基于碱基分子质量和π电子共振能的几种新距离在系统发育重建中的应用

为探讨基于碱基分子质量和π电子共振能的几种新距离在系统发育重建中的应用,以Kimura2-parameter距离为对照,以鸻行目16种鸟类线粒体ND6基因和Cytb基因序列为例分别进行距离矩阵邻接法建树,并结合形态学分类和核型研究结果进行比较分析.结果表明:1)E距离和I距离基因树最大程度地吻合了形态学分类结果,将灰斑鸻和鸻属的两个种聚为同一单系,将滨鹬属两个种聚为同一单系;其反对将反嘴鹬和砺鹬单独成科的观点得到核型研究结果的强烈支持;E距离和I距离的ND6树和Cytb树相互支撑性较好;E距离和I距离是系统发育重建中2种颇具潜力的新距离;2)基于E距离和I距离的ND6树和Cytb树,结合形态学分类和核型研究结果,给出了鸻行目16种鸟类的分类归属.

碱基分子的原子电距矢量表达及核磁共振碳谱模拟

提出以原子电性距离矢量 (VAED)描述各种碱基分子中不同等价碳原子的化学环境 ,结合γ效应校正与碳原子类型 ,建立核磁共振碳谱 ( 1 3CNMR)化学位移 (CS)的五参数线性模型 .用于碱基分子中 4类不同碳 (其中主要是仲叔季碳 )的等价碳原子化学位移的估计 ,复相关系数R和均方根误差RMS[ppm]分别为仲叔季碳 :1 )对C2n =1 2 ,R =0 .9998,R2 =0 .9997,F =2 732 .2 4 98,EV =0 .9994,RMS =0 .1 80 4 ,SD =0 .1 8842 )对C3n =41 ,R =0 .9334,R2 =0 .871 2 ,F =38.32 99,EV =0 .852 8,RMS =9.52 68,SD =9.64523)对C4n =2 3,R =0 .91 83,R2 =0 .8433,F =1 4.3479,EV =0 .7972 ,RMS =6.530 4 ,SD =6.67721 )对C2n =1 2 ,R =0 .9998,R2 =0 .9997,F =2 592 .70 72 ,EV =0 .9994,RMS =0 .1 852 ,SD =0 .1 9342 )对C3n =41 ,R =0 .92 70 ,R2 =0 .8594,F =34.62 83,EV =0 .8393,RMS =9.548,SD =1 0 .0 7843)对C4n =2 3,R =0 .90 71 ,R2 =0 .82 2 9,F =1 2 .3881 ,EV =0 .770 8,RMS =6.942 5,SD =7.0 985经交互校验 ,模拟稳定性较好 .并综合几种处理方法 ,找到一种较好的建模方法 ,将它用于 4个外部样本化学位移的定量预测 。