D18S51基因座等位基因侧翼序列四碱基缺失3例

3例无关人员口腔拭子经DNA提取后采用AGCU EX20、AGCU EX30、VeriFiler Plus和PowerPlex?21四种试剂盒检测,同一样本在D18S51基因座获得了相差1个重复单元的两种等位基因分型。本文利用Sanger测序法分别对上述3例人员样本的D18S51基因座及上下游区域进行检测。经序列比对,发现3个样本的基因组中D18S51基因座下游chr18:63281892-63281895位置均存在[GTTT]的四碱基缺失。建议针对D18S51基因座设计引物时,应选择在上述碱基缺失位置上游区域进行。

Rb1基因第16内含子内21个碱基缺失1例

目地研究双眼视网膜母细胞瘤患者Rb1基因杂合性突变的分子生物学特性。方法应用PCR—SSCP直接测序技术检测双眼视网膜母细胞瘤患者白细胞DNA中Rb1基因杂合性突变。结果50例证实有Rb1基因杂合性突变的病例中有1例发生于第16内含子中可以用3种定位方法解释、具有相同序列的21个碱基缺失。结论这种极为少见的Rb1基因突变方式可能是由于破坏了正常拼接位点的结构而激活了“隐蔽拼接位点”，导致异常的Rb1基因mRNA产生或由此影响整个拼接过程。

合成引物碱基缺失造成木聚糖酶的移码突变

黑曲霉木聚糖酶xynⅢ酶分子改造时,常出现引物碱基缺失造成扩增基因移码突变.本研究将xynⅢ克隆入表达载体pET20b,分析移码突变酶C-端氨基酸序列,探讨了该碱基缺失突变的检测方法.引物中缺失1或2 bp碱基时,扩增基因产生2种移码突变酶,分别在正常酶分子C-端增加30或12个氨基酸,比正常酶分子质量分别增加6或2 ku;而缺失3 bp碱基时不产生移码突变,只比正常酶分子少1个氨基酸,含有6个H is标签;通过SDS-PAGE可将移码突变酶与正常酶分子分开,从而将移码突变基因与正常基因分开,这个理论与DNA测序结果完全吻合.同时发现2 bp碱基缺失突变是1 bp碱基缺失突变的2倍,分析了其产生原因.最后,提出了避免引物中碱基缺失移码突变发生的预防措施.

荧光小分子2-氨基-7-甲基-1,8-萘啶与存在碱基缺失损伤的dsDNA相互作用的研究

采用光谱法研究了小分子2-氨基-7-甲基-1,8-萘啶与存在单碱基缺失损伤的dsDNA的相互作用。紫外-可见光谱显示小分子与dsDNA结合后,其位于330nm处的吸收峰降低并在350nm处产生了新的吸收峰,表明二者有强烈的相互作用。dsDNA的圆二色光谱表明相互作用导致dsDNA的构象发生了变化。

CCR5基因32个碱基缺失突变的分子流行病学调查

目的 调查蒙古、藏、维吾尔、壮、彝、傣族 6个少数民族人群 CCR5 -Δ3 2等位基因的突变率和 CCR5基因在细胞表面的表达 ,及其在汉族人群中的分布状况。方法 每个民族抽取 1 0份标本 ,采用全血基因组 DNA提取方法提取DNA,运用 PCR法检测 CCR5 -Δ3 2等位基因突变率和流式细胞术检测 CCR5基因在细胞表面的表达 ,运用 One-wayANOVA( SPSS 1 0 .0 )进行统计学分析。结果 70份不同民族标本中 ,发现 1例杂合子 (维吾尔族 ) ,其余均为野生型纯合子。傣族人群的 CD3 + CCR5 + 和 CD4+ CCR5 + 表达百分数明显高于其他 6个民族 ( P<0 .0 1 )。结论 7个民族人群中 CCR5 -Δ3 2等位基因突变率很低 ,提示该人群对嗜巨噬细胞的 HIV-1感染的遗传易感性较强 ,尤以傣族人群更易感。

一例由α_(1,2)岩藻糖基转移酶基因两碱基缺失引起的类孟买型血型

目的 研究类孟买型血型的分子基础。方法 采用血清学方法鉴定个体的红细胞表型 ,用聚合酶链反应 ( polymerase chain reaction,PCR)扩增类孟买型表型个体的 ABO基因第 6、7外显子、α1 ,2 岩藻糖基转移酶基因编码区序列和 Se基因编码区序列 ,PCR产物经割胶纯化后直接进行测序分析。结果 类孟买型的α1 ,2 岩藻糖基转移酶基因核苷酸第 5 4 7～ 5 5 2位中的两碱基 AG缺失 ( CAGAGAG→ CAGAG) ,导致阅读框架发生移码 ,提前形成终止密码。先证者父母为杂合缺失携带者。结论 α1 ,2

人类线粒体DNA中碱基缺失/插入的真伪能否从世系的系统发育关系来推断?

从线粒体DNA世系的系统发育关系角度来说,稀少的点突变在多个不同世系(或者说单倍型类群)中出现,就很有可能是错误的,这条对mtDNA序列中观察到的稀少的点突变进行检验的经验是否对序列中出现的碱基缺失/插入也适用,目前未见报道,本研究中统计了国内50个不同人群2352个个体mtDNA序列中出现的一些稀少的碱基插入/缺失事件,结果显示,除去单倍型类群特征性或相关性的碱基缺失/插入外,mtDNA序列中的碱基插入/缺失事件,特别是发生的位置上含有该突变碱基(碱基对)重复的时候,基本上不能通过世系系统发育关系来判别其准确性,对于研究中偶尔观察到的个别稀少的碱基插入/缺失事件,建议进行独立多次的序列测定予以核实。

根据牙釉蛋白基因内含子碱基缺失扩增检测X、Y同源序列鉴定性别的研究

作者根据ｘ、ｙ同源的Ａｍｅｌｏｇｅｎｉｎ第一内含子在ｘ染色体有６ｂＰ缺 失，设计一对引物扩增检测性别。并用ＰＡＧＥ电泳、银染显带检测扩增产物。 ｘ、ｙ染色体分别扩增出 １０６ｂＰ及１１２ｂＰ的特异性谱带。该方法在国内首次报 道，灵敏度高，可对１０ｐｇ的 ＤＮＡ．２ｍｍ２血痕提取ＤＮＡ溶液的 １／１０作出性别鉴 定；实用性强、对来自人体的各类检材、腐败、降解及陈旧检材有效，室温放置１６ 年的血痕也可作出性别鉴定。

HLA-DQB1*03:90N碱基缺失的序列分析及确认

目的确认人类白细胞抗原罕见等位基因HLA-DQB1*03:90N的序列,探讨检测方法,以提高HLA分型的准确性。方法采用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(sequence-specific oligonudeotide probe,SSOP)对2018年中国造血干细胞捐献者资料库深圳分库登记的2265例造血干细胞捐献者进行HLA分型检测,针对1例HLA-DQB1罕见等位基因进一步选择聚合酶链反应-直接测序分型(sequence-based tying,SBT)技术和基于Ion Torrent S5平台的二代测序(next generation sequencing,NGS)分析技术进行确认。结果HLA-DQB1位点SSOP分型结果显示为罕见等位基因,经SBT复核发现序列在第2外显子疑似插入或缺失,最后通过NGS确认结果为DQB1*03:90N,DQB1*06:01。结论经SSOP法检测得到的罕见等位基因不能轻易排除,应借助多种方法复核确认,保证HLA基因分型结果的准确性。罕见等位基因或新等位基因序列存在碱基缺失,采用二代测序技术可能得到更准确的结果。

中国民族人群线粒体DNA 9bp序列缺失的分布

采用PCR-PAGE方法,对16个少数民族群体和9个地区的汉族群体共1521人进行了线粒体基因组COII和tRNA^(lys)基因间非编码序列中串联重复的9 bp序列缺失情况的检测.贵州苗族、布依族的缺失频率在所研究的民族人群中最高,分别达到32.4％和30.8％,云南佤族、拉祜族和新疆维吾尔族、蒙古族频率相当低(≤4％),新疆哈萨克族群体中未检测到缺失类型,而其他群体的频率表现为中等或较低(6％～24％).除新疆汉族、贵州汉族和报道的台湾汉族外,其他各地汉族群体间缺失频率差异不大;有些来自同一地区或共同历史起源的民族群体的缺失频率没有表现出相近的分布趋势.总体上南方的、沿海的民族群体比北方的、内地的群体表现出较高的缺失频率.综合统计已报道的和此次研究的中国人群的9 bp缺失频率约为17.20％.另外,还在4个个体中检测到并经测序证实存在9 bp的3个重复;在随机抽样选择测定的有缺失和没有缺失的27个个体中,仅在1例中发现有报道的X.Ⅱ型9 bp模式.

科技动态

我国科学家创制紧凑型葫芦科植物。日前,中国农业科学院蔬菜花卉研究所蔬菜功能基因组团队联合其他单位,创制出葫芦科瓜类作物的全新紧凑株型。研究团队在南瓜种质库中找到唯一一份由显性单基因控制的矮化种质。遗传验证揭示,南瓜CmoYABBY1基因的5’非翻译区上的一段76个碱基缺失,通过增强CmoYABBY1的蛋白翻译水平,使得南瓜主茎极度缩短。

有和无甘油的聚丙烯酰胺胶在检测突变时的差别

有文献报道在非变性的聚丙烯酰胺中加入甘油可提高SSCP检测的灵敏度。我们的实验结果建议研究者在进行SSCP筛查未知突变时最好采用不加甘油的非变性的聚丙烯酰胺胶 ,这既省力省钱 ,又灵敏。在判读SSCP胶时 ,千万不要看到在双链带位置有一条比正常迁移率慢的带就判定为插入突变。此时要判定突变的性质 ,最好测序。

同源四倍体水稻籼型突变体Wx基因序列分析及特异识别分子标记的建立

同源四倍体水稻突变株D4063-1直链淀粉含量比来源二倍体明恢63下降一半,即其直链淀粉含量为5.23%。为研究其直链淀粉含量下降的原因,根据普通水稻Wx基因设计引物,扩增测序获得了D4063-1Wx基因的全序列,并与已报道的Wx基因进行比对分析;同源四倍体水稻D4063-1Wx基因最显著变化为在外显子序列中发生碱基缺失,导致移码突变,在第9外显子终止密码子提前出现。D4063-1Wx基因碱基位点的变化还导致其序列上酶切位点的变化,对常用限制性内切酶位点分析结果表明,同源四倍体水稻相对于籼稻和粳稻多了2个sphⅠ酶切位点,相对于粳稻减少了6个AccⅠ,增加了4个XbaⅠ,1个XhoⅠ,1个PstⅠ和1个SalⅠ酶切位点。聚类分析表明D4063-1Wx基因序列与籼稻亲源关系较近,由此推测D4063-1Wx基因来源于籼稻的Wxa基因型。另外,根据D4063-1Wx基因的碱基差异,推测D4063-1Wx基因外显子碱基变化导致的RNA加工障碍是其直链淀粉降低的主要原因,并可能与其米饭较软等品质相关。本研究还根据D4063-1和籼稻、粳稻的序列差异及D4063-1在该片段上的特征序列位点设计了用于识别D4063-1的寡核苷酸片段,并作为PCR反应的引物命名为AUT4063-1,将该引物与作者设计的扩增普通籼稻、粳稻Wx基因的引物F5配合使用,建立了识别D4063-1的显性和共显性两种检测方式的分子标记,为快速、准确鉴别低直链淀粉含量突变体D4063-1创造了条件。

HBV DNA整合与肝癌关系的研究进展

乙型肝炎病毒(HBV)与人基因组整合在肝细胞癌发生和发展过程中发挥关键作用。目前研究表明,HBV包含编码表面(S)、核心(C)、聚合酶(P)和X蛋白的4个开放阅读框(ORF),均可以形成断裂位点整合到人基因组,其整合率从高至低依次是X区、S区、C区和P区。HBV在人染色体上的整合位点并非随机分布,而是存在与肝癌相关的潜在优势整合位点,这些优势整合位点附近的基因常常涉及到细胞生长、增殖、分化和永生化。HBV DNA整合入人基因组后,通过影响整合位点周围基因功能、形成具有致癌作用的HBV截短蛋白以及增加人染色体的不稳定性促使肝细胞的癌变。

中国南方汉族人群KIR基因多态性的研究

目的探究中国南方汉族人群自然杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)基因的多态性及基因型和单体型特点,为KIR及KIR-HLA组合型多态性与疾病的关联研究提供基础数据资料。方法采用PCR-SSP方法对503名非亲缘关系的南方汉族个体进行KIR基因检测,依据Allele Frequency Net Database的国际标准对其进行基因型和单体型分析。根据第5外显子是否存在22bp碱基缺失,2DS4进一步分为2DS4-normal和2DS4-deleted等位基因。结果在检测的503份标本中,检出了目前已知的所有KIR框架基因,

Mtr调控基因突变介导淋球菌耐受曲拉通的研究

目的研究mtr基因调控序列突变与曲拉通耐受的关系。方法采用药敏试验测定曲拉通对淋球菌的MIC值,选择5株MIC大于30μg/ml的菌株进行PCR扩增mtr调控基因部分碱基并进行测序。结果5株菌均发生了A/T单个碱基的缺失。结论mtr调控基因区域中A/T缺失可引起淋球菌对曲扭通等脂溶性物质的耐受。

ABO变异型B311亚型的鉴定及家系分析

目的分析1例儿童B 311亚型的血清学特征及分子生物学机制,并探讨其家系遗传规律。方法先证者及其2例家系成员的ABO血型表型采用血清学方法测定,通过ABO基因第1-7外显子和启动子5'UTR区的测序分析来确定基因型。结果3例家系成员中有2例亚型,其中1例为AB 311亚型,1例为B 311亚型,其基因型分型分别为ABO*A 1.02/B 311和B 311/ABO*O.01.01。先证者基因序列分析显示,与ABO*B.01相比,B 311存在启动子5'UTR区-35到-18的碱基缺失。结论B 311等位基因序列启动子5'UTR区-35到-18碱基的缺失,可能降低启动子的活性,从而导致了B抗原表达减弱。

A亚B亚1例

ABO亚型是指同一种血型抗原,但性质上有一定的差异,它是由于红细胞糖基转移酶基因第6和7外显子的点突变或单碱基缺失等原因,降低或改变了酶的活性,导致A或B抗原的弱表达,定型时可能被错误定型,给血型鉴定和交叉配血带来一定的困难.笔者在血型鉴定中发现一例患者ABO血型正定型为A型,反定型与Bc发生弱凝集.经进一步实验证实为A亚B亚,现报告如下：