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油田回注水中硫酸盐还原原核生物的快速检测和群落结构分析 被引量:18
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作者 曾景海 吴晓磊 +1 位作者 赵桂芳 钱易 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第5期972-976,共5页
利用荧光原位杂交(Fluorescencein situhybridization,FISH)技术,采用荧光标记的rRNA探针及其组合对胜利油田胜利采油厂回注水中硫酸盐还原原核生物(Sulfate reducing prokaryotes,SRPs,包括硫酸盐还原细菌和硫酸盐还原古菌)进行检测,... 利用荧光原位杂交(Fluorescencein situhybridization,FISH)技术,采用荧光标记的rRNA探针及其组合对胜利油田胜利采油厂回注水中硫酸盐还原原核生物(Sulfate reducing prokaryotes,SRPs,包括硫酸盐还原细菌和硫酸盐还原古菌)进行检测,分析了该回注水中SRPs群落结构.结果表明:SRPs在胜利油田回注水中具有极高的种群多样性,广泛分布于4个细菌门和1个古菌门;总数可达2.86×104个/mL,占回注水中总微生物细胞的20%左右;其中优势菌属为脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和脱硫肠状菌属(Desulfotomaculum),分别占回注水微生物总细胞数的8.71%(±4.45%),和12.15%(±3.90%).Desulfobacterales和Syntrophobacterales这2个目中的SRPs,Thermodesulfobacteriales以及Thermodesulfovibro属的SRPs分别占样品微生物总量的7.59%(±2.92%),3.57%(±1.39%)和2.32%(±0.80%).除此之外,也检测到了占微生物总量4.29%(±1.75%)的Archaeoglobus属的SRPs,证明了古菌类SRPs是回注水中一个不容忽视的硫酸盐还原微生物种群.FISH法能够快速、准确地检测回注水中SRPs数量,解析SRPs群落结构. 展开更多
关键词 荧光原位杂交 硫酸盐还原原核生物 基因探针 群落结构 绝迹稀释法
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硫酸盐废水处理系统强化菌株的分离鉴定及功能基因分析 被引量:5
2
作者 赵阳国 任南琪 +1 位作者 王爱杰 商淮湘 《化工学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第10期2401-2406,共6页
Multiple strains of sulfate-reducing bacteria(SRB)were isolated from sulfate wastewater treatment bioreactor and determined by polymerase chain reaction(PCR) with SRB-specific 16S ribosomal RNA gene primers.One of... Multiple strains of sulfate-reducing bacteria(SRB)were isolated from sulfate wastewater treatment bioreactor and determined by polymerase chain reaction(PCR) with SRB-specific 16S ribosomal RNA gene primers.One of the strains isolated,strain F28-1 was further studied by sequencing the complete 16S ribosomal RNA gene,testing carbon resource utilization,and demonstrating the key enzyme gene structure related to sulfate metabolism,dissimilatory sulfite reductase(Dsr)gene.Blast retrieving results indicated that the SRB belonged to Desulfovibrio,its 16S ribosomal RNA gene sequence was similar to Desulfovibrio desulfuricans subsp.desulfuricans strain Essex 6(AF192153),with identity 99.9%,and therefore,the strain was named as D.strain F28-1.Strain F28-1 was able to use glucose,propionic acid,lactic acid,acetic acid,ethanol and methanol as sole carbon resource and reduce sulfate to sulfide.It removed 95% sulfate within 72 h in a lab-scale experiment with lactic acid as electron donor.ORF finder program checked out two open reading frames(ORFs)in dsr gene sequence,dsrA and dsrB,which had 14% identity.Corresponding α-and β-subunit amino acid sequences were obtained according to the DNA sequence.α-subunit contained two conserved motifs,i.e.(C-X5-C)-Xn-(C-X3-C),which was required for binding to siroheme; and CP-Xn-C-X2-C-X2-C required for binding to Fe4S4 clusters.In addition,the β-subunit contained only the Fe4S4 clusters binding site,but the siroheme binding site was missing.The SRB,which had multi-substrates utilization and high sulfate reduction power,supplies the starting bacterium for enhancing the efficiency of sulfate wastewater treatment.The detailed knowledge of the enzyme structure provides the target for the quantitative PCR gene locus and helps to improve its biological sulfate-removal potential. 展开更多
关键词 硫酸盐废水处理 脱硫脱硫弧菌F28-1 异化型亚硫酸盐还原基因
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乌梁素海湖滨湿地硫酸盐还原菌种群分布 被引量:3
3
作者 刘建丽 赵吉 武琳慧 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期358-363,共6页
采用克隆文库构建和实时定量PCR技术,对乌梁素海湖滨湿地小河口陆向演化芦苇沉积物、湖滨沼泽水葱沉积物、湖滨碱蓬盐碱化草甸土壤、湖岸白刺荒漠化土壤等环境中硫酸盐还原菌(sulfate reducting bacteria,SRB)多样性及其丰度进行了研... 采用克隆文库构建和实时定量PCR技术,对乌梁素海湖滨湿地小河口陆向演化芦苇沉积物、湖滨沼泽水葱沉积物、湖滨碱蓬盐碱化草甸土壤、湖岸白刺荒漠化土壤等环境中硫酸盐还原菌(sulfate reducting bacteria,SRB)多样性及其丰度进行了研究。结果显示:上述沉积物和土壤环境中硫酸盐还原菌功能基因apsA丰度存在显著差异,每克土壤中基因丰度(拷贝数)分别为1.34×10^7、8.07×10^5、5.27×10^6和2.37×10^4;系统发育树分析表明,硫酸盐还原菌属于变形杆菌门(Proteobacteria)中的五个科,分别为Acidithiobacillales、Desulfurella、Chromatiales、Desulfovibrionaceae和Desulfobacteriaceae,其中Chromatiales、Desulfovibrionaceae和Desulfobacteriaceae为优势菌群。沉积物和土壤环境中硫酸盐还原菌群落及apsA基因丰度存在显著差异,硫酸盐还原菌多样性与土壤总盐量、含水率及硫酸盐浓度之间存在显著相关(P〈0.05)关系。 展开更多
关键词 湖滨湿地 硫酸盐还原 群落结构 功能基因apsA
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硫酸盐还原细菌类LuxR家族调控蛋白生物信息学分析 被引量:1
4
作者 陈伟 刘晓艳 朱镭 《湖北农业科学》 2022年第24期177-184,共8页
以SRB研究模式菌株Desulfovibrio vulgaris Hildenborough为研究对象,对参与生物被膜的形成、调控的群体感应系统相关基因进行分析,发现3个潜在的类LuxR家族调控因子基因citB1、citB2和citB3,对其编码的蛋白质序列进行了生物信息学分析... 以SRB研究模式菌株Desulfovibrio vulgaris Hildenborough为研究对象,对参与生物被膜的形成、调控的群体感应系统相关基因进行分析,发现3个潜在的类LuxR家族调控因子基因citB1、citB2和citB3,对其编码的蛋白质序列进行了生物信息学分析。结果表明,citB1基因编码216个氨基酸,citB2基因编码227个氨基酸,citB3基因编码215个氨基酸,彼此之间氨基酸一致性在28.99%~37.79%。3个蛋白质序列均含有N端信号接收保守结构域和C端LuxR家族DNA结合调控保守结构域,二级结构主要为α螺旋和无规则卷曲。同源性比对分析发现,3个蛋白在DNA结合调控保守结构域序列较为保守,而在信号接收结构域变异较大,推测可能与接受不同信号分子有关。系统发育分析表明,CitB1和CitB3蛋白发挥的信号接收方式、下游基因调控功能在SRB群体中可能具有普遍性,CitB2蛋白的信号接收方式及基因调控可能具有特异性。结果表明,SRB中可能存在新型群体感应信号接收及调控机制。 展开更多
关键词 硫酸盐还原细菌 群体感应 调控基因 生物信息学
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珠江沉积物中硫酸盐还原菌的分离筛选及其性质鉴定 被引量:1
5
作者 王原 罗剑飞 林炜铁 《现代食品科技》 EI CAS 北大核心 2013年第7期1586-1590,共5页
由于能够形成可以与重金属反应形成沉淀的硫化物,硫酸盐还原菌对于改善水体质量、确保食品和饮水安全上有着重要意义。从珠江沉积物中分离出一株硫酸盐还原菌SCUT-3,该细菌呈杆状、革兰氏染色为阴性,能够以乳酸、乙酸、丙酸作为唯一碳源... 由于能够形成可以与重金属反应形成沉淀的硫化物,硫酸盐还原菌对于改善水体质量、确保食品和饮水安全上有着重要意义。从珠江沉积物中分离出一株硫酸盐还原菌SCUT-3,该细菌呈杆状、革兰氏染色为阴性,能够以乳酸、乙酸、丙酸作为唯一碳源,以硫酸盐作为电子受体进行生长,不能以葡萄糖、乙醇等作为唯一碳源,硫代硫酸盐和亚硫酸盐为电子受体进行生长。对该细菌的16S rRNA基因和aprA基因序列进行分析,发现其16S rRNA基因与Desulfovibrio acrylicus的16S rRNA基因的一致性最高,达到87%,其aprA基因与Desulfovibrio vulgaris str.Hildenborough的aprA基因一致性最高(通过blastx比对),达到90%。因此可判断其属于脱硫弧菌属(Desulfovibrio),但两基因的序列与已知序列同源性均不超过91%,判断该细菌属于脱硫弧菌属中的一个新种。 展开更多
关键词 珠江沉积物 硫酸盐还原 16S RRNA基因 aprA基因
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含还原基因dsrA的耐辐射基因工程菌Deino-dsrA的构建及其对铀(Ⅵ)的还原富集性能
6
作者 朱琦琦 唐艳 +6 位作者 罗佳琦 王五洲 马云 彭国文 李珊珊 何淑雅 肖方竹 《中国有色金属学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第12期3690-3699,共10页
本文提取扩增硫酸盐还原菌中关键还原基因dsrA,将其转入耐辐射奇球菌(DR)中,构建基因工程菌Deino-dsrA。考察溶液pH值、菌剂量、铀初始浓度、富集时间等因素对基因工程菌Deino-dsrA还原富集性能的影响。采用扫描电镜和电子能谱(SEM-EDS... 本文提取扩增硫酸盐还原菌中关键还原基因dsrA,将其转入耐辐射奇球菌(DR)中,构建基因工程菌Deino-dsrA。考察溶液pH值、菌剂量、铀初始浓度、富集时间等因素对基因工程菌Deino-dsrA还原富集性能的影响。采用扫描电镜和电子能谱(SEM-EDS)以及傅里叶变换红外光谱仪(FTIR)表征该基因工程菌,分析铀富集前后菌体表面形貌结构、元素和基团的变化,探明其还原富集铀(Ⅵ)的行为。结果表明:在溶液pH值为5、菌剂所占比例为33%、铀初始浓度为30 mg/L、富集时间为60 min时,该基因工程菌还原富集铀(Ⅵ)的效果最佳。基因工程菌对铀的富集过程符合准二级反应动力学模型及Langmuir等温线模型。基因工程菌Deino-dsrA富集率(92.45%)相比野生型DR富集率(72.02%)显著提升。该基因工程菌以其耐辐射、高还原富集、环境友好等多重优势,将在含铀废水的治理领域具有可观的应用前景。 展开更多
关键词 耐辐射奇球菌 还原基因dsra 还原富集
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土壤主要还原转化过程中微生物功能基因多样性研究进展 被引量:4
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作者 冯佳胤 朱敏 何艳 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期663-675,共13页
土壤是一个复杂的氧化还原体系,存在大量活跃的生源要素和污染物的生物地球化学循环过程,氮还原、铁还原、硫酸盐还原、产甲烷和还原脱卤等反应过程伴随着频繁而密切的交互作用,对自然生态系统中的物质代谢和能量流动具有决定性的影响... 土壤是一个复杂的氧化还原体系,存在大量活跃的生源要素和污染物的生物地球化学循环过程,氮还原、铁还原、硫酸盐还原、产甲烷和还原脱卤等反应过程伴随着频繁而密切的交互作用,对自然生态系统中的物质代谢和能量流动具有决定性的影响。近年来,随着分子生物学技术的发展,以功能基因为生物标志物,对土壤环境中不同还原条件下相关功能微生物的群落结构、分布特性和丰度变化等的表征及其对土壤中还原过程的介导机制研究是国际社会关注的热点。本文综述了土壤中几种重要还原转化过程中的关键功能基因,旨在进一步揭示自然淹水土壤中参与介导氮还原、硫酸盐还原、铁还原、产甲烷以及还原脱卤等过程的重要微生物的群落结构和功能,最终为阐明生源要素还原转化耦合污染物降解过程中的微生物学介导机制提供参考依据。 展开更多
关键词 还原 硫酸盐还原 还原 产甲烷 还原脱卤 功能基因
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基于Bioperl的基因序列获取的程序设计与实现 被引量:10
8
作者 向福 陈悟 余龙江 《生物技术》 CAS CSCD 2004年第6期64-66,共3页
Bioperl在序列操作和数据库的远程获取方面有独特的优势。为了从Genbank获取大量硫酸盐还原菌的 16SrRNA基因序列 ,进一步研究硫酸盐还原菌的分子进化及系统发育规律 ,该文基于bioperl设计了远程获取大量基因序列的程序 ,并成功地实现... Bioperl在序列操作和数据库的远程获取方面有独特的优势。为了从Genbank获取大量硫酸盐还原菌的 16SrRNA基因序列 ,进一步研究硫酸盐还原菌的分子进化及系统发育规律 ,该文基于bioperl设计了远程获取大量基因序列的程序 ,并成功地实现了硫酸盐还原菌的 16SrRNA基因序列的批量获取。该程序小巧灵活方便快捷 ,perl语言强大的字符串操作和模式匹配功能使程序能实现不同类型基因序列的远程获取 。 展开更多
关键词 基因序列 bioperl 远程获取 硫酸盐还原
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橡胶树HbSiR基因克隆与表达分析
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作者 魏芳 郑乾坤 +5 位作者 罗世巧 仇键 杨文凤 王启超 吴明 校现周 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2014年第6期1084-1089,共6页
硫醇是橡胶树胶乳中重要的抗氧化剂,半胱氨酸是硫醇合成的前体,亚硫酸盐还原酶在半胱氨酸合成过程中起重要作用。从橡胶树中克隆编码铁氧还型亚硫酸盐还原酶的cDNA。结果表明:该cDNA全长2417 bp,包含2 070 bp的开放阅读框、183 bp的5′... 硫醇是橡胶树胶乳中重要的抗氧化剂,半胱氨酸是硫醇合成的前体,亚硫酸盐还原酶在半胱氨酸合成过程中起重要作用。从橡胶树中克隆编码铁氧还型亚硫酸盐还原酶的cDNA。结果表明:该cDNA全长2417 bp,包含2 070 bp的开放阅读框、183 bp的5′UTR和164 bp的3′UTR,命名为HbSiR(GenBank:KF765492)。组织表达分析结果显示:HbSiR在橡胶树的根、叶、木质部、树皮及胶乳均有表达;在‘热研8-79’的胶乳中HbSiR基因的表达量高于‘PR107’胶乳中的表达量,但随着排胶时间的延长,‘热研8-79’和‘PR107’胶乳中HbSiR的表达量均降低。初步推测HbSiR与胶乳硫醇的含量有关。 展开更多
关键词 硫酸盐还原基因 橡胶树 硫醇
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雨生红球藻sir基因克隆及在硫代谢中的功能分析
10
作者 卫雪红 臧晓南 +2 位作者 石佳伟 丛晓梅 昝佳伟 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期57-65,共9页
亚硫酸还原酶是硫代谢的关键酶。本文首次从雨生红球藻(Haematococcus pluvialis)中克隆了亚硫酸还原酶基因(sir),发现该sir的DNA序列由3885个核苷酸组成,包括9个内含子,cDNA序列全长为2079 bp,编码692个氨基酸,属于NiR/SiR铁氧还蛋白... 亚硫酸还原酶是硫代谢的关键酶。本文首次从雨生红球藻(Haematococcus pluvialis)中克隆了亚硫酸还原酶基因(sir),发现该sir的DNA序列由3885个核苷酸组成,包括9个内含子,cDNA序列全长为2079 bp,编码692个氨基酸,属于NiR/SiR铁氧还蛋白超家族。系统发育分析表明,雨生红球藻中的sir基因与其他淡水绿藻的亲缘关系最近。在0~50 mmol/L Na_(2)SO_(3)浓度范围内,sir基因转录水平与Na_(2)SO_(3)浓度呈正相关,说明雨生红球藻中sir基因与亚硫酸盐代谢直接相关。对不同硫浓度条件下sir的转录水平分析表明,雨生红球藻sir的转录水平会随培养时间呈周期性变化,0.5 g/L MgSO_(4)·7H_(2)O组sir基因的转录水平在前4天明显上调,显著高于其他各组。培养基中不同硫浓度对雨生红球藻生长的影响表明,0.5 g/L MgSO4·7H_(2)O组表现出明显的生长优势,在第10天表现出最高的细胞密度。因此,0.5 g/L MgSO_(4)·7H_(2)O更适宜作为雨生红球藻培养中的硫酸盐添加量。 展开更多
关键词 雨生红球藻 硫酸还原基因 硫酸/硫酸盐浓度 生物量 转录水平
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流速对污水管道中甲烷与硫化物生成的影响 被引量:2
11
作者 刘伟 石烜 +2 位作者 徐栋伟 金鑫 金鹏康 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第6期2938-2947,共10页
为探明城市污水管道中流速变化对甲烷和硫化物生成的影响特性,通过控制污水管道中试系统的污水流速,探究了不同流速下产甲烷菌(MA)和硫酸盐还原菌(SRB)的菌群与功能基因分布特性.结果表明,污水管道中甲烷和硫化物主要分布于固相沉积物... 为探明城市污水管道中流速变化对甲烷和硫化物生成的影响特性,通过控制污水管道中试系统的污水流速,探究了不同流速下产甲烷菌(MA)和硫酸盐还原菌(SRB)的菌群与功能基因分布特性.结果表明,污水管道中甲烷和硫化物主要分布于固相沉积物间隙水和液相污水中,当流速从0.1m/s升高至0.7m/s时,固相中10%的甲烷和硫化物会转移到液相和气相中.同时对管道中微生物进行宏基因组测序,发现MA菌群相对丰度升高1.24%,SRB菌群相对丰度降低0.4%.通过对甲烷代谢和硫代谢通路中关键酶和基因的检测,发现0.7m/s流速下甲烷代谢通路中关键酶、基因相对丰度更高,0.1m/s流速下硫代谢通路中关键酶、基因相对丰度更高. 展开更多
关键词 污水管道 不同流速 产甲烷菌(MA) 硫酸盐还原菌(SRB) 基因组测序
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1株具硫酸盐还原功能的柠檬酸杆菌的分离及其生理特性研究 被引量:7
12
作者 杨丽平 郑小红 +2 位作者 曾国驱 许玫英 孙国萍 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第3期815-820,共6页
从处理高浓度硫酸盐废水的厌氧上升流污泥床反应器(UASB)污泥中分离、纯化出1株具有硫酸盐还原功能的菌株SR3.经形态、生理生化特征试验和16S rDNA序列分析,该菌株SR3归属于柠檬酸杆菌(Citrobacter sp.).其特性为:在厌氧和微氧条... 从处理高浓度硫酸盐废水的厌氧上升流污泥床反应器(UASB)污泥中分离、纯化出1株具有硫酸盐还原功能的菌株SR3.经形态、生理生化特征试验和16S rDNA序列分析,该菌株SR3归属于柠檬酸杆菌(Citrobacter sp.).其特性为:在厌氧和微氧条件下均可还原硫酸盐,同时用硫酸盐还原功能特异性基因引物可扩增到异化亚硫酸盐还原酶基因(dsr基因);在好氧条件下不能还原硫酸盐但菌体生长速率最高,在厌氧条件下菌株生长的最适温度为37℃,最适起始pH值为8.0,在Cr(Ⅵ)初始浓度为0.4-0.8 mmol范围内能同时还原SO4^2-和Cr(Ⅵ).对Cr(Ⅵ)的耐受能力达1 mmol.这是首次报道在兼性厌氧的柠檬酸杆菌中发现硫酸盐还原功能并携带硫酸盐还原酶基因的菌株. 展开更多
关键词 硫酸盐还原 柠檬酸杆菌 特性 异化亚硫酸盐还原基因
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重度肥胖症患者膳食干预前后肠道内硫酸盐还原菌的定量检测 被引量:9
13
作者 殷晓晨 费娜 +3 位作者 肖水明 申剑 赵立平 庞小燕 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2012年第8期691-695,共5页
目的检测重度肥胖症患者膳食干预过程中,肠道内硫酸盐还原菌(SRB)的数量变化,为进一步研究SRB与肥胖的关系提供参考。方法以SRB基因组中的重要功能基因-腺苷酰硫酸(APS)还原酶基因作为指示基因,通过实时定量PCR的方法检测了12名重度肥... 目的检测重度肥胖症患者膳食干预过程中,肠道内硫酸盐还原菌(SRB)的数量变化,为进一步研究SRB与肥胖的关系提供参考。方法以SRB基因组中的重要功能基因-腺苷酰硫酸(APS)还原酶基因作为指示基因,通过实时定量PCR的方法检测了12名重度肥胖症患者在进行膳食干预过程中随着体重的降低,肠道内SRB的数量变化,同时以16S rRNA基因对肠道内总菌进行定量来计算SRB占总菌的相对比例。结果膳食干预过程中,随着患者体重的显著降低,其肠道内SRB占总菌的比例也显著下降。在维持期,患者体重仍和干预前有显著差异,但较干预期有所回升;其体内SRB含量也显著低于干预前,但相比干预期,有所上升。结论研究结果提示肠道菌群中SRB细菌与肥胖的发展有密切关系,为后续研究SRB细菌的功能和作用机理奠定了基础。 展开更多
关键词 硫酸盐还原 重度肥胖症 膳食干预 腺苷酰硫酸还原基因 定量PCR
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青藏高原湖泊沉积物硫酸盐还原菌种群分布 被引量:6
14
作者 杨渐 蒋宏忱 +4 位作者 孙永娟 吴耿 侯卫国 董海良 赖忠平 《盐湖研究》 CSCD 2013年第1期7-13,共7页
采用聚合酶链式反应(PCR,Polymerase Chain Reaction)、变性梯度凝胶电泳(DGGE,Denaturing Gra-dient Gel Electrophoresis)与实时荧光定量聚合酶链式反应(Q-PCR,Quantitative PCR)相结合的综合分析技术,研究了青藏高原洱海、青海湖、尕... 采用聚合酶链式反应(PCR,Polymerase Chain Reaction)、变性梯度凝胶电泳(DGGE,Denaturing Gra-dient Gel Electrophoresis)与实时荧光定量聚合酶链式反应(Q-PCR,Quantitative PCR)相结合的综合分析技术,研究了青藏高原洱海、青海湖、尕海1、尕海2、小柴旦湖沉积物硫酸盐还原菌多样性及丰度。研究结果显示,5个盐湖沉积物中dsrB(编码亚硫酸还原酶β亚基,为硫酸盐还原菌所共有)基因的丰度为每克沉积物1.71×108~1.55×109拷贝,与盐度无明显相关性;所获得的dsrB基因序列分属于3个科:Desulfobacter-aceae,Desulfobulbaceae和Peptococcaceae。其中,Desulfobacteraceae科是主要类群。硫酸盐还原菌多样性(DGGE结果)与盐度呈现出负相关性。故在所研究的盐湖中,盐度可能不是影响硫酸盐还原菌种群分布的唯一因素,可能还受其它未知环境因素的影响,有待于进一步研究。 展开更多
关键词 dsrB基因 DGGE 硫酸盐还原 青藏高原湖泊
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美给出腐蚀油气管细菌基因组图谱
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作者 潘石 《表面工程资讯》 2004年第3期30-30,共1页
关键词 油气管 硫酸盐还原 基因组图谱 美国 微生物腐蚀
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肠道硫酸盐还原菌DGGE分析技术的建立 被引量:2
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作者 刘辰雷 殷晓晨 +3 位作者 龙文敏 费娜 赵立平 庞小燕 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2013年第6期706-711,714,共7页
目的建立分析肠道内硫酸盐还原菌(Sulfate-reducing bacteria,SRB)组成的变性梯度凝胶电泳(Denaturing gra-dient gel electrophoresis,DGGE)技术,并用于分析10例健康人粪便样品中的SRB组成。方法从GenBank中下载13株脱硫弧菌科细菌的... 目的建立分析肠道内硫酸盐还原菌(Sulfate-reducing bacteria,SRB)组成的变性梯度凝胶电泳(Denaturing gra-dient gel electrophoresis,DGGE)技术,并用于分析10例健康人粪便样品中的SRB组成。方法从GenBank中下载13株脱硫弧菌科细菌的腺苷酰硫酸还原酶α亚基基因(aprA)的序列,利用Clustal X、Simulated PCR(SPCR)软件比较、评估了2对针对aprA基因的引物(AprA-3-FW/APS-RV和AprA-1-FW/AprA-5-RV)用于扩增粪便样品中的SRB的特异性。确定PCR引物和条件,进一步摸索并建立DGGE分析体系。结果 Clustal X和SPCR软件分析的结果均表明引物AprA-3-FW/APS-RV优于AprA-1-FW/AprA-5-RV。实际PCR的结果也显示AprA-1-FW/AprA-5-RV扩增效率低并有非特异扩增。建立DGGE体系,对10例健康人肠道中SRB的分析显示,每个个体肠道中SRB的种类有1到5种不等。结论基于aprA序列的DGGE技术是分析肠道SRB组成的有效方法。 展开更多
关键词 硫酸盐还原 腺苷酰硫酸还原基因 DGGE 肠道菌群
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高脂饲料诱导的肥胖大鼠肠道内硫酸盐还原菌的定量检测 被引量:2
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作者 冯雨佳 张旭 +4 位作者 刘辰雷 殷晓晨 赵立平 陈峰 庞小燕 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2012年第10期889-892,共4页
目的检测高脂饲料诱导大鼠肥胖过程中,大鼠肠道内硫酸盐还原菌(sulfate-reducing bacteria,SRB)的数量变化,为研究SRB与肥胖的关系提供参考。方法 20只Wistar大鼠随机分为2组(每组10只),一组饲喂高脂饲料(HFD组)18周,另一组饲喂正常饲料... 目的检测高脂饲料诱导大鼠肥胖过程中,大鼠肠道内硫酸盐还原菌(sulfate-reducing bacteria,SRB)的数量变化,为研究SRB与肥胖的关系提供参考。方法 20只Wistar大鼠随机分为2组(每组10只),一组饲喂高脂饲料(HFD组)18周,另一组饲喂正常饲料(NCD组,即对照组)18周。以编码腺苷酰硫酸还原酶α亚基的基因(aprA)作为分子标记,通过荧光定量PCR的方法检测两组大鼠在0、8和18周,肠道内SRB的数量变化;同时,以16S rRNA基因作为标记基因定量大鼠肠道内总菌的数量,以计算肠道内SRB在总菌中的比例变化。结果分组饲喂8周后,高脂饲料饲喂组大鼠的体重与正常饲料组相比显著升高。对SRB的定量结果显示,饲喂8周和18周,高脂饲料组大鼠肠道内SRB的数量和含量与正常饲料组相比显著升高。结论大鼠肠道中的硫酸盐还原菌与饮食诱导的肥胖密切相关,为进一步研究SRB在肥胖及其相关代谢疾病的发生发展中的作用提供了依据。 展开更多
关键词 硫酸盐还原 肥胖大鼠 腺苷酰硫酸还原酶α亚基基因 荧光定量PCR
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河套平原不同深度高砷地下水硫酸盐还原菌群落分布特征及环境意义 被引量:1
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作者 成语 宋腾龙 +1 位作者 田雪歌 王艳红 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期2372-2388,共17页
【目的】探究不同深度的高砷含水层中硫酸盐还原菌的丰度、群落组成和多样性的差异,并结合硫酸盐硫同位素等多种水化参数,揭示不同深度高砷地下水中硫酸盐还原菌群落分布特征及其环境意义。【方法】以我国典型高砷地下水分布区河套平原... 【目的】探究不同深度的高砷含水层中硫酸盐还原菌的丰度、群落组成和多样性的差异,并结合硫酸盐硫同位素等多种水化参数,揭示不同深度高砷地下水中硫酸盐还原菌群落分布特征及其环境意义。【方法】以我国典型高砷地下水分布区河套平原为研究区,采集不同深度含水层中的高砷地下水样品,测定水化参数,采用qPCR对样品16S rRNA基因和dsrB基因进行定量;通过dsrB基因高通量测序对硫酸盐还原菌群落进行分析,并将dsrB基因相对丰度、群落组成及多样性与水化因子结合,进行统计学分析。【结果】基于dsrB基因的定量结果表明,浅层地下水中dsrB基因相对丰度高于深层地下水。浅层地下水中,dsrB基因相对丰度与CH_(4)浓度呈显著正相关,且δ^(34)S-SO_(4)^(2–)与CH_(4)浓度显著正相关。而深层高砷地下水中,dsrB基因相对丰度与SO_(4)^(2–)浓度、DOC浓度存在显著正相关性。高通量测序结果表明,深层地下水中硫酸盐还原菌的α多样性显著高于浅层地下水。研究区内硫酸盐还原菌可分为264个OTUs,以Desulfobacterales、Nitrospirales、Rhodospirillales、Syntrophobacterales等10个目为主。不同种属硫酸盐还原菌在深、浅层地下水的丰度及影响丰度的环境因子存在一定差异,其中浅层地下水中Nitrospirales的相对丰度与As_(T)浓度和δ^(34)S-SO_(4)^(2–)呈正相关,指示出硫酸盐还原菌中Nitrospirales类群在浅层地下水砷的迁移转化中的重要作用。RDA结果表明,As_(T)浓度、CH_(4)浓度和Fe^(2+)浓度是控制研究区地下水中硫酸盐还原菌群落分布的关键环境因子。【结论】深、浅层高砷地下水中,硫酸盐还原菌多样性、种属构成与多样性存在显著差异,且受到了不同水化参数影响。 展开更多
关键词 高砷地下水 硫酸盐还原 dsrB基因 高通量测序 qPCR
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SSCP技术解析硫酸盐还原反应器中微生物群落结构
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作者 赵阳国 任南琪 《水处理信息报导》 2005年第6期54-54,共1页
采用改进的单链构象多态性(SSCP)技术,以16SrRNA基因的V3区为靶对象,分析完全混合式硫酸盐还原反应器中微生物的群落结构以及硫酸盐还原菌(SRBs)与产酸菌(ABs)的种间关系,共得到13个可辨晰的SSCP条带,对其中的6条带(A1、A3... 采用改进的单链构象多态性(SSCP)技术,以16SrRNA基因的V3区为靶对象,分析完全混合式硫酸盐还原反应器中微生物的群落结构以及硫酸盐还原菌(SRBs)与产酸菌(ABs)的种间关系,共得到13个可辨晰的SSCP条带,对其中的6条带(A1、A3、A4、A5、A9、A10)进行了测序分析,分别同嗜柠檬酸明串球菌、未培养细菌、产乙醇杆菌、梭杆菌等相似性较大。 展开更多
关键词 微生物群落结构 硫酸盐还原 技术解析 SSCP 反应器 16SRRNA基因 单链构象多态性 完全混合式 种间关系 测序分析
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角蛋白水解酶的研究进展 被引量:1
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作者 张铁鹰 杜家菊 +2 位作者 齐志国 董杰丽 陈志伟 《饲料工业》 北大核心 2011年第S1期25-29,共5页
蛋白质饲料资源短缺一直是困扰我国饲料工业发展的瓶颈问题。近年来,我国饲料工业发展迅猛,年产配合饲料总量突破1.07亿吨,已成为世界第二大饲料生产国。与此同时,我国饲料工业所面临的矛盾与问题也愈显突出。饲料资源短缺现象越来越严... 蛋白质饲料资源短缺一直是困扰我国饲料工业发展的瓶颈问题。近年来,我国饲料工业发展迅猛,年产配合饲料总量突破1.07亿吨,已成为世界第二大饲料生产国。与此同时,我国饲料工业所面临的矛盾与问题也愈显突出。饲料资源短缺现象越来越严重,我国每年饲料原料进口数量和成本不断攀升,特别是蛋白质饲料资源自给问题异常突出。目前。 展开更多
关键词 羊毛角蛋白 角蛋白酶 二硫键还原 蛋白水解酶 研究进展 微生物降解 蛋白酶基因 蛋白酶水解 硫酸盐 蛋白质饲料资源
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