2015年~2020年江西地方鸡种禽圆环病毒2型流行病学调查与全基因组进化分析

为了解江西地区禽圆环病毒2型(AGV2)的流行情况及基因组的遗传进化关系,本研究利用PCR方法对2015年~2020年间采自江西各地区的1 372份地方鸡血清、粪便及内脏组织样品进行AGV2检测。结果显示,江西地区AGV2的阳性率为13.99%(192/1 372),其中育成鸡阳性率最高,为17.16%(98/571),且各生长阶段鸡AGV2阳性率均有逐年升高的趋势。从中选取12份AGV2阳性样品进行全基因组扩增,并对其全基因组序列和VP1蛋白序列进行同源性及遗传进化关系分析,同时对VP1蛋白线性抗原表位进行预测分析。结果显示:选取的12个AGV2全基因组之间的同源性为96.8%~99.8%,其中VP1基因序列的同源性在96.5%~99.9%,氨基酸序列同源性在99.4%~100%;遗传进化分析显示,12个AGV2全基因组分布于进化树的各分支,具有遗传多样性的特征;进一步分析发现AGV2 VP1蛋白氨基酸序列的突变并未导致VP1蛋白疏水性的改变,仅JX201601 VP1出现G36S突变,JX201802 VP1出现Q^(222)R突变,致使VP1蛋白抗原性改变。本研究首次明确了江西地方鸡种中AGV2的流行状况和遗传演化特点,为江西地区AGV2感染的防控提供了重要数据支撑。

禽圆环病毒2型微滴式数字PCR定量检测方法的建立及应用

为建立一种可定量检测禽圆环病毒2型(AGV2)的微滴式数字PCR(ddPCR)新型检测方法,根据GenBank中AGV2的VP2基因保守序列设计了特异性探针和引物,优化不同探针引物浓度组合和退火温度梯度,通过使用该方法与荧光定量PCR(qPCR)和普通PCR方法进行灵敏度比较,同时对其他常见禽病病原体进行检测,并对40份棉拭子临床样品进行检测,评估了该方法的特异性、敏感性和重复性。结果显示,该方法最佳引物浓度均为900 nmol/L,最佳探针浓度为500 nmol/L,最佳退火温度为54.0℃;灵敏度低至3.2copies/μL,是q PCR和普通PCR的10倍和100倍;其他常见禽病病原体检测结果均为阴性;40份临床样品的ddPCR检测结果与qPCR检测结果一致;批内和批间重复性较好,变异系数小。结果表明,本研究所建立的微滴式数字PCR方法具有更高的敏感性和准确性,可成功运用于快速定量检测AGV2感染。