 ,两个cSNPs及它们所组成的单倍型相对危险度分别为 1 3 6、 1 64和 1 3 7.两个cSNPs的多态性改变均使NOR1基因编码蛋白一级结构发生了变化 ,这种改变可能影响NOR1基因编码蛋白的结构和功能 .

脓肿分枝杆菌硝基还原酶基因的克隆表达及生物信息学分析(英文)

目的克隆表达脓肿分枝杆菌中的硝基还原酶(nitroreductase,Nrd)基因,并对其对应的蛋白质进行生物信息学分析。方法利用PCR技术从脓肿分枝杆菌中扩增Nrd的全基因序列,采用原核表达系统进行体外表达。采用生物信息学方法对Nrd蛋白的理化性质、结构和功能等重要参数进行了预测和分析,对其三级结构进行了同源建模。结果从脓肿分枝杆菌中扩增出660bp的目的片段,体外表达获得了大小约为30kDa的带有His标签的重组蛋白。生物信息学分析显示Nrd蛋白有219个氨基酸组成,理论分子量和等电点分别为24.38kDa和6.52,是一种不稳定的亲水性蛋白质(不稳定系数为54.52,总平均亲水性为-0.244);二级结构以α-螺旋、β-折叠和无规卷曲为主要构件;该蛋白的氨基酸序列与蛋白质结构数据库中3gr3蛋白A链的相似性最高为60%,以3gr3蛋白A链为模板构建了Nrd蛋白的三维结构分子模型。结论成功表达并纯化了脓肿分枝杆菌中的Nrd蛋白。预测结果显示该蛋白是硝基还原酶家族成员之一,这提示Nrd蛋白在脓肿分枝杆菌中可能执行还原对硝基苯甲酸的功能。

多底物硝基苯降解菌的分离及其特性

为获得能同时降解硝基苯和苯胺等多种底物的高效降解菌,应用于硝基苯和苯胺复合污染废水的生物处理,从某化工厂废水处理系统的活性污泥中分离到一株硝基苯降解菌N1,通过形态观察、生理生化特征和16S rRNA基因序列相似性分析,将其初步鉴定为假单胞菌属(Pseudomonas sp.).该菌株能以硝基苯为唯一碳、氮源生长,14 h能完全降解300 mg/L的硝基苯.该菌株在温度20-35℃、pH 7.0-9.0范围内均能高效降解硝基苯.从该菌株中克隆到了硝基苯硝基还原酶基因,据此推测该菌是通过部分还原途径降解硝基苯.菌株N1还具有广泛的底物谱,对苯胺、苯酚等废水中常见的污染物也有很好的降解效果.研究表明菌株N1在处理硝基苯和苯胺复合污染废水中具有良好的应用前景.