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陆川小笠贝线粒体全基因组测序及笠贝科系统发育分析
1
作者
苗菁
李继姬
+2 位作者
叶莹莹
郭宝英
徐开达
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第8期1248-1260,共13页
为对笠贝科进行系统发育分析,研究通过二代测序技术得到了陆川小笠贝(Lottia luchuana)的线粒体全基因组,对基因组基本结构特点做了分析,发现共含有38个基因,包含13个蛋白质编码基因(PCGs),2个RNA,23个tRNA。对碱基含量分析发现T碱基含...
为对笠贝科进行系统发育分析,研究通过二代测序技术得到了陆川小笠贝(Lottia luchuana)的线粒体全基因组,对基因组基本结构特点做了分析,发现共含有38个基因,包含13个蛋白质编码基因(PCGs),2个RNA,23个tRNA。对碱基含量分析发现T碱基含量最高为32.34%,C碱基最低为14.99%,选择笠贝科13个物种的线粒体基因组进行选择压力分析发现所有PCGs都受到纯化选择。另外通过结合腹足纲下6个亚纲的线粒体基因组的13个PCGs构建了系统发育树,发现笠贝科为单系群,与帽贝科Patellidae具有较近的亲缘关系。对笠形腹足亚纲的线粒体基因重排进行比较发现笠贝科在笠形腹足亚纲中表现出最广泛的不规律的重排。从重建的笠形腹足亚纲的分歧时间的年代图谱,得到笠贝的分化最早发生在中生代侏罗纪时期,在新生代物种大量分化。研究结果有助于理解不同笠贝物种的亲缘关系,以及腹足纲内各亚纲之间的进化地位与关系。
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关键词
笠贝科
笠
形腹足亚纲
线粒体基因组
系统发育分析
分歧时间
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职称材料
基于线粒体COI及16S rRNA基因序列的笠贝科系统进化研究
2
作者
顾忠旗
苗菁
+2 位作者
马颜雯
黄继
叶莹莹
《浙江海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
2023年第3期205-211,254,共8页
采集了中国东南沿海地区笠贝科3属7种笠贝样品:陆川小笠贝、北戴河小笠贝Nipponacmea sp.、黑新笠贝、鸡爪拟帽贝、琉球拟帽贝,通过PCR扩增笠贝的COI及16S rRNA基因片段并测序,另外从GenBank中下载了笠贝科11种笠贝的COI和16S rRNA基因...
采集了中国东南沿海地区笠贝科3属7种笠贝样品:陆川小笠贝、北戴河小笠贝Nipponacmea sp.、黑新笠贝、鸡爪拟帽贝、琉球拟帽贝,通过PCR扩增笠贝的COI及16S rRNA基因片段并测序,另外从GenBank中下载了笠贝科11种笠贝的COI和16S rRNA基因,计算了所有18种笠贝的碱基含量和遗传距离,并分别构建了基于COI和16S rRNA系统进化树。结果表明:COI基因片段长度为550 bp,16S rRNA基因片段长度为449 bp,T碱基含量最高,C碱基含量最少,COI基因的遗传距离为0.004~0.470,16S rRNA的遗传距离为0.013~0.575,系统发育分析表明,3个属的进化关系为Nipponacmea与Lottia互为姐妹群,其次为Patelloida。每个属都形成独立分支,参与分析的其他属的进化地位也与早期研究相接近,但本研究中,COI和16S rRNA的系统发育树也呈现出略微差异,如笠贝科的Yayoiacmea与Tectura聚集在一起形成了姐妹群,Patelloida内物种的位置也产生了小范围的变化。
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关键词
笠贝科
COI
16S
rRNA
系统进化
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职称材料
基于贝壳和齿舌对中国近海笠贝总科动物的分类学研究
被引量:
2
3
作者
张树乾
张素萍
《海洋科学》
CAS
北大核心
2020年第5期87-95,共9页
作者对中国科学院海洋研究所历年来在中国近海采集的笠贝总科标本进行了整理和分类学研究,共鉴定出2科5属11种,选取了其中的9种进行了齿舌解剖,利用扫描电镜对其齿舌形态进行了观察对比。结果表明,笠贝总科种类的齿舌形态包括形状、排...
作者对中国科学院海洋研究所历年来在中国近海采集的笠贝总科标本进行了整理和分类学研究,共鉴定出2科5属11种,选取了其中的9种进行了齿舌解剖,利用扫描电镜对其齿舌形态进行了观察对比。结果表明,笠贝总科种类的齿舌形态包括形状、排列方式以及齿尖的大小和数目可以作为区分笠贝总科种类的分类依据之一,从而将各属、种区分开来。此外,文中利用最新的分类系统对各类群进行了整理和分类,对相关种类的分类地位进行了确立,并对各物种贝壳的主要鉴别特征进行了描述,与相似种进行了分类讨论。
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关键词
腹足纲
笠
贝
总
科
齿舌
中国海
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职称材料
海南省洋浦及三亚南滨地区腹足类常见种类
被引量:
2
4
作者
姚泊
叶成仁
+2 位作者
王平
黄雪芳
徐燕芳
《广州师院学报(自然科学版)》
1995年第2期88-93,共6页
作者于1992─1993年间三次到海南省洋浦或三亚南滨地区沿海潮间带进行腹足类动物的调查,并向当地渔民购买了部分标本。经整理鉴定,共得腹足类153种,分隶于5目,39科。
关键词
腹足类
洋浦
三亚南滨
海南
鲍料
笠贝科
巴蹄螺
科
蝾螺
科
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职称材料
题名
陆川小笠贝线粒体全基因组测序及笠贝科系统发育分析
1
作者
苗菁
李继姬
叶莹莹
郭宝英
徐开达
机构
浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心
浙江省海洋水产研究所
农业农村部重点渔场渔业资源科学观测实验站
出处
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第8期1248-1260,共13页
基金
浙江省省属高校基本科研业务费项目(2021J005)
舟山市科技计划项目(2021C21017)资助。
文摘
为对笠贝科进行系统发育分析,研究通过二代测序技术得到了陆川小笠贝(Lottia luchuana)的线粒体全基因组,对基因组基本结构特点做了分析,发现共含有38个基因,包含13个蛋白质编码基因(PCGs),2个RNA,23个tRNA。对碱基含量分析发现T碱基含量最高为32.34%,C碱基最低为14.99%,选择笠贝科13个物种的线粒体基因组进行选择压力分析发现所有PCGs都受到纯化选择。另外通过结合腹足纲下6个亚纲的线粒体基因组的13个PCGs构建了系统发育树,发现笠贝科为单系群,与帽贝科Patellidae具有较近的亲缘关系。对笠形腹足亚纲的线粒体基因重排进行比较发现笠贝科在笠形腹足亚纲中表现出最广泛的不规律的重排。从重建的笠形腹足亚纲的分歧时间的年代图谱,得到笠贝的分化最早发生在中生代侏罗纪时期,在新生代物种大量分化。研究结果有助于理解不同笠贝物种的亲缘关系,以及腹足纲内各亚纲之间的进化地位与关系。
关键词
笠贝科
笠
形腹足亚纲
线粒体基因组
系统发育分析
分歧时间
Keywords
Lottiidae
Patellogastropoda
Mitogenome
Phylogenetic analysis
Divergence time
分类号
Q344.1 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
基于线粒体COI及16S rRNA基因序列的笠贝科系统进化研究
2
作者
顾忠旗
苗菁
马颜雯
黄继
叶莹莹
机构
嵊泗县海洋科技研究所
浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心
出处
《浙江海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
2023年第3期205-211,254,共8页
基金
国家自然科学基金(42107301)
浙江省教育厅一般科研项目(Y202147628)
舟山市科技计划项目(2020C21026)。
文摘
采集了中国东南沿海地区笠贝科3属7种笠贝样品:陆川小笠贝、北戴河小笠贝Nipponacmea sp.、黑新笠贝、鸡爪拟帽贝、琉球拟帽贝,通过PCR扩增笠贝的COI及16S rRNA基因片段并测序,另外从GenBank中下载了笠贝科11种笠贝的COI和16S rRNA基因,计算了所有18种笠贝的碱基含量和遗传距离,并分别构建了基于COI和16S rRNA系统进化树。结果表明:COI基因片段长度为550 bp,16S rRNA基因片段长度为449 bp,T碱基含量最高,C碱基含量最少,COI基因的遗传距离为0.004~0.470,16S rRNA的遗传距离为0.013~0.575,系统发育分析表明,3个属的进化关系为Nipponacmea与Lottia互为姐妹群,其次为Patelloida。每个属都形成独立分支,参与分析的其他属的进化地位也与早期研究相接近,但本研究中,COI和16S rRNA的系统发育树也呈现出略微差异,如笠贝科的Yayoiacmea与Tectura聚集在一起形成了姐妹群,Patelloida内物种的位置也产生了小范围的变化。
关键词
笠贝科
COI
16S
rRNA
系统进化
Keywords
Lottiidae
COI
16S rRNA
phylogenetic
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
Q951.3 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
基于贝壳和齿舌对中国近海笠贝总科动物的分类学研究
被引量:
2
3
作者
张树乾
张素萍
机构
中国科学院海洋研究所海洋生物分类与系统演化实验室
中国科学院海洋大科学研究中心
出处
《海洋科学》
CAS
北大核心
2020年第5期87-95,共9页
基金
国家自然科学基金项目(No.41606162)。
文摘
作者对中国科学院海洋研究所历年来在中国近海采集的笠贝总科标本进行了整理和分类学研究,共鉴定出2科5属11种,选取了其中的9种进行了齿舌解剖,利用扫描电镜对其齿舌形态进行了观察对比。结果表明,笠贝总科种类的齿舌形态包括形状、排列方式以及齿尖的大小和数目可以作为区分笠贝总科种类的分类依据之一,从而将各属、种区分开来。此外,文中利用最新的分类系统对各类群进行了整理和分类,对相关种类的分类地位进行了确立,并对各物种贝壳的主要鉴别特征进行了描述,与相似种进行了分类讨论。
关键词
腹足纲
笠
贝
总
科
齿舌
中国海
Keywords
Gastropoda
Lottioidea
radula
China seas
分类号
Q959.212 [生物学—动物学]
下载PDF
职称材料
题名
海南省洋浦及三亚南滨地区腹足类常见种类
被引量:
2
4
作者
姚泊
叶成仁
王平
黄雪芳
徐燕芳
机构
广州师范学院生物系
出处
《广州师院学报(自然科学版)》
1995年第2期88-93,共6页
文摘
作者于1992─1993年间三次到海南省洋浦或三亚南滨地区沿海潮间带进行腹足类动物的调查,并向当地渔民购买了部分标本。经整理鉴定,共得腹足类153种,分隶于5目,39科。
关键词
腹足类
洋浦
三亚南滨
海南
鲍料
笠贝科
巴蹄螺
科
蝾螺
科
Keywords
Gastropoda
Yangpu Area
Sanya Area
Hainan Province
分类号
Q959.212 [生物学—动物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
陆川小笠贝线粒体全基因组测序及笠贝科系统发育分析
苗菁
李继姬
叶莹莹
郭宝英
徐开达
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
下载PDF
职称材料
2
基于线粒体COI及16S rRNA基因序列的笠贝科系统进化研究
顾忠旗
苗菁
马颜雯
黄继
叶莹莹
《浙江海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
2023
0
下载PDF
职称材料
3
基于贝壳和齿舌对中国近海笠贝总科动物的分类学研究
张树乾
张素萍
《海洋科学》
CAS
北大核心
2020
2
下载PDF
职称材料
4
海南省洋浦及三亚南滨地区腹足类常见种类
姚泊
叶成仁
王平
黄雪芳
徐燕芳
《广州师院学报(自然科学版)》
1995
2
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职称材料
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