需氧恶性杆菌和海栖热袍菌基因组中第一ATG规则的检验

将第一ATG规则用于需氧恶性杆菌(A.pernix)和海栖热袍菌(T.maritima)两类细菌基因组中,用已知的ORF(包含已知基因编码区)进行检验,其结果对以ATG起始的ORF序列,正确率分别为100%,89.9%;并对两种细菌基因组中L-Ter到第一ATG之间的距离作了相应的统计分析,结果表明:非ATG起始的ORF中,L-Ter到第一ATG之间的平均距离是以ATG起始的4至5倍,很可能是非ATG起始的ORF的一个重要序列特征;分析了两种细菌终止密码子在L-Ter和Ter中的使用频率,发现在Ter中终止密码子使用的偏置程度比在L-Ter中大.

细菌和酵母基因组中ORF结构特征的统计分析

将第一ATG规则用于细菌Hpyl,Hpyl99,E .coli,Aero,Tmar和Yeast基因组中 ,并用给出ORF(包含已知基因编码区 )进行检验 ,其结果对以ATG起始的ORF序列正确率皆为 89%以上 .将五种细菌和酵母基因组中给出ORF分成第一种 (已确定的编码序列 )和第二种 (还未确定为编码序列的 )ORF ,并计算L Ter到第一ATG的平均距离 .分析了五种细菌和酵母终止密码子在L Ter位置和Ter位置上的使用频率 ,发现在Ter位置上终止密码子使用的偏置程度比在L Ter位置上大 .

原核生物和酵母基因组中起始密码的特征分析

提出了一个识别基因起始密码子的第一ATG规则.用酵母基因组中的已知基因检验,正确率为99.9%;用大肠杆菌基因组中已知以ATG起始的基因进行检验,正确率为92.9%;用枯草杆菌基因组中已知以ATG起始的基因的进行检验,正确率为81.0%.统计了L-Ter(上游最后一个终止密码)到起始密码子之间的距离(记为D值),酵母的平均长度是17个碱基;在大肠杆菌和枯草杆菌中,以ATG起始的基因的D值分别是36和33个碱基;以非ATG起始的基因的D值分别是39和32个碱基.解释了真核和原核生物D值差别的原因;发现大肠杆菌和枯草杆菌中,以ATG起始的基因和以非ATG起始的基因序列的构造差异.认为L-Ter到起始密码子之间的序列可能是mRNA先导序列的主要结构.

大肠杆菌和枯草杆菌的L-ter到起始密码子的距离分析

基于第一ATG规则,分别对确定基因和不确定基因的L-ter到起始密码子(ATG、GTG或TTG)的距离和L-ter到起始密码子下游紧邻的ATG的距离进行统计,结果表明:L-ter到起始密码子的距离主要分布在20个氨基酸以内;在以第一ATG和第一GTG为起始密码子的基因中,L-ter到起始密码子下游紧邻的ATG是L-ter到起始密码子平均距离的4～5倍,这些可能是起始密码子的重要位置特征,也说明了少数基因以GTG起始的原因.对于不满足第一ATG、GTG规则的基因,分析了L-ter到起始密码子之间出现ATG、GTG和TTG的比率,发现大肠杆菌的不确定基因与确定基因之间有较大的差别,而枯草杆菌的差别不大.