人类线粒体DNA中碱基缺失/插入的真伪能否从世系的系统发育关系来推断?

从线粒体DNA世系的系统发育关系角度来说,稀少的点突变在多个不同世系(或者说单倍型类群)中出现,就很有可能是错误的,这条对mtDNA序列中观察到的稀少的点突变进行检验的经验是否对序列中出现的碱基缺失/插入也适用,目前未见报道,本研究中统计了国内50个不同人群2352个个体mtDNA序列中出现的一些稀少的碱基插入/缺失事件,结果显示,除去单倍型类群特征性或相关性的碱基缺失/插入外,mtDNA序列中的碱基插入/缺失事件,特别是发生的位置上含有该突变碱基(碱基对)重复的时候,基本上不能通过世系系统发育关系来判别其准确性,对于研究中偶尔观察到的个别稀少的碱基插入/缺失事件,建议进行独立多次的序列测定予以核实。

鲢InDel-RFLP标记开发及其在连锁图谱构建中的应用

基于随机测序的鲢(Hypophthalmichthys molitrix)基因组片段,尝试开发基于InDel的限制性片段长度多态性标记(InDel-RFLP)。结果显示:共133个片段中,65个在一个野生鲢群体(该野生鲢群体采自长江流域荆州段,31个个体)中表现多态性。共检测到163个等位基因,每位点等位基因数从2到4不等,平均2.5个。65个多态性标记中,有35个被添加到鲢SSR-AFLP性别平均连锁图谱上。长约2 kb的片段比长约1 kb的片段更适用于InDel-RFLP标记开发。设计特异引物,扩增基因组片段,用4种限制性内切酶(BsuR I、Hha I、Taq I和Vsp I)之一切成适宜聚丙烯酰胺凝胶电泳分离的小片段,电泳分离、银染分型。该标记系统避免了对InDel精确定位的困难,通过高分辨PAGE分型,可为鲢连锁图谱构建和性状定位提供丰富的标记位点。