WDR45L大鼠同源基因编码区cDNA的克隆及生物信息学分析

目的:克隆肿瘤相关基因WDR45L的大鼠同源基因,并进行初步的生物信息学分析。方法:以人WDR45L同源氨基酸序列(CAJ57996.1)作为查询序列,利用TBLASTN和BLASTN软件搜索数据库中与大鼠WDR45L基因同源的cDNA和EST序列。把检出序列组装为连续体(Contig),在UCSC程序上进行EST连续体序列的拼接和基因组序列与EST序列的双重校对。克隆基因采用RT-PCR测序证实,并进行核酸与蛋白质特性的生物信息学分析。结果:综合利用基因组和EST序列信息成功克隆了大鼠WDR45L基因(GenBank登记号:AM182327和NM_001039587.1)。RT-PCR测序结果与计算机克隆结果完全一致。生物信息学分析显示:WDR45L基因定位于染色体10q32.3区,含11个外显子和10个内含子,ORF为1035bp,编码344个氨基酸;在种属中高度保守;WDR45L基因在胃癌、结肠癌、乳腺癌、卵巢癌、肾癌和胰腺癌等恶性肿瘤中表达上调。结论:综合利用基因组和EST序列信息是更为科学的计算机克隆方法,进一步深入研究WDR45L基因的功能具有重要生物学意义。