竹鼠细小病毒PCR检测方法的建立

为了建立竹鼠细小病毒PCR检测方法,试验通过对竹鼠细小病毒及其同属各病毒基因序列进行比对分析,设计了针对竹鼠细小病毒NS1基因片段的一对特异性引物,经优化建立了竹鼠细小病毒PCR检测方法。结果表明：在56℃退火温度条件下,能得到理想的目的片段。经琼脂糖凝胶电泳,该方法能特异性地扩增竹鼠细小病毒,不能扩增竹鼠圆环病毒、竹鼠内源性反转录病毒、竹鼠乳酸脱氢酶增高病毒;检验敏感性高,灵敏度可达125 pg/μL。

竹鼠细小病毒NS1基因序列测定与分析

为了了解广西地区竹鼠细小病毒的分子生物学特性与遗传变异情况,通过PCR、序列比对分析等方法,对采集到的某竹鼠场腹泻病料进行病原学检查。结果表明,用设计的引物A1/A2从竹鼠血清、内脏中检测到2株竹鼠细小病毒,将其分别命名为1-XQ、3-ZQ。用软件分析,1-XQ、3-ZQ核苷酸同源性为99.9%;与另外2株广西竹鼠细小病毒分离株的核苷酸同源性分别为96.8%~97.5%和96.9%~97.6%;与蝙蝠细小病毒的同源性较高,为98.9%~99.0%;与老鼠细小病毒的同源性为87.3%~87.6%;与牛、鹅、番鸭以及人类等其他种类细小病毒核苷酸同源性较低,为31.8%~41.6%。说明1-XQ、3-ZQ与广西竹鼠分离毒株、中国分离到的蝙蝠毒株亲缘关系最近,属于同一分支。

竹鼠源细小病毒分离鉴定及全基因组序列分析

【目的】了解并掌握广西地区竹鼠细小病毒(Bamboo rat parvovirus,BRPV)的生物学特性及遗传变异情况,为BRPV的防控提供理论依据和技术支撑。【方法】用养殖场患病死亡的竹鼠病料制备组织上清液,采用Vero细胞同步接毒法进行病毒分离,通过细胞病变观察、PCR、透射电镜观察及血凝试验等方法鉴定,设计合成特异性扩增引物对BRPV全基因组序列进行测序分析。【结果】分离获得的病毒可在Vero细胞上稳定生长增殖,感染细胞变长、变梭或成拉丝状;病毒纯化后经电镜观察可见呈立体对称、无囊膜、直径20~25 nm的病毒粒子;经PCR鉴定、凝集试验及全基因组测序表明,分离株为BRPV。本研究共获得3株BRPV(GenBank登录号:MF497824、MF497825、MF497826),毒株基因组全长约4758 bp,全基因组序列比对发现,其与蝙蝠源细小病毒关系较近。BRPV基因编码氨基酸遗传特征与其宿主特异性有很强的相关性,NS 1基因编码氨基酸变异与蝙蝠及大鼠源细小病毒更接近,与其处于同一分支,核苷酸相似性为96.9%~97.6%,氨基酸相似性为97.5%~98.4%。其中第257和360位氨基酸属于高突变位点;基于VP 2基因编码氨基酸的遗传进化树显示,其进化树处在一个独立的分支上,与大鼠源及犬、猫等动物源细小病毒核苷酸相似性为58.3%~66.8%,氨基酸相似性为51.6%~63.0%。VP2蛋白第8、99、114、118、247和253位氨基酸存在宿主偏好性,第53和386位氨基酸属于高突变位点。【结论】本研究分离获得的BRPV为一种细小病毒,本研究结果明确了中国BRPV遗传特性及病毒粒子形态特征,为BRPV的流行病学调查及防控奠定了基础。