第二代测序技术及其在急性髓系白血病和骨髓增生异常综合征中的运用

第2代测序技术(next-generation sequencing,NGS)悄然取代经典的Sanger测序技术,成为科研人员发掘人类肿瘤疾病遗传学秘密的最实用、最可靠的方法。随着技术的不断更新及完善,进行全基因组测序不再遥不可及。近年来,部分科学家将此项技术运用于血液系统恶性肿瘤的研究,积极推动急性髓系白血病、骨髓增生异常综合征的全基因组测序的进程,期待从源头上找出部分血液系统恶性肿瘤的致病机理。本文就第2代测序技术及全基因组测序、外显子基因组测序和转录基因组测序在急性髓系白血病、骨髓增生异常综合征两种疾病中的运用进行综述。

雌雄鸡胚性腺microRNA表达检测及靶基因预测分析

动物胚胎发育时期伴随着复杂的基因表达和调控过程,特别是microRNA的基因转录后调控。实验应用二代测序技术测定了发育至6.5d雌雄鸡胚性腺中miRNA表达情况,并对差异表达miRNA进行了靶基因分析。检测分析结果显示,在雄性样品中发现375种miRNA,雌性样品中发现372种miRNA。针对30种在两性性腺中显著差异表达的miRNA,实验采用3个软件(Targetscan 6.0,MirTarget2与miRanda)进行靶基因预测分析,共预测出12 477个靶基因,这些基因显著富集在205个GO分类和11条信号通路中。实验为鸟类性别分化调控机制研究和miRNA靶基因分析提供了基本实验数据和方法学参考。

宫颈癌石蜡标本中人乳头状瘤病毒检测方法的初步探讨

目的:探讨适合检测宫颈癌石蜡包埋标本中高危型HPV的方法。方法:用高危型HPV-DNA HC2检测及PCR扩增联合DNA测序法,对25例宫颈癌(宫颈鳞癌23例,宫颈腺癌2例)进行高危型HPV检测。每例取石蜡包埋组织块中的癌组织,21例术前曾于门诊取材(新鲜脱落细胞)行高危型HPV-DNA HC2检洲。结果:(1)21例宫颈癌石蜡标本, PCR扩增法高危型HPV阳性检出率为66．7%;HC2高危型检测阳性检出率为47．6%;(2) PCR扩增法灵敏度为66．7%,特异度为33．3%,与参照标准的符合率为61．9%,阳性预测值为85．7%,阴性预测值为14．3%;(3)HC2检测法灵敏度为44．4%,特异度为33．3%,与参照标准的符合率为42．9%,阳性预测值为80．0%,阴性预测值为9．1%;(4)石蜡标本保存时间与HPV检出率有关。半年以内标本HPV检出率为92．3%(12/13),半年以上者为33．3% (4/12),两者差异有统计学意义(P=0．004)。结论:HPV-DNA扩增(PCR)联合测序法是目前回顾性研究宫颈癌石蜡包埋标本中HPV感染的可行方法;石蜡标本保存时间与HPV检出率有关,石蜡包埋时间越短、标本越新鲜,检出率越高。

四代DNA测序技术简述

DNA测序技术是现代分子生物学研究中最常用的技术,极大推动了生物学的发展。从20世纪70年代至今,DNA测序技术已历经4代。简介被称为DNA测序始祖的第1代测序技术、边合成边测序的第2代测序技术、不依赖于PCR扩增的第3代测序技术,以及处于研发中的第4代测序技术。

DNA测序技术比较

自从1953年,J.D.Watson和F.H.C.Crick发现DNA的双螺旋模型之后,DNA测序技术随着科学的进步得到了迅猛发展。1977年Sanger[1]发明DNA双脱氧末端终止测序技术,Maxam与Gilbert[2]发明利用化学降解法进行测序的技术,2种测序技术被誉为DNA测序技术的始祖。随后,在第1代DNA测序技术的基础上,相继出现了第2代测序技术、基因芯片技术以及第3代测序技术。总结并展望了每一代测序技术及基因芯片技术的诞生、原理及应用前景,为利用测序技术研究基因表达提供理论基础和实验依据。

RNA-Seq在果树学研究中的应用

RNA-Seq为植物功能基因组学研究的重要手段,近年来在果树上也有不少成功应用。应用这一技术,可获得高通量的转录本序列信息及表达量数据。本文首先简要介绍RNA-Seq研究背景及其在果实发育与品质形成、芽发育及其调控、果树胁迫响应等方面的应用概况,然后着重分物种追踪了柑橘、葡萄、香蕉、草莓、苹果、梨、桃、樱桃、杨梅、蓝莓这10个常见果树的30余个RNA-Seq实例,介绍了具体应用进展。最后就存在的测序成本和数据处理技术等问题以及测序平台和文库制备等方面的发展趋势进行了讨论。

1例重症嗜肺军团菌肺炎患者的抗感染治疗分析

目的:探究重症嗜肺军团菌肺炎患者的抗感染治疗方案。方法:临床药师参与1例经第2代测序技术(next-generation sequencing,NGS)检测为嗜肺军团菌感染患者的抗感染治疗过程,协助医师调整抗感染治疗方案,识别药品不良反应。结果:经治疗患者感染症状得到控制,病情好转出院。结论:临床药师参与重症嗜肺军团菌肺炎患者的抗感染治疗,有助于提高临床用药的安全性及有效性。