在没有自然选择和突变压力的影响下,DNA分子的每条链都应该满足A=T,C=G,即PR2法则(parity rule type 2)。但实际情况往往偏离PR2,其机制可能是不同的选择压力和不同的突变压力造成了DNA链组成不对称。该文从复制过程中可能的偏好、转录...在没有自然选择和突变压力的影响下,DNA分子的每条链都应该满足A=T,C=G,即PR2法则(parity rule type 2)。但实际情况往往偏离PR2,其机制可能是不同的选择压力和不同的突变压力造成了DNA链组成不对称。该文从复制过程中可能的偏好、转录过程中的偏好、基因方向性偏好和信号序列以及氨基酸限制和密码予使用偏好几个方面来阐述引起DNA链组成不对称性的原因。展开更多
近年来,引起手足口病的多种柯萨奇病毒逐渐引起人们的关注。为探索柯萨奇病毒进化和变异的潜在机制,本文以柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12五种型别病毒的全基因组RNA为研究对象,针对编码结构蛋白的P1区和编码非结构蛋白的P2-P3区基因,分别...近年来,引起手足口病的多种柯萨奇病毒逐渐引起人们的关注。为探索柯萨奇病毒进化和变异的潜在机制,本文以柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12五种型别病毒的全基因组RNA为研究对象,针对编码结构蛋白的P1区和编码非结构蛋白的P2-P3区基因,分别计算五种型别柯萨奇病毒的核苷酸和氨基酸遗传距离、相对同义密码子使用度(Relative synonymous codon usage,RSCU)、有效密码子数(Effective number of codon,ENC),并进行中性进化分析以及对应分析。结果表明,五种型别柯萨奇病毒的密码子使用均存在多样性,偏倚较弱;与G/C相比,它们的密码子第三位更偏向于使用A/U。ENC-plot分析表明,五种型别柯萨奇病毒P1区受到的突变压力作用均强于P2-P3区。然而,中性进化和对应分析的结果提示,突变压力对这些病毒密码子偏倚的形成仅起着较小的作用,而自然选择在病毒的进化过程中起着更重要的作用。本研究基于密码子水平的生物信息学分析,评估了突变压力和自然选择在柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12这五种型别病毒进化中的作用,为深入了解柯萨奇病毒的遗传进化机制提供了理论依据。展开更多
文摘在没有自然选择和突变压力的影响下,DNA分子的每条链都应该满足A=T,C=G,即PR2法则(parity rule type 2)。但实际情况往往偏离PR2,其机制可能是不同的选择压力和不同的突变压力造成了DNA链组成不对称。该文从复制过程中可能的偏好、转录过程中的偏好、基因方向性偏好和信号序列以及氨基酸限制和密码予使用偏好几个方面来阐述引起DNA链组成不对称性的原因。
文摘近年来,引起手足口病的多种柯萨奇病毒逐渐引起人们的关注。为探索柯萨奇病毒进化和变异的潜在机制,本文以柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12五种型别病毒的全基因组RNA为研究对象,针对编码结构蛋白的P1区和编码非结构蛋白的P2-P3区基因,分别计算五种型别柯萨奇病毒的核苷酸和氨基酸遗传距离、相对同义密码子使用度(Relative synonymous codon usage,RSCU)、有效密码子数(Effective number of codon,ENC),并进行中性进化分析以及对应分析。结果表明,五种型别柯萨奇病毒的密码子使用均存在多样性,偏倚较弱;与G/C相比,它们的密码子第三位更偏向于使用A/U。ENC-plot分析表明,五种型别柯萨奇病毒P1区受到的突变压力作用均强于P2-P3区。然而,中性进化和对应分析的结果提示,突变压力对这些病毒密码子偏倚的形成仅起着较小的作用,而自然选择在病毒的进化过程中起着更重要的作用。本研究基于密码子水平的生物信息学分析,评估了突变压力和自然选择在柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12这五种型别病毒进化中的作用,为深入了解柯萨奇病毒的遗传进化机制提供了理论依据。
