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两种聚合酶在等位基因特异性引物延伸法检测SNP中的应用比较 被引量:1
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作者 陈载鑫 何丹 +5 位作者 谢岭平 李柳燕 许红丽 方佩荣 尹沃河 付文金 《泰山医学院学报》 CAS 2019年第11期817-820,共4页
目的比较TaqTMHotStarDNA聚合酶和TspTMPlatinum DNA聚合酶在等位基因特异性引物延伸法检测SNP中的应用效果。方法取120例抗血栓治疗患者全血进行DNA提取、多重PCR扩增,将产物分2份,1份用TaqTMHotStarDNA聚合酶进行等位基因特异性引物延... 目的比较TaqTMHotStarDNA聚合酶和TspTMPlatinum DNA聚合酶在等位基因特异性引物延伸法检测SNP中的应用效果。方法取120例抗血栓治疗患者全血进行DNA提取、多重PCR扩增,将产物分2份,1份用TaqTMHotStarDNA聚合酶进行等位基因特异性引物延伸,1份用TspTMPlatinum DNA聚合酶进行等位基因特异性引物延伸,然后进行杂交反应,用Luminex 200系统检测CYP2C19基因多态性,同时将所有样本送第三方进行基因测序。结果TaqTMHotStarDNA聚合酶组检测结果与测序结果完全一致,TspTMPlatinum DNA聚合酶则会出现一些偏差,说明TaqTMHotStarDNA聚合酶参与的检测结果分辨率明显高于TspTMPlatinum DNA聚合酶参与的检测结果。结论两种聚合酶在等位基因特异性引物延伸法检测SNP中均可以取得一定的检测结果,但是为了结果的可靠性建议在检测过程中使用TaqTMHotStarDNA聚合酶。 展开更多
关键词 聚合酶 基因多态性 SNP 等位基因特异性引物延伸法
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等位基因特异性引物延伸法在婴儿型和幼儿型神经元蜡样质脂褐质沉积病产前诊断中的应用(英文) 被引量:1
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作者 NanbertZHONG WeinaJU +6 位作者 DorotaMOROZIEWICZ AnettaWRONSK MarilynLI KrystynaWISNIEWSKI SusanSklowerBROOKS EdmundJENKINS W.TedBROWN 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期20-25,共6页
Infantile (INCL, NCL1) and late-infantile (LINCL, NCL2) neuronal ceroid lipofuscinoses have been found to result from genetic deficiency of genes CLN 1 and CLN 2, respectively. The application of molecular analyses ca... Infantile (INCL, NCL1) and late-infantile (LINCL, NCL2) neuronal ceroid lipofuscinoses have been found to result from genetic deficiency of genes CLN 1 and CLN 2, respectively. The application of molecular analyses can facilitate prenatal diagnosis for families affected by NCL1 or NCL2, in which the familial mutation(s) have been identified. Molecular testing with allele-specific primer extension and DNA sequencing was performed in nine pregnancies, four from two NCL1 families and five from five NCL2 families. Lysosomal enzyme activity assays were carried out as well.Four fetuses from three pregnancies in NCL1 families were found to be carriers for a mutation 451C-T in the CLN 1 gene and one was normal. Prenatal testing of three NCL2 families who carried mutation R208X in the CLN 2 gene showed that all fetuses were carriers. In NCL2 families who carried either mutation IVS5-1C or/and IVS5-1A two normal pregnancies were detected. Our studies indicate that DNA testing, which may provide definitive prenatal diagnosis for NCL, may be used in combination with lysosomal enzyme activity analyses. 展开更多
关键词 脂褐质 产前诊断 神经元 等位基因 婴儿型 异性引物 DNA 幼儿 延伸 应用
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基于等位基因特异性引物延伸的高分辨率熔解曲线基因分型方法的建立 被引量:1
3
作者 袁艳鹏 林庆玲 +1 位作者 左晓虹 蔡彦宁 《首都医科大学学报》 CAS 北大核心 2010年第6期742-747,共6页
目的建立基于等位基因特异引物延伸的高分辨率熔解曲线法(allele-specific-extension high resolution melting curve analysis,ASE-HRM)。方法 ASE-HRM法是在普通高分辨率熔解曲线法(high resolution melting curve analysis,HRM)的PC... 目的建立基于等位基因特异引物延伸的高分辨率熔解曲线法(allele-specific-extension high resolution melting curve analysis,ASE-HRM)。方法 ASE-HRM法是在普通高分辨率熔解曲线法(high resolution melting curve analysis,HRM)的PCR反应体系中加入一条等位基因特异性延伸引物(allele-specific-extension,ASE),该引物末端终止于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,匹配一种等位基因。增加热循环次数,使等位基因特异性引物得以延伸。选取rs1869458位点,用ASE-HRM法和直接测序法对194个人源基因组DNA样品进行基因分型。结果通过分析熔解曲线扩增峰,可区分杂合型和纯合型SNP;通过分析有无引物延伸峰,可区分2种纯合型;同时证明长度为11到13个碱基的ASE引物能得到较好的分型结果;使用锁定核酸(locked nucleic acid,LNA)修饰扩增引物可增加扩增产物和延伸产物的解链温度(melting temperature,Tm)差距,简化基因分型。2种方法对所选DNA样品基因分型所得结果完全吻合。结论 ASE-HRM是一种简单、廉价、闭管并能用于检测所有类型SNP的基因分型法。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 高分辨率熔解曲线 等位基因异性引物延伸 碱基对中性突变
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人工修饰双等位基因特异性引物扩增法检测CYP1B1多态性与肺癌易感性的关系 被引量:5
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作者 梁戈玉 浦跃朴 +2 位作者 尹立红 卜莹 周国华 《环境与职业医学》 CAS 北大核心 2005年第1期4-7,共4页
  [目的 ]应用一种新的快速检测单核苷酸多态性 (SNP)方法———人工修饰双等位基因特异性引物扩增 (di ASA AMP)法研究CYP1B1基因Leu43 2Val位点多态性与江苏汉族人群肺癌易感性的关系。 [方法 ]采用配对病例 对照研究 ,收集江苏汉...   [目的 ]应用一种新的快速检测单核苷酸多态性 (SNP)方法———人工修饰双等位基因特异性引物扩增 (di ASA AMP)法研究CYP1B1基因Leu43 2Val位点多态性与江苏汉族人群肺癌易感性的关系。 [方法 ]采用配对病例 对照研究 ,收集江苏汉族人群原发性肺癌患者 2 2 7例为病例组 ,同时按 1∶1配对选择非肿瘤、非呼吸道疾病患者 2 2 7例为对照组。应用diASA AMP方法检测了病例组与对照组CYP1B1基因Leu43 2Val位点多态性 ,分析Leu43 2Val位点突变与肺癌易感性之间的关系。并应用测序法验证diASA AMP法的特异性。 [结果 ]CYP1B1基因Leu43 2Val位点突变C和G的基因频率在对照组和病例组的分布差异无显著性 ( χ2 =0 .2 0 1,P >0 .0 5 ) ,单纯CYP1B1基因Leu43 2Val位点突变与肺癌危险性也不存在明显的相关关系 (OR =1.0 85 ,95 %CI =0 .73 0~ 1.615 ) ,但该位点突变与吸烟可能有一定协同作用 ,携带G等位基因的基因型可增加吸烟者患肺癌的危险性 (OR =2 .0 5 7,95 %CI =1.162~ 3 .64 2 )。对照组的CYP1B1C和G等位基因频率与现有的中国汉族人群资料结果相近 ,测序结果与diASA AMP结果相符。 [结论 ]CYP1B1Leu43 2Val多态性可能是江苏汉族人群吸烟者肺癌发生的易感因素。diASA 展开更多
关键词 CYP 肺癌 对照组 位点突变 易感性 人工 等位基因 异性引物 配对 多态性
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人工修饰双等位基因特异性引物结合SYBR Green Ⅰ荧光PCR法检测GSTP1基因多态性 被引量:1
5
作者 李曙波 廖长秀 +1 位作者 罗莹 贺珊 《广东医学》 CAS 北大核心 2017年第13期1998-2001,2004,共5页
目的建立人工修饰双等位基因特异性引物结合SYBR Green Ⅰ荧光PCR法检测GSTP1第105个密码子基因多态性的方法,并利用该法研究GSTP1第105个密码子在广西百色市人群遗传特征,为进一步研究GSTP1基因多态性与疾病的发生易感性研究奠定基础... 目的建立人工修饰双等位基因特异性引物结合SYBR Green Ⅰ荧光PCR法检测GSTP1第105个密码子基因多态性的方法,并利用该法研究GSTP1第105个密码子在广西百色市人群遗传特征,为进一步研究GSTP1基因多态性与疾病的发生易感性研究奠定基础。方法采用人工修饰双等位基因特异性引物结合SYBR Green Ⅰ荧光PCR法技术对211例广西百色市健康成人进行GSTP1 Ile105Val基因分型,并分析是否存在性别差异及与国内外其他人群分布频率差异。结果人工修饰双等位基因特异性引物结合SYBR Green Ⅰ荧光PCR法GSTP1基因型检测结果与PCR产物测序结果一致,用此法检测出广西百色市女性和男性人群GSTP1 Ile105Val均以A等位基因为主,分别为79.7%和84.5%;AA野生纯合子型、AG杂合子型和GG突变纯合型在女性人群中分别为62.2%、35.1%和2.7%,男性人群则为71.0%、27.0%和2.0%。经统计学分析,广西GSTP1Ile105Val等位基因和基因型分布频率无性别差异,与辽宁、回族、印度、俄罗斯族等人群相应位点基因型分布频率无差异,但与国内维族、朝鲜族、蒙古族、高加索女性相比差异有统计学意义(P<0.01)。结论人工修饰双等位基因特异性引物结合SYBR Green Ⅰ荧光PCR法是一种快捷、准确的基因多态性检测方法。广西人群GSTP1基因Ile105Val呈多态性分布,基因型分布频率无性别差异,与其他部分种族存在差异。 展开更多
关键词 GSTP1 Ile105Val 基因多态性 SYBR Green Ⅰ荧光PCR 人工修饰双等位基因异性引物
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液相芯片技术联合等位基因特异性引物延伸反应检测结核分枝杆菌耐多药突变 被引量:4
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作者 李婧婵 姜春来 +1 位作者 于源华 宋海鹏 《临床检验杂志》 CAS CSCD 2016年第3期165-168,共4页
目的建立一种耐多药结核分枝杆菌检测方法。方法设计并构建含有kat G315、rpo B526、rpo B531耐药基因突变位点的质粒;通过PCR扩增及纯化、等位基因特异性引物延伸反应(ASPE)、荧光微球杂交反应及液相芯片系统Luminex 200检测;并对该... 目的建立一种耐多药结核分枝杆菌检测方法。方法设计并构建含有kat G315、rpo B526、rpo B531耐药基因突变位点的质粒;通过PCR扩增及纯化、等位基因特异性引物延伸反应(ASPE)、荧光微球杂交反应及液相芯片系统Luminex 200检测;并对该方法反应条件进行探索及方法学评价。结果 ASPE反应中Tsp DNA聚合酶最适浓度为0.025 U/μL,杂交荧光微球浓度为每μL 100个,链霉亲和素藻红蛋白浓度及杂交时间分别为2μg/m L和20 min;所建立方法的检测灵敏度最低可达1ng/m L;当质粒浓度为1.5×105ng/m L时,批间和批内变异系数(CV)分别为6.48%~12.15%和0.35%~6.92%;当质粒浓度为2 ng/m L时,批间和批内变异系数(CV)分别为5.73%~10.77%和0.97%~8.91%;特异性引物探针与其他突变位点均无交叉反应。结论液相芯片技术联合等位基因特异性引物延伸反应检测耐多药结核分枝杆菌灵敏且具有成本低、高通量等特点,极具临床应用潜力。 展开更多
关键词 液相芯片技术 等位基因异性引物延伸反应 结核分枝杆菌 耐多药性
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等位基因特异性引物PCR技术及其应用研究 被引量:25
7
作者 马厚勋 牛永红 +1 位作者 李章勇 谢正祥 《生物技术》 CAS CSCD 2005年第1期15-18,共4页
目的 :研究建立等位基因特异性引物PCR技术体系 ,并将其应用于基因单核苷酸多态性研究工作。方法 :通过美国国家生物信息中心 (NCBI)的genBank获取基因序列及其相应位点的SNP信息。利用Primer5 .0软件设计引物 ,并经NCBI的Blast2 .0软... 目的 :研究建立等位基因特异性引物PCR技术体系 ,并将其应用于基因单核苷酸多态性研究工作。方法 :通过美国国家生物信息中心 (NCBI)的genBank获取基因序列及其相应位点的SNP信息。利用Primer5 .0软件设计引物 ,并经NCBI的Blast2 .0软件检验其特异性。结果 :建立了单一等位基因特异性引物PCR(SASP -PCR)与嵌套式等位基因特异性引物PCR(NASP—PCR)两种技术 ,并应用于 β2 肾上腺素受体及内皮源性一氧化氮合酶基因单核苷酸多态性的研究 ,证实该技术的稳定性和优越性。结论 :等位基因特异性引物PCR技术是一种更为简便、特异性较高、费用少的、便于推广的SNP检测方法 。 展开更多
关键词 等位基因 单核苷酸多态性 异性引物 PCR技术 SNP SASP Β2肾上腺素受体 位点 推广 群体
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ABO基因分型的等位基因特异性引物消耗法 被引量:3
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作者 邵武 姜先华 +1 位作者 于蛟 黄斌 《中国法医学杂志》 CSCD 2007年第2期85-86,90,I0001,共4页
目的建立一种新的ABO基因型分型的等位基因特异性引物消耗法(CASPA)。方法根据ABO基因碱基序列中的第261、297、803nt3处多态性位点设计6条特异性引物及1条公用引物,采用CASPA法鉴定146名中国汉族无关个体血液斑样品的ABO基因型。结果14... 目的建立一种新的ABO基因型分型的等位基因特异性引物消耗法(CASPA)。方法根据ABO基因碱基序列中的第261、297、803nt3处多态性位点设计6条特异性引物及1条公用引物,采用CASPA法鉴定146名中国汉族无关个体血液斑样品的ABO基因型。结果146名中国汉族无关个体血液斑样品中检出AAb、AB、AO1、BOv、O1Ov、AA、BB、O1O1、BO1等9种基因型,结果明确,其基因频率分布符合Hardy-Weinberg平衡。结论ABO基因型CASPA分型方法为ABO血型的鉴定提供了一个新的检测方法。 展开更多
关键词 医物证学 ABO基因 等位基因异性引物消耗
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等位基因特异性引物和TaqMan-MGB探针双抑制野生等位基因扩增的实时荧光定量PCR检测JAK2V617F突变率 被引量:2
9
作者 梁国威 邵冬华 +1 位作者 何美琳 曹清芸 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期1486-1491,共6页
本研究建立在外周血基因组DNA中定量检测JAK2V617F突变率的荧光定量PCR检测方法并探讨其临床应用价值。在实时荧光定量PCR分析系统中,应用等位基因突变引物和等位基因野生TaqMan-MGB探针共同抑制JAK2V617F野生等位基因扩增,从而特异性... 本研究建立在外周血基因组DNA中定量检测JAK2V617F突变率的荧光定量PCR检测方法并探讨其临床应用价值。在实时荧光定量PCR分析系统中,应用等位基因突变引物和等位基因野生TaqMan-MGB探针共同抑制JAK2V617F野生等位基因扩增,从而特异性地扩增JAK2V617F突变等位基因。通过测定不同JAK2V617F突变率标准品及其循环阈值(Ct值),建立JAK2V617F突变率定量测定方法,并对89例表观健康人外周血基因组DNA中JAK2V617F突变率进行检测。结果表明,建立的方法定量检测JAK2V617F突变率的下限为0.1%,检测JAK2V617F突变率的批内、批间平均变异率分别为4.1%和6.1%。对89例表观健康人外周血基因组DNA中JAK2V617F突变率检测显示,其中2例为JAK2V617F阳性,突变率分别为0.64%和0.98%。结论:建立的JAK2V617F突变率定量检测方法具有检测灵敏度高和重复性好的特性,适合骨髓增殖性疾病的诊断及疾病进程和疗效监测。本方法检测原理可用于各种单碱基突变率的检测,具有广泛的应用前景。 展开更多
关键词 JAK2V617F突变 骨髓增殖性疾病 实时荧光定量PCR 等位基因异性引物 TAQMAN-MGB探针 双抑 制扩增 野生等位基因
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等位基因特异性扩增酶联免疫法检测CYP1A1基因多态性 被引量:3
10
作者 周新文 石云 周宜开 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2001年第3期133-134,共2页
目的 建立一种高效的基因多态性检测方法。方法 用等位基因特异性扩增 (ASA)和等位基因特异性扩增酶联免疫法(ASA ELISA)对CYP1A1基因m2多态性进行检测。结果 两种方法的检测结果基本一致 ,仅有 1例不相同。ASA ELISA将地高辛标记在... 目的 建立一种高效的基因多态性检测方法。方法 用等位基因特异性扩增 (ASA)和等位基因特异性扩增酶联免疫法(ASA ELISA)对CYP1A1基因m2多态性进行检测。结果 两种方法的检测结果基本一致 ,仅有 1例不相同。ASA ELISA将地高辛标记在扩增产物上 ,然后通过酶联免疫法检测扩增产物 ,检测灵敏度与等位基因特异性扩增 (ASA)后琼脂糖凝胶电泳相比高 10 0倍。结论 该方法具有操作简单、快速、灵敏度高等特点 ,可用于大标本量的基因多态性检测。 展开更多
关键词 基因多态性 等位基因异性扩增 酶联免疫 CYP1A1基因
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序列特异性引物PCR法检测MN血型基因型 被引量:2
11
作者 祝宏 朱发明 严力行 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期19-20,共2页
目的 建立MN血型系统基因分型的方法 ,检测人群中MN基因的频率。方法 用快速盐析法抽提样本DNA ,序列特异性引物PCR法检测MN基因。结果  115例汉族人群中MM基因型为 2 5例 ,MN基因型为 6 0例 ,NN基因型为 30例。M基因频率为 0 .4 78,... 目的 建立MN血型系统基因分型的方法 ,检测人群中MN基因的频率。方法 用快速盐析法抽提样本DNA ,序列特异性引物PCR法检测MN基因。结果  115例汉族人群中MM基因型为 2 5例 ,MN基因型为 6 0例 ,NN基因型为 30例。M基因频率为 0 .4 78,N基因频率为 0 .5 2 2。结论 该方法可以检测MN血型基因型。 展开更多
关键词 序列异性引物PCR 检测 MN血型 基因分型 血清学
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汾远2号远志的rDNA ITS等位基因特异性PCR鉴别研究 被引量:2
12
作者 李娟 王丹丹 +4 位作者 孔冉冉 田洪岭 张福生 秦雪梅 马存根 《山西医科大学学报》 CAS 2019年第8期1143-1148,共6页
目的设计出鉴别汾远2号远志的特异性PCR引物,建立快速鉴别汾远2号远志的方法。方法利用植物核糖体DNA(rDNA)的内部转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)通用型引物扩增远志样品,并对所有样品进行双向测定,采用DNAMAN软件对远志... 目的设计出鉴别汾远2号远志的特异性PCR引物,建立快速鉴别汾远2号远志的方法。方法利用植物核糖体DNA(rDNA)的内部转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)通用型引物扩增远志样品,并对所有样品进行双向测定,采用DNAMAN软件对远志样品rDNA ITS序列进行比对,找到汾远2号远志(Polygala tenuifolia,简称FY2)的等位基因差异位点,并利用NCBI网上已有的远志序列以及作者测序得到的卵叶远志(P.sibirica)序列和FY2序列比对,进行等位基因差异位点的验证。最后根据FY2的碱基差异位点,采用Primer 5.0软件设计特异性PCR引物,用于FY2的特异性PCR鉴别。结果测序所得的序列与NCBI中远志的相似度高达99.36%。找到了两个FY2的等位基因差异位点,第123位点为T,其余样品均为A,第553位点为T,其余样品均为C。设计了4对特异性PCR引物对FY2进行特异性PCR扩增,在约463 bp处出现单一的扩增条带,而其他远志及卵叶远志则无相应的扩增条带。结论等位基因特异性PCR能有效地从远志和卵叶远志药材中鉴别出汾远2号远志,具有准确、高效、灵敏、简便的特点。 展开更多
关键词 远志 汾远2号 ITS 等位基因异性引物 分子鉴别
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五引物单管聚合酶链反应(PCR)扩增法快速测定人CYP2D610等位基因的类型 被引量:6
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作者 卜莹 张晓丹 +1 位作者 马涛 周国华 《分析化学》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2005年第2期155-160,共6页
以人CYP2D6 10等位基因位点为研究对象,建立了一种由5条引物同时PCR扩增在单管中进行等 位基因快速检测的新方法。该方法在等位基因特异性扩增法的基础上,在内引物3′端引入了一个人工错配 碱基并在5′端附加一段“尾巴”作为引物... 以人CYP2D6 10等位基因位点为研究对象,建立了一种由5条引物同时PCR扩增在单管中进行等 位基因快速检测的新方法。该方法在等位基因特异性扩增法的基础上,在内引物3′端引入了一个人工错配 碱基并在5′端附加一段“尾巴”作为引物的锚定部分,使扩增反应的特异性得到了提高。本实验所建立的方 法可在单管中同时完成SNP3种可能等位基因类型的快速检测。实测了47份样品的CYP2D6 10等位基因 的类型,并随机对其中20份样品的测定结果用RFLP法进行了验证,结果完全一致。结果表明本法简便、快 速,结果准确。 展开更多
关键词 等位基因 CYP2D6 扩增 异性 引物 快速检测 聚合酶链反应(PCR) 尾巴 位点 RFLP
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基于性别连锁SNP特异性引物延伸反应的斑点叉尾■遗传性别鉴定方法的建立与应用
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作者 徐思琪 张世勇 +4 位作者 陈校辉 王明华 钟立强 李联泰 边文冀 《江苏农业科学》 北大核心 2022年第12期189-193,共5页
为建立一种准确和快速鉴定斑点叉尾■遗传性别方法,根据其性别连锁SNP(single nucleotide polymorphism)位点,设计外围引物、SNP特异性延伸引物和DNA探针。性别连锁SNP特异性引物延伸反应结束后,将扩增终产物与DNA探针杂交,并应用基于... 为建立一种准确和快速鉴定斑点叉尾■遗传性别方法,根据其性别连锁SNP(single nucleotide polymorphism)位点,设计外围引物、SNP特异性延伸引物和DNA探针。性别连锁SNP特异性引物延伸反应结束后,将扩增终产物与DNA探针杂交,并应用基于免疫胶体金技术的核酸检测试纸检测性别连锁SNP,从而实现遗传性别分子水平的可视化鉴定。结果显示,该方法能够准确地鉴定斑点叉尾■的遗传性别,与基于性别连锁微卫星标记的遗传性别鉴定方法所得结果一致,表明斑点叉尾■性别连锁SNP特异性引物延伸反应联合基于免疫胶体金技术的核酸试纸能够准确、快速地完成斑点叉尾■的遗传性别鉴定。 展开更多
关键词 斑点叉尾■ 遗传性别鉴定 异性引物延伸反应 性别连锁SNP 免疫胶体金
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基于PCR和位点特异性引物延伸反应的SNP检测方法的建立 被引量:2
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作者 单洪波 金亚南 《检验医学》 CAS 2018年第6期530-535,共6页
目的建立一种基于聚合酶链反应(PCR)、位点特异性引物延伸反应(ASE)和核酸试纸条检测技术的单核苷酸多态性(SNP)检测方法。方法先通过PCR对包含SNP位点的特异基因序列进行扩增;然后通过带有A标记的ASE引物针对SNP位点的不同基因类型进... 目的建立一种基于聚合酶链反应(PCR)、位点特异性引物延伸反应(ASE)和核酸试纸条检测技术的单核苷酸多态性(SNP)检测方法。方法先通过PCR对包含SNP位点的特异基因序列进行扩增;然后通过带有A标记的ASE引物针对SNP位点的不同基因类型进行特异性延伸;延伸后的产物可以与B标记的探针进行杂交结合,形成同时携带A和B标记的杂交产物;而该杂交产物可以通过核酸试纸条进行目视化检测,从而完成对SNP基因型的检测。结果通过对10倍浓度梯度稀释的人类基因组DNA进行检测,PCR-ASE的检测敏感性为88 ng/反应;通过在同一条核酸试纸条上针对同一SNP位点2种不同基因型的检测,达到了多重检测的目的;PCR-ASE对19名志愿者的5个不同SNP位点的检测结果与基因测序法完全一致。结论 PCR-ASE是一种简单、准确的SNP基因型检测方法。 展开更多
关键词 引物异性延伸反应 单核苷酸多态性 核酸试纸条检测技术
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直接测序法用于四川骨髓库汉族人群HLA-C等位基因分布的研究 被引量:16
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作者 夏玲 王珏 +4 位作者 罗玫 纪欣 杨刘 陈雪黎 陈强 《中国输血杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期596-601,共6页
目的建立HLA-C等位基因通用引物直接测序法,研究中华骨髓库四川分库(简称四川骨髓库)中川籍汉族人群HLA-C等位基因分布。方法在四川骨髓库已获HLA-A/B/DRB1高分辨分型结果的600余份川籍汉族街头无关自愿捐献者标本中,随机选择244份标本... 目的建立HLA-C等位基因通用引物直接测序法,研究中华骨髓库四川分库(简称四川骨髓库)中川籍汉族人群HLA-C等位基因分布。方法在四川骨髓库已获HLA-A/B/DRB1高分辨分型结果的600余份川籍汉族街头无关自愿捐献者标本中,随机选择244份标本,采用PCR-SBT对HLA-C位点测序分型,通用引物测序后产生的模棱两可分型结果,分别采用加测相应外显子和组特异性测序方法确认;获得所有标本确切的高分结果后,计算HLA-C各等位基因分布频率,并与其他人群比较。结果 244份标本中直接出HLA-C位点高分辨结果的比例为27.87%(68/244),须加测外显子1、5、6和7的为61.07%(149/244),须组特异性测序的为47.54%(116/244);共检出HLA-C等位基因25个,其中等位基因频率>10%的3个:C*01∶02、C*07∶02和C*03∶04,等位基因频率>1%的12个,累计频率95.69%;四川汉族人群HLA-C等位基因的分布与中国南方人群最为接近,与美国高加索人群和黑人的差异最大。另外,发现了1例新等位基因C*06∶45,它与同源性最高的C*06∶02在第187位碱基存在1个点突变:G>T,使密码子39由GAC>TAC,导致编码的氨基酸由天门冬氨酸(Asp)>酪氨酸(Tyr);此位点在此之前尚未发现过碱基突变。结论建立了针对HLA-C基因第2—4外显子的通用引物直接测序法,并提出了模棱两可结果的解决策略,所测标本均获得确切高分结果;四川汉族人群中HLA-C等位基因呈现多样性并存在自身特点。 展开更多
关键词 HLA-C等位基因 四川汉族 中华骨髓库 直接测序 通用引物测序 异性测序 C^*06∶45 等位基因
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二球悬铃木花粉变应原特应性体质与HLA-DRB1等位基因相关性分析 被引量:6
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作者 齐名 魏花 +2 位作者 朱琴 王艾丽 熊华 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期401-403,共3页
目的建立对二球悬铃木花粉过敏的特应性体质者的HLA-DRB1等位基因的PCR-SSP检测方法,探讨江苏汉族人二球悬铃木花粉变应原特应性体质者与HLA-DRB1等位基因的相关性。方法用酚-氯仿法提取全血DNA,合成8对等位基因特异性引物,用PCR-SSP方... 目的建立对二球悬铃木花粉过敏的特应性体质者的HLA-DRB1等位基因的PCR-SSP检测方法,探讨江苏汉族人二球悬铃木花粉变应原特应性体质者与HLA-DRB1等位基因的相关性。方法用酚-氯仿法提取全血DNA,合成8对等位基因特异性引物,用PCR-SSP方法检测20例江苏汉族二球悬铃木花粉过敏体质者和36例健康人HLA-DRB1*0401,*0402,*0403,*0404,*0405,*0406,*0407,*0408等位基因。结果经优化实验条件,建立了HLA-DRB1的8个等位基因的PCR-SSP检测方法,获得了患者组和健康人组上述HLA-DRB1等位基因的分布资料。二球悬铃木花粉变应原特应性体质者DRB1*0405和*0406基因频率高于健康人对照组而DRB1*0402基因频率低于健康人对照组。其他5个等位基因频率二组间无显著性差异。结论HLA-DRB1*0406和*0405可能是对二球悬铃木花粉变应原过敏的I型变态反应特应性体质者的可疑候选易患等位基因,而DRB1*0402基因可能是与之相关的具有抵抗作用的等位基因。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 等位基因 二球悬铃木花粉 变应原 序列异性引物聚合酶链反应
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以特异性引物延伸为基础的非综合征唇腭裂易感基因芯片技术
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作者 胥威 卢永平 +1 位作者 韩维田 宋方田 《中国现代医生》 2016年第2期76-78,F0003,共4页
目的设计一种适合检测非综合征唇腭裂(NSCL/P)相关大量单核苷酸多态性(SNP)的基因芯片。方法直接测序法验证基因芯片的准确性,重复检测部分样品验证基因芯片的重复性。结果本研究设计了一种以特异性引物延伸为基础的,适合检测NSCL/P大... 目的设计一种适合检测非综合征唇腭裂(NSCL/P)相关大量单核苷酸多态性(SNP)的基因芯片。方法直接测序法验证基因芯片的准确性,重复检测部分样品验证基因芯片的重复性。结果本研究设计了一种以特异性引物延伸为基础的,适合检测NSCL/P大量相关SNP的,快速、有效、方便、经济、高通量的基因芯片。结论这种基因芯片为临床NSCL/P基因诊断提供一种新型的、灵敏度高、操作简单的技术手段。 展开更多
关键词 基因芯片 异性引物延伸 非综合征唇腭裂 单核苷酸多态性
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MicroSSP法用于器官移植病人HLA—DR/DQB1等位基因分型的研究
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作者 王学敏 李代红 《中华综合医学》 2002年第8期673-674,769,共3页
目的:通过快速、准确的微量序列特异性引物聚合酶链法对器官移植病人HLA-DR/DQB1等位基因分型。方法:MicroSSP法^[1]是在PCR-SSP法的基础上建立起来的。可用于低或高分辨的HLA分型;此法有理想的引物和布局;引物和对照物事先包被... 目的:通过快速、准确的微量序列特异性引物聚合酶链法对器官移植病人HLA-DR/DQB1等位基因分型。方法:MicroSSP法^[1]是在PCR-SSP法的基础上建立起来的。可用于低或高分辨的HLA分型;此法有理想的引物和布局;引物和对照物事先包被在干板上;应用微量SSP凝胶系统电泳仅用2-4分钟;配有视窗系统分析软件,确保了分析结果的准确性。结果:选择了76例肝、肾移植病人进行HLA-DR/DQB1分型,共检出14种DRB1、7种DQB1等位基因。频率最高的为DRB1*1501-1502、DRB1*1401、1404、1405、DRB1*0701-0702、DRB1*1201、1202。DQB1*05、DQB1*06、DQB1*07。符合东方人基因频率的分布。分型全部成功。结论:MicroSSP法具有快速(整个实验仅用2小时)、需血量少、分辨率高、方法稳定、结果判断准确等优点。特别适用于尸体器官的供体配型。 展开更多
关键词 等位基因分型 MicroSSP 微量序列异性引物 器官移植 人类白细胞抗原
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稻瘟病广谱抗性基因Pigm特异性分子标记的开发和应用 被引量:16
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作者 陈涛 孙旭超 +9 位作者 张善磊 梁文化 周丽慧 赵庆勇 姚姝 赵凌 赵春芳 朱镇 张亚东 王才林 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期28-36,共9页
【目的】来自籼稻品种谷梅4号的Pigm是一个对稻瘟病菌具有广谱和持久抗性的重要基因。为有效提高Pigm基因的选择效率,有必要开发具有特异性的共显性分子标记进行辅助育种。【方法】本研究根据谷梅4号Pigm位点存在的特异性核苷酸变异,利... 【目的】来自籼稻品种谷梅4号的Pigm是一个对稻瘟病菌具有广谱和持久抗性的重要基因。为有效提高Pigm基因的选择效率,有必要开发具有特异性的共显性分子标记进行辅助育种。【方法】本研究根据谷梅4号Pigm位点存在的特异性核苷酸变异,利用Tetra-primerARMS-PCR和KASP两种不同的基因分型技术开发出分子标记T-Pigm和K-Pigm,对不同品种(品系)以及淮稻9号/谷梅4号的F2分离群体进行基因型检测,并结合穗颈瘟人工接种鉴定,对标记的准确性进行评价。【结果】序列比对分析表明,谷梅4号Pigm位点中Pigm-Nbs2基因起始密码子上游515 bp处存在一个特殊的单核苷酸变异。利用已开发的两种类型的分子标记能够有效区分3种不同的基因型,且基因型与穗颈瘟人工接种鉴定结果完全一致。【结论】利用分子标记T-Pigm和K-Pigm可以实现对Pigm基因型快速、准确的检测,加快抗稻瘟病水稻新品种的选育进程。 展开更多
关键词 稻瘟病 Pigm 异性标记 引物扩增受阻突变体系PCR 竞争性等位基因异性PCR
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