三代测序与靶向捕获技术联用进行高分辨HLA基因分型及MHC区域单倍体型精细鉴定

人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)的高分辨率、精准分型对于组织配型以及HLA相关疾病研究具有重要意义。本研究以12位原发性肝细胞癌病人的外周血为供试样本,分析二、三代测序数据用于高分辨率HLA分型的优劣势,同时结合探针捕获与三代测序技术对YH、HeLa标准细胞系以及一个原发性肝细胞癌病人的主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)区域进行靶向分析,探究长读长测序技术对于整个MHC区域精细分析的潜力。研究表明:(1)二、三代测序技术均能实现6～8位高分辨HLA分型,且两者分型结果一致。但是三代数据的覆盖均一度显著优于二代,不会出现明显的"断层"现象;(2)超长的三代数据可直接跨越整个扩增子,对于基因单倍体型的判定(phasing)具有明显优势。样本中92.79%的HLA基因能够得到准确的单倍体分型结果,远高于二代的75.65%;(3)长读长的三代测序数据不但能实现对MHC区域的更好组装,还具有对整个MHC共计3.6 Mb区域进行phasing的能力,而这将有助于明确各个突变位点、等位基因、非编码区等基因原件在每个MHC单倍体型上的定位与相互连锁信息,为免疫等相关疾病的研究提供理论依据。

国产高危型人乳头瘤病毒杂交捕获定量分型技术筛查子宫颈癌/癌前病变的效果分析

目的探讨国产高危型人乳头瘤病毒(HPV)杂交捕获定量分型技术(DH3)筛查子宫颈癌/癌前病变的效果。方法选取我院2018年5月-2019年5月行宫颈癌筛查者3068例,均行国产高危型HPV DH3、TCT检查及病理检查,以病理结果作为金标准,计算国产高危型HPV DH3、TCT诊断的准确度、灵敏度、特异度、阴性预测值。结果3068例患者经宫颈组织病理诊断为正常或炎症的有2995例,宫颈上皮内瘤变CIN Ⅰ级19例,CIN Ⅱ级21例,CIN Ⅲ级29例,鳞状细胞癌4例,阳性率为2.38%;DH3阳性检出率为95.89%(70/73),其中2种高危型19例,12种高危型51例;TCT诊断癌前病变及宫颈癌阳性检出率为60.27%(44/73);DH3诊断准确度、灵敏度、特异度、阴性预测值均较TCT高,差异有统计学意义(P<0.05)。结论国产HPV DH3在子宫颈癌及癌前病变的筛查中具有显著效果,可有效提升诊断灵敏度及特异度,值得临床推广。

杂交捕获定量分型技术检测高危型人乳瘤病毒在子宫颈癌筛查中的应用

目的探讨第三代杂交捕获技术定量分型(daltonbio hybrid capture 3,DH3)检测高危型人乳状瘤病毒(human papiloma virus,HPV)在宫颈癌筛查中的应用价值。方法采用DH3和第二代杂交捕获技术(HC2)检测264例宫颈癌筛查女性宫颈脱落细胞的HPV,同时行TCT检查,TCT结果异常者(≥意义不明确的非典型鳞状细胞)行阴道镜下宫颈活检。比较两种方法检测HPV结果的一致性及检出宫颈病变情况。结果 264例女性中,HC2法检出HPV阳性者32例(12.12%)。DH3法检出HPV阳性者39例(14.77%),其中HPV16/18阳性患者14例(35.90%)。264例女性中,DH3和HC2检出HPV结果的符合率为94.32%(249/264);15例结果不一致,其中8例的检测值在临界值,排除此8例后再次统计分析,符合率为97.27%(249/256)。264例中TCT异常者10例,阴道镜下宫颈活检LSIL 1例、HSIL 2例、宫颈癌1例。DH3 HPV16/18阳性女性TCT异常及宫颈病变检出率(71.43%,10/14;21.42%,3/14)显著高于HC2 HPV阳性检出率(31.25%,10/32;9.38%,3/32)(P<0.05)。结论 DH3与HC2检测高危型HPV符合率高,DH3 HPV16/18阳性宫颈病变检出率高,DH3技术可作为临床上宫颈癌初筛的有效手段。

实时荧光定量多聚核苷酸链式反应在高危型人乳头瘤病毒诊断中的应用价值

目的探讨实时荧光定量多聚核苷酸链式反应(PCR)在高危型人乳头瘤病毒(HPV)诊断中的应用价值。方法选择2018年8月至2020年3月在宜宾市第一人民医院妇科门诊行宫颈薄层液基细胞学检查异常的105例患者作为研究对象,所有患者均行实时PCR、第二代杂交捕获技术(HC-Ⅱ)及组织病理检查,以组织病理检查结果为金标准,评估实时PCR检查高危型HPV的阳性率。结果经组织病理检查结果显示,105例患者中,炎症反应42例,宫颈上皮内瘤变(CIN)Ⅰ级35例,CINⅡ级18例,CINⅢ级7例,宫颈鳞状细胞癌3例。实时PCR检查高危型HPV与组织病理检查结果具有极好的一致性(Kappa=0.771);HC-Ⅱ检查高危型HPV与组织病理检查结果具有较为理想的一致性(Kappa=0.546)。实时PCR检查高危型HPV的阳性率为87.30%,高于HC-Ⅱ检查的55.56%,差异有统计学意义(P<0.05)。结论实时PCR可提高高危型HPV的阳性检出率,为临床早期制定干预和治疗宫颈病变措施提供一定依据。

基于基因芯片技术的人乳头瘤病毒分型检测方法及应用评价

目的评价基因芯片法人乳头瘤病毒分型检测试剂盒(HPG)的临床应用价值。方法采集慢性宫颈炎或不规则阴道流血女性的宫颈上皮脱落细胞151例,应用HPG检测方法、第二代杂交捕获技术(HC2)检测方法以及DNA直接测序法进行检测,通过对HPG与HC2、DNA直接测序结果的平行对照,对HPG检测方法进行评价。结果 HPG检测方法和HC2检测方法的总一致率为87.42%(kappa=0.75,P<0.05),以DNA直接测序结果为金标准,HPG检测方法对高危险HPV的灵敏度和特异度分别是100%、96.49%,HPG方法和DNA直接测序方法的一致率为98.70%(kappa=0.97,P<0.05)。通过HPG检测结果发现,多重HPV感染率为23.84%,HPV阳性感染率较高的HPV亚型依次为HPV 16(13.25%)、58(11.92%)、52(11.92%)、31(6.62%)、39(5.96%)、33(5.96%)。结论 HPG检测法和HC2检测法以及DNA直接测序法有着良好的一致率,HPG检测法可以实现HPV准确分型检测,适用于临床检测工作的需要。

宫颈细胞DNA倍体测定联合人乳头瘤病毒感染检测筛查宫颈癌的价值

目的探讨宫颈细胞DNA倍体测定联合人乳头瘤病毒(HPV)感染检测在宫颈癌筛查中的价值。方法宫颈癌高危患者600例,分别采用Ac Cell系统进行宫颈细胞DNA定量分析和第二代杂交捕获技术(HC2)检测高危型HPV。上述检测任何一项阳性患者进行阴道镜下取材病理诊断。以病理检查结果为"金标准",分析上述两种检测方法在宫颈癌筛查中的价值。结果 600例宫颈癌高危患者中,Ac Cell系统筛查宫颈细胞DNA倍体阳性276例(46.0%);HC2筛查HPV-DNA阳性239例(39.8%)。397例病理学检查结果:慢性炎症195例,宫颈上皮内瘤样病变轻度97例,宫颈上皮内瘤样病变中度44例,宫颈上皮内瘤样病变重度35例,宫颈浸润癌26例。细胞DNA定量分析阳性诊断宫颈癌的敏感性为92.31%,特异性为40.16%;HC2检测方法诊断宫颈癌的敏感性为69.23%,特异性为45.55%。DNA定量分析方法结合HC2检测筛查宫颈癌的敏感性和特异性分别为61.54%、85.71%。结论细胞DNA定量分析方法宫颈癌筛查的敏感性高,该方法与HC2检测相结合,可提高特异性。

4种人乳头状瘤病毒DNA检测方法在宫颈病变诊断中的比较研究

目的评价实时荧光定量PCR法(RT-PCR)、PCR-反向点杂交法和杂交捕获Ⅱ代(HC-Ⅱ)法对高危型人乳头状瘤病毒(HR-HPV)DNA检测及宫颈高度病变的诊断价值。方法选取宫颈薄层液基细胞学检查(TCT)异常并行阴道镜病理活检的218名妇女为研究对象,用HC-Ⅱ、实时荧光定量PCR法8个型(RT-PCR-8)、实时荧光定量PCR法13个型(RT-PCR-13)和PCR-反向点杂交法分别检测其宫颈细胞HR-HPV DNA;以病理组织学检测结果为金标准,比较4种检测方法对宫颈上皮内瘤变(CIN)Ⅱ及以上病变的诊断效果;采用SPSS 13.0软件进行统计分析,计数资料采用χ2检验。结果 HC-Ⅱ、RT-PCR-8、RT-PCR-13和PCR-反向点杂交法对218例HR-HPV DNA阳性检出率分别为72.48%、70.18%、75.23%和69.27%,差异无统计学意义;4种方法在宫颈炎性反应、CINⅠ、CINⅡ、CINⅢ和宫颈鳞状细胞癌(CSCC)5个不同等级宫颈病变中的HR-HPV阳性率检测差异无统计学意义;在诊断CINⅡ及以上病变的敏感度、特异度、Yoden指数、阳性预测值和阴性预测值等方面比较差异无统计学意义。结论对组织病理学诊断结果为CINⅡ及以上的宫颈病变,实时荧光定量PCR法(8个型或13个型)、PCR-反向点杂交法和杂交捕获Ⅱ代(HC-Ⅱ)法诊断效果相近,满足临床需求。

瑞安市女性高危型人乳头瘤病毒基因型分布特征分析

目的：了解并建立瑞安市高危型人乳头瘤病毒（HPV）感染的流行病学资料库并查找可能的行为危险因素。方法：收集2012年1月～2014年1月在该院妇科门诊就诊的瑞安市18岁以上妇女15 714例,采用第二代杂交捕获HPV-DNA技术（HCII）行高危型HPV检测,并收集患者的一般资料和行为危险因素。分析行为危险因素与高危型HPV感染的关系。结果：高危型HPV感染率为26.25%,18种高危型HPV亚型检测居前3位的分别是HPV 16（24.52%）、HPV 58（24.08%）和HPV 52（14.81%）。不同年龄段高危型HPV感染率不同,18岁～年龄段感染率最高,与其他年龄段比较差异有统计学意义（χ^2=214.61,P〈0.01）。受教育程度（初高中：OR=0.88,95%CI=0.80～0.96;大专以上：OR=0.65,95%CI=0.59～0.72）、居住地（OR=2.16,95%CI=1.82～2.97）、性伴侣人数（OR=1.36,95%CI=1.23～1.51）和使用安全套（OR=0.49,95%CI=0.43～0.55）是高危型HPV感染的独立相关因素。结论：HPV 16、HPV 58和HPV 52是瑞安市女性高危型HPV感染的主要亚型,受教育程度、居住地、性伴侣人数和是否使用安全套是高危型HPV感染的独立危险因素。