9个猪种H-FABP基因5’-上游区和第二内含子的遗传变异

以 8个中国地方猪种和引进品种大白猪共 40 9头猪为实验动物 ,利用PCR RFLP技术研究了H FABP基因的 5’ 上游区和第二内含子内的遗传变异。结果在 9个品种的 5’ 上游区中都验证了一个HinfⅠ RFLP ,变异的酶切位点在 132 2位 ,等位基因H ,在皖南花猪 ,二花脸猪 ,金华猪 ,小梅山猪 ,滇南小耳猪 ,香猪 ,荣昌猪 ,北京黑猪和大白猪中的频率分别为 0 36 ,0 34 ,0 6 0 ,0 6 6 ,0 80 ,0 73,0 76 ,0 70和 0 90。大白猪和滇南小耳猪的HinfⅠ RFLP的基因型分布相似 ,二者分别与其它 7个猪种之间存在着极显著的差异 ;皖南花猪和二花脸猪相近 ,二者与另外 7个品种之间的差异也达到极显著水平。在第二内含子中 ,验证了一个HaeⅢ RFLP ,该多态性只出现在皖南花猪和大白猪中 ,等位基因D的频率分别为 0 99和 0 6 1。另外 ,发现一个新的多态HinfⅠ 酶切位点 ,测序结果表明 ,该多态位点的产生是由于 1970位碱基C突变为T造成的。该多态位点只在皖南花猪和大白猪中出现 ,等位基因B的频率在两品种中分别为 0 86和 0 5 8。在所有测定的猪种中 ,都没有发现MspⅠ RFLP。

3个杂交牛种H-FABP基因第二内含子的遗传变异与肉品质性状的相关分析

利用PCR-RFLP方法在牛H-FABP基因内发现了1个变异酶切位点,为intron2上的HaeIII-RFLP。对此多态性片段进行克隆测序分析,结果表明此酶切位点是由于1006位的碱基C→G的突变引起。利用最小二乘法拟合线性模型对不同分子标记基因型效应值间肉品质大理石花纹和嫩度性状差异显著性检验,结果表明:牛H-FABP基因中的h等位基因,尤其是hh纯合基因型对牛肉嫩度剪切力值有较大的影响。

猪FBXL8基因第二内含子的克隆测序及SNP位点检测

为探明猪FBXL8基因的分子结构特征,本试验以人FBXL8基因的mRNA序列作为信息探针,搜集猪同源基因EST序列,并构建EST重叠群Contig,设计出合适的引物,以湖北通城、大白和长白猪基因组为模板,应用PCR技术克隆测定FBXL8基因的第二内含子序列。序列分析结果表明猪FBXL8基因第二内含子为855 bp。通过运用SEQMAN软件对3个品种的序列比较分析,初步发现第二内含子的第325、361和493位碱基为SNP位点。

桃(Prunus perscia)中一个AGAMOUS同源基因第二内含子序列的克隆和鉴定

研究首先从桃中克隆了AGAMOUS(AG)同源基因PpMADS4的第二个内含子——pPpMADS4,全长约2.1kb。序列分析表明,该内含子含有一些对基因表达十分重要的调控元件。同时,克隆了七个不同桃品种中的PpMADS4基因的第二内含子,序列比对和SNP测算表明,PpMADS4第二内含子是一段SNP富集区域,具有高度的核苷酸多态性,但是在这段序列上各个调控元件的序列和位置都非常保守,暗示了这些调控元件可能具有很重要的生物学功能。为了认识这一内含子的调控功能,将pPpMADS4与minimal35S连接并与GUS基因融合,构建表达载体转入野生型拟南芥中。GUS染色显示,其表达主要分布在花的两轮生殖器官上,这与拟南芥中AG第二内含子调控的GUS着色部位相似,但存在着差异。PpMADS4第二内含子能够特异启动GUS在花发育晚期的表达。

中国家驴TYRP1基因第二内含子多态性分析

为了探究TYRP1基因对中国家驴毛色的影响,试验采集410只不同毛色中国家驴的血液样本,采用聚合酶链式反应及单链构象多态性(polymerase chain reaction and single-strand conformation polymorphism, PCR-SSCP)方法检测中国家驴TYRP1基因第二内含子中的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,对不同毛色中国家驴个体进行基因分型,并计算基因型频率和等位基因频率,分析TYRP1基因第二内含子多态性与中国家驴不同毛色之间的关系。结果表明:在中国家驴TYRP1基因第二内含子中检测到1个SNP位点(g.1 702A→G),该位点存在AA、AG、GG三种基因型;乌头、黑三粉、青三粉、灰三粉、白色和白化家驴的优势等位基因均为A。乌头、黑三粉和青三粉均为AA基因型频率最高,GG基因型频率最低;灰三粉为AA基因型频率最高,AG基因型频率最低(0)。在乌头、黑三粉、青三粉、灰三粉家驴中,AA基因型频率为灰三粉最高,然后依次为青三粉、黑三粉和乌头;以黑毛色为主色调的家驴(乌头、黑三粉、青三粉)GG基因型频率低于以灰毛色为主色调的家驴(灰三粉),有白毛混杂的黑三粉和青三粉的GG基因型频率低于纯黑的乌头。样本中的白色家驴和白化家驴各有2头,其基因型均为AA纯合子。说明随着中国家驴黑色被毛比例的增加,TYRP1基因g.1 702A→G位点的AA基因型频率逐渐降低,推测该位点可能与中国家驴毛色性状有关。

人nestin第二内含子荧光素酶报告基因载体的构建及鉴定

目的构建含有人nestin第二内含子的荧光素酶报告基因并检测其活性。方法从NCBI数据库获得nestin的DNA全长序列(NC_000001),用vectorNTI软件分析找到其第二内含子位置,通过PCR的方法从人血全基因组DNA中钓取nestin的第二内含子全长片段,克隆到报告基因pGL3-promoter载体上,将报告基因载体转染至293T细胞,采用双荧光素酶报告基因系统评估第二内含子的活性。结果成功钓取nestin第二内含子片段,长度为1688bp,测定其DNA序列正确。瞬时转染293T细胞,经双荧光报告实验显示转染了pGL3-nes-promoter载体的细胞其相对荧光素酶活性相比于空载组,大约提高了3.39倍,差异有统计学意义(P<0.001)。结论成功构建了含有nestin第二内含子的荧光素酶报告载体,为进一步研究nestin的调控机制奠定基础。

细菌第二类内含子与真核基因内含子的起源

细菌第二类内含子与真核基因内含子的起源吴大庆，吴大鹏（山东大学微生物所，济南２５０１００）（中国科学院微生物所，北京１０００８０）关键词第二类内含子，剪接体内含子，起源关于真核生物基因组内含子的起源有两种假说。Ｇｉｌｂｅｒｔ认为，ＲＮＡ剪接系统在生命...

CRP配套系B系猪H-FABP基因PCR-RFLP的研究

本文利用PCR—RFLP技术对CRP配套系B系猪的心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因5’-端上游区和第二内含子内的遗传变异进行了研究。结果表明:B系猪H-FABP基因的5’上游区存在HinfⅠ-RFLP多态,第二内含子区只存在HaeⅢ-RFLP多态,而MspⅠ-RFLP呈现单一的AA型。