76种细菌DNA双链碱基使用频率的比较及其意义

应用生物信息学方法 ,对已完成测序的 76种细菌基因组进行比较 ,分析细菌基因组中编码区及密码子上碱基使用频率情况。结果显示 :1 先导链与滞后链上在编码区的碱基使用频率无明显差异且显著正相关。 2 先导链与滞后链在第一、第二、第三密码子碱基使用频率基本一致且显著正相关。结果表明 ,选择压力及自然突变对DNA双链总体碱基分布的影响相等。

核糖体蛋白基因转录起始位点附近碱基信息分析

对核糖体蛋白基因和其它基因的转录起始位点附近序列的单个和双碱基的使用频率进行统计分析,抽提出核糖体蛋白基因中富含的元素;利用层次分析法计算出核糖体蛋白基因单个和双碱基在转录起始位点附近出现频率的位置权重,进而得出可能有利于核糖体蛋白基因转录的元素.

中国民族人群线粒体DNA 9bp序列缺失的分布

采用PCR-PAGE方法,对16个少数民族群体和9个地区的汉族群体共1521人进行了线粒体基因组COII和tRNA^(lys)基因间非编码序列中串联重复的9 bp序列缺失情况的检测.贵州苗族、布依族的缺失频率在所研究的民族人群中最高,分别达到32.4％和30.8％,云南佤族、拉祜族和新疆维吾尔族、蒙古族频率相当低(≤4％),新疆哈萨克族群体中未检测到缺失类型,而其他群体的频率表现为中等或较低(6％～24％).除新疆汉族、贵州汉族和报道的台湾汉族外,其他各地汉族群体间缺失频率差异不大;有些来自同一地区或共同历史起源的民族群体的缺失频率没有表现出相近的分布趋势.总体上南方的、沿海的民族群体比北方的、内地的群体表现出较高的缺失频率.综合统计已报道的和此次研究的中国人群的9 bp缺失频率约为17.20％.另外,还在4个个体中检测到并经测序证实存在9 bp的3个重复;在随机抽样选择测定的有缺失和没有缺失的27个个体中,仅在1例中发现有报道的X.Ⅱ型9 bp模式.

几种模式生物基因组中最适密码对和稀有密码对使用的规律性

以6种模式生物基因组为样本,从密码对的碱基组成及密码子的使用两方面,分析了最适密码对与稀有密码对的使用。结果显示:6种生物的最适密码对rP双碱基TA出现的频数都是最低的,而出现频率最大的双碱墓对于古菌、细菌、真核是不同的;稀有密码对中双碱基TA出现的频数却是最高的,而出现频率最低的双碱基刘·于古菌、细菌、真核是不同的。这说明双碱基的分布与密码对的偏好性有很强的相关性,同时也与基因组进化存在关联。另外,我们也分析了本文的6种生物编码序列叶,最适密码对与稀有密码对的出现频数与密码了的相对使用频率的关系,发现密码对的出现频数与其密码子的使用存在相关性。