秀珍菇全基因组SSR位点分析及其在遗传多样性评估中的应用

利用GenBank数据库中秀珍菇(Pleurotus pulmonarius)的全基因组序列进行简单重复序列(SSR)位点挖掘。在秀珍菇PM_ss5基因组中共检测出2348个SSR位点,相对丰度为平均1 Mb中含有59个SSR位点;所有SSR位点中,以二核苷酸SSR为主(51.8%),三核苷酸SSR次之(27.7%);经鉴定的秀珍菇SSR位点包含141种碱基基序,优势碱基基序为GA/TC、CT/AG;SSR长度变化范围为10~156 bp,其中,10~15 bp的SSR位点占比为77.2%;在秀珍菇和其他4种侧耳属真菌基因组中,都是以短核苷酸SSR为主,秀珍菇二核苷酸SSR占比高于其他侧耳属菌株;利用筛选的53对多态性引物对18个秀珍菇菌株进行遗传多样性分析,结果发现参试菌株表现出中度遗传多样性,平均Shannon信息指数为0.38,平均Nei’s基因多样性为0.23,平均有效等位基因数为1.35。