新疆锁阳线粒体nad 1基因第2内含子序列居群间变异分析

目的:对分布于新疆的锁阳Cynomorium songaricum 4个居群22个个体进行了线粒体nad1基因第2内含子序列的比较研究,分析序列居群差异。方法:提取锁阳DNA,用通用引物扩增线粒体nad1基因第2内含子序列,Clustal W软件比较分析序列。结果:锁阳22个样本的nad 1基因第2内含子序列变异均表现为插入和缺失,无碱基替换发生,有13个个体序列完全一致,9个个体有变异位点,变异位点为10个;4个居群间分化不明显,其中b居群可能存在一定的分化,有两个个体y4和a19存在较大的变异,可能具有一定的遗传学意义。结论:线粒体nad 1基因第2内含子序列给出的锁阳4个居群分化不明显。

5-羟色胺转运体基因第2内含子VNTR与情感性精神障碍的连锁不平衡分析

目的探讨5-羟色胺转运体基因第2内含子VNTR(5-HTTVNTR)位点多态性与情感性精神障碍之间的分子遗传学联系。方法在中国汉族人群中,以情感性精神障碍核心家系作为研究对象,根据美国哈佛大学提供的遗传学研究用诊断性检查表(DIGS)自编家系调查表,采用中国精神疾病分类与诊断标准(CCMD-3)并结合一些心理测评工具,以达到表型一致。在72个情感性精神障碍核心家系的222个家系成员(其中双相情感性精神障碍56例,重性抑郁症34例)中,应用聚合酶链反应(PCR)和限制性片段长度多态性方法,对5-HTTVNTR位点多态性与情感性精神障碍之间的分子遗传学联系进行了以家系为基础的连锁不平衡分析。结果基因型和等位基因频率在情感性精神障碍患者组和父母组之间无显著差异。GHRR和HHRR分析以及多等位基因ETDT统计分析也未发现存在连锁不平衡。5-HTTVNTR位点仅扩增出12和10拷贝两种形式的等位基因片段,其中等位片段12的频率为88%。结论5-HTTVNTR位点多态性在情感性精神障碍疾病的发病中可能不起重要作用。

基于线粒体nad1 intron2序列的金钗石斛和混淆品亲缘关系及DNA条形码研究

为了建立简便、重复性高的金钗石斛的分子鉴别方法,对金钗石斛及其混淆品的亲缘关系进行分析并构建稳定的序列条形码分析,根据金钗石斛及其混淆品的nad1 intron 2序列,寻找其中存在的特异性位点并设计特异性鉴别引物,运用Mega 5. 0等软件进行遗传关系分析并构建系统进化树。根据序列中存在的单核苷酸多态性(SNP)位点及特异性鉴别引物,可在53℃的复性条件下扩增得到约400 bp的条带,将金钗石斛与其混淆品成功分开;构建的UPGMA树可以将金钗石斛及其混淆品鉴别开。SNP位点及位点特异性PCR具有高效、准确、省时的特点,有广泛的应用前景。同时,通过nad1基因第2内含子可以分析正品与混淆品之间的亲缘关系并成功构建物种分析的条形码序列,为石斛药材的鉴别提供了可靠的科学依据,也为构建更完整的DNA barcoding(DNA条形码)数据库奠定基础。

猪MHC-Ⅱ类区DQA新等位基因及新突变位点的发现

根据猪SLA DQA基因cDNA序列和人HLA DQA基因组序列设计引物 ,在猪中成功扩增了一个 731bp的片段 ,该片段包括猪SLA DQA基因的大部分第 2外显子、完整第 2内含子和少部分第 3外显子 ,通过克隆和PCR直接测序获得该片段的核苷酸序列。在家系中对第 2外显子的核苷酸序列和其编码的α1 结构域的氨基酸序列进行了分析 ,并与GenBank中所有的SLA DQA第 2外显子序列进行比较分析 ,发现有 4个新突变位点和两个新等位基因存在。新等位基因分别是DQA SLT 2 6和DQA TC 2 1 1。DQA SLT 2 6与单倍型c、d相比有 8个核苷酸的差异和 4个氨基酸的改变 :单倍型c、d在 6 0、6 5、81、93位的氨基酸分别是Val、Lys、Asp、Lys;而DQA SLT 2 6相应的氨基酸是Ala、Glu、Gly、Ile。DQA TC 2 1 1与单倍型c、d相比存在 1个氨基酸的改变 ,由单倍型c和d中 94位氨基酸His变为Tyr。