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磺基异硫氰酸苯酯化学辅助方法对新蛋白质进行从头测序
被引量:
1
1
作者
周新文
严钦
+1 位作者
周珮
杨芃原
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009年第4期706-711,共6页
利用基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间(MALDI-TOF-TOF)质谱结合磺基异硫氰酸苯酯化学辅助的方法对一种从拟青霉(Paecilomyces bainier)分离纯化到的新人参皂苷Rb1水解酶的部分肽段进行了从头测序.共获得了这个新蛋白质8条肽段的序列,...
利用基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间(MALDI-TOF-TOF)质谱结合磺基异硫氰酸苯酯化学辅助的方法对一种从拟青霉(Paecilomyces bainier)分离纯化到的新人参皂苷Rb1水解酶的部分肽段进行了从头测序.共获得了这个新蛋白质8条肽段的序列,一些磺化后信噪比非常低的肽段也获得了比较完整的序列.同时通过从头测序分析确定了一对甲硫氨酸非氧化和氧化肽段的序列.结果表明,磺化后的肽段离子化效率大大增强,在PSD(源后裂解)过程中只有肽键断裂产生的C端的碎片离子系列(y离子系列)出现在质谱图中,图谱背景清晰,信噪比高,单纯的y离子系列使得图谱解析变得非常容易.将这8条序列在NCBI(美国国立生物技术信息中心)数据库中进行BLAST(蛋白质序列比对工具)检索印证这种β-葡萄糖甘酶是一个新蛋白质,发现的两条相对保守的序列为进一步研究奠定了基础.
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关键词
磺基异硫氰酸苯酯
基
质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱
新蛋白质
从头测序
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职称材料
基于质谱的BLAST方法在金鱼胚胎蛋白质鉴定中的应用
2
作者
张玲
徐东
+2 位作者
陈锋菊
谢锦云
梁宋平
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第8期672-680,共9页
未知基因组及蛋白质序列数据库有限的物种的蛋白质组学分析是当前一些非模式生物物种蛋白质组学研究领域的瓶颈之一.基于同源性搜索的BLAST方法(MSBLAST),是近年新发展起来的一种用于未知基因组的蛋白质鉴定的搜索工具,已成功应用于许...
未知基因组及蛋白质序列数据库有限的物种的蛋白质组学分析是当前一些非模式生物物种蛋白质组学研究领域的瓶颈之一.基于同源性搜索的BLAST方法(MSBLAST),是近年新发展起来的一种用于未知基因组的蛋白质鉴定的搜索工具,已成功应用于许多未知基因组物种的蛋白质鉴定.SPITC化学辅助方法是本实验室建立的一种改进的denovo质谱测序方法.采用MSBLAST方法对经Mascot软件数据库搜索未能鉴定到的19个金鱼胚胎蛋白质进行鉴定,其中12个蛋白质是直接测序后进行MSBLAST搜索得到的结果,另外7个蛋白质是联合MSBLAST和SPITC衍生方法得到的鉴定结果.实验结果证明,采用MSBLAST方法进行蛋白质的跨物种鉴定具有可行性和可靠性,给蛋白质的跨物种鉴定提供了一条新的途径.
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关键词
基
质辅助激光解吸飞行时间串联质谱
从头测序
磺基异硫氰酸苯酯
基
于质谱的BLAST方法
蛋白质组学
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职称材料
题名
磺基异硫氰酸苯酯化学辅助方法对新蛋白质进行从头测序
被引量:
1
1
作者
周新文
严钦
周珮
杨芃原
机构
复旦大学生物医学研究院
复旦大学药学院
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009年第4期706-711,共6页
基金
国家"九七三"计划(批准号:2007CB914100)资助
文摘
利用基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间(MALDI-TOF-TOF)质谱结合磺基异硫氰酸苯酯化学辅助的方法对一种从拟青霉(Paecilomyces bainier)分离纯化到的新人参皂苷Rb1水解酶的部分肽段进行了从头测序.共获得了这个新蛋白质8条肽段的序列,一些磺化后信噪比非常低的肽段也获得了比较完整的序列.同时通过从头测序分析确定了一对甲硫氨酸非氧化和氧化肽段的序列.结果表明,磺化后的肽段离子化效率大大增强,在PSD(源后裂解)过程中只有肽键断裂产生的C端的碎片离子系列(y离子系列)出现在质谱图中,图谱背景清晰,信噪比高,单纯的y离子系列使得图谱解析变得非常容易.将这8条序列在NCBI(美国国立生物技术信息中心)数据库中进行BLAST(蛋白质序列比对工具)检索印证这种β-葡萄糖甘酶是一个新蛋白质,发现的两条相对保守的序列为进一步研究奠定了基础.
关键词
磺基异硫氰酸苯酯
基
质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱
新蛋白质
从头测序
Keywords
SPITC
MALDI-TOF-TOF MS
Novel protein
De novo sequence
分类号
O657 [理学—分析化学]
Q51 [生物学—生物化学]
下载PDF
职称材料
题名
基于质谱的BLAST方法在金鱼胚胎蛋白质鉴定中的应用
2
作者
张玲
徐东
陈锋菊
谢锦云
梁宋平
机构
湖南师范大学生命科学学院蛋白质化学研究室
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第8期672-680,共9页
基金
国家自然科学基金项目(No.90408017)~~
文摘
未知基因组及蛋白质序列数据库有限的物种的蛋白质组学分析是当前一些非模式生物物种蛋白质组学研究领域的瓶颈之一.基于同源性搜索的BLAST方法(MSBLAST),是近年新发展起来的一种用于未知基因组的蛋白质鉴定的搜索工具,已成功应用于许多未知基因组物种的蛋白质鉴定.SPITC化学辅助方法是本实验室建立的一种改进的denovo质谱测序方法.采用MSBLAST方法对经Mascot软件数据库搜索未能鉴定到的19个金鱼胚胎蛋白质进行鉴定,其中12个蛋白质是直接测序后进行MSBLAST搜索得到的结果,另外7个蛋白质是联合MSBLAST和SPITC衍生方法得到的鉴定结果.实验结果证明,采用MSBLAST方法进行蛋白质的跨物种鉴定具有可行性和可靠性,给蛋白质的跨物种鉴定提供了一条新的途径.
关键词
基
质辅助激光解吸飞行时间串联质谱
从头测序
磺基异硫氰酸苯酯
基
于质谱的BLAST方法
蛋白质组学
Keywords
MALDI-TOF/TOF
de novo sequence
SPITC
MS BLAST
proteomics
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
磺基异硫氰酸苯酯化学辅助方法对新蛋白质进行从头测序
周新文
严钦
周珮
杨芃原
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009
1
下载PDF
职称材料
2
基于质谱的BLAST方法在金鱼胚胎蛋白质鉴定中的应用
张玲
徐东
陈锋菊
谢锦云
梁宋平
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006
0
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职称材料
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