早期肺癌患者血浆与肿瘤组织基因突变图谱对比研究

目的:探究早期肺癌患者血浆与肿瘤组织中基因突变图谱差异。方法:收集200例早期肺癌患者新鲜肿瘤组织和血浆样本。肿瘤组织样本直接从患者肺部磨玻璃病变或小结节收集。利用高通量测序(NGS)进行基因测序,采用ATG-Seq系统[包括单分子标签突变跟踪系统(BBAM)、双链对比低频突变解码系统(DDAM)和生信背景抛光纠错系统(BISC)三种优化技术]进行测序。结果:在循环肿瘤DNA(ctDNA)中,某些基因突变的丰度可能低至0.1%,与NGS检测的背景噪音混合,难以区分。ATG-Seq技术有效地编码了ctDNA单分子,大幅度降低了游离细胞DNA(cfDNA)测序的背景噪音。肺腺癌中主要的驱动基因突变包括TP53、表皮生长因子受体(EGFR)等。在早期肺癌患者的cfDNA样本中,血浆cfDNA与肿瘤组织的一致性率较高,且血浆样本中的基因突变检出率低于肿瘤组织样本(均P<0.05)。在肿瘤组织中,EGFR野生型占比为75.00%,EGFR突变型占比为25.00%。在术前血浆中,EGFR野生型占比为6.00%,EGFR突变型占比为94.00%。结论:早期肺癌患者血浆cfDNA遗传谱与肿瘤组织存在较高的一致性,但也有差异。结合两种样本的基因突变信息可为肺癌的早期诊断提供更精确的依据。

早期肺癌患者血浆与肿瘤组织基因突变图谱对比分析

分析早期肺癌患者血浆与肿瘤组织基因突变图谱的对比分析,评价利用血浆对早期肺癌进行辅助诊断的可行性。方法 入组可获取新鲜肿瘤组织及血浆样本的200例早期肺癌患者,患者临床资料齐全且获得知情同意。收集患者的血浆和肿瘤组织样本,经过基因检测后获得基因突变图谱,进行对比分析。结果 组织DNA和ctDNA样本均检测到基因突变,且具有一致性;配对组织DNA与ctDNA检测的准确率平均为65.21%(0-100%),准确率中位值为90.93%。结论 ctDNA检测作为一种疾病诊断和评价肿瘤分子状态的方法,可能有助于早期肺癌的临床诊断和治疗。

原发性骨弥漫性大B细胞淋巴瘤的临床病理特征、突变图谱及预后影响因素分析

目的探讨原发性骨弥漫性大B细胞淋巴瘤(primary bone diffuse large B-cell lymphoma,PB-DLBCL)的临床病理特征、突变图谱及预后影响因素。方法纳入2006年5月至2021年9月上海交通大学医学院附属瑞金医院收治的初治PB-DLBCL患者37例。采用淋巴瘤相关55个基因靶向测序描绘PB-DLBCL患者的突变图谱,采用单因素Cox回归模型评估临床因素和基因突变与无进展生存期(PFS)和总生存期(OS)之间的关系。结果37例初治PB-DLBCL患者中,男性21例(56.8%),年龄>60岁21例(56.8%),Ann Arbor分期为Ⅳ期22例(59.5%),非生发中心来源(non-GCB)亚型22例(59.5%),国际预后指数评分为3~5的患者18例(48.6%)。靶向测序结果显示,MYD88、PIM1、CCND3、CD79B、CIITA、HIST1H1E、KMT2C、PRDM1、TNFAIP3、ZFP36L1为常见突变,突变频率高于20%。单因素分析结果显示,BTG2基因突变(P=0.015)、MYD88基因突变(P=0.049)及MYC/BCL2双表达淋巴瘤(DEL,P=0.009)与PB-DLBCL患者低PFS率显著相关。结论PB-DLBCL患者中non-GCB亚型较为常见,DEL,BTG2和MYD88基因突变是PB-DLBCL患者PFS的不良影响因素。

金华地区非小细胞肺癌基因突变情况回顾性研究

目的观察金华地区111例非小细胞肺癌的基因突变情况,统计美国国家综合癌症网络(NCCN)指南推荐用药及耐药最相关的10个基因。方法采用二代测序方法进行检测。结果在84例腺癌(88.42%)和14例鳞癌(87.5%)中检出了基因突变。EGFR的突变频率最高,67例(60.36%)患者中检出突变,次之为KRAS突变12例(10.81%),其他基因也均有突变检出。检测到的突变类型包括点突变、短的插入缺失、基因融合。检出多突变的患者有17例,其中双突变13例,三突变4例。结论金华地区的肺癌患者基因突变频率与国内已经报道的人群数据相似,利用二代测序方法进行基因检测可有效指导临床用药。

中国人群中16个已知肺癌基因突变的综合性分析

目的:对过去已知的肺癌基因在中国人群中的突变分布进行综合性的分析,指导肺癌的临床治疗。方法:通过文献查阅,挑选出16个已知的肺癌基因。在112例肺癌样本中,对这16个基因进行大样本的靶基因测序并用Sanger测序来验证。同时,对突变在不同亚组中的分布差异进行分析。结果:16个已知肺癌基因突变可评价60.4%肺癌样本。同时,这些基因的在不同的样本亚组中表现出不同的突变特点;通过功能域的分析及蛋白空间结构的模拟,发现9个可能的突变热点既位于蛋白的功能域内又能导致蛋白空间结构或者表面电荷分布的异常。结论:通过靶基因深度测序,全面分析了16个已知肺癌基因在肺癌不同亚组中的突变分布差异,发现并初步验证了9个可能的肺癌突变热点。

全外显子组测序技术在32例肺动脉高压患者中的应用

目的探讨肺动脉高压(PH)在中国人群中的遗传性病因及特点,深入分析该疾病的基因型与临床表型之间的关系。方法选取有PH相关疾病表型的32例患者进行全外显子组基因序列捕获,利用Illumina Novaseq6000的标准操作流程进行测序,通过生物信息学的方法并根据美国医学遗传学和基因组学会(ACMG)指南对先证者的变异位点进行致病性评估,同时对受检者及其双亲的致病性变异位点进行一代验证。结果患者的平均发病年龄为25岁,其中20~40岁的患者占所有受检者的56.3%(18/32)。检测到6个基因含有致病性变异位点,分别为BMPR2、LDLR、ACVRL1、PROC、MMACH、DLL4,全外显子组测序(WES)的阳性检出率为43.8%(14/32)。结论WES作为临床诊断PH的一个有效辅助手段,在由基因变异引起的临床表型复杂疾病的早期识别和个体化精准用药中有重要意义。