水稻矮缩病毒第一号组份基因和编码蛋白的序列分析

水稻矮缩病毒（RiceDwarfVirus，简称RDV）是我国南方水稻病毒病的重要病原，属植物呼肠孤病毒。从中国福建分离物中克隆了基因组第一号片段（S1）的全长cDNA并对其进行全序列分析，结果表明RDV福建分离物S1克隆片段全长4422bp，含有一个长4332bp的开放阅读框架，编码一个由1444个氨基酸组成的多肽（P1），分子量为164kD．根据基因序列，对推测的P1氨基酸序列分析表明，序列中含有依赖于RNA的RNA聚合酶（RNA-dependentpolymerase-RDRP）保守序列：motifＩ（DXXXXD）、motifⅡ（SGXXXTXXXN）和motifⅢ（GDD），除此之外，在模式Ⅲ后还存在一个很保守的区域EXXKXY。由此说明RDVS1编码的蛋白P1可能是病毒的一种RDRP。将RDV福建分离物引核苷酸和编码蛋白氨基酸序列与日本流行株系相比，同源性分别为95％和97％。RDV福建分离物S1序列已被DenBank接受，号码为U73201。