反相高效液相色谱法测定大鼠肝组织中DNA的碱基含量

利用反相高效液相色谱法 ,采用SupelcosilLC 18色谱柱 (2 5 0mm× 4 6mmi d ,5 μm) ,以甲醇 0 0 5mol/LKH2 PO4缓冲液 (体积比为 2 0∶80 )为流动相 ,流速 0 8mL/min ,在 2 5 4nm波长处检测 ,对生活在高原 (海拔 2 3km)的习服大鼠肝组织中脱氧核糖核酸 (DNA)的碱基含量进行了检测 ,发现各碱基在DNA中所占的比例是相对稳定的 :腺嘌呤 (A) 2 8 8%、鸟嘌呤 (G) 2 3 3%、胞嘧啶 (C) 17 4 %、胸腺嘧啶 (T) 2 5 3% 。

关于核酸中碱基含量的相关计算

现行人教版高中生物必修二中有（DNA的分子结构与复制》一节内容，此中节常见有关核酸中碱基的计算问题，这类问题是高中生物教学中的一个重点和难点．同时也是高考的一个热点。

昆虫纲与线虫纲miRNAs碱基组成特征分析

[目的]为全面认识miRNA的结构属性和miRNA基因识别策略的设计提供帮助。[方法]利用miRNA数据库,借助于相关的生物信息学软件和数据统计软件,对昆虫纲与线虫纲部分物种(黑腹果蝇、暗果蝇、西方蜜蜂、冈比亚疟蚊、秀丽线杆线虫、线虫种)的已知miRNA序列的碱基组成进行统计分析。[结果]6种生物的miRNA序列中,腺嘌呤(A)含量较为稳定,在碱基组成上AU含量高于GC含量。比较同一物种pre-miRNA与mat-miRNA间相同碱基含量发现,除黑腹果蝇pre-miRNA与mat-miRNA在胞嘧啶(C)的含量上存在显著差异外,其余均未见显著差异。[结论]推测miRNA碱基组成上AU含量高可能与其调控基因表达功能和物种的进化关系有关。

13种脊椎动物miRNA碱基组成分析

miRNAs是当前基因表达调控领域的研究热点.本研究借助于Sanger实验室提供的miRNA数据库9.0,使用相关的生物信息学软件统计分析13种脊椎动物miRNA的四种碱基、GC和AU含量,所取得的miRNA一级结构特征信息对全面了解miRNA的基本生物学特性以及miRNA基因识别策略的设计都具有重要意义.结果表明,所分析的13种脊椎动物的miRNA序列中,腺嘌呤(A)含量除了非洲蛙与褐家兔及小家鼠之间在前体miRNA存在差异外,其余均未见显著差异,表明不同物种的miRNA中A含量基本相同,保持相对稳定;同样,各种生物之间,成熟miRNA的鸟嘌呤(G)含量也未见显著性差异;在不同脊椎动物之间,miRNA序列碱基组成上存在一些差异.

基于微卫星的相关性测试对新型冠状病毒的遗传多样性研究

微卫星(microsatellites)在新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的基因组表达调控、种群遗传进化以及宿主免疫互作调节方面发挥重要作用。该研究利用NCBI数据库以及微卫星分析系统筛选并测试SARS-CoV-2原株及变体中不同微卫星数量与遗传特征的关联,探索影响SARS-CoV-2遗传多样性的微卫星特征。通过生物信息学分析,构建SARS-CoV-2的全基因组序列库,并收集关于序列库的遗传特征、微卫星数量以及微卫星相对位置分布特征信息;通过生物统计学分析,对不同微卫星数量进行相关性测试以及单样本Wilcoxon符号秩非参数检验。结果表明,SARS-CoV-2的原株与变体(除Lambda和Omicron)中不同微卫星数量、占比与相对位置分布特征相似。2核苷酸重复(77%~78%)、3次基序重复(22%~23%)以及全长6 bp(73%)的微卫星占比较高,而ORF3a(0.48/100 bp)、E(0.44/100 bp)与N(0.40/100 bp)3个编码区序列的微卫星密度也较高。总平均微卫星数量与碱基含量间存在显著的负相关性(r:–0.7996;P:0.0097),但与碱基替换量无显著相关性。本研究丰富了分子生物学领域对SARSCoV-2的遗传多样性以及进化机制的研究,并为新型冠状病毒感染疫情的防治提供了新思路。

中华按蚊全基因组微卫星的鉴定、特征及分布规律

【目的】中华按蚊Anopheles sinensis是我国及东南亚重要的传疟媒介。本研究在全基因组上鉴定和分析中华按蚊微卫星并注释微卫星相关基因的功能,为遗传分子标记的筛选提供依据,也为昆虫微卫星比较基因组学进一步研究提供基础。【方法】用MISA程序鉴定中华按蚊基因组微卫星;用Excel 2010统计微卫星长度,结合微卫星序列信息编写Perl脚本计算微卫星碱基含量;结合微卫星位置信息编写Perl脚本定位微卫星出现的基因区域,并对基因区的微卫星进行GO功能注释;运用WEGO比较中华按蚊和冈比亚按蚊An.gambiae含微卫星相关基因功能注释。【结果】共鉴定出105 981个微卫星,出现的密度是365.5个/Mb。其中100 391个（94.7%）微卫星是完整型微卫星,其余5 590个（5.3%）是复合型微卫星。单碱基微卫星最为丰富,共58 837个,占总微卫星数量的55.5%,其余依次是二碱基（30 345个,占28.6%）、三碱基（15 104个,占14.3%）、四碱基（1 530个,占1.4%）、五碱基（121个,占0.1%）和六碱基（44个,少于0.1%）微卫星。（A）n为最主要的微卫星,其次是（AC）n,（AG）n,（C）n,（AGC）n,（ATC）n,（ACG）n和（ACC）n,数量都在2 000个以上。中华按蚊基因组微卫星长度以10~20 bp为主（87.1%）。这些微卫星的AT含量（63%）明显高于GC含量（37%）,仅三碱基微卫星的GC含量（53%）略高于AT含量（47%）。90 632个微卫星（85%）分布在基因间区,15 349个（15%）微卫星分布在基因区。在基因区,2 782个（3%）微卫星分布在外显子区,12 567个（12%）分布在内含子区。GO注释比较中华按蚊和冈比亚按蚊含微卫星的基因,发现这两个物种各小类基因所占总基因数的百分比基本一致,但电子传递类（electron carrier）基因在中华按蚊所占百分比（0.9%）明显高于冈比亚按蚊（0.1%）。【结论】这是蚊虫中首个在全基因组上系统的微卫星研究工作,为进一步通过微卫星作为分子标记开展中华按蚊种群遗传学、遗传变异、功能基因的遗传定位和调控机制研究奠定了基础,也为昆虫微卫星的多样性和进化研究积累了科学素材。

变链菌分离株的形态、生理生化和遗传学鉴定

目的 :探讨形态学和生理生化反应与 DNA碱基含量测定鉴定变链菌和远缘链球菌临床分离株的一致性。方法 :采用形态学和生理生化试验鉴定变链菌和远缘链球菌临床分离株 ,采用高效反相液相色谱法测定细菌 DNA G+ C mol%以检验生化鉴定的准确性。结果 :形态及生化鉴定为变链菌和远缘链球菌的临床分离株 ,其 DNA碱基含量分别为 3 7.5 2和 4 5 .19,各自位于变链菌和远缘链球菌 3 6～ 3 8和 4 4～ 4 6的 G+ Cmol%参考范围。结论 :变链菌和远缘链球菌的生化鉴定结果与 DNA G+ C mol%测定结果一致。通过形态及生理生化鉴定基本可以鉴定变链菌和远缘链球菌。

美丽硬仆骨舌鱼全基因组微卫星分布规律特征

本研究旨在了解美丽硬仆骨舌鱼(Scleropages formosus)基因组微卫星分布规律。采用生物信息学方法对国际濒危物种美丽硬仆骨舌鱼全基因组范围内的微卫星数量及分布规律进行了分析。结果显示:1~6个微卫星重复类型的微卫星序列354239个,总长度为6139487 bp。微卫星单碱基、二碱基、三碱基、四碱基和五碱基重复单元中数量最多的分别为A、AC、AAT、ATCC、AAAAT。25条染色体中,6号染色体所含微卫星数目最多(28662个),22号染色体所含微卫星数目最少(6929个),微卫星数量与其所在染色体DNA序列长度呈线性相关(r=0.999)。22号染色体微卫星出现频率最高(576.35个/Mb),3号染色体微卫星出现的频率最低(469.65个/Mb),结果显示,微卫星频率与其所在染色体DNA序列长度并不相关。本研究为进一步通过微卫星分子标记开展美丽硬仆骨舌鱼亲缘关系鉴定和遗传多样性分析、微卫星标记在硬仆骨舌鱼科的通用性分析奠定了基础。

原核生物全基因组中16S rRNA基因的识别

【目的】识别原核生物全基因组中的16S rRNA基因。【方法】本文依据基因序列的GC碱基含量、碱基3-周期性和马尔可夫链3个方面的特性,构建了识别原核生物全基因组中16S rRNA基因的三层过滤模型。【结果】经检验,模型的特异性、敏感性和马修斯相关系数分别为99.58%、91.60%和91.49%。【结论】结果表明,本文所提出的方法可以高效、准确地识别出16S rRNA基因。

全基因组分析九种鸟类密码子使用模式

不同生物的蛋白编码基因中密码子偏倚现象普遍存在,其通常被认为是突变偏倚和自然选择共同作用的结果。本研究利用9种鸟类的全基因组数据探究了密码子偏倚模式、影响密码子偏倚的因素以及密码子偏倚的驱动力量等,试图从这些方面加深对鸟类基因组的理解。结果显示,物种密码子偏倚模式的分层聚类结果与物种间亲缘关系联系不大,而与密码子第三位碱基组成、tRNA基因拷贝数相关。密码子偏倚强的基因往往具有基因长度较短、密码子第三位碱基的GC含量(GC3)高的特性,而且GC3是影响密码子偏倚的关键因素。通过非编码区估计突变偏倚的强度,解析突变偏倚和选择约束对密码子使用的相对作用大小,发现密码子第三位碱基组成受到极强的突变偏倚以及同方向的自然选择的共同作用。