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精氨酸侧链和核酸碱基间离子氢键作用强度分析 被引量:3
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作者 李蕾 黄翠英 +2 位作者 姜笑楠 高希婵 王长生 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2016年第8期1460-1467,共8页
采用MP2/6-31+G(d,p)方法优化得到了22个由精氨酸侧链与碱基尿嘧啶、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鸟嘌呤及腺嘌呤形成的氢键复合物的气相稳定结构,使用包含BSSE校正的MP2/aug-cc-p VTZ方法计算得到了复合物的气相结合能,通过MP2/6-31+G(d,p)方法... 采用MP2/6-31+G(d,p)方法优化得到了22个由精氨酸侧链与碱基尿嘧啶、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鸟嘌呤及腺嘌呤形成的氢键复合物的气相稳定结构,使用包含BSSE校正的MP2/aug-cc-p VTZ方法计算得到了复合物的气相结合能,通过MP2/6-31+G(d,p)方法和PCM模型优化得到了复合物的水相稳定结构,采用MP2/aug-cc-p VTZ方法和PCM模型计算得到了复合物的水相结合能.研究发现,精氨酸侧链与碱基间的离子氢键作用强度与单体间电荷转移量、氢键临界点电子密度及二阶作用稳定化能密切相关.与中性氢键相比,离子氢键作用具有更显著的共价作用成分.研究还发现,精氨酸侧链和碱基间形成的氢键复合物的稳定性次序可以通过氢键受体碱基分子上氧原子和氮原子的质子化反应焓变进行预测,质子化反应焓变越负,形成的氢键复合物越稳定. 展开更多
关键词 精氨酸侧链 核酸碱基 离子氢键 结合能 质子化反应焓变
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精氨酸侧链与生物小分子间离子氢键强度的快速计算 被引量:2
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作者 王长生 李蕾 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2017年第1期47-51,共5页
提出了1种快速模拟生物分子间离子氢键作用的新方法,并将该方法用于计算模拟带有1个正电荷的精氨酸侧链与甘氨酸二肽分子、碱基尿嘧啶分子、碱基胸腺嘧啶分子等中性分子间的N—H…O=C离子氢键相互作用.计算结果表明:新方法可以快速计算... 提出了1种快速模拟生物分子间离子氢键作用的新方法,并将该方法用于计算模拟带有1个正电荷的精氨酸侧链与甘氨酸二肽分子、碱基尿嘧啶分子、碱基胸腺嘧啶分子等中性分子间的N—H…O=C离子氢键相互作用.计算结果表明:新方法可以快速计算带电精氨酸侧链分子和甘氨酸二肽分子、碱基尿嘧啶分子、碱基胸腺嘧啶分子间形成的N—H…O=C离子氢键的平衡氢键键长和分子间相互作用能;得到的平衡氢键键长与从头计算MP2/6-31+G(d,p)方法得到的平衡氢键键长的绝对偏差均小于0.005nm;分子间相互作用能与从头计算MP2.5/CBS方法得到的分子间相互作用能的绝对误差均小于8.2kJ/mol,相对偏差均小于5.5%;在同等计算条件下,新方法的计算效率比从头计算方法快数千倍以上.这些结果表明新方法准确快捷,在生物大分子体系的分子模拟领域有潜在应用价值. 展开更多
关键词 离子氢键作用 精氨酸 分子间相互作用能 分子模拟
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基于可逆离子氢键构筑室温快速自修复聚硅氧烷弹性体 被引量:7
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作者 时金凤 赵娜 +1 位作者 符文鑫 李志波 《功能高分子学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期433-440,共8页
以环三聚磷腈碱(CTPB)为催化剂,合成不同分子量和不同硅氧乙烯基单元摩尔分数的线型聚硅氧烷(PDMS-g-Vi)前驱体,通过硫醇-烯点击化学反应获得侧链含羧基或氨基的聚硅氧烷(PDMS-g-COOH或PDMS-g-NH2),进而利用羧基与氨基之间的离子氢键成... 以环三聚磷腈碱(CTPB)为催化剂,合成不同分子量和不同硅氧乙烯基单元摩尔分数的线型聚硅氧烷(PDMS-g-Vi)前驱体,通过硫醇-烯点击化学反应获得侧链含羧基或氨基的聚硅氧烷(PDMS-g-COOH或PDMS-g-NH2),进而利用羧基与氨基之间的离子氢键成功制备在室温条件下可快速自修复的聚硅氧烷(PDMS-g-[COOH/NH2])弹性体。采用凝胶渗透色谱、核磁共振、红外光谱等确定了聚合物的组成和结构。拉伸试验结果表明:通过控制PDMS-g-Vi前驱体的分子量和乙烯基含量可调节PDMS-g-[COOH/NH2]弹性体的力学性能和自修复性能。在50 mm/min的拉伸速率下,弹性体的拉伸强度为230.9 kPa,断裂伸长率高达877%,在快速拉伸的条件下(200 mm/min)也显示出了较高的断裂伸长率(>500%)。此外,所制备的弹性体显示出优异的快速自修复性能,室温静置30 min后其修复效率达到99%。 展开更多
关键词 聚硅氧烷 离子氢键 非共价交联网络 硫醇-烯加成反应 自修复
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Cl~–…苯氰…H_2O中阴离子氢键协同效应与芳香性理论研究 被引量:1
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作者 宋慧 李斌 +2 位作者 赵光明 武红娟 龙泽清 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期15-25,共11页
本文采用DFT-B3LYP和MP2(full)方法对三聚体Cl–…苯氰…H2O中O/C–H…Cl–阴离子氢键与传统氢键O–H…N和C–H…O之间的协同效应、热力学性质以及芳香性进行了研究.结果表明阴离子氢键O/C–H…Cl–对O–H…N或C–H…O相互作用的影响更... 本文采用DFT-B3LYP和MP2(full)方法对三聚体Cl–…苯氰…H2O中O/C–H…Cl–阴离子氢键与传统氢键O–H…N和C–H…O之间的协同效应、热力学性质以及芳香性进行了研究.结果表明阴离子氢键O/C–H…Cl–对O–H…N或C–H…O相互作用的影响更显著.在线性结构中发生正协同效应,熵变是促进热力学协同效应的主要因素,而在环状结构中发生反协同效应,焓变成为主要因素.在三聚体形成过程中,苯氰环的芳香性是减弱的,而苯氰中π→π*共轭效应是增强的.结果表明,协同效应能Ecoop.分别与Rc(NICS(1)ternary/NICS(1)binary),ΔΔδ(Δδternary-Δδbinary),Rc'((NICS(1)ternary-NICS(1)binary)/NICS(1)binary)和RBDE(C–CN)(BDE(C–CN)ternary/BDE(C–CN)binary)均具有良好的线性关系.同时,AIM的分析也佐证了协同效应的存在. 展开更多
关键词 协同效应 离子氢键 热力学协同效应 芳香性 MP2
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基于离子氢键的聚硅氧烷超分子弹性体的制备及其实验设计 被引量:1
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作者 林雅铃 霍理坚 +2 位作者 莫家亨 赵颖 张安强 《实验技术与管理》 CAS 北大核心 2022年第10期36-41,共6页
基于非共价键构建超分子弹性体是近年来超分子领域研究的热点之一,其中离子氢键因其结构简单且性能可控而受到重视。通过将该领域最新科研成果引入实验教学,设计、制备了两类结构相似但性能迥异的超分子弹性体,通过FT-IR、^(1)H-NMR、GP... 基于非共价键构建超分子弹性体是近年来超分子领域研究的热点之一,其中离子氢键因其结构简单且性能可控而受到重视。通过将该领域最新科研成果引入实验教学,设计、制备了两类结构相似但性能迥异的超分子弹性体,通过FT-IR、^(1)H-NMR、GPC、流变行为、力学性能及自愈合效率等表征手段,建立了超分子弹性体的结构与性能关系。该实验内容涵盖了聚合物合成与改性、制备方案设计和实施、聚合物结构表征等诸多环节,具有一定的综合性与探索性,有利于提高学生的综合素质,以及科研与创新能力。 展开更多
关键词 超分子弹性体 离子- 流变特性
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带电组氨酸侧链与DNA碱基间非键作用强度的理论研究 被引量:3
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作者 李蕾 李书实 王长生 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2017年第1期56-62,共7页
采用MP2方法和6-31+G(d,p)基组优化得到了带有一个正电荷的组氨酸侧链与4个DNA碱基间形成的18个氢键复合物的气相稳定结构,从文献中获取了组氨酸侧链与DNA碱基间形成的12个堆积和T型复合物的气相稳定结构,使用包含基组重叠误差(BSSE)校... 采用MP2方法和6-31+G(d,p)基组优化得到了带有一个正电荷的组氨酸侧链与4个DNA碱基间形成的18个氢键复合物的气相稳定结构,从文献中获取了组氨酸侧链与DNA碱基间形成的12个堆积和T型复合物的气相稳定结构,使用包含基组重叠误差(BSSE)校正的MP2方法和aug-cc-pVTZ基组及密度泛函理论M06-2X-D3方法和aug-cc-pVDZ基组计算了这些复合物的结合能.研究结果表明,包含BSSE校正的M06-2X-D3方法和aug-cc-pVDZ基组能够给出较准确的结合能;气相条件下,组氨酸侧链与同种DNA碱基间的离子氢键作用明显强于堆积作用和T型作用,组氨酸侧链最易通过离子氢键与胞嘧啶C和鸟嘌呤G作用形成氢键复合物,组氨酸与胞嘧啶C和鸟嘌呤G间的T型作用强于与腺嘌呤A和胸腺嘧啶T间的离子氢键作用;水相条件下,组氨酸侧链与同种DNA碱基间的离子氢键作用仍明显强于堆积作用和T型作用,组氨酸侧链更易与胞嘧啶C和鸟嘌呤G相互作用形成氢键复合物,但是最强的组氨酸侧链与胞嘧啶C间的T型作用明显弱于与腺嘌呤A和胸腺嘧啶T间的离子氢键作用,说明水相条件下组氨酸侧链与DNA碱基间主要通过离子氢键作用形成氢键复合物. 展开更多
关键词 组氨酸侧链 DNA碱基 离子氢键作用 堆积作用 T型作用
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Cl–···3,4-DNP···H2O体系阴离子诱导氢键协同效应的理论研究
7
作者 王勇 任福德 +2 位作者 曹端林 樊白娟 赵光明 《计算机与应用化学》 CAS 北大核心 2019年第4期384-391,共8页
为设计硝基吡唑炸药经物理吸附方式进行废水处理的方案,借助DFT-M06-2X和MP2(full)方法在6-311++G(2d,p)基组水平上研究了Cl–···3,4-二硝基吡唑(3,4-DNP)自由基···H2O体系阴离子氢键诱导协同效应。结果... 为设计硝基吡唑炸药经物理吸附方式进行废水处理的方案,借助DFT-M06-2X和MP2(full)方法在6-311++G(2d,p)基组水平上研究了Cl–···3,4-二硝基吡唑(3,4-DNP)自由基···H2O体系阴离子氢键诱导协同效应。结果表明,随着3,4-DNP自由基···H2O体系中Cl–的引入和三聚体的形成,不仅3,4-DNP自由基与H2O之间常规O–H···O和H–O···H氢键的距离、相互作用能、电子密度发生了较大改变,而且Cl–与3,4-DNP自由基或H2O之间形成的H···Cl–阴离子氢键与N···Cl–、C···Cl–、O···Cl–相互作用的相应值也发生了明显改变,从而导致了显著的阴离子氢键诱导协同或反协同效应,形成了稳定的复合物。由此可推断,依据阴离子诱导氢键协同效应,Cl–可用于硝基吡唑类炸药的废水处理。AIM (atom in molecules)、电子密度转移、RDG (reduced density gradient)和NBO (natural bonding orbital)分析揭示了协同效应的本质。 展开更多
关键词 离子氢键诱导协同效应 3 4-DNP自由基 DFT-M06-2X 电子密度转移 RDG
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非水毛细管电泳分离中性化合物杯[4]吡咯
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作者 马华侨 罗米娜 +2 位作者 邵士俊 刘霞 蒋生祥 《应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期249-252,共4页
建立了以1-丁基-3-甲基咪唑氯盐(BM IMC l)离子液体为背景电解质,非水毛细管电泳分离中性大环化合物八甲基杯[4]吡咯(OMCP)、四环戊基杯[4]吡咯(TPCP)、四环己基杯[4]吡咯(THCP)的方法。根据分离电压的极性和电渗流标记物与被分析物的... 建立了以1-丁基-3-甲基咪唑氯盐(BM IMC l)离子液体为背景电解质,非水毛细管电泳分离中性大环化合物八甲基杯[4]吡咯(OMCP)、四环戊基杯[4]吡咯(TPCP)、四环己基杯[4]吡咯(THCP)的方法。根据分离电压的极性和电渗流标记物与被分析物的流出顺序,发现了氢键效应是分离的前提。根据德拜-休克尔理论,由背景电解质离子强度的平方根与有效淌度关系的研究。结果可以看出,该体系中存在离子对效应。计算了该分离体系中被分析物的各种形态(C4P、C4PC l-、C4PC l-R+)在不同电解质浓度下的摩尔分数。结果表明,C4PC l-为主要成分,并随着背景电解质浓度增加而减少,而C4PC l-R+随着背景电解质浓度的增加而增加。 展开更多
关键词 吡咯 离子液体 非水毛细管电泳 效应
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基于弱分子间力超分子液晶性能影响因素分析(上)
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作者 赵驰峰 《上海化工》 CAS 2012年第3期28-30,共3页
超分子液晶是利用氢键、离子相互作用;电荷转移相互作用;疏水相互作用及范德华力等弱分子间相互作用构筑的多种超分子液晶复合体系。这种弱分子间力具有动态可逆性,对外部环境(压力、温度、磁场、电场、pH值、光感、化学反应等)具有通... 超分子液晶是利用氢键、离子相互作用;电荷转移相互作用;疏水相互作用及范德华力等弱分子间相互作用构筑的多种超分子液晶复合体系。这种弱分子间力具有动态可逆性,对外部环境(压力、温度、磁场、电场、pH值、光感、化学反应等)具有通过氢键的缔合与解缔合以及电荷转移来改变其结构的独特的响应刺激的功能特性。另外,利用弱分子间力构筑的超分子液晶复合体系具有质量或电荷传输性、传递性、信息储存功能、分子传感等动态功能性、环境友好性及低能耗加工性等特点,故该领域将是未来材料科学体系发展的主方向。对超分子液晶性能影响因素进行了深入分析与研究,并对超分子液晶分类进行了介绍。 展开更多
关键词 超分子液晶分子间力 配位离子作用 电荷转移复合液晶体系
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Rotational Mechanism of Ammonium Ion in Water and Methanol
10
作者 Qiang Zhang Yang Du +1 位作者 Chen Chen Wei Zhuang 《Chinese Journal of Chemical Physics》 SCIE CAS CSCD 2018年第4期568-574,616,共8页
Dynamics of ammonium and ammonia in solutions is closely related to the metabolism of arnrnoniac compounds, therefore plays an important role in various biological processes. NMR measurements indicated that the reorie... Dynamics of ammonium and ammonia in solutions is closely related to the metabolism of arnrnoniac compounds, therefore plays an important role in various biological processes. NMR measurements indicated that the reorientation dynamics of NH4+ is faster in its aqueous solution than in rnethanol, which deviates from the Stokes-Einstein-Debye rule since water has higher viscosity than methanol. To address this intriguing issue, we herein study the reorientation dynamics of ammonium ion in both solutions using numerical simulation and an extended cyclic Markov chain model. An evident decoupling between translation and ro- tation of methanol is observed in simulation, which results in the deviation of reorientation from the Stokes-Einstein-Debye rule. Slower hydrogen bond (HB) switchings of ammonium with rnethanol comparing to that with water, due to the steric effect of the rnethyl group, remarkably retards the jump rotation of ammonium. The observations herein provide useful insights into the dynamic behavior of ammonium in the heterogeneous environments including the protein surface or protein channels. 展开更多
关键词 AMMONIUM Jump rotation Hydrogen bond switching METHANOL Moleculardynamics sirnulation
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A critical assessment of the roles of water molecules and solvated ions in acid-base-catalyzed reactions at solid-water interfaces
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作者 Xugang Yang Zonghui Liu +2 位作者 Guoliang Wei Yu Gu Hui Shi 《Chinese Journal of Catalysis》 SCIE EI CAS CSCD 2022年第8期1964-1990,共27页
Solid-aqueous interfaces and phenomena occurring at those interfaces are ubiquitously found in a plethora of chemical systems.When it comes to heterogeneous catalysis,however,our understanding of chemical transformati... Solid-aqueous interfaces and phenomena occurring at those interfaces are ubiquitously found in a plethora of chemical systems.When it comes to heterogeneous catalysis,however,our understanding of chemical transformations at solid-aqueous interfaces is relatively limited and primitive.This review phenomenologically describes a selection of water-engendered effects on the catalytic behavior for several prototypical acid-base-catalyzed reactions over solid catalysts,and critically assesses the general and special roles of water molecules,structural moieties derived from water,and ionic species that are dissolved in it,with an aim to extract novel concepts and principles that underpin heterogeneous acid-base catalysis in the aqueous phase.For alcohol dehydration catalyzed by solid Bronsted acids,rate inhibition by water is most typically related to the decrease in the acid strength and/or the preferential solvation of adsorbed species over the transition state as water molecules progressively solvate the acid site and form extended networks wherein protons are mobilized.Water also inhibits dehydration kinetics over most Lewis acid-base catalysts by competitive adsorption,but a few scattered reports reveal substantial rate enhancements due to the conversion of Lewis acid sites to Brønsted acid sites with higher catalytic activities upon the introduction of water.For aldol condensation on catalysts exposing Lewis acid-base pairs,the addition of water is generally observed to enhance the rate when C–C coupling is rate-limiting,but may result in rate inhibition by site-blocking when the initial unimolecular deprotonation is rate-limiting.Water can also promote aldol condensation on Brønsted acidic catalysts by facilitating inter-site communication between acid sites through hydrogen-bonding interactions.For metallozeolite-catalyzed sugar isomerization in aqueous media,the nucleation and networking of intrapore waters regulated by hydrophilic entities causes characteristic enthalpy-entropy tradeoffs as these water moieties interact with kinetically relevant hydride transfer transition states.The discussed examples collectively highlight the utmost importance of hydrogen-bonding interactions and ionization of covalently bonded surface moieties as the main factors underlying the uniqueness of water-mediated interfacial acid-base chemistries and the associated solvation effects in the aqueous phase or in the presence of water.A perspective is also provided for future research in this vibrant field. 展开更多
关键词 Acid-base catalysis Solid-aqueous interfaces Water Aqueous-phase reaction Hydronium ion Hydrogen-bonding interaction Local ionic strength effect
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高分子的离子效应
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作者 张剑 寇然 刘光明 《中国科学:化学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期1109-1122,共14页
在传统理论中,离子通常被作为点电荷处理,其对高分子性质的影响主要基于离子强度效应.然而,高分子体系中许多重要实验现象都无法简单地通过离子强度效应加以理解,这需要从超越离子强度概念的角度来考虑高分子的离子效应.本专题论述将主... 在传统理论中,离子通常被作为点电荷处理,其对高分子性质的影响主要基于离子强度效应.然而,高分子体系中许多重要实验现象都无法简单地通过离子强度效应加以理解,这需要从超越离子强度概念的角度来考虑高分子的离子效应.本专题论述将主要讨论高分子体系中的离子特异性效应、离子氢键效应、离子亲/疏水效应以及多价离子效应.离子特异性效应普遍存在于带电高分子体系以及中性高分子体系,且可以在不同溶剂体系中观察到;离子氢键效应可被应用于调控强聚电解质刷的水化、润湿、黏附等多种性质;离子亲/疏水效应不但可以调控界面接枝聚电解质的性质,还可以调控聚电解质溶液以及聚电解质凝胶的性质;通过多价离子交联作用,多价离子效应可被应用于调控聚电解质刷以及高分子凝胶的性质.这些高分子的离子效应拓宽和加深了我们对离子与高分子间相互作用的理解,为基于不同离子效应调控高分子性能奠定了基础,并可进一步拓展至其他类型重要的离子-高分子间相互作用. 展开更多
关键词 离子特异性效应 离子氢键效应 离子亲/疏水效应 多价离子效应
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A new class of ion-ion interaction: Z-bond 被引量:5
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作者 Kun Dong Suojiang Zhang Qian Wang 《Science China Chemistry》 SCIE EI CAS CSCD 2015年第3期495-500,共6页
The hydrogen-bond interactions in ionic liquids have been simply described by the conventional hydrogen-bond model of A–H···B. Coupling with the strong electrostatic force, however, hydrogen bond betwe... The hydrogen-bond interactions in ionic liquids have been simply described by the conventional hydrogen-bond model of A–H···B. Coupling with the strong electrostatic force, however, hydrogen bond between the cation and anion shows particular features in the geometric, energetic, electronic, and dynamic aspects, which is inherently different from that of the conventional hydrogen bond. A general model could be expressed as +[A–H···B]-, in which A and B represent heavy atoms and "+" and "–" represent the charges of the cation containing A atom and anion containing B atom, respectively. Because the structure shows a "zig-zag" motif, this coupling interaction is defined here as the Z-bond. The new model could be generally used to describe the interactions in ionic liquids, as well as bio-systems involved in ions, ionic reaction, and ionic materials. 展开更多
关键词 ionic liquid INTERACTION hydrogen bond Z-bond
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Hydrogen bonding mediated ion pairs of some aprotic ionic liquids and their structural transition in aqueous solution
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作者 Huiyong Wang Miao Liu +3 位作者 Yuling Zhao Xiaopeng Xuan Yang Zhao Jianji Wang 《Science China Chemistry》 SCIE EI CAS CSCD 2017年第7期970-978,共9页
Ion pair speciation of ionic liquids(ILs) has an important effect on the physical and chemical properties of ILs and recognition of the structure of ion pairs in solution is essential. It has been reported that ion pa... Ion pair speciation of ionic liquids(ILs) has an important effect on the physical and chemical properties of ILs and recognition of the structure of ion pairs in solution is essential. It has been reported that ion pairs of some ILs can be formed by hydrogen bonding interactions between cations and anions of them. Considering the fact that far-IR(FIR) spectroscopy is a powerful tool in indicating the intermolecular and intramolecular hydrogen bonding, in this work, this spectroscopic technique has been combined with molecular dynamic(MD) simulation and nuclear magnetic resonance hydrogen spectroscopy(~1H NMR) to investigate ion pairs of aprotic ILs [Bmim][NO_3], [BuPy][NO_3], [Pyr_(14)][NO_3], [PP_(14)][NO_3] and [Bu-choline][NO_3] in aqueous IL mixtures. The FIR spectra have been assigned with the aid of density functional theory(DFT) calculations, and the results are used to understand the effect of cationic nature on the structure of ion pairs. It is found that contact ion pairs formed in the neat aprotic ILs by hydrogen bonding interactions between cation and anion, were still maintained in aqueous solutions up to high water mole fraction(say 0.80 for [BuPy][NO3]). When water content was increased to a critical mole fraction of water(say 0.83 for [BuPy][NO3]), the contact ion pairs could be transformed into solvent-separated ion pairs due to the formation of the hydrogen bonding between ions and water. With the further dilution of the aqueous ILs solution, the solvent-separated ion pairs was finally turned into free cations and free anions(fully hydrated cations or anions). The concentrations of the ILs at which the contact ion pairs were transformed into solvent-separated ion pairs and solvent-separated ion pairs were transformed into free ions(fully hydrated ion) were dependent on the cationic structures. These information provides direct spectral evidence for ion pair structures of the aprotic ILs in aqueous solution. MD simulation and ~1H NMR results support the conclusion drawn from FIR spectra investigations. 展开更多
关键词 ionic liquids ion pair hydrogen bonding far infrared spectroscopy solution
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