从福尔马林固定-石蜡包埋样本中抽提RNA的方法与可行性

目的探讨从福尔马林固定-石蜡包埋(formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE)组织中抽提RNA的可行性和有效性。方法收集胃癌和癌旁FFPE样本各41例,10μm厚连续切片3张,采用蛋白酶消化盐析法抽提纯化RNA,检测提取RNA的产量和质量并分析其应用价值。结果 41对胃癌和癌旁FFPE样本中抽提的RNA纯度为1.578～3.175,平均2.022±0.190,其中癌组织为1.578～3.175,平均2.033±0.240,癌旁组织为1.726～2.329,平均2.011±0.123;RNA浓度为(26.8～1 087)ng/μl,平均(267.062±210.435)ng/μl,其中癌组织为(50.5～1 087)ng/μl,平均(336.5±228.927)ng/μl,癌旁组织为(26.8～820)ng/μl,平均(197.62±165.47)ng/μl;琼脂糖凝胶电泳条带弥散分布,约300 bp;胃癌和癌旁RNA的纯度比较P=0.564,尚不能认为胃癌和癌旁FFPE样本中抽提的RNA纯度有不同,但浓度比较P=0.001,可认为胃癌和癌旁FFPE样本中抽提的RNA浓度有所不同,癌组织中较高。结论从FFPE样本中抽提的RNA在不可避免地出现降解的情况下仍然具有很高的纯度和合适的浓度;在确保扩增产物大小处于一定范围内的前提下从FFPE样本中抽提的RNA具有可以满足下游应用的纯度、浓度和完整性;建立从FFPE样本中抽提RNA的方法在各种影响因素符合要求后完全可行。

福尔马林固定石蜡包埋组织的PCR-STR分型

分析福尔马林固定石蜡包埋组织的DNA多态性,对某些医疗纠纷或陈年旧案的解决或侦破具有重要作用.本文作者用Promega公司提供的GeneprintSTR system复合扩增试剂盒,检测了1～20年的福尔马林固定石蜡包埋的同一个体不同组织块的DNA,取得满意的效果,现报道如下.

二代测序建库中福尔马林固定石蜡包埋标本DNA超声打断方法的优化效果观察

目的:分析24例福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)标本DNA采用新的改良的超声打断方法得到的结果与原打断方法得到结果的一致性,进一步优化目前福尔马林固定石蜡包埋样本DNA超声打断方法。方法:收集广东省人民医院病理科2023年4—5月进行二代测序检测病例24例,建库过程中根据使用的打断方法不同分为两组,1组采用原DNA打断方法(打断条件为:稀释后样本转移入配套的microTUBE AFA Fiber Snap-Cap打断管),2组采用改良DNA打断方法(打断条件为:稀释后样本转移入一次性超声波核酸打断耗材),比较两组实验结果是否一致。结果:两组实验结果得到的插入片段大小均>150bp,符合二代测序实验需要,差异无统计学意义(P>0.05)。结论:在临床实践中,二代测序建库过程中采用新的福尔马林固定石蜡包埋标本DNA超声打断方法可以达到原方法的实验效果,且更加经济实惠,从而能降低二代测序实验成本,值得在临床应用。

福尔马林固定石蜡包埋组织中DNA提取

由于甲醛介导的DNA损伤和石蜡对DNA提取的阻碍作用,使得常规DNA提取方法很难从福尔马林固定石蜡包埋组织(FFPET)中获取高质量的DNA。近年来,众多学者的研究表明,通过改良预处理方法,优化蛋白酶K消化作用,简化DNA提取步骤,纯化DNA提取物等,可以有效提高FFPET中提取的DNA质量,为FFPET的DNA分析奠定了基础。

福尔马林固定石蜡包埋样本提取的RNA质量分析及其临床应用

目的评估国内福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE)样本抽提的RNA质量及其临床应用。方法收集FFPE样本994例,采用RNA分离纯化试剂盒提取纯化RNA,检测提取RNA的质量,并检测RNA样本中的EML4-ALK和ROS1基因突变状态,同时采用Sanger测序法验证使用RNA样本进行基因突变检测的准确性。结果从994例FFPE样本中分离提取的RNA的A260/A280和A260/A230均能达到1.8以上,平均浓度为204.23ng/μl,992例样本均能进行有效扩增。RNA样本的EML4-ALK和ROS1基因融合检测结果与Sanger测序结果一致。结论从FFPE样本中分离得到的RNA质量良好,适用于后续的基因突变检测,可为肿瘤靶向药物的选择提供科学、可靠的依据。

福尔马林固定石蜡包埋组织切片蛋白质组分析方法与应用研究进展

福尔马林固定石蜡包埋(Formalin-fixed and paraffin-embedding,FFPE)是最常见的临床组织保存技术,FFPE组织具有标准化的制备流程、易于存储、标本量大、包含较完整的临床回顾性信息等特点,而成为疾病生物标志物发掘的良好载体。近年来,基于临床FFPE组织的特点,发展了系列蛋白质组学研究方法,包括样本制备、消解、分离到蛋白质质谱鉴定等多个领域,总体呈现出微量、高灵敏度、高通量的技术特点,并已成功用于肿瘤精准医学等临床蛋白质组研究。该综述将对FFPE组织切片样本的蛋白质组学方法,以及其在肿瘤研究中的应用进行概述,从而为临床精准医学蛋白质组学的研究提供借鉴思路。

人体脑组织福尔马林固定石蜡包埋样本中长链非编码RNA的提取及定量分析方法

目的·比较脑组织新鲜样本和福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE)样本中RNA的质量,并分析长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)的表达情况。方法·收集不同保存条件下的FFPE及成对新鲜脑组织,提取并检测RNA质量,运用实时定量PCR(RT-q PCR)分析各RNA指标的扩增效率和表达稳定度,筛选内参指标并对比不同扩增长度候选指标的△Ct值改变情况,以明确FFPE样本中lnc RNA真实表达水平。结果·FFPE样本中RNA纯度相对较高,但完整性明显低于新鲜样本。所有指标均成功扩增,长链RNA的扩增效率与产物长度、样本处理方式、保存温度及保存时间有关,而5S、mi R-9及mi R-125b扩增效率均接近理想状态并在所有样本中稳定表达,适合作为内参指标。与新鲜样本相比,在4℃保存的FFPE样本中,只有HAR1F和MALAT1-L(>200 bp)的△Ct值升高;在室温保存的FFPE样本中,多数指标的△Ct值显著增加,但是短扩增(<60 bp)指标在所有样本中表达一致。结论·尽管处理方式和保存条件会影响组织RNA的完整性,但通过选择合适的扩增长度及内参指标,能够准确定量FFPE组织中lnc RNA的表达水平。

福尔马林固定石蜡包埋组织DNA提取方法对PCR的影响

目的：比较多种福尔马林固定石蜡包埋组织ＤＮＡ提取方法对ＰＣＲ的影响，探讨临床组织病理标本理想的ＤＮＡ提取方法及ＰＣＲ应用。方法：采用５种不同的ＤＮＡ提取方法应用ＰＣＲ技术进行了比较。结果：Ｔｗｅｅｎ２０，ＮＰ４０加蛋白酶Ｋ法和亚氨基二乙酸法处理标本时ＰＣＲ结果较为理想。结论：合适的福尔马林固定石蜡包埋组织ＤＮＡ提取方法可应用ＰＣＲ进行ＤＮＡ水平的相应的研究。

RT-PCR方法检测甲醛固定、石蜡包埋的肿瘤组织标本可以诊断伴YWHAE-FAM22基因融合的子宫内膜间质肉瘤(英)

经典的低级别子宫内膜问质肉瘤（ESS）常发生JAZF1-SUZ12基因融合。与低级别ESS不同的是，有一部分ESS具有t（10：17）（q23：p13）基因异常，导致YWHAE与高度同源FAM22家族成员-FAM22A或FAM22B发生基因融合，该型ESS显示高级别组织学特征，临床经过更具侵袭性（即频繁和早期复发）。

不同浓度十二烷基磺酸钠在提取甲醛固定石蜡包埋组织β-淀粉样前体蛋白剪切酶-1中的作用

目的:探索从甲醛固定、石蜡包埋(formaldehyde-fixed,paraffin-embedded,FFPE)的脑组织中提取β-淀粉样前体蛋白剪切酶-1(BACE-1)的有效方法。方法:将大鼠FFPE脑组织分别加入不同浓度十二烷基磺酸钠(SDS,0%,0.5%,1%,2%和4%)提取BACE-1,新鲜大鼠脑组织作为对照组。提取的BACE-1蛋白量采用Western blot进行检测。结果:未用SDS处理的固定组织提取不到BACE-1,随着SDS浓度的逐渐升高,固定组织中提取的BACE-1蛋白也逐渐增加,4%SDS处理的FFPE组织与新鲜组织提取的BACE-1蛋白量没有明显差别。结论:SDS处理是FFPE组织提取BACE-1的必需条件,高浓度(4%)SDS处理是FFPE组织提取BACE-1的一种有效方法。

固定剂和固定时间对石蜡包埋组织RT-PCR检测病毒RNA的影响

目的 探讨固定剂及固定时间对石蜡包埋RNA病毒感染组织中RNA降解及标本病理形态学的影响。方法 取汉坦病毒 76～ 118株接种的乳鼠感染组织 ,以沉淀脱水类固定剂 10 0 %甲醇、75 %乙醇、10 0 %丙酮以及醛类固定剂 4 %的多聚甲醛磷酸缓冲液 (PFA)、10 %福尔马林共 5种固定剂 ,在室温下固定病毒感染组织 6h、12h、2 4h和 4 8h后 ,将各种方式固定后的病毒感染组织标本进行石蜡包埋 ,组织包埋块在室温下保存 1年～ 1 5年 ,然后进行切片HE染色 ,镜下观察各种固定剂对组织病理形态学的影响。各种方式固定后石蜡包埋组织中以RT_PCR扩增出不同片段长度的病毒RNA及 β_actinRNA序列 ,以判断各种固定方式对病毒RNA和细胞总RNA降解的影响。每种固定方法对RNA的影响是通过获得产物最大长度或对长片段扩增的可重复性及假阴性结果的多少来反映。结果 病理切片结果显示 ,经 10 %福尔马林和 4 %PFA固定的石蜡切片 ,组织结构完整清晰 ,组织经其他三种沉淀脱水类固定剂固定后有不同程度收缩 ,但不影响组织病理形态学检测 ,其中甲醇固定的收缩程度最小。从固定后石蜡包埋组织中提取RNA进行RT_PCR扩增时 ,扩增的效果受固定剂类型和固定时间的影响 ,同时也受扩增的基因片段长度的影响。在可达到固定作用的前提下 ,同一固定?

Chelex-100法提取甲醛固定石蜡包埋组织DNA的研究

福尔马林固定石蜡包埋法（formalin fixed and paraffin embed-ding,FFPE）是临床及医学科研保存样本的标准方法,这些样本在无法获取新鲜或冷冻组织情况下,为后续的分子生物学研究及法庭科学实践提供了丰富的DNA来源。然而,福尔马林的主要成分甲醛会导致组织中蛋白和DNA的交联导致DNA链脆性增加,偏酸性的固定环境及酚/氯仿法繁杂的操作程序也可导致DNA链断裂[1]。

PCR-RFLP技术在甲醛固定石蜡包埋组织中的应用

目的:探讨mtDNA分析技术在甲醛固定石蜡包埋组织中的应用。方法:应用限制酶RsaI和MnlI消化mtDNA D-LOOP区(HVI16106-16297)PCR扩增产物,聚丙烯凝胶电泳进行RFLP分型的方法,对随机个体血液样品150例,正常组织10例和甲醛固定石蜡包埋组织5例进行检验。结果:在150例随机个体中,RsaI和MnlI酶切分别发现3和8种表型。在10例正常组织中,各个组织的带型完全相同。5例包埋组织的RFLP分型与对照组织一致。结论:PCR-RFLP技术适合于甲醛固定石蜡包埋组织的检验。

用于甲醛固定石蜡包埋组织的改良免疫荧光法

背景:甲醛固定石蜡包埋的标本易于保存,免疫荧光法定位定量能精确支持多种标记物。目的:建立适合于甲醛固定石蜡包埋组织的改良免疫荧光法。方法:将取自类风湿性关节炎和无骨性关节炎患者的滑膜血管翕和髋臼增生组织的石蜡切片进行常规脱蜡复水,观察不同的柠檬酸缓冲液热修复时间、血清封闭时间、一抗浓度和荧光标记物在免疫荧光法中显色的差异。结果与结论:柠檬酸高温修复15min后滴加抗原修复液比单纯高温修复10～20min,组织结构保存更为完整,且背景染色无显著区别;选择体积分数10%二抗来源正常血清室温封闭40min作为最佳的抗原封闭条件,既可以保证良好的封闭效果,同时又不影响一抗和抗原位点结合;较高一抗浓度(10mg/L)能保证明显的荧光信号、低背景和可接受的成本。进行石蜡切片免疫荧光实验,并用普通荧光显微镜观察,应避免采用FITC等蓝色激发光、呈现绿色荧光信号的标记染料基团。提示柠檬酸高温修复15min后滴加抗原修复液,选择体积分数10%二抗来源正常血清室温封闭40min,较高一抗浓度,普通荧光显微镜观察可提高免疫荧光法的检测质量。

多重荧光PCR-熔解曲线法检测福尔马林固定石蜡包埋肺组织样本中病原真菌的价值

目的比较多重荧光PCR-熔解曲线法与病理诊断法检测福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)肺组织样本中病原真菌的价值。方法选择2014—2019年本院病理科病原真菌阳性患者的42份肺组织样本(念珠菌8份、曲霉菌23份、隐球菌11份)作为阳性组,病原真菌阴性的肺组织样本50份作为阴性组,均进行多重荧光PCR-熔解曲线法检测,并应用配对χ2检验和Kappa值对两种方法的检测结果进行比较。结果阳性组42份样本多重荧光PCR-熔解曲线法检出23份阳性,并可分辨至种水平,其中念珠菌4份(白色念珠菌2份、热带念珠菌1份、克柔念珠菌1份)、曲霉菌13份(烟曲霉11份、黄曲霉2份)、新型隐球菌6份。阴性组50份样本多重荧光PCR-熔解曲线法检测均阴性。Kappa值0.568,以病理诊断法为"金标准",多重荧光PCR-熔解曲线法检测病原真菌的灵敏度为54.8%(23/42)、特异性为100.0%(50/50)。结论多重荧光PCR-熔解曲线法检测FFPE样本中病原真菌的灵敏度不高,但可以将病原真菌鉴定至种,是病理诊断法的补充。

用^32P后标记法检测固定组织（细胞）及石蜡包埋组织中DNA加成物

大鼠经腹腔注射不同剂量的B(a）P48h后，取出肝脏．分为两半分别在新鲜时及经福尔马林固定后：或在新鲜时及经石蜡包埋后．分别刚^32P后标记法检测其DNA加成物，结果分别可分离到1个和5个加成物斑块，其相对加成物标记量(RAL)有很好的剂量-效应依赖性关系：经统计学处理后，相同剂量点上加成物的量均无显著性差异(P>0．05)．不同浓度B(a）P处理后的FL细胞，

改良醋酸铵盐析法提取福尔马林固定石蜡包埋组织DNA

目的采用改良醋酸铵盐析法提取福尔马林固定石蜡包埋组织DNA,并评价其应用价值。方法取死后24h内人体肾组织用10%中性福尔马林溶液固定7d,石蜡包埋。采用酚/氯仿法、Chelex-100法及改良醋酸铵盐析法提取DNA。经用紫外分光光度计法、AGE及PCR-PAGE检测比较不同方法提取DNA的质量。结果改良醋酸铵盐析法、酚/氯仿法、Chelex-100法OD260/OD280比值分别为1.962±0.195、2.110±0.470、1.018±0.124,两两比较均有显著性差异(P<0.05);3种方法提取DNA含量(μg)分别为0.515±0.447、0.328±0.345、5.346±1.994;AGE电泳图谱可印证上述结果;PCR-PAGE检测显示改良醋酸铵盐析法提取DNA的谱带清晰度好于其它两种方法。结论改良醋酸铵盐析法更适合微量福尔马林固定石蜡包埋组织样本DNA的提取。

福尔马林固定石蜡包埋组织microRNA提取方法及质量控制

迄今为止．病理学诊断技术已从传统的大体解剖病理学和组织形态学诊断．发展到与免疫组织化学、原位杂交、DNA片段分析等分子诊断技术相互结合的新阶段。形态学诊断虽仍是病理诊断的基础和重要依据，但分子检测技术提供了更丰富的信息作为辅助．进而指导临床治疗。

福尔马林固定石蜡包埋组织3种DNA提取方法比较

目的探讨经福尔马林固定1d石蜡包埋组织(FFPET)提取DNA的简易有效方法。方法比较水浴加热、微波加热和二甲苯脱蜡的效果。组织脱蜡后分别采用Chelex-100+层析柱纯化法、DNA IQTM试剂盒磁珠提取法和Chelex-100+磁珠纯化法提取DNA;实时荧光定量PCR技术定量DNA;荧光标记毛细管电泳技术进行STR分型。结果二甲苯脱蜡的效果好于其他两种加热的脱蜡方法(P<0.05)。Chelex-100+层析柱纯化所获得的DNA量显著高于其他两种方法(P<0.05)。结论二甲苯脱蜡、Chelex-100+层析柱纯化法是一种简单、有效的FFPET处理方法。