条斑紫菜(Porphyra yezoensis)dbEST中筛选微卫星位点及引物种间转移扩增

采用电子查询的方法,借助Blast软件从条斑紫菜表达序列标签数据库的20979条序列中筛选微卫星位点,共发现非冗余微卫星位点211个,占整个条斑紫菜EST数据库的1.01%。其中双碱基重复微卫星位点共有35个,占查找微卫星序列总数的16.6%;三碱基微卫星有176个,占83.4%。双碱基重复微卫星中AG/CT形式最多,而三碱基中GGC/GCC最多。从筛选出的微卫星位点中选取序列设计合成引物,用在坛紫菜上进行引物种间转移扩增研究。在总共15对引物中有13对引物在两个种间都有扩增产物。结果表明,微卫星位点在这两种紫菜之间具有很高的同源性。获得的微卫星引物可用来进行种群遗传多样性研究、谱系鉴定和遗传图谱的构建。而微卫星标记的共显性可用来进行紫菜二倍体丝状体纯合性检验,为纯系紫菜品系的鉴定提供分子生物学鉴定方法。

种间转移扩增法筛选长爪沙鼠微卫星位点

目的筛选长爪沙鼠新的微卫星位点,为长爪沙鼠遗传分析提供遗传标记物。方法从GenBank中随机选取小鼠微卫星位点引物536对,用这些引物对长爪沙鼠基因组DNA扩增,将阳性目的条带进行序列分析,找出符合微卫星序列特征的短串联重复序列。结果 536对小鼠微卫星引物在长爪沙鼠基因组中扩增出了313个阳性条带,经序列分析,确定130个长爪沙鼠微卫星位点;其中完美型位点占80.77%(105/130),不完美型位点占19.23%(25/130),与小鼠同源性为24.3%(130/536)。将筛选出的微卫星位点在GenBank中注册,注册号从GU562694到GU562823。结论小鼠和沙鼠的微卫星位点具有较高的同源性,用小鼠的微卫星位点引物直接扩增长爪沙鼠基因组DNA可有效地筛选出长爪沙鼠微卫星位点。

种间转移扩增筛选仙湖苏铁微卫星位点及其遗传多样性研究

运用刺叶苏铁、葫芦苏铁、海南苏铁的SSR引物,在仙湖苏铁中进行种间转移扩增,筛选得到7对引物能扩增出清晰的特异带,其中3对引物的扩增产物具有多态性。为验证微卫星的真实性,扩增产物切胶回收后克隆测序。结果表明：重复单元的数目变化是扩增片段长度多态性的主要来源。运用筛选出的3对SSR标记对4个仙湖苏铁野生种群进行遗传结构研究,等位基因数从2～5,杂合度从0.000～0.667,期望杂合度为0.000～0.610。种群两两遗传分化系数从0～0.382。总体上仙湖苏铁遗传多样性水平低,而种群间遗传分化显著。STRUCTURE分析结果表明,4个野生种群可被分配到3个假想的遗传簇。BOTTLENECK分析结果表明种群近期没有遭遇瓶颈效应。

微卫星位点筛选方法综述

微卫星标记因其丰富的多态性和共显性等特点,已得到了广泛的应用。应用微卫星标记首先需要获得微卫星位点的序列信息,用来设计引物。获得微卫星位点的方法有多种,本文综述了获得和富集微卫星位点的常用方法。最简便、最省时的方法是从公共数据库(如EMBL、Genbank、EST数据库等)或已发表的文献中查找到微卫星位点,但只限于已经有序列数据发布的物种。第二种方法是种间转移扩增,即从相近物种的数据库中查找微卫星位点,或使用已有数据发表的遗传距离相近物种的微卫星标记。第三种方法是从基因组DNA中筛选微卫星位点,其中用于富集微卫星的方法有引物法、磁珠杂交法、尼龙膜杂交法以及RAPD技术法。