鲤科鱼蓝黑鲮微卫星位点的种间扩增(英文)

本研究使用105对微卫星引物对7种鲤科鱼类进行跨越种间PCR扩增,共得到14个多态性微卫星位点。其中9个扩增效果较好的位点用于分析来自帕吉勒提河(Bhagirathi,n=20)和戈达瓦里河(Godavari,n=25)的蓝黑鲮(Labeocalbasu)样品的遗传多样性。结果显示,前者在每个位点的平均等位基因数为7.33,而后者为8.11,期望杂合度介于0.795(Bhagirathi)和0.801(Godavari)之间;4个位点MFW11*(Godavari)、R1*(Godavari)、R3*(Bhagirathi)和Lr38*(Bhagirathi和Godavari)都表现出明显的杂合子缺失和哈迪温伯格平衡偏离;而任意两位点间都未观测到连锁不平衡现象;位点R3*极可能存在无效等位基因。上述结果表明这些多态性微卫星位点作为共显性标记在蓝黑鲮群体遗传学研究中有着较好的应用前景。

条斑紫菜(Porphyra yezoensis)dbEST中筛选微卫星位点及引物种间转移扩增

采用电子查询的方法,借助Blast软件从条斑紫菜表达序列标签数据库的20979条序列中筛选微卫星位点,共发现非冗余微卫星位点211个,占整个条斑紫菜EST数据库的1.01%。其中双碱基重复微卫星位点共有35个,占查找微卫星序列总数的16.6%;三碱基微卫星有176个,占83.4%。双碱基重复微卫星中AG/CT形式最多,而三碱基中GGC/GCC最多。从筛选出的微卫星位点中选取序列设计合成引物,用在坛紫菜上进行引物种间转移扩增研究。在总共15对引物中有13对引物在两个种间都有扩增产物。结果表明,微卫星位点在这两种紫菜之间具有很高的同源性。获得的微卫星引物可用来进行种群遗传多样性研究、谱系鉴定和遗传图谱的构建。而微卫星标记的共显性可用来进行紫菜二倍体丝状体纯合性检验,为纯系紫菜品系的鉴定提供分子生物学鉴定方法。

种间转移扩增法筛选长爪沙鼠微卫星位点

目的筛选长爪沙鼠新的微卫星位点,为长爪沙鼠遗传分析提供遗传标记物。方法从GenBank中随机选取小鼠微卫星位点引物536对,用这些引物对长爪沙鼠基因组DNA扩增,将阳性目的条带进行序列分析,找出符合微卫星序列特征的短串联重复序列。结果 536对小鼠微卫星引物在长爪沙鼠基因组中扩增出了313个阳性条带,经序列分析,确定130个长爪沙鼠微卫星位点;其中完美型位点占80.77%(105/130),不完美型位点占19.23%(25/130),与小鼠同源性为24.3%(130/536)。将筛选出的微卫星位点在GenBank中注册,注册号从GU562694到GU562823。结论小鼠和沙鼠的微卫星位点具有较高的同源性,用小鼠的微卫星位点引物直接扩增长爪沙鼠基因组DNA可有效地筛选出长爪沙鼠微卫星位点。

种间转移扩增筛选仙湖苏铁微卫星位点及其遗传多样性研究

运用刺叶苏铁、葫芦苏铁、海南苏铁的SSR引物,在仙湖苏铁中进行种间转移扩增,筛选得到7对引物能扩增出清晰的特异带,其中3对引物的扩增产物具有多态性。为验证微卫星的真实性,扩增产物切胶回收后克隆测序。结果表明：重复单元的数目变化是扩增片段长度多态性的主要来源。运用筛选出的3对SSR标记对4个仙湖苏铁野生种群进行遗传结构研究,等位基因数从2～5,杂合度从0.000～0.667,期望杂合度为0.000～0.610。种群两两遗传分化系数从0～0.382。总体上仙湖苏铁遗传多样性水平低,而种群间遗传分化显著。STRUCTURE分析结果表明,4个野生种群可被分配到3个假想的遗传簇。BOTTLENECK分析结果表明种群近期没有遭遇瓶颈效应。

杉木叶绿体微卫星及其单倍型变异分析

杉木是我国南方重要的用材林树种,但其分子标记开发滞后于其他树种。文章利用种(属、科)间扩增法,从来源于黑松、日本柳杉等的21个叶绿体微卫星(SSR)位点中为杉木筛选适合的标记。结果表明:候选标记位点中有10个能够成功扩增,其中2个位点(CJCP1m_004和CJCP2m_002)具有多态性,其单倍型数量(A)分别为2和6,多样性指数(H)为0.233和0.733。多态性位点的单倍型序列分析结果表明,源于日本柳杉的CJCP2m_002在杉木中属高变异位点,其SSR重复单元类型为(AT)n··(T)n,不同于来源物种的重复单元类型(AT)n。筛选得到的叶绿体微卫星(SSR)标记在杉木分子遗传学研究中具有重要用途。

微卫星位点筛选方法综述

微卫星标记因其丰富的多态性和共显性等特点,已得到了广泛的应用。应用微卫星标记首先需要获得微卫星位点的序列信息,用来设计引物。获得微卫星位点的方法有多种,本文综述了获得和富集微卫星位点的常用方法。最简便、最省时的方法是从公共数据库(如EMBL、Genbank、EST数据库等)或已发表的文献中查找到微卫星位点,但只限于已经有序列数据发布的物种。第二种方法是种间转移扩增,即从相近物种的数据库中查找微卫星位点,或使用已有数据发表的遗传距离相近物种的微卫星标记。第三种方法是从基因组DNA中筛选微卫星位点,其中用于富集微卫星的方法有引物法、磁珠杂交法、尼龙膜杂交法以及RAPD技术法。