肠杆菌目细菌常见碳青霉烯酶耐药基因多重PCR检测方法的建立及应用评价

目的探讨多重PCR检测5种常见肠杆菌目细菌碳青霉烯酶耐药基因方法的建立及应用评价。方法收集临床分离对碳青霉烯类药物耐药的非重复肠杆菌目细菌118株和对碳青霉烯类药物敏感的肠杆菌目细菌9株,以普通PCR检测blaKPC,blaNDM,blaVIM,blaIMP,blaOXA-48-like结果为参考。采用碳青霉烯酶抑制剂增强试验对试验菌株进行碳青霉烯酶表型检测;构建多重PCR检测5种常见碳青霉烯酶耐药基因。对多重PCR、抑制剂增强试验与普通PCR检测肠杆菌目细菌耐药的灵敏度、特异度和准确度进行比较。结果与普通PCR相比,多重PCR灵敏度为88.54%,特异度为100.00%,κ值为0.79;抑制剂增强试验灵敏度为92.71%,特异度为93.55%,κ值为0.81。在CRE的检测中,虽然多重PCR检测的灵敏度稍低于碳青霉烯酶抑制剂增强试验,但其在特异度上更具优势;二者在阳性率检测上比较差异无统计学意义(P>0.05),检测一致性良好(κ=0.63)。结论该研究成功构建多重PCR体系,能快速、准确检测肠杆菌目细菌中5种常见碳青霉烯酶耐药基因,与临床现行的碳青霉烯酶抑制剂增强试验相比,二者对肠杆菌目细菌耐药检测具有良好的一致性,能极大缩短检测时间。

病房鲍曼不动杆菌气溶胶检测及其携带OXA型碳青霉烯酶耐药基因分析

目的耐碳青霉烯耐药鲍曼不动杆菌为最受关注的医院获得性感染病原体。本研究通过对医院病房环境中气载鲍曼不动杆菌的检测,确定鲍曼不动杆菌气溶胶的形成,进一步鉴定鲍曼不动杆菌气源性分离株的耐药表型和耐药基因,分析病房环境气溶胶中的耐药性及OXA型碳青霉烯酶耐药基因的携带情况。方法2017年6-12月利用ANDERSEN-6级空气收集器定期收集ICU病房、呼吸内科及其走廊环境中的气载鲍曼不动杆菌;采用K-B法检测其对常用13种抗生素的敏感性;利用多重PCR扩增OXA型碳青霉烯酶耐药基因。结果共分离到非重复鲍曼不动杆菌16株,在显微镜下呈紫色,菌体球杆状,无鞭毛;8株来源于ICU病房,5株来源于呼吸内科病房。16株鲍曼不动杆菌,对头孢曲松钠、环磷酰胺、环丙沙星和亚胺培南的耐药率接近90%,对甲氧苄氨嘧啶/新诺明、庆大霉素和他唑巴坦的耐药率为81.25%,而对阿米卡星、头孢吡肟和头孢他啶的耐药率分别为75.00%、68.75%和62.50%,对氨苄青霉素/舒巴坦、美罗培南的耐药率分别为50.00%和43.50%。耐药基因检测结果显示,16株菌中都携带有OXA-51,除分离株15外其他15株分离菌都携带OXA-23,另外两种耐药基因均未检出。结论耐药鲍曼不动杆菌中存在气溶胶,病房环境中气载鲍曼不动杆菌多重耐药比较严重,OXA-23和OXA-51是其耐碳青霉烯酶类药物的重要机制。

耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌耐药基因分析

目的对武汉大学中南医院耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌(Carbapenem resistant Enterobacteriaceae,CRE)进行耐药性及基因分析,为CRE感染提供依据。方法采用WHONET5.6软件对CRE菌株进行耐药分析;改良Hodge试验对53株CRE菌株采用亚胺培南、厄他培南和美洛培南三种药敏纸片进行表型筛选;对31株CRE进行耐药基因分析。结果53株CRE中,肺炎克雷伯菌34株占64.15%,大肠埃希菌12株占22.64%,阴沟肠杆菌7株占13.21%;Hodge试验阳性菌株有31株,占58.49%(31/53),亚胺培南、厄他培南和美罗培南三种药敏纸片的Hodge试验结果一致;31株CRE中,扩增出blaKPC基因的菌株有29株,占93.55%,blaNDM基因有9株,占29.03%,blaKPC和blaNDM两种基因同时含有的菌株是8株,占25.81%,未扩增出blaIMP,blaOXA和blaVIM耐药基因。结论 31株耐碳青霉烯类肠杆菌主要耐药机制携带KPC和NDM型碳青霉烯酶基因;重症医学科和呼吸内科病房检出的CRE主要是肺炎克雷伯菌,其耐药基因型主要是KPC型,干部病房CRE主要是大肠埃希菌,其耐药基因型主要是KPC和NDM的混合型。

耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌的耐药基因分析

目的了解太仓市第一人民医院碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌(Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE)对常用抗菌药物的敏感性及常见碳青霉烯类耐药基因的流行。方法收集2017年1-12月临床分离的全部CRE菌株,微量肉汤稀释法测定CRE对常用抗菌药物的敏感性;聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)特异性扩增blaKPC、blaNDM、blaIMP、blaVIM和blaOXA基因,扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳和测序分析,经BLAST比对确定耐药基因的基因型。结果共收集到54株CRE菌株,主要为肺炎克雷伯(57.4%,31/54)、阴沟肠杆菌(16.7%,9/54)、大肠埃希菌(14.8%,8/54)。药敏试验结果表明54株CRE菌株除了对多粘菌素、替加环素、阿米卡星的耐药率分别为0、3.7%、33.3%以外,对其他临床常用抗菌药物耐药率高达50.9%~100%;基因扩增结果表明57.4%(31/54)的菌株检出blaKPC基因;5.5%(3/54)的菌株检出blaNDM基因;其他基因未检出。结论CRE对多黏菌素和替加环素之外的大多数临床常用抗菌药物呈高度耐药;产KPC型碳青霉烯酶是CRE对碳青霉烯类抗菌药物耐药的主要耐药机制,基因型主要为blaKPC-2。

北京与银川两家医院耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌的流行特征研究

目的调查研究北京与银川两家医院耐碳青霉烯类肠杆菌(carbapenem-resistance Enterobacteriaceae,CRE)的流行病学特征,为CRE的临床诊治及其传播控制提供依据。方法收集2008年1月至2017年12月间北京地区解放军302医院及银川地区宁夏医科大学总医院的临床标本中分离的CRE,分析其流行趋势、标本来源、病原特点及基因型组成,探讨CRE的流行病学特征。结果两地区10年间分离鉴定出266株CRE,呈上升趋势,北京地区CRE检出率由2008年为0.45%上升到2017年的5.84%;银川地区CRE检出率由2008年的0.26%上升到2017年的3.1%。CRE感染患者以男性为主(159例,59.77%),主要来自重症监护病房(intensive care unit,ICU)70例(26.31%)。北京与银川两家医院分离出CRE的主要标本为痰液(29.4%与26.3%),血液(18.4%与6.5%)和尿液(10.5%与19.7%),血液和尿液标本占比差异显著(P=0.015和0.045)。北京与银川两家医院CRE菌株以克雷伯菌属(66.32%和44.74%)、埃希菌属(20.00%和9.21%)及肠杆菌属(7.89%和36.84%)为主,差异均具有统计学意义(比较P值分别为0.0012、0.0340和0)。266株CRE总体对碳青霉烯类和头孢类抗生素的耐药率较高,对其他类抗生素包括磷霉素和左氧氟沙星的耐药率达到80%以上,对阿米卡星的耐药率近60%;对头孢他啶/阿维巴坦的耐药率为42.86%,耐药率较低的包括替加环素(4.51%)和多黏菌素B(4.14%);北京地区CRE对阿米卡星和左氧氟沙星的耐药率显著高于银川地区。北京地区的blaKPC在克雷伯菌、埃希菌属和肠杆菌属中均占绝对优势(93.75%、61.9%和80%),而blaNDM仅在埃希菌属中检测到;银川地区均以blaNDM基因为主,三个菌属中占比分别为36%、74%和85.71%,两地碳青霉烯酶耐药基因分布差异明显(P=0)。结论北京与银川两地区的CRE菌株流行呈增长趋势,在标本来源、病原特点、碳青霉烯酶耐药基因分布等方面特征鲜明,临床应根据本地区的CRE流行特点采取针对性治疗。

耐碳青霉烯类肠杆菌198株临床分离株耐药性及其耐药基因

目的分析耐碳青霉烯类肠杆菌(CRE)耐药现状并检测其相关耐药基因,为临床治疗CRE感染,合理使用抗菌药物提供参考。方法收集复旦大学附属中山医院2020年1月-2021年12月患者临床标本分离的耐碳青霉烯类肠杆菌非重复分离株共198株,使用肉汤微量稀释法检测分离株对临床常用的抗菌药物的最低抑菌浓度,并通过聚合酶链反应对CRE的碳青霉烯酶进行相关耐药基因的检测。结果198株CRE菌株中,165株产blaKPC占83.33%,20株产blaNDM占10.10%,3株产blaIMP占1.52%,还有2株同时产blaKPC+NDM占1.01%。本研究中产丝氨酸酶的CRE菌株对头孢他啶/阿维巴坦(CZA)敏感率为100.00%,产金属酶的CRE菌株对CZA敏感率为0,此外CRE对黏菌素和替加环素的敏感率均>90%。结论和其他临床常用抗菌药物相比,黏菌素和替加环素对产碳青霉烯酶的肠杆菌目细菌具有较好的体外抗菌活性,此外头孢他啶/阿维巴坦对产丝氨酸酶的CRE菌株也具有较好的抗菌活性。

院内多重耐药鲍曼不动杆菌分子流行病学特征研究

目的探讨某三级医院4年间多重耐药鲍曼不动杆菌(MDRAB)的分子流行病学特征。方法对2013—2016年4年间某院临床筛选出的51株MDRAB用PCR法检测碳青霉烯酶基因,多位点序列分型(MLST)鉴定菌株之间的亲缘关系。结果51株MDRAB100%都携带blaOXA-51型碳青霉烯酶基因,94.12%携带blaOXA-23型碳青霉烯酶基因。MLST分析发现有3种已报道的STs,依次为ST191(52.94%)、ST208(31.37%)和ST136(15.69%),它们都属于克隆复合体CC92。其中4年间ST208在医院内持续性的播散,ST191和ST136在不同时间段间断性的播散。结论该院各时间段分离的MDRAB都发生过相同ST克隆株的暴发流行,警示医院应加强预防院内感染暴发。

湖北省肺炎克雷伯菌耐药性及高毒力荚膜血清分型研究

目的 探讨湖北省肺炎克雷伯菌(KP)高毒力荚膜血清分型及碳青霉烯酶耐药基因携带情况。方法 收集湖北省2019-2020年58家医院临床分离的疑似KP菌株,以基质辅助激光解吸飞行时间质谱仪初筛,全自动生化鉴定仪复核鉴定。采用微量肉汤稀释法进行药敏试验,多重PCR进行高毒力荚膜血清分型,PCR扩增法检测碳青霉烯酶耐药基因。结果 收集的326株疑似菌株均为KP,标本来源于体液(血液、胸腔积液、脑脊液、腹水)及其他部位的KP对三代头孢菌素、碳青霉烯类抗菌药物的药敏试验结果差异无统计学意义(P>0.05)。对碳青霉烯类抗菌药物耐药的KP检出率高达19.02%(62/326)。碳青霉烯酶耐药基因KPC检出率为10.74%(35/326),NDM为1.23%(4/326),其中2株同时携带KPC和NDM基因。高毒力荚膜血清分型以K2型为主,检出率为11.04%(36/326),其他检出率依次为K57型的5.21%(17/326)、K54型的1.84%(6/326),未检出K1型。有7株高毒力荚膜型KP同时携带KPC耐药基因。结论 湖北省KP对多种抗菌药物耐药且耐药率呈上升趋势,并出现了携带KPC耐药基因的高毒力KP,在临床诊疗中必须加强对耐碳青霉烯类KP的监测,结合细菌耐药性合理选择抗菌药物。

某院院内耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌分子流行病学研究

目的研究本院某段时间分离的耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌(CRAB)的分子流行病学特征,为医院感染的防控提供依据。方法对2015年10月至2016年2月本院临床分离的55株CRAB,采用多位点序列分型(MLST)分析菌株之间的克隆关系。采用PCR法筛选碳青霉烯酶基因和消毒剂基因qacE△1。结果 55株CRAB共检出6种已报道的STs,依次为ST208(38.2%)、ST369(25.5%)、ST195(20%)、ST451(10.9%)、ST195(3.6%)和ST381(1.8%)。碳青霉烯酶基因OXA-51和OXA-23均为阳性,96.4%(53/55)菌株携带qacE△1基因。90%以上样本分离自本院各重症监护病房患者的痰液。结论本院该时间段分离的CRAB发生过克隆株流行,产OXA-23 ST208、ST369和ST195型CRAB为本院主要的流行克隆株。

REP-PCR对医护人员鼻腔中鲍曼不动杆菌分离株的溯源分析

目的对医护人员鼻腔中的鲍曼不动杆菌进行分离鉴定,对其来源和传播途径进行分析。方法用棉拭子采集10名医护人员和10名非医护人员(大学生)鼻腔样品,分离鉴定非重复鲍曼不动杆菌,采用K-B法检测其对13种常用抗生素的敏感性;利用多重PCR扩增OXA型碳青霉烯酶耐药基因;应用基因外重复回文序列REP-PCR对分离株进行分子多样性分析。结果共分离19株鲍曼不动杆菌,其中分离自医护人员鼻腔12株,分离自非医护人员鼻腔7株。K-B法检测Ab的耐药性,医护人员鼻腔分离株对环丙沙星(CIP)、亚胺硫霉素(IPM)、头孢曲松(CRO)、环磷酰胺(CTX)和新诺明(SXT)耐药率均≥41.7%,非医护人员分离株耐药率均≤3%;耐药基因检测19株菌中都携带OXA-51基因,且医护人员鼻腔分离株携带OXA-23菌株数多于非医护人员鼻腔分离株。另外两种未检出耐药基因(OXA-24和OXA-58)。REP-PCR显示,医护人员鼻腔分离株、非医护人员鼻腔分离株Ab的8种基因型(A-H)中同源性≥90%的有33株菌,占94.29%(33/35)。结论鲍曼不动杆菌不仅能通过直接接触传播,也可能存在气源性传播途径。