水稻矮缩病毒第四号片段序列及编码蛋白的功能分析

从水稻矮缩病毒(rice dwarf virus,RDV)中国福建分离物中分离出第四号片段S4的双链RNA。以人工合成的两段寡聚核苷酸链为引物,经反转录合成cDNA,然后利用PCR技术扩增了编码区cDNA,将扩增产物分成两段克隆到pGEM3Zf(-)和pBluescript上。经限制性内切酶分析,进而进行亚克隆和序列测定。将这两段克隆进行连接,得到了具有S4编码区全长cDNA的克隆。对S4编码区全长序列及其相应的氨基酸序列用DNASIS和PROSIS软件系统进行分析,结果表明:(1)S4克隆片段全长由2217个碱基组成,包含一个编码727个氨基酸的完整开放阅读框架,与RDV日本分离物S4相比,核苷酸和氨基酸序列的同源率分别为92.2％和93.9％;(2)S4编码蛋白序列含有GTP-binding模式,以及两段符合Zinc-finger模式韵序列,但这个GTP-binding模式和其中之一Zinc-finger模式并不存在于伤瘤病毒(WTV)S4编码的蛋白的序列中。