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基于癌症多组学数据库深度解析磷酸甘油激酶1在肝细胞癌中的表达及临床意义 被引量:3
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作者 管成剑 于华婧 +7 位作者 张小东 饶全 张伟涛 刘坤 吴鸿伟 汪栋 张忠涛 郭伟 《解剖学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期744-753,共10页
目的 探讨磷酸甘油激酶1 (PGK1)在肝细胞癌(HCC)发生中的作用以及其潜在的蛋白质翻译后修饰位点,为PGK1作为肝癌诊断生物标志物和防控靶点提供依据。方法 以泛癌的角度,从癌症基因组数据库TCGA中获取10 967份样本资料,利用cBioPortal和U... 目的 探讨磷酸甘油激酶1 (PGK1)在肝细胞癌(HCC)发生中的作用以及其潜在的蛋白质翻译后修饰位点,为PGK1作为肝癌诊断生物标志物和防控靶点提供依据。方法 以泛癌的角度,从癌症基因组数据库TCGA中获取10 967份样本资料,利用cBioPortal和UALCAN肿瘤基因分析工具,探讨PGK1基因在不同肿瘤中的表达情况和预后改变,随后将目标聚焦在肝细胞癌中,分析PGK1在肝肿瘤组织和正常组织间的表达差异;从GEO数据库获取肝癌患者的样本数据,分析PGK1在诱发肝细胞癌发生发展中的潜在作用;同时,通过Real-time PCR、Western blotting实验等从mRNA、蛋白水平分析PGK1在肝细胞癌和癌旁组织中的表达差异,并进行细胞侵袭、增殖实验的功能验证;通过String数据库检索PGK1相关蛋白并进行功能富集分析;最后采用CSS-Palm数据库和生物信息学方法预测PGK1上的蛋白质翻译后修饰位点。结果 PGK1基因在包括肝细胞癌在内的多种实体瘤中异常扩增和过度表达,且PGK1的高表达与肝细胞癌的不良预后相关。PGK1多个位点上存在多种新型表观遗传修饰位点。结论 PGK1与包括肝癌在内的多种癌症的发生发展及糖酵解代谢异常密切相关,表观遗传修饰能够调控PGK1并影响其细胞功能。 展开更多
关键词 磷酸甘油激酶1 癌症 肝细胞癌 生物信息学 糖酵解 预后 免疫印迹法
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长非编码RNA通过调控磷酸甘油激酶1影响肿瘤细胞增殖的研究进展
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作者 苟稼祥 李浈(综述) 符德元(审校) 《现代医药卫生》 2023年第1期112-116,共5页
磷酸甘油激酶1(PGK1)在肿瘤细胞中存在高表达,并通过多种信号转导通路,促进肿瘤细胞的增殖和转移,与其不良预后密切相关。长非编码RNA(lncRNA)具有多样的调控机制,从染色质重塑、转录调控及转录后加工等多个层面对基因表达进行调节。既... 磷酸甘油激酶1(PGK1)在肿瘤细胞中存在高表达,并通过多种信号转导通路,促进肿瘤细胞的增殖和转移,与其不良预后密切相关。长非编码RNA(lncRNA)具有多样的调控机制,从染色质重塑、转录调控及转录后加工等多个层面对基因表达进行调节。既往很多研究表明,lncRNA可通过调控PGK1影响恶性肿瘤细胞的增殖。本文主要就这一核心问题展开综述。 展开更多
关键词 长非编码RNA 磷酸甘油激酶1 肿瘤细胞增殖 综述
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组蛋白H3K27me3沉默子重塑上调胃黏膜高级别上皮内瘤变磷酸甘油醛激酶1表达
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作者 秦苾珺 谭玉婷 +7 位作者 储召乐 刘碧颖 李先锋 王涛 陈东风 崔红娟 吴林育 王斌 《陆军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期597-607,共11页
目的 绘制胃黏膜高级别上皮内瘤变(High-Grade Intraepithelial Neoplasia, HGIN)组织的组蛋白H3K27me3沉默子图谱,寻找沉默子调控的重要靶基因。方法 从本院内镜中心收集HGIN与正常胃黏膜组织各24例,采用H3K27me3染色体靶向切割和标签... 目的 绘制胃黏膜高级别上皮内瘤变(High-Grade Intraepithelial Neoplasia, HGIN)组织的组蛋白H3K27me3沉默子图谱,寻找沉默子调控的重要靶基因。方法 从本院内镜中心收集HGIN与正常胃黏膜组织各24例,采用H3K27me3染色体靶向切割和标签化(Cleavage Under Target&Tagmentation, CUT&Tag)测序技术捕获基因组修饰区域。通过生物信息学分析比较两类组织的沉默子信号特征以及差异;整合RNA测序数据及高通量染色体构象捕获技术(Hi-C)公共数据,分析沉默子重塑调控的靶基因及调控的潜在生物学过程。结果 与正常胃黏膜相比,HGIN组织H3K27me3修饰数量减少,信号强度全局性降低,呈现H3K27me3信号峰重塑现象;转录组差异分析结果显示,与正常胃黏膜组织相比,HGIN共有8 887个差异表达基因,其中表达上调基因4 335个,表达下调基因4 552个,其中CTNNB1等肿瘤发生相关基因显著上调;整合分析表观组学和转录组学数据,发现沉默子丢失可能在转录水平上调氨基酸生物合成、精氨酸与脯氨酸代谢和糖酵解等关键代谢基因,如糖酵解关键酶磷酸甘油醛激酶1(phosphoglycerate kinase1,PGK1)表达,进而促进胃黏膜上皮内瘤变。结论 组蛋白H3K27me3沉默子信号丢失是HGIN表观重塑特征之一,沉默子丢失可能与PGK1等糖酵解和氨基酸代谢基因表达紊乱相关。 展开更多
关键词 胃高级别上皮内瘤变 胃癌 组蛋白修饰H3K27me3 沉默子 磷酸甘油激酶1
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载有磷酸甘油激酶基因启动子的新表达载体的构建以及在发酵性丝孢酵母中启动外源基因的表达研究(英文)
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作者 王萍 江木兰 +3 位作者 张银波 万霞 梁焯 龚阳敏 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期39-46,共8页
利用简并PCR技术从一株丝孢酵母(Trichosporon sp.)中克隆到磷酸甘油激酶基因的部分序列,然后利用染色体步移的方法克隆到了已知片段的上游序列约950bp。通过启动子序列分析软件分析,发现序列中含有启动子所需的必须元件如TATA BOX和CAA... 利用简并PCR技术从一株丝孢酵母(Trichosporon sp.)中克隆到磷酸甘油激酶基因的部分序列,然后利用染色体步移的方法克隆到了已知片段的上游序列约950bp。通过启动子序列分析软件分析,发现序列中含有启动子所需的必须元件如TATA BOX和CAAT BOX等,因此确定克隆到的基因片段含有启动子序列。将潮霉素基因置于该启动子下构建了丝孢酵母整合型表达载体pTFPH,并转化发酵性丝孢酵母(Trichosporon fermentans),转化后的酵母能够在含有潮霉素的抗性选择性平板长出,而未进行转化的对照菌株则不能生长。以上试验证明:丝孢酵母的磷酸甘油激酶基因启动子具有启动异源基因在发酵性丝孢酵母中表达的功能,这个结果为油脂酵母工程菌的构建和开发新的酵母表达宿主奠定了基础。 展开更多
关键词 磷酸甘油激酶启动子 简并PCR 染色体步移 新的表达载体 发酵性丝孢酵母
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华支睾吸虫几种重要蛋白的分子生物学研究进展 被引量:4
5
作者 蒋守富 张述义 +1 位作者 蔡黎 魏梅雄 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期50-54,共5页
关键词 华支睾吸虫 分子生物学 谷胱甘肽S转移酶 半胱氨酸蛋白酶 富脯氨酸抗原 磷酸甘油激酶
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用系统性念珠菌感染小鼠模型评价白念珠菌蛋白Eno1、Bgl2、Pgk1的免疫反应性 被引量:1
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作者 贺政新 陈晶 +4 位作者 王宪灵 冉向阳 安黎云 曾倩 侯天文 《临床检验杂志》 CAS CSCD 2015年第1期37-39,共3页
目的用系统性念珠菌感染小鼠模型评价白念珠菌蛋白烯醇化酶1(Eno1)、β-葡萄糖苷酶2(Bgl2)、磷酸甘油激酶1(Pgk1)的免疫反应性。方法腹腔注射环磷酰胺致小鼠免疫力低下后,再腹腔注射白念珠菌SC5314以制备系统性念珠菌感染小鼠模型... 目的用系统性念珠菌感染小鼠模型评价白念珠菌蛋白烯醇化酶1(Eno1)、β-葡萄糖苷酶2(Bgl2)、磷酸甘油激酶1(Pgk1)的免疫反应性。方法腹腔注射环磷酰胺致小鼠免疫力低下后,再腹腔注射白念珠菌SC5314以制备系统性念珠菌感染小鼠模型;用ELISA法和western blot法分析重组Eno1、Bgl2和Pgk1蛋白与模型小鼠血清抗体的免疫反应性。结果建模小鼠肠系膜边缘有米黄色细小颗粒,腹腔中有菌丝样生长的念珠菌,肾脏中可检测到念珠菌生长。小鼠感染白念珠菌6-8 d后出现抗Eno1、抗Bgl2和抗Pgk1的Ig G类抗体,效价峰值出现在感染后第20-24天。抗Eno1抗体效价最高,其次为抗Pgk1,抗Bgl2最低。Eno1与小鼠血清免疫反应性最强,Bgl2免疫反应性较弱。结论念珠菌可有效刺激小鼠产生抗Eno1、抗Bgl2和抗Pgk1的Ig G类抗体。重组Eno1蛋白免疫反应性最强,可用于后续研究。 展开更多
关键词 烯醇化酶1 β-葡萄糖苷酶2 磷酸甘油激酶1 白念珠菌 免疫反应性
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PGK1在肿瘤中的研究进展
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作者 李钰婵 张薇 +1 位作者 杨淑梅 兀威 《临床医学进展》 2022年第9期8521-8528,共8页
磷酸甘油激酶1 (PGK1)是糖酵解过程中产生ATP的第一个关键代谢酶,参与肿瘤的糖酵解途径。PGK1不仅可以作为一种代谢酶,影响肿瘤生长,也可以通过其非代谢酶功能影响肿瘤细胞的基因表达、能量代谢、分子调控等过程,进而介导肿瘤的生长、... 磷酸甘油激酶1 (PGK1)是糖酵解过程中产生ATP的第一个关键代谢酶,参与肿瘤的糖酵解途径。PGK1不仅可以作为一种代谢酶,影响肿瘤生长,也可以通过其非代谢酶功能影响肿瘤细胞的基因表达、能量代谢、分子调控等过程,进而介导肿瘤的生长、迁移和侵袭,加剧恶性癌细胞生物学特征。本文通过对PGK1的结构、功能及其与肿瘤的关系进行综述,阐明PGK1在肿瘤进展中的重要作用,为靶向PGK1进行药物开发提供理论基础。 展开更多
关键词 磷酸甘油激酶1 糖酵解 肿瘤
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Characterization of transgene integration pattern in F4 hGH-transgenic common carp (Cyprinus carpio L.) 被引量:2
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作者 BoWU YongHuaSUN YanWuWANG YaPingWANG ZuoYanZHU 《Cell Research》 SCIE CAS CSCD 2005年第6期447-454,共8页
The integration pattern and adjacent host sequences of the inserted pMThGH-transgene in the F4 hGH-transgeniccommon carp were extensively studied. Here we show that each F4 transgenic fish contained about 200 copies o... The integration pattern and adjacent host sequences of the inserted pMThGH-transgene in the F4 hGH-transgeniccommon carp were extensively studied. Here we show that each F4 transgenic fish contained about 200 copies of thepMThGH-transgene and the transgenes were integrated into the host genome generally with concatemers in a head-to-tail arrangement at 4-5 insertion sites. By using a method of plasmid rescue, four hundred copies of transgenes fromtwo individuals of F4 transgenic fish, A and B, were recovered and clarified into 6 classes. All classes of recoveredtransgenes contained either complete or partial pMThGH sequences. The class I, which comprised 83% and 84.5%respectively of the recovered transgene copies from fish A and B, had maintained the original configuration, indicatingthat most transgenes were faithfully inherited during the four generations of reproduction. The other five classes weredifferent from the original configuration in both molecular weight and restriction map, indicating that a few transgeneshad undergone mutation, rearrangement or deletion during integration and germline transmission. In the five types ofaberrant transgenes, three flanking sequences of the host genome were analyzed. These sequences were common carpβ-actin gene, common carp DNA sequences homologous to mouse phosphoglycerate kinase-1 and human epidermalkeratin 14, respectively. 展开更多
关键词 transgenic common carp plasmid rescue germline transmission integration pattern.
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多发性子宫平滑肌瘤的克隆性 被引量:17
9
作者 王淑芳 苏勤 +3 位作者 朱少君 刘节 胡灵芝 李东红 《中华病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期107-111,共5页
目的 探讨磷酸甘油酸激酶 (PGK)位点克隆性分析技术对于确定局灶性或结节性病变的克隆组成的意义 ,以及子宫平滑肌瘤的克隆性及多发性肌瘤不同瘤结节之间的关系。方法 提取10 3例子宫平滑肌肿瘤新鲜组织DNA ,HpaⅡ消化 ,巢式聚合酶链... 目的 探讨磷酸甘油酸激酶 (PGK)位点克隆性分析技术对于确定局灶性或结节性病变的克隆组成的意义 ,以及子宫平滑肌瘤的克隆性及多发性肌瘤不同瘤结节之间的关系。方法 提取10 3例子宫平滑肌肿瘤新鲜组织DNA ,HpaⅡ消化 ,巢式聚合酶链反应扩增PGK基因 ,产物经BstⅪ消化后 ,琼脂糖凝胶电泳显示结果。结果  10 3例组织标本中 ,32例 (31% )具有BstⅪ酶切位点的多态性。对其中 2 9例共 89个瘤结节进行了检测 ,显示所有瘤结节均为单克隆性 ;1例多结节的平滑肌肉瘤中 ,检查过的 7个瘤结节均为同一PGK等位基因被灭活 ;而多发性子宫平滑肌瘤不同瘤结节之间的关系较复杂 ,其酶切带型可以完全相同 (8/15 )或大部分相同 (2 /15 ) ,也可以完全不同 (5 /15 )。这种差别与瘤组织核分裂象指数无关。结论 PGK克隆性分析技术可用于确定局灶性或结节性病变的克隆组成 ;子宫平滑肌瘤是单克隆起源 ;多结节的子宫平滑肌瘤可能有各自独立型、局部侵袭型以及二者的混合型三种。 展开更多
关键词 多发性子宫平滑肌瘤 克隆性 磷酸甘油激酶 PGK
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女性结肠多发性腺瘤性息肉的克隆性
10
作者 朱少君 李艳红 +5 位作者 张伟 王旭霞 赵宏喜 巩丽 姚丽 兰淼 《肿瘤学杂志》 CAS 2009年第7期657-660,共4页
[目的]探讨女性结肠多发性腺瘤性息肉不同结节之间的关系。[方法]石蜡切片,HE染色后应用激光显微切割系统进行显微切割并收集目的组织,提取9例结肠多发性腺瘤性息肉DNA,经HhaⅡ消化,巢式PCR扩增,BstⅪ消化后,琼脂糖凝胶电泳显示结果。[... [目的]探讨女性结肠多发性腺瘤性息肉不同结节之间的关系。[方法]石蜡切片,HE染色后应用激光显微切割系统进行显微切割并收集目的组织,提取9例结肠多发性腺瘤性息肉DNA,经HhaⅡ消化,巢式PCR扩增,BstⅪ消化后,琼脂糖凝胶电泳显示结果。[结果]适于分析的息肉结节均为单克隆性增生,而不同息肉结节之间的关系比较复杂,其酶切带型可以完全相同(3/5),也可以完全不同(2/5)。[结论]女性结肠腺瘤性息肉大多数是单克隆性起源,多发性腺瘤性息肉可能有各自独立型以及局部侵袭型两种。 展开更多
关键词 腺瘤性息肉 结肠 克隆性分析 磷酸甘油激酶 X染色体 肿瘤
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扶正消癥汤对老年晚期前列腺癌内分泌治疗患者增效减毒作用的观察
11
作者 陈春雷 徐继国 +3 位作者 楚晨龙 黄天润 张蓓 刘建河 《中国肿瘤临床与康复》 2022年第11期1292-1296,共5页
目的 探讨扶正消癥汤对老年晚期前列腺癌内分泌治疗患者增效减毒的作用及其对血清磷酸甘油醛激酶1(PGK1)及血清淀粉样蛋白(SAA)的影响。方法 选取2019年2月至2021年1月间上海中医药大学附属市中医医院收治的80例晚期前列腺癌患者作为研... 目的 探讨扶正消癥汤对老年晚期前列腺癌内分泌治疗患者增效减毒的作用及其对血清磷酸甘油醛激酶1(PGK1)及血清淀粉样蛋白(SAA)的影响。方法 选取2019年2月至2021年1月间上海中医药大学附属市中医医院收治的80例晚期前列腺癌患者作为研究对象,采用随机数表法分为观察组和对照组,每组40例。所有患者均采取去势以及抗雄性激素治疗,观察组患者在此基础上联合采取扶正消癥汤进行治疗,两组患者均治疗4个月。对两组患者的治疗效果、国际前列腺症状评分(IPSS)、PGK1、SAA水平及生活质量进行比较。结果 治疗后,两组患者的中医症状评分均降低,且观察组患者的潮热、性欲降低、勃起障碍、腰膝酸软、疲倦乏力、下肢浮肿、口干咽燥、焦虑易怒、舌淡或红、苔白以及脉沉积等情况评分均低于对照组,差异均有统计学意义(均P<0.05)。两组患者的IPSS评分、PGK1及SAA均降低,且观察组患者的IPSS评分、PGK1和SAA均低于对照组,差异均有统计学意义(均P<0.05)。两组患者的最大尿流率(Qmax)、残余尿量(RUV)以及生活质量评分(QOL)均改善,且观察组患者的Qmax高于对照组,RUV、QOL低于对照组,差异均有统计学意义(均P<0.05)。结论 老年晚期前列腺癌内分泌治疗患者联合扶正消癥汤进行治疗,患者的血清PGK1、SAA均下降,减毒效果显著。 展开更多
关键词 晚期 前列腺肿瘤 扶正消癥汤 减毒 血清磷酸甘油激酶1 血清淀粉样蛋白
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Metabolic engineering and flux analysis of Corynebacterium glutamicum for L-serine production 被引量:15
12
作者 LAI ShuJuan ZHANG Yun +4 位作者 LIU ShuWen LIANG Yong SHANG XiuLing CHAI Xin WEN TingYi 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 2012年第4期283-290,共8页
L-Serine plays a critical role as a building block for cell growth, and thus it is difficult to achieve the direct fermentation of L-serine from glucose. In this study, Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 was engine... L-Serine plays a critical role as a building block for cell growth, and thus it is difficult to achieve the direct fermentation of L-serine from glucose. In this study, Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 was engineered de novo by blocking and at- tenuating the conversion of L-serine to pyruvate and glycine, releasing the feedback inhibition by L-serine to 3-phosphoglycerate dehydrogenase (PGDH), in combination with the co-expression of 3-phosphoglycerate kinase (PGK) and feedback-resistant PGDH (PGDHr). The resulting strain, SER-8, exhibited a lower specific growth rate and significant differ- ences in L-serine levels from Phase I to Phase V as determined for fed-batch fermentation. The intracellular L-serine pool reached (14.22_+1.41) ~trnol gcoM-1, which was higher than glycine pool, contrary to fermentation with the wild-type strain. Furthermore, metabolic flux analysis demonstrated that the over-expression of PGK directed the flux of the pentose phosphate pathway (PPP) towards the glycolysis pathway (EMP), and the expression of PGDHr improved the L-serine biosynthesis pathway. In addition, the flux from L-serine to glycine dropped by 24%, indicating that the deletion of the activator GlyR re- sulted in down-regulation of serine hydroxymethyltransferase (SHMT) expression. Taken together, our findings imply that L-serine pool management is fundamental for sustaining the viability of C. glutamicum, and improvement of C1 units genera- tion by introducing the glycine cleavage system (GCV) to degrade the excessive glycine is a promising target for L-serine pro- duction in C. glutamicum. 展开更多
关键词 Corynebacterium glutamicum L-SERINE intracellular metabolites metabolic engineering elementary mode analysis
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