第二代高通量测序技术用于进口细菌型微生物肥料菌群分析

[目的]分析细菌型微生物肥料菌群结构。[方法]采用第二代高通量测序技术对细菌型微生物肥料菌群结构进行分析。[结果]产品中测序出的111个OUT具体分属于24个属的细菌,其中共有21个OUT鉴定到种;植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)和短乳杆菌(Lactobacillus brevis)占菌群的主要位置,分别是96.29%和0.66%,其他菌占3.05%;该样品中含有假单胞菌属(Pseudomonas sp.),这提示样品中可能含有植物病原细菌。[结论]将第二代高通量测序技术用于微生物肥料菌群分析,为进出口微生物肥料产品的快速分析提供了一种方法。

基于多重PCR和第二代高通量测序技术快速检测下呼吸道感染病原微生物方法的建立和应用

目的针对引起下呼吸道感染的20种常见病原微生物,建立一种基于多重PCR和第二代高通量测序技术的快速、高通量检测方法AC-seq。方法经生物信息学分析,设计20种下呼吸道感染常见病原微生物特异性引物并通过PCR评估引物的敏感性和特异性。建立可进行第二代高通量测序技术的多重PCR扩增体系。采集34例临床肺泡灌洗液标本,对检测方法进行初步测试,并与临床培养结果进行对比评估检测效果。结果所有引物均具有良好的敏感性和特异性。在临床标本检测中AC-seq共检出13种病原微生物,培养法检出8种;AC-seq检测阳性率为79.41%,培养法为32.35%,差异有统计学意义(P<0.05)。AC-seq检测灵敏度为100%,与培养法的一致率为50%。检测时间比培养法缩短至少1 d。结论基于多重PCR和第二代高通量测序技术,成功建立了一种检测下呼吸道感染20种常见病原微生物的快速、高通量的方法。

第二代高通量测序技术分析倒笃菜菌群

目的检测収酵食品倒笃菜中细菌和真菌菌群结构。方法利用第二代高通量测序对倒笃菜中的真菌和细菌菌群结构迚行测定分析。结果检测出倒笃菜产品中,细菌群落中占主要地位为假单胞菌属(Pseudomonas)、拟杆菌属(Bacteroides)和Faecalibacterium属,分别占比例为11.4%、9.3%和8.9%,而对収酵起至兲重要的芽孢乳杆菌属(Lactobacillus)仅占比例为1.1%。倒笃菜中真菌群落中占主要地位的真菌菌属为曲霉属(Aspergillus),占比为88.8%,而其余真菌占比仅为11.2%。其中,曲霉真菌属中存在可以产生真菌毒素的黄曲霉菌(A.flavus)、寄生曲霉菌(A.parasiticus)等。结论结果表明传统腌制倒笃菜产品中可能会存在一定的致病细菌与可产真菌毒素的真菌,从而有引起食品安全问题的风险,因此,应迚一步对倒笃菜微生物的安全性迚行深入检测分析。

第二代高通量测序技术对孕晚期阴道菌群研究的应用前景

近几年来,孕晚期阴道菌群变化对母婴的影响方面一直是各临床工作者关注的重点问题。通过传统培养方法和非培养方法,现已证实妊娠晚期阴道菌群变化与母婴不良妊娠结局存在相关性,但对于妊娠晚期阴道菌群结构变化的认识尚存在局限性。本文主要根据近年阴道菌群方面的研究进展,探讨第二代高通量测序技术对妊娠晚期阴道菌群变化研究的应用前景,以期为孕妇孕期阴道微生态异常的早期识别、治疗等提供新的理论依据和方法。

第二代高通量测序在胎儿先天性心脏病或泌尿系统异常中的应用

目的探讨第二代高通量测序技术(NGS)在胎儿先天性心脏病或泌尿系统异常中的应用价值。方法选取2015年1月-2016年12月因胎儿心脏发育异常或泌尿系统异常在佛山市妇幼保健院行产前诊断的孕妇83例,其中胎儿心脏发育异常57例,泌尿系统异常26例,行传统细胞染色体G显带核型分析及NGS测序。结果胎儿心脏发育异常病例中,胎儿染色体G显带核型分析结果 21-三体综合征1例,其余56例未见异常;行NGS测序,拷贝数变异(CNV)检测结果异常11例。胎儿泌尿系统异常的研究对象中,胎儿染色体G显带核型分析结果平衡易位1例,其余25例未见异常;NGS测序CNV结果异常3例。83例病例中,传统染色体G显带核型分析异常检出率为2.4%,NGS测序异常检出率为16.9%,染色体核型分析与NGS两种方法比较,差异有统计学意义(P=0.001)。胎儿心脏发育异常的病例中两种方法比较差异有统计学意义(P=0.004),胎儿泌尿系统异常的病例中两种方法比较差异无统计学意义(P=0.625)。结论通过NGS测序对胎儿先天性心脏病或泌尿系统异常进行基因检测,可发现染色体上小至100Kb的微缺失或微重复片段,能发现新的潜在致病CNV,是传统细胞染色体G显带核型分析的补充检测方法,具有良好的发展前景。

第二代测序在检测人类基因突变中的应用

很多的人类疾病与基因突变有关,基因突变在疾病的诊断和治疗中起到了至关重要的作用.第二代高通量测序,其特点为通量高、速度快、成本低,给检测基因突变带来了革命性的变化.该技术检测基因突变的流程简单,研究人员运用全基因组从测序,目标基因组测序以及转录组测序能够实现基因突变的全方位、高准确的检测.

基于高通量测序分析骨肉瘤发生和转移的分子特征

【目的】本研究通过第二代高通量测序(NGS)检测配对骨肉瘤转移灶和原发灶标本,分析骨肉瘤原发灶与转移灶的基因图谱差异,以期发现促进骨肉瘤发生和转移的相关分子及可能机制。【方法】12例转移患者的原发灶与转移病灶肿瘤组织样本,使用第二代高通量测序(NGS)进行检测,其中9对panel检测(678个基因)以及3对全外显子检测(WES),分析比较骨肉瘤原发灶与转移灶的基因图谱差异:基因拷贝数变异通过EXCAVATOR检测;DNA层面的融合突变通过Lumpy检测;RNA层面的融合突变通过Defuse+STAR-Fusion,并通过Circos图显示突变的分布;Metascape用于分析差异基因的GO和KEGG信号通路富集;使用Pyclone+Citup/LICHEE进行克隆进化分析。【结果】骨肉瘤基因总体突变模式主要以基因扩增为主,主要包括FLCN(37.5%),GID4(37.5%),TP53(33.3%),ATRX(25%),CALR(25%),CCND3(25%),CCNE1(25%),NOCR1(25%),TFEB(25%),VEGFA(25%)等基因。GO聚类结果提示细胞周期通路突变频率最高。KT1、PLCG2、EGFR这3个基因在转移灶显著富集的信号通路中多次出现,可能与骨肉瘤的转移密切相关。转移灶肿瘤负荷突变(TMB)频率显著高于原发灶(P=0.013)。3例进行WES检测的转移患者均呈现线性克隆进化,提示骨肉瘤转移基因的突变可能呈次序性累积。同时我们确定了可能在骨肉瘤进展中发挥作用的新候选基因,包括PLCG2、MYO15A与PEX6。【结论】骨肉瘤发生与转移的基因突变模式主要以基因扩增为主,骨肉瘤患者肿瘤负荷突变频率在转移灶中显著高于原发灶,转移患者存在相互关联的线性基因克隆进化。本研究发现了可能在骨肉瘤进展中发挥作用的3个新基因PLCG2、MYO15A和PEX6。

比较SNP-array和高通量测序在胚胎植入前遗传学检测中的效能

目的评估单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphisms array,SNP-array)技术和第二代高通量测序(next generation sequencing,NGS)技术在胚胎植入前遗传学检测(preimplantation genetic testing,PGT)中的检测能力和效率。方法回顾性描述分析2020年1月至2022年8月期间于广西壮族自治区妇幼保健院生殖中心就诊、夫妇双方均携带有明确致病性基因突变并要求进行第三代试管婴儿助孕的188例患者资料。经卵胞质内单精子注射授精和体外培养后,共收获995枚囊胚并进行活检。患者胚胎细胞遗传物质经全基因组扩增之后,分别采用SNP-array或NGS分析其携带致病基因突变和染色体拷贝数变异(copy number variation,CNV)的情况,同时采用Sanger测序或间隙聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)对突变进行直接检测。分析女方年龄和获囊胚数的关系、胚胎携带突变和致病性CNVs的比例,比较不同分子诊断技术在PGT中的检测成功率和准确性。经遗传学检测后,选择合适的胚胎进行子宫腔内移植,并于中孕期进行羊水穿刺产前诊断。结果①成功对924个胚胎进行遗传学检测,总的检测成功率为92.9%。根据遗传学检测结果,共有389个(42.1%)胚胎可用于移植。②对胚胎进行缺失型α-地中海贫血突变检测,间隙PCR的成功率[84.9%(465/548)]低于SNP-array[98.7%(81/82)]和NGS[92.5%(431/466)]。对点突变进行检测,Sanger测序的成功率[98.5%(440/447)]与SNP-array[95.6%(110/115)]和NGS[96.1%(319/332)]的差异无统计学意义。有38个胚胎因等位基因脱扣导致直接位点检测法的结果与SNP单体型分析的结果不一致。另外,有4个胚胎因染色体重组导致SNP单体型分析失败。③与NGS相比,SNP-array检测CNV的成功率[83.7%(165/197)]较低,但是可检出更多种类的染色体拷贝数异常。④共进行了152例胚胎移植,其中有107例成功临床妊娠,有69例完成了羊水穿刺产前诊断,有42个健康儿顺利分娩。结论从检测效率考虑,SNP-array适用于分析胚胎携带多个基因突变、罕见单基因突变或者缺失型突变,而NGS适用于检测常见的单基因突变类型。同时辅以Sanger测序和间隙PCR等技术对突变位点直接进行检测,可进一步提高PGT的检测成功率和准确性。本研究成果可为PGT从业者根据突变类型和患者的需求选择合适的检测平台提供依据。

基因芯片与高通量DNA测序技术前景分析

基因芯片与第二代DNA测序是两种重要的高通量基因组学研究技术,对于揭示基因组的结构与功能已经并正在发挥重要的推动作用.基因芯片技术建立了10多年,技术日渐成熟,在功能基因组、系统生物学、药物基因组的研究中已经得到了广泛的应用.2003年,454公司首先建立了高通量的第二代测序技术,其他公司相继推出了Solexa和Solid测序技术.虽然第二代测序技术建立的时间不长,但发展非常快,已经应用于基因组,包括测序和表观基因组学以及功能基因组学研究的许多方面.本文简要综述了基因芯片和第二代测序技术及其应用进展,并分析了这两种高通量基因组学技术的前景.

循环肿瘤DNA在恶性肿瘤早期诊断和预后的研究进展

癌症是威胁人类健康的主要疾病之一。肿瘤的早发现和精准治疗是人类面临的世界性医学难题,基于痕量、无创、实时快速检测技术,检测患者循环肿瘤DNA(ctDNA),分析患者表观遗传学特点,在分子水平为临床医生提供精细的分类及诊断,可实现对患者提供个性化精准治疗的解决方案。近年来,日益发展的各种基于血浆ctDNA的分子诊断技术可为恶性肿瘤的早期诊断、预后评估和用药指导提供有重要价值的生物标志,为恶性肿瘤的临床精准治疗提供新的途径。

阴道微生态与胎膜早破相关性研究进展

胎膜早破(Premature Rupture of Membrabes, PROM),是妊娠晚期的一种常见并发症,其原因主要为生殖道的逆行性感染。多种微生物群落在女性阴道中栖居,而阴道菌群变化与胎膜早破息息相关。故通过评价孕产妇阴道微生态来了解其在胎膜早破发生和转归中所发挥的作用。目前第二代高通量测序技术已被该研究普遍应用,不但能获取阴道菌群的最宏观基因组信息,还可以有效弥补传统培养法所带来的认知缺陷。第二代高通量测序技术的应用可进一步分析阴道微生态动态变化与胎膜早破的相关性,为预防胎膜早破并做好临床预防工作提供理论基础。