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三种四膜虫全基因组N^(6)-甲基腺嘌呤比较研究
1
作者
王粟
柴小翠
+3 位作者
张晶
杨文涛
袁冬霞
熊杰
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期574-583,共10页
为了揭示N^(6)-甲基腺嘌呤(6mA)在近缘物种间的分布规律和物种进化过程中的变化,研究在分离2种四膜虫(Tetrahymena malaccensis和Tetrahymena pyriformi)大核的基础上,利用三代测序技术绘制了其全基因组单碱基分辨率6mA图谱,结合公共数...
为了揭示N^(6)-甲基腺嘌呤(6mA)在近缘物种间的分布规律和物种进化过程中的变化,研究在分离2种四膜虫(Tetrahymena malaccensis和Tetrahymena pyriformi)大核的基础上,利用三代测序技术绘制了其全基因组单碱基分辨率6mA图谱,结合公共数据库中已有的模式种Tetrahymena thermophila数据,开展了3种四膜虫比较6mA甲基化组分析,发现:(1)3种四膜虫6mA甲基化位点分布特征类似,包括呈约200 bp周期性分布和具有保守AT基序;(2)6mA主要分布于基因的5′端,在种间直系同源基因上的分布模式具有区域近似性,但在单碱基水平不完全保守;(3)在种内近期复制的并系同源基因中,6mA分布在单碱基水平具有较高的保守性;(4)结合3种四膜虫的分化时间,估算出了四膜虫中6mA动态变化过程,6mA位点建立的速度大约为每Mb每百万年69.9—226个位点。
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关键词
全
基因
组
N^(6)-甲基腺嘌呤
比较甲基化组
保守
基因
种特异基因
四膜虫
下载PDF
职称材料
基于Dickeya dadantii特有标志基因检测甘薯茎腐病菌
被引量:
3
2
作者
吴秀芹
罗金燕
+3 位作者
孙国昌
易建平
李斌
安千里
《植物病理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第5期688-698,共11页
甘薯细菌性茎腐病是由达旦提狄克氏菌(Dickeya dadantii)引起的一种检疫性病害,近年来在我国多地发生,严重威胁我国甘薯产业的发展。建立特异灵敏的检测D. dadantii的方法对于鉴定检疫病原菌、田间监测病原菌和防控病害有重要意义。本...
甘薯细菌性茎腐病是由达旦提狄克氏菌(Dickeya dadantii)引起的一种检疫性病害,近年来在我国多地发生,严重威胁我国甘薯产业的发展。建立特异灵敏的检测D. dadantii的方法对于鉴定检疫病原菌、田间监测病原菌和防控病害有重要意义。本研究对Dickeya属菌株的全基因组序列进行比较基因组学分析,筛选到D. dadantii特有的标志基因,针对标志基因设计引物,其中针对编码登录号为WP077245517未知蛋白基因的1对引物Dad1-F(5’-CATATCAACCAGACCAGCCGTT-3’)和Dad1-R(5’-CGGCCTGCTTTTAAACAACGTATTA-3’)能只从D. dadantii扩增到167 bp目的片段。由此建立了特异灵敏的常规PCR和实时荧光定量PCR检测D. dadantii的方法,为鉴定检疫甘薯茎腐病病原菌和田间监测病害提供了有效方法。
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关键词
软腐病
甘薯茎腐病
狄克氏菌
保守标志蛋白
种特异基因
原文传递
题名
三种四膜虫全基因组N^(6)-甲基腺嘌呤比较研究
1
作者
王粟
柴小翠
张晶
杨文涛
袁冬霞
熊杰
机构
大连海洋大学
中国科学院水生生物研究所
中国科学院大学
出处
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期574-583,共10页
基金
国家自然科学基金(31672281)资助。
文摘
为了揭示N^(6)-甲基腺嘌呤(6mA)在近缘物种间的分布规律和物种进化过程中的变化,研究在分离2种四膜虫(Tetrahymena malaccensis和Tetrahymena pyriformi)大核的基础上,利用三代测序技术绘制了其全基因组单碱基分辨率6mA图谱,结合公共数据库中已有的模式种Tetrahymena thermophila数据,开展了3种四膜虫比较6mA甲基化组分析,发现:(1)3种四膜虫6mA甲基化位点分布特征类似,包括呈约200 bp周期性分布和具有保守AT基序;(2)6mA主要分布于基因的5′端,在种间直系同源基因上的分布模式具有区域近似性,但在单碱基水平不完全保守;(3)在种内近期复制的并系同源基因中,6mA分布在单碱基水平具有较高的保守性;(4)结合3种四膜虫的分化时间,估算出了四膜虫中6mA动态变化过程,6mA位点建立的速度大约为每Mb每百万年69.9—226个位点。
关键词
全
基因
组
N^(6)-甲基腺嘌呤
比较甲基化组
保守
基因
种特异基因
四膜虫
Keywords
Whole genome
N^(6)-methyladenine
Comparative 6mA methylome
Conserved gene
Species-specific genes
Tetrahymena
分类号
Q344.1 [生物学—遗传学]
下载PDF
职称材料
题名
基于Dickeya dadantii特有标志基因检测甘薯茎腐病菌
被引量:
3
2
作者
吴秀芹
罗金燕
孙国昌
易建平
李斌
安千里
机构
浙江大学生物技术研究所
上海市农业技术推广服务中心
浙江省农业科学院植物保护与微生物研究所
上海出入境检验检疫局
出处
《植物病理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第5期688-698,共11页
基金
浙江省重点研发项目(2017C02002)
浙江省自然科学基金(LY19C010007)
上海市农业基础性研究项目[沪农科攻字(2014)第7-3-1号、沪农科攻字(2015)第4-4号]
文摘
甘薯细菌性茎腐病是由达旦提狄克氏菌(Dickeya dadantii)引起的一种检疫性病害,近年来在我国多地发生,严重威胁我国甘薯产业的发展。建立特异灵敏的检测D. dadantii的方法对于鉴定检疫病原菌、田间监测病原菌和防控病害有重要意义。本研究对Dickeya属菌株的全基因组序列进行比较基因组学分析,筛选到D. dadantii特有的标志基因,针对标志基因设计引物,其中针对编码登录号为WP077245517未知蛋白基因的1对引物Dad1-F(5’-CATATCAACCAGACCAGCCGTT-3’)和Dad1-R(5’-CGGCCTGCTTTTAAACAACGTATTA-3’)能只从D. dadantii扩增到167 bp目的片段。由此建立了特异灵敏的常规PCR和实时荧光定量PCR检测D. dadantii的方法,为鉴定检疫甘薯茎腐病病原菌和田间监测病害提供了有效方法。
关键词
软腐病
甘薯茎腐病
狄克氏菌
保守标志蛋白
种特异基因
Keywords
soft rot disease
stem and root rot of sweet potato
Dickeya
conserved signature protein
species-specific gene
分类号
S435.311 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
三种四膜虫全基因组N^(6)-甲基腺嘌呤比较研究
王粟
柴小翠
张晶
杨文涛
袁冬霞
熊杰
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
下载PDF
职称材料
2
基于Dickeya dadantii特有标志基因检测甘薯茎腐病菌
吴秀芹
罗金燕
孙国昌
易建平
李斌
安千里
《植物病理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
3
原文传递
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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