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赤水河半的遗传多样性和种群历史动态分析 被引量:15
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作者 李文静 王环珊 +4 位作者 刘焕章 曹文宣 王小明 于江 朱昕 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期106-113,共8页
在赤水河的水潦、茅台、二合、太平、赤水市5个样点共采集了168尾半Hemiculterella sauvagei,通过线粒体DNA的细胞色素b(Cyt b)基因序列分析了半种群遗传多样性和种群历史动态。获得序列长度为1137 bp,其中包含42个变异位点,13个单... 在赤水河的水潦、茅台、二合、太平、赤水市5个样点共采集了168尾半Hemiculterella sauvagei,通过线粒体DNA的细胞色素b(Cyt b)基因序列分析了半种群遗传多样性和种群历史动态。获得序列长度为1137 bp,其中包含42个变异位点,13个单突变位点,29个简约信息位点。168条序列共检测到38种单倍型,单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(P_i)分别为0.895±0.012和0.00487±0.00695。分子方差分析(Analysis of Molecular Variance,AMOVA)显示:遗传变异主要来源于种群内部(80.95%)。F_(st)值统计表明,赤水市种群与茅台、二合、水潦种群之间存在高度分化,与太平镇种群之间存在中度分化,其他种群之间无显著差异,这表明分布在赤水市和其他4个地理种群的半应作为不同的管理单元(MU)进行保护。Mega 6.0软件计算5个种群之间的平均净遗传距离范围为0.004—0.006。中性检验结果为水潦、太平和赤水市的F_s值为负值,表明这3个地理种群的半曾发生过种群扩张。采用1%per Myr的突变速率推算出半水潦种群扩张时间大约在0.43百万年前,太平镇种群大约在0.40百万年前,赤水市种群大约在0.37百万年前。 展开更多
关键词 赤水河 半 遗传多样性 种群历史动态 遗传分化
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金沙江中下游圆口铜鱼遗传多样性与种群历史动态分析 被引量:5
2
作者 何勇凤 朱永久 +5 位作者 龚进玲 朱挺兵 吴兴兵 李学梅 孟子豪 杨德国 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期37-47,共11页
以线粒体Cyt b和COⅠ基因作为分子标记,对金沙江中下游江段的圆口铜鱼进行遗传多样性和种群历史动态分析。结果显示,393尾圆口铜鱼样本共检测出91个串联基因序列单倍型,呈现较高的单倍型多样性(0.936±0.006)和较低的核苷酸多样性(0... 以线粒体Cyt b和COⅠ基因作为分子标记,对金沙江中下游江段的圆口铜鱼进行遗传多样性和种群历史动态分析。结果显示,393尾圆口铜鱼样本共检测出91个串联基因序列单倍型,呈现较高的单倍型多样性(0.936±0.006)和较低的核苷酸多样性(0.00489±0.00009);基于单倍型构建的分子系统发育树及Medianjoining网络关系图表明,金沙江中下游的圆口铜鱼单倍型不呈现明显的地理分布格局,但呈现出3个较明显的单倍型谱系分支(Clade 1、Clade 2和Clade 3),出现Clade 1谱系分支的时间大约在3.66 Ma,出现Clade 2和Clade 3谱系分支的时间大约在2.93 Ma;分子方差分析(AMOVA)显示金沙江中下游圆口铜鱼的遗传差异主要来自不同地理群体内(占96.62%)和不同谱系分支间(占81.29%),不同地理群体间和不同谱系分支内部的遗传差异分别约占3.38%和18.71%;金沙江中下游不同地理群体间的遗传分化指数(F_(st))为–0.008—0.045,除屏山群体与其他群体间未达到显著水平外,其他两两群体间均达到低等显著分化水平(F_(st)<0.05,P<0.05),但3个谱系分支之间呈现极大遗传分化水平(F_(st)>0.25,P<0.001);中性检验、错配分析及BSP(Bayesian Skyline Plot)分析表明,金沙江中下游圆口铜鱼野生群体在近期发生过种群扩张现象,扩张时间大约在0.0007—0.0004 Ma。综合分析表明,青藏高原隆升和全新世小冰川时期冰川的演化在金沙江圆口铜鱼种群历史动态方面发挥了重要影响作用。因此,为了更好地保护圆口铜鱼野生资源,作者建议特别关注金沙江中下游圆口铜鱼3个线粒体DNA谱系分支,并用于有效指导养殖生产。 展开更多
关键词 圆口铜鱼 金沙江 遗传多样性 种群历史动态
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高原鼢鼠种群历史动态研究 被引量:4
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作者 唐利洲 于龙 +4 位作者 陈建刚 朱磊 王俊杰 丁伟 苏建平 《四川动物》 CSCD 北大核心 2010年第5期521-526,共6页
利用细胞色素b基因序列作为分子遗传标记,分析了高原鼢鼠Eospalax baileyi整个分布区及4个地理种群历史动态变化。结果显示,0.33~0.16百万年前(Ma),该物种有效种群大小出现最高值与最低值,种群剧烈波动;0.16~0.08Ma,种群大小基本保持... 利用细胞色素b基因序列作为分子遗传标记,分析了高原鼢鼠Eospalax baileyi整个分布区及4个地理种群历史动态变化。结果显示,0.33~0.16百万年前(Ma),该物种有效种群大小出现最高值与最低值,种群剧烈波动;0.16~0.08Ma,种群大小基本保持不变;0.08Ma至今,基本呈现缓慢下降趋势。结果充分说明倒数第二次冰期造成了高原鼢鼠有效种群大小的急剧下降或波动,间冰期有利于该物种种群数量稳定水平的维持,而末次冰期仅仅限制了有效种群大小的增加,并未导致种群崩溃或灭绝。 展开更多
关键词 高原鼢鼠 种群历史动态 有效种群大小 突变速率 冰期
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基于Cyt b基因的雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河墨脱裂腹鱼的遗传多样性及种群历史动态分析 被引量:7
4
作者 俞丹 张智 +4 位作者 张健 林鹏程 熊淑蓉 唐芬莲 刘焕章 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期923-930,共8页
以线粒体Cyt b基因为分子标记,对雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河的墨脱裂腹鱼进行遗传多样性及种群历史动态分析。结果显示,167尾墨脱裂腹鱼样本共检测到21个单倍型,呈现较高的单倍型多样性(h=0.768)和较低的核苷酸多样性(π=0.00167)... 以线粒体Cyt b基因为分子标记,对雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河的墨脱裂腹鱼进行遗传多样性及种群历史动态分析。结果显示,167尾墨脱裂腹鱼样本共检测到21个单倍型,呈现较高的单倍型多样性(h=0.768)和较低的核苷酸多样性(π=0.00167)。基于单倍型构建的分子系统发育树及Network网络关系图表明,所有来自墨脱江段及察隅河的单倍型不能按照地理分布各自聚类,而是相互混杂聚在一起。不同地理种群间的遗传分化指数(FS T)为–0.014—0.771,其中金珠藏布(JZZB)与其他种群呈现出高度分化(FS T:0.372—0.771)。分子方差分析(AMOVA)显示当JZZB种群为一组,剩余6个种群为一组时,组间遗传差异最大,表明JZZB种群与其他种群具有显著分化。相反,虽然察隅河与墨脱江段的地理距离较远,但是察隅河与墨脱江段其他种群之间(除了JZZB)的FST为0.093—0.169,仅显示中等分化水平,表明察隅河种群与雅鲁藏布江种群尚有少量的基因交流。中性检验、错配分析及BSP(Bayesian skyline plot)分析显示,雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河的墨脱裂腹鱼种群在末次间冰期(0—0.137 Ma)发生过种群扩张现象。 展开更多
关键词 雅鲁藏布江 墨脱裂腹鱼 遗传多样性 种群历史动态
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黑龙江省张广才岭北部小飞鼠的遗传多样性与种群历史动态
5
作者 田新民 廉明栋 +3 位作者 宋雅祺 刘小慧 杨孟平 陈红 《兽类学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期398-409,共12页
小飞鼠(Pteromys volans)为树栖夜行滑行类啮齿动物,在森林种子传播和维持生态系统平衡等方面发挥着重要的生态学作用。本研究利用mtDNA Cyt b、控制区和nDNA微卫星3种分子标记,对黑龙江省张广才岭北部的小飞鼠种群进行遗传多样性与历... 小飞鼠(Pteromys volans)为树栖夜行滑行类啮齿动物,在森林种子传播和维持生态系统平衡等方面发挥着重要的生态学作用。本研究利用mtDNA Cyt b、控制区和nDNA微卫星3种分子标记,对黑龙江省张广才岭北部的小飞鼠种群进行遗传多样性与历史动态分析。检测出Cyt b全序列(1140 bp)的平均单倍型多样性为0.909,平均核苷酸多样性为0.616%;控制区全序列(1066 bp)的平均单倍型多样性为0.945,平均核苷酸多样性为1.698%;微卫星检测出种群平均等位基因数13.167个,观测杂合度0.727,期望杂合度0.864,近交系数0.159。结果表明,小飞鼠种群遗传多样性丰富,但存在一定程度的杂合度不足和近亲繁殖;未检测到种群近期遗传瓶颈效应,种群内无遗传分化。高比例的稀有单倍型(≥60%)、低频率等位基因与近亲繁殖,提示未来种群面临遗传多样性下降的风险,建议加大对该物种的关注和保护力度。基于Cyt b基因的系统进化关系结果表明,小飞鼠存在3个明显的遗传谱系:远东、欧亚大陆北部和日本北海道,本研究中张广才岭和大兴安岭的样本单倍型归属为远东谱系。 展开更多
关键词 小飞鼠 MTDNA 微卫星 遗传多样性 种群历史动态
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岩原鲤遗传多样性和种群历史动态研究 被引量:10
6
作者 张晓宇 张富铁 +1 位作者 姚富城 王剑伟 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期330-338,共9页
研究基于线粒体DNA细胞色素b(mtDNA Cyt b)基因序列,对2013—2017年间采自我国长江上游贵州省赤水市和重庆市万州区共161尾岩原鲤(Procypris rabaudi)个体进行了遗传多样性分析。结果表明,在所有个体序列中,A、T、C、G碱基的平均含量分... 研究基于线粒体DNA细胞色素b(mtDNA Cyt b)基因序列,对2013—2017年间采自我国长江上游贵州省赤水市和重庆市万州区共161尾岩原鲤(Procypris rabaudi)个体进行了遗传多样性分析。结果表明,在所有个体序列中,A、T、C、G碱基的平均含量分别为30.2%、27.9%、28.2%和13.7%,(A+T)含量(58.1%)明显大于(G+C)含量(41.9%),表现出较强的反G偏倚性。161条序列检测到18个变异位点,定义了15种单倍型,整体单倍型多样性指数(Hd)、核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.590、0.00132;岩原鲤赤水群体遗传多样性水平低于万州群体;万州群体的单倍型多样性和核苷酸多样性均呈现逐年降低的趋势,但是赤水群体的单倍型多样性和核苷酸多样性呈现逐年增加的趋势。基于最大似然法构建的系统发育树和单倍型网络图结果一致,万州和赤水群体并未形成明显的地理分布格局。Mega 6.0软件计算2个群体之间的遗传距离为0.001。Fst值统计表明,2个地理群体间Fst值为0.01749(P>0.05),群体间没有出现遗传分化现象。两群体间基因交流频繁,基因流Nm=24.71。分子方差分析(Analysis of Molecular Variance,AMOVA)显示:98.25%的遗传变异是由群体内产生的。中性检验结果表明万州岩原鲤群体历史上曾发生过种群扩张事件,时间约为0.15百万年前。岩原鲤群体整体上遗传多样性偏低,急需提出合理的管理措施,以加强长江流域岩原鲤物种的资源保护。 展开更多
关键词 岩原鲤 CYT B基因 遗传多样性 种群历史动态 赤水 万州
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基于线粒体控制区的中国近海竹荚鱼种群遗传结构和种群历史动态分析 被引量:1
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作者 任慧敏 张衡 +4 位作者 许莎莎 李圣法 李建生 李治洪 何利军 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期36-44,共9页
竹荚鱼(Trachurus japonicus)是中国近海主捕鱼种之一,在海洋食物网中扮演了重要角色,然而环境污染和过度捕捞导致其出现种群数量衰退以及个体趋于小型化等现象。为了解中国近海竹荚鱼的种群遗传格局,文章以线粒体DNA控制区为遗传标记... 竹荚鱼(Trachurus japonicus)是中国近海主捕鱼种之一,在海洋食物网中扮演了重要角色,然而环境污染和过度捕捞导致其出现种群数量衰退以及个体趋于小型化等现象。为了解中国近海竹荚鱼的种群遗传格局,文章以线粒体DNA控制区为遗传标记研究了东海大陆架、福建近海和南海北部湾竹荚鱼群体的遗传结构以及种群历史动态。结果表明,中国近海竹荚鱼整体呈现高单倍型多态性(H_(d)=0.998±0.001)和高核苷酸多态性(π=0.01259±0.00041)的遗传多样性特征。单倍型网络图呈现为星形辐射状的单一谱系,利用最大似然法构建的系统进化树也未发现谱系分化。不同海区地理群体的分子方差分析显示东海群体和南海北部湾群体间无遗传分化,遗传变异主要来源于群体内部(99.39%)。中性检验和核苷酸歧点分布分析结果暗示各海区竹荚鱼群体(东海、南海北部湾)以及整个群体均经历过近期的种群扩张。中国近海竹荚鱼群体呈现为遗传均匀的种群结构,可以作为一个单一的种群加以管理,人类高强度捕捞压力尚未影响其种群恢复潜力。 展开更多
关键词 竹荚鱼 遗传多态性 种群遗传结构 种群历史动态 线粒体控制区
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分子标记在种群历史动态研究中的应用 被引量:5
8
作者 刘丽丽 李建辉 程海翔 《农业科技通讯》 2014年第7期207-211,共5页
种群历史动态是分子系统地理学研究的核心内容,可用于阐明过去的地质气候变化以及人类活动等历史事件对当前物种分布的影响,同时也有助于制定合理有效的濒危物种保护策略。研究种群历史动态最常用的分子标记是微卫星标记以及基于线粒体... 种群历史动态是分子系统地理学研究的核心内容,可用于阐明过去的地质气候变化以及人类活动等历史事件对当前物种分布的影响,同时也有助于制定合理有效的濒危物种保护策略。研究种群历史动态最常用的分子标记是微卫星标记以及基于线粒体DNA和叶绿体DNA的片段分析,最常用的分析软件是DnaSP v5.10、ARLEQUIN v3.5、msvar 1.3以及DIYABC v1.0.4.46。通过对分子标记在种群历史动态研究中的一些应用案例进行分析,探讨了当前此项研究中存在的问题,揭示了今后的发展趋势。 展开更多
关键词 分子标记 种群历史动态 分子系统地理学
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白洋淀流域宽鳍鱲遗传多样性及种群历史动态 被引量:3
9
作者 杨慧兰 王银肖 +3 位作者 谭慧敏 穆淑梅 康现江 陈咏霞 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期837-846,共10页
基于线粒体Cytb和COI基因联合对白洋淀流域沙河和拒马河宽鳍鱲种群遗传多样性及种群历史动态进行分析。结果表明:141个样本中检测出45个单倍型,种群间共享单倍型有2个。拒马河种群的单倍型多样性与核苷酸多样性(h=0.712 0,π=0.011 82)... 基于线粒体Cytb和COI基因联合对白洋淀流域沙河和拒马河宽鳍鱲种群遗传多样性及种群历史动态进行分析。结果表明:141个样本中检测出45个单倍型,种群间共享单倍型有2个。拒马河种群的单倍型多样性与核苷酸多样性(h=0.712 0,π=0.011 82)均高于沙河种群(h=0.451 4,π=0.003 13)。AMOVA分子方差分析、种群间遗传分化指数(FST)及系统发育树均表明2个种群间未出现明显分化,种群内变异(96.43%)大于种群间变异,种群之间存在较大的基因流(6.745)。中性检验、错配分析显示沙河种群和拒马河种群未经历过种群扩张,贝叶斯天际线点图显示沙河种群保持稳定,拒马河种群在0.004百万年前经历了种群扩张。白洋淀流域宽鳍鱲有效种群在0.175百万年前~0.125百万年前经历种群扩张,后维持稳定。结合单倍型网格图及系统发育树分析,沙河种群经历过奠基者效应。参考鲤科鱼类Cytb基因每百万年0.84%~1.00%的进化速率,2个地理种群的分歧时间为0.089百万年前~0.067百万年前。 展开更多
关键词 宽鳍鱲 CYTB COI 遗传多样性 种群历史动态
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基于查尔酮合酶基因探讨鲜卑花的种群动态历史与遗传分化 被引量:2
10
作者 付鹏程 高庆波 +1 位作者 张发起 陈世龙 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期700-705,共6页
以高山灌木鲜卑花为研究材料,收集其在中国全部分布区域内的13个居群共139个个体,以查尔酮合酶基因(CHS)的内含子区域为分子标记,探讨鲜卑花的种群动态历史、遗传分化的时间与成因。在鲜卑花中CHS共鉴定了29种单倍型,单倍型多样性和核... 以高山灌木鲜卑花为研究材料,收集其在中国全部分布区域内的13个居群共139个个体,以查尔酮合酶基因(CHS)的内含子区域为分子标记,探讨鲜卑花的种群动态历史、遗传分化的时间与成因。在鲜卑花中CHS共鉴定了29种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.9248和0.007 545,遗传变异大;贝叶斯分析说明鲜卑花种内遗传分化的时间始于4.37 Ma左右。中性检验与歧点分布分析一致表明鲜卑花在近期经历了明显的居群扩张,估算的扩张时间在55.8 ka左右。研究结果表明鲜卑花在末次冰期间冰阶时期从冰期避难所向外经历了明显的居群扩张;而青藏高原的整体隆升导致的环境剧变,加剧了鲜卑花居群间的遗传分化。 展开更多
关键词 鲜卑花 种群动态历史 遗传分化 查尔酮合酶
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华南地区大刺鳅的遗传结构与群体动态历史研究 被引量:1
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作者 高尚 李跃飞 +1 位作者 李捷 陈蔚涛 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期42-49,共8页
为掌握华南地区大刺鳅(Mastacembelus armatus)的遗传种质资源现状,并为其管理和保护提供科学依据,采集了华南地区7个独立水系的16个地理群体共计140尾大刺鳅样本,基于Sanger测序获得了2个线粒体基因(COI和Cytb),综合多种分析方法对其... 为掌握华南地区大刺鳅(Mastacembelus armatus)的遗传种质资源现状,并为其管理和保护提供科学依据,采集了华南地区7个独立水系的16个地理群体共计140尾大刺鳅样本,基于Sanger测序获得了2个线粒体基因(COI和Cytb),综合多种分析方法对其遗传结构和群体动态史展开研究。结果表明,华南地区大刺鳅群体形成了3个谱系(I、II和III),分化时间介于0.596~0.676 Ma(百万年前)。此外,单倍型网状图发现不同谱系群体存在共域分布的现象,并提示海南岛群体与大陆群体之间可能存在两条扩散路线。群体遗传分析发现大刺鳅群体间存在显著的遗传分化(F_(ST)=0.676,P<0.001),并且符合距离隔离模式(R=0.463,P=0.001),暗示空间距离是造成大刺鳅遗传分化的一个重要因素。种群动态历史分析表明,大刺鳅群体可能在0.025 Ma经历了种群扩张事件。 展开更多
关键词 大刺鳅 遗传结构 遗传分化 种群动态历史
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东北虎种群的时空动态及其原因分析 被引量:17
12
作者 田瑜 邬建国 +4 位作者 寇晓军 李钟汶 王天明 牟溥 葛剑平 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期211-225,共15页
作者通过对广泛的历史资料的综合分析,研究了东北虎(Panthera tigris altaica)种群在近一个多世纪以来的时空动态及其原因,并从景观生态学和可持续性科学的角度对东北虎的保护提出了建议。东北虎是俄罗斯远东、中国东北、蒙古东部以及... 作者通过对广泛的历史资料的综合分析,研究了东北虎(Panthera tigris altaica)种群在近一个多世纪以来的时空动态及其原因,并从景观生态学和可持续性科学的角度对东北虎的保护提出了建议。东北虎是俄罗斯远东、中国东北、蒙古东部以及朝鲜的关键种。近百年以来的多种人为干扰因素使该种群从一个世纪前的近3,000只的历史最高纪录减少到目前约500只的低水平。现存种群主要分布在俄罗斯远东地区Sikhote山脉的一个大生境区域和两个靠近中俄边境孤立的小生境斑块,少数个体零星分布在中国境内几个小而孤立的生境斑块中。威胁东北虎种群生存的两个最主要因素是捕猎、生境丧失和破碎化。此外,食物匮乏、战争等因素也对东北虎的生存和繁衍有一定程度的影响。我们建议建立长期监测平台;禁止盗猎并限制在东北虎潜在栖息地采伐、狩猎以及修筑道路等人类活动;建立相互连通的保护区域,特别是建立中国与俄罗斯间跨国界的生态廊道。这些保护措施应该以景观生态学和可持续性科学为指导,实现空间资源的合理配置和土地利用格局的优化,同时考虑东北虎种群的生存和当地经济、社会发展的需求,从而促进实现区域可持续发展的最终目标。 展开更多
关键词 东北虎 种群历史动态和空间格局 生境丧失和破碎化 东北虎保护策略与措施 景观生态学与可持续性科学
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青藏高原钻叶龙胆的遗传分化与种群动态历史研究 被引量:1
13
作者 付鹏程 刘玉玉 史明艳 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期1294-1301,共8页
青藏高原是全球生物多样性中心之一,是研究物种形成和适应性进化的热点地区。龙胆属小龙胆组(Gentiana section Chondrophyllae s.l.)占整个龙胆属物种数目的近一半,以青藏高原为分化中心,但组内物种的遗传分化及其影响因素并不清楚。... 青藏高原是全球生物多样性中心之一,是研究物种形成和适应性进化的热点地区。龙胆属小龙胆组(Gentiana section Chondrophyllae s.l.)占整个龙胆属物种数目的近一半,以青藏高原为分化中心,但组内物种的遗传分化及其影响因素并不清楚。该研究以小龙胆组青藏高原特有植物——钻叶龙胆(G.haynaldii Kanitz)为研究对象,基于不同遗传方式的分子标记,通过种群遗传结构、遗传分化、种群动态历史和物种分布模型等分析,探讨其在青藏高原的分化历史。结果表明:(1)钻叶龙胆具有高的遗传多样性,种内遗传分化程度很高(叶绿体FST=0.532;ITS FST=0.511)。(2)钻叶龙胆种内的遗传分化主要发生在第四纪冰期以来,表明第四纪气候波动是钻叶龙胆分化的主要外部因素。(3)种群动态历史分析中,钻叶龙胆种群大小发生过扩张;物种分布模型分析表明,钻叶龙胆的分布区域在近期比较稳定,未发生明显扩张或收缩。该研究结果为龙胆属及青藏高原植物类群的物种分化和适应性研究提供了参考。 展开更多
关键词 钻叶龙胆 遗传分化 种群动态历史 物种分布模型 青藏高原
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青藏高原岷县龙胆的遗传分化与种群动态历史分析
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作者 付鹏程 韦秋前 史明艳 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期556-564,共9页
青藏高原是全球生物多样性中心之一,是研究物种形成和适应性进化的热点地区。岷县龙胆(Gentiana algida var. purdomii)是青藏高原地区特有植物,具有很高的药用价值。本研究以岷县龙胆种群为对象,基于不同遗传方式的分子标记,通过种群... 青藏高原是全球生物多样性中心之一,是研究物种形成和适应性进化的热点地区。岷县龙胆(Gentiana algida var. purdomii)是青藏高原地区特有植物,具有很高的药用价值。本研究以岷县龙胆种群为对象,基于不同遗传方式的分子标记,通过种群遗传结构、遗传分化、种群动态历史和物种分布模型等分析,探讨其在青藏高原的分化历史。结果表明:岷县龙胆具有高的遗传多样性,叶绿体数据表明种内遗传分化程度很高(FST=0.452),但核基因数据表明种内遗传分化程度很低(FST=0.022),揭示岷县龙胆种内存在强烈的基因流。种群动态历史分析表明岷县龙胆种群大小经历了近期扩张,物种分布模型的结果表明岷县龙胆在末次盛冰期以来分布范围略有扩张。分子钟模型的结果表明岷县龙胆种内的遗传分化主要发生在第四纪冰期以来。以上结果一致表明,第四纪气候波动是岷县龙胆分化的主要外部因素。本研究为龙胆属及青藏高原植物类群的物种分化、适应性研究以及资源开发与保护提供了参考。 展开更多
关键词 岷县龙胆 遗传分化 种群动态历史 物种分布模型 青藏高原
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基于COⅠ基因的中国沿海青蚶野生群体遗传结构及种群动态研究 被引量:8
15
作者 王玲 李琪 +1 位作者 孔令锋 于红 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期87-95,共9页
本研究利用形态学方法和基于线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的遗传学方法分析了中国沿海青蚶(Barbatia virescens)6个地理群体的形态差异、遗传多样性、遗传结构及其种群历史动态。单因素方差分析(ANOVA)和Tukey检验表明,青蚶不同地... 本研究利用形态学方法和基于线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的遗传学方法分析了中国沿海青蚶(Barbatia virescens)6个地理群体的形态差异、遗传多样性、遗传结构及其种群历史动态。单因素方差分析(ANOVA)和Tukey检验表明,青蚶不同地理种群间表现出显著形态差异(P<0.05)。经PCR扩增测序获得长度为587bp的COⅠ基因片段,112个个体共检测到18个多态性位点、17个单倍型,每个群体均有特有单倍型。青蚶群体的遗传多样性水平较低,总群体的平均单倍型多样度为0.5472,平均核苷酸多样度为0.000974。AMOVA分析表明,群体内个体间的遗传分化是青蚶群体遗传变异的主要原因,占87.40%。阳江群体与其他群体之间存在显著的低程度的遗传分化,而其他群体间的遗传分化不显著。单倍型网络关系图呈典型的星状拓扑结构,没有表现出显著的地理谱系结构。单倍型邻接树结果也没有明显分支,未呈现出地域性差异。中性检验和核苷酸不配对分析结果揭示青蚶种群历史上经历了群体扩事件,扩张时间约为26万年前。研究结果为青蚶资源的保护和可持续利用提供了基础资料。 展开更多
关键词 青蚶 细胞色素氧化酶亚基Ⅰ 遗传多样性 遗传结构 种群历史动态
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东亚孑遗植物柳杉属的遗传分化及其种群进化历史 被引量:1
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作者 李鑫玉 王敏求 +5 位作者 袁美灵 Saneyoshi Ueno 武星彤 蔡梦颖 Yoshihiko Tsumura 文亚峰 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第6期66-78,共13页
【目的】研究解析东亚地区柳杉属树种的遗传变异格局与种群分化,模拟其种群历史动态,为东亚植物区系演化研究和柳杉遗传资源保护提供科学依据。【方法】基于14个核基因组微卫星标记(nSSR),检测来自中国和日本共18个天然(或古树)种群的... 【目的】研究解析东亚地区柳杉属树种的遗传变异格局与种群分化,模拟其种群历史动态,为东亚植物区系演化研究和柳杉遗传资源保护提供科学依据。【方法】基于14个核基因组微卫星标记(nSSR),检测来自中国和日本共18个天然(或古树)种群的遗传变异,分析其遗传分化水平和模式,利用DIY ABC模拟其种群进化历史。【结果】柳杉属表现中等程度的遗传多样性(H_(o)=0.472,H_(e)=0.488),种群间具有较高的遗传分化(F_(ST)=0.136)。分子方差分析(AMOVA)结果显示,遗传变异主要来自种群内的个体间,种群内遗传变异占总变异的86.37%(P<0.001)。与地理来源一致,STRUCTURE与DAPC分析将柳杉属树种分为柳杉和日本柳杉2个地理种群,以及中国东南部、中国庐山、日本海沿岸和太平洋沿岸4个谱系。柳杉的遗传多样性(N_(a)=4.571,H_(o)=0.442)低于日本柳杉(N_(a)=4.634,H_(o)=0.510),但种群间存在较高的遗传分化。DIY ABC模拟结果显示,柳杉与日本柳杉的种群和谱系分化发生在11万~34万年前。【结论】受第四纪第三次冰期(庐山亚冰期)影响,柳杉属树种的种群数量迅速减少,退缩至中国东南部和日本西南部避难所,最终分化成柳杉和日本柳杉,分化后的种群有各自独立的进化路线。第四纪气候变化、地理隔离和全新世以来的人为干扰是柳杉属遗传变异格局形成的主要原因。与日本柳杉相比,柳杉资源丰富,但其遗传多样性较低,天然林种群受到严重破坏,亟待有效的科学保护。 展开更多
关键词 柳杉属 遗传分化 遗传结构 种群历史动态 微卫星标记
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基于线粒体Cytb基因的江淮下游6个湖泊翘嘴鲌群体遗传多样性分析
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作者 李大命 杨子萍 +3 位作者 刘燕山 唐晟凯 谷先坤 殷稼雯 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第3期213-220,共8页
以线粒体Cytb基因作为分子标记对长江、淮河下游6个湖泊翘嘴鲌群体共262尾个体的遗传多样性、遗传分化及历史动态进行分析。结果显示,翘嘴鲌Cytb基因序列全长为1141 bp,碱基A+T的含量(55.9%)高于G+C含量(44.1%)。262条Cytb基因序列检出4... 以线粒体Cytb基因作为分子标记对长江、淮河下游6个湖泊翘嘴鲌群体共262尾个体的遗传多样性、遗传分化及历史动态进行分析。结果显示,翘嘴鲌Cytb基因序列全长为1141 bp,碱基A+T的含量(55.9%)高于G+C含量(44.1%)。262条Cytb基因序列检出42个变异位点,定义46个单倍型,总群体单倍型和核苷酸多样性分别为0.916±0.010和0.00256±0.00008;6个群体的单倍型多样性为(0.798±0.059)~(0.927±0.019),核苷酸多样性为(0.00204±0.00027)~(0.00285±0.00018),表明翘嘴鲌遗传多样性属于高Hd和低Pi模式。基于单倍型构建的系统发育树和进化网络图显示,6个群体的单倍型未形成明显的地理格局。分子方差分析(AMOVA)显示,遗传变异主要来自于群体内部(91.64%),群体间遗传分化系数(F_(st))为0.08362(P<0.01);6个群体间的F_(st)为-0.00427~0.15529,其中,长江群体和淮河群体间均具有显著中度或高度遗传分化(P<0.05)。中性检验结果显示,Tajima’s D和Fu’s F_(s)均为负值(P<0.05),核苷酸不配对分布曲线呈现单峰型,表明翘嘴鲌群体在历史上经历过显著的种群扩张。整体来看,江淮下游湖泊的翘嘴鲌野生种质资源遗传多样性较低,长江水系群体和淮河水系群体间有显著的遗传分化,应采取措施恢复翘嘴鲌资源量及提高其遗传多样性,并将长江流域和淮河流域湖泊群体划分为不同的管理单元进行保护。 展开更多
关键词 翘嘴鲌 CYTB基因 遗传多样性 遗传分化 种群历史动态
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中国近海角木叶鲽(Pleuronichthys cornutus)种群遗传多样性研究 被引量:6
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作者 朱叶 章群 +4 位作者 李贵生 刘海林 马奔 黄小彧 司从利 《海洋通报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期552-556,共5页
测定了中国沿海角木叶鲽4个群体57个体的线粒体控制区序列,在长度为549 bp的线粒体控制区序列中,检测到3个插入/缺失位点,24个变异位点(包括11个简约信息位点),共出现了37个单倍型,其中9个为共享单倍型。角木叶鲽整体的单倍型多样度(Hd... 测定了中国沿海角木叶鲽4个群体57个体的线粒体控制区序列,在长度为549 bp的线粒体控制区序列中,检测到3个插入/缺失位点,24个变异位点(包括11个简约信息位点),共出现了37个单倍型,其中9个为共享单倍型。角木叶鲽整体的单倍型多样度(Hd)和核苷酸多态度(P)i结果分别为0.979±0.008和0.00655±0.0037,呈现出高单倍型多样度和低核苷酸多态度分布模式。中性检验结果显示,角木叶鲽种群的Fu's Fs为显著负值,核苷酸不配对分析呈现单峰分布,表明角木叶鲽在历史上经历过种群扩张事件。群体内个体间的平均遗传距离为0.0065,群体间遗传分化指数都为负值(-0.0067^-0.0460)但不显著(P>0.1),AMOVA分析显示遗传变异主要集中在群体内个体间(102.15%),均表明我国近海角木叶鲽种群无明显的分化,可以作为一个渔业管理单位加以保护和利用。 展开更多
关键词 角木叶鲽 线粒体控制区 遗传多样性 群体遗传分化 种群历史动态
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基于线粒体基因的广西变色树蜥种群分子系统关系与遗传多样性 被引量:2
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作者 韦筱媚 刘凡 +6 位作者 颜琳妙 潘亚姐 张月云 赵成坚 徐永莉 李力 黄勇 《四川动物》 北大核心 2017年第5期519-530,共12页
物种分子系统关系是进化生物学领域最基本也是最重要的问题之一。本研究通过测序分析了来自广西等地90个变色树蜥Calotes versicolor的ND2-tRNA基因片段,分析了不同地理种群的单倍型、种群间的遗传分化程度(F_(st))和历史动态,构建了单... 物种分子系统关系是进化生物学领域最基本也是最重要的问题之一。本研究通过测序分析了来自广西等地90个变色树蜥Calotes versicolor的ND2-tRNA基因片段,分析了不同地理种群的单倍型、种群间的遗传分化程度(F_(st))和历史动态,构建了单倍型之间的分子系统关系。结果发现,所研究的地理种群共检测到45个单倍型,总体呈现较高的单倍型多样性(0.941 8)和较低的核苷酸多样性(0.005 5),其中有6个地理种群的个体共享1个单倍型。大部分种群间F_(st)值较高且差异显著,遗传分化程度较高。分子方差分析结果表明,遗传变异主要来自种群内的遗传差异。系统进化分析结果表明,所研究的地理种群并没有出现明显的遗传分支且在地理上没有严格的分布范围和分化,这可能是由于种群间存在渐渗杂交或不完全的谱系筛选。网络关系图也显示各采样种群间不存在明显的谱系结构。种群历史动态分析表明,各地理种群不存在扩张现象。把所有地理种群合并在一起分析表明,贝叶斯轮廓图分析与碱基错配分析方法均检测到种群在历史上发生过快速扩张,约0.05 Ma前存在种群扩张现象。 展开更多
关键词 树蜥属 系统发育 分子进化 种群历史动态 谱系地理
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基于Cyt b基因的江苏省湖鲚种群遗传多样性和遗传结构分析 被引量:3
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作者 李大命 唐晟凯 +5 位作者 刘燕山 谷先坤 殷稼雯 蒋琦辰 张彤晴 潘建林 《中国农学通报》 2021年第20期144-151,共8页
为了解江苏省湖泊湖鲚种群的遗传背景,科学保护和合理利用湖鲚种质资源。采用线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列,研究江苏省6个湖泊群体共224尾个体的遗传结构及进化历史动态。结果显示,224条序列共检出62个变异位点,定义57种单倍型,单倍... 为了解江苏省湖泊湖鲚种群的遗传背景,科学保护和合理利用湖鲚种质资源。采用线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列,研究江苏省6个湖泊群体共224尾个体的遗传结构及进化历史动态。结果显示,224条序列共检出62个变异位点,定义57种单倍型,单倍型和核苷酸多样性分别为0.783±0.028和0.00260±0.00019。AMOVA显示遗传变异主要来源于群体内部(91.45%)。遗传分化系数F_(st)值统计表明,滆湖群体与其他群体之间有高度分化。错配分布和中性检验表明,滆湖群体进化过程中群体大小保持稳定,其他群体则经历了明显的种群扩张,时间大约在0.12百万年前。研究结果表明,江苏省湖鲚群体的遗传多样性较丰富,滆湖群体拥有多个独享单倍型且与其他群体间具有高度的遗传分化,应将滆湖群体与其他群体作为不同的进化显著单元进行管理和利用。 展开更多
关键词 湖鲚 细胞色素B基因 遗传多样性 遗传结构 种群历史动态
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