川芎简单序列重复间区多态性和扩增片段长度多态性分子标记技术多态性比较研究

目的寻找川芎的高效分子标记。方法以四川崇州、都江堰、新都3个产地的川芎为材料,应用100条简单序列重复间区多态性(ISSR)引物、64对扩增片段长度多态性(AFLP)引物对30个川芎个体进行多态性筛选。结果筛选到简单序列重复间区多态性特异性引物共10条,扩增片段长度多态性特异性引物共6对;分别扩增出106和256条条带,多态条带百分率分别为22.64%和22.27%。平均标记指数AFLP的检测效率(1.78)明显高于ISSR(0.42)。两种标记基于遗传相似值聚类分析结果存在着一定的差异,但用Mantel测试对两种方法检测的遗传一致度进行相关性分析表明,它们之间存在着显著的相关性(r=0.6975,p=0.014)。结论川芎具有较低的遗传多样性,AFLP更有效于ISSR。

地龙类药用动物的简单序列重复区间分子鉴定研究

【目的】探索利用简单序列重复区间(ISSR)分子标记方法在核酸分子水平上鉴别不同来源的地龙类药用动物。【方法】从100条ISSR引物中筛选出能扩增明显多态性条带的引物,对采集自广东、福建、湖北、上海等地的7个不同品种的地龙类药用动物样品进行扩增和凝胶电泳分析,寻找特征位点。采用NTSYS软件计算材料间的相似系数,并用UPGMA法构建系统树,按遗传距离构建分子聚类图。【结果】8条引物共扩增出137个DNA片段,其中127个片段呈现多态性,平均多态位点百分率为92.35%,可单独或联合应用鉴别地龙类药用动物。【结论】ISSR分子标记技术具有较好的可靠性和重现性,可用于地龙类药用动物的鉴别和遗传亲缘关系研究。

应用简单序列重复区间扩增多态性分子标记鉴定我国12个城市与地区常见嗜尸蝇类的研究

目的探讨应用ISSR分子标记鉴定我国不同地区常见嗜尸蝇类,分析其亲源关系及基因差异。方法采集广州、深圳、阳江、南京、长春、宜昌、北京、武汉等12个城市与地区常见嗜尸蝇类:家蝇(Musca domestica),丝光绿蝇(Lucilia sericata),大头金蝇(Chrysomyia megacephala),黑尾麻蝇(Helicophagella melanura),棕尾别麻蝇(Boetthcherisca peregrina)。设计22个ISSR引物,对采集的蝇类基因组DNA进行PCR扩增,从中筛选出8个引物用于我国不同地区法医蝇类的鉴定,进行ISSR分析,用PAUP聚类分析软件绘制聚类图。结果8种ISSR引物鉴定我国部分城市与地区5种蝇类,总共扩增样品次数为121,可放大679个清晰和稳定的带,其中516个是多态性。结果表明我国不同城市与地区的家蝇、大头金蝇、丝光绿蝇、棕尾麻蝇、黑尾麻蝇分别呈现不同带谱,不同地区的家蝇呈现种内与地域多态性的遗传带谱,而5种腐尸性蝇种间呈现完全不同的带谱,发现种特异性的片段。聚类分析结果显示:10个不同地区的家蝇聚类为一棵分枝树,细分为4个不同层次的类群,不同地区的大头金蝇、丝光绿蝇的绝大多数种类聚类在一起,亦存在种内基因型与地理株的基因组DNA差异。结论应用ISSR技术,首次对我国12个城市和地区的常见嗜尸蝇类做出鉴定,揭示我国10个城市与地区的家蝇种类存在种内基因型和遗传的差异;不同地区的大头金蝇、丝光绿蝇亦存在种内基因型与地理株基因组DNA的差异。

贵州天麻野生与栽培品种的简单序列重复标记鉴定

目的:利用简单序列重复(SSR)分子标记鉴定贵州天麻4个居群的野生和栽培品种。方法:合成8对SSR引物用于天麻基因组DNA的PCR扩增。结果:除引物对16外均能很好地区分野生天麻、无性繁殖天麻及有性繁殖天麻,其中有性繁殖天麻均扩增出2条带,为杂合子;野生天麻及无性繁殖天麻只扩增出1条带,为纯合子。结论:天麻的自交及杂交是形成纯合与杂合的原因。SSR分子标记可有效地区分纯合子及杂合子,从而使其能够在分子水平鉴定野生和栽培天麻。

正交设计优选味连简单序列重复间扩增多太性反应体系的研究

目的优化味连简单序列重复间扩增多太性(Coptis chinensisFranch.ISSR)反应体系。方法利用正交实验设计,从Mg2+,dNTP,引物,BSA这4种因素3个水平进行优化。结果确立了适合黄连ISSR分析的反应体系,即在25μl反应体系中,内含1×PCR buffer,1.5 mmol/LMg2+,200μmol/L dNTP,0.4μmol/L引物,40 ng模板,1UTaqDNA聚合酶,BSA 1μg/μl。结论利用此优化反应体系能得到清晰、稳定的图谱。

磁珠富集法开发北柴胡多态性简单序列重复标记

目的:利用磁珠富集法分离北柴胡微卫星序列,以开发北柴胡微卫星引物,获得有多态性的简单序列重复(SSR)标记。方法:用生物素标记的混合探针(AC)15、(AG)15、(MAB)12和两端连接已知序列人工接头的北柴胡基因组DNA酶切片段混和后与磁珠杂交,构建微卫星序列富集的小片段插入文库;利用接头引物分别与生物素探针引物Biotin-(AC)15、Biotin-(AG)15、Biontin-(MAB)12形成3个组合,用PCR方法对文库进行初步筛选;对可能的阳性克隆子进行测序复筛,选取微卫星侧翼序列足够长的序列设计引物,用荧光标记的基因分型技术以栽培柴胡种质为材料分析其多态性。结果:开发了5对多态性SSR标记,它们在5份柴胡栽培种质中共扩增出30.70个多态性等位基因,平均每条引物可以扩增出6.14个多态性等位基因;观察等位基因数最多13个,最少3个;有效等位基因数最多11.4个,最少1.6个。同时分析了4对EST-SSR引物,比较了2种SSR标记扩增结果。结论:磁珠富集法是开发柴胡多态性SSR标记的有效方法。

简单序列重复(SSR)及其在农作物研究中的应用

ＳＳＲ是一类由１～５个核苷酸组成的短序列首尾相连重复多次构成的一段ＤＮＡ，广泛分布于真核生物基因组中。ＳＳＲ标记信息含量高，覆盖整个基因组，呈共显性遗传，可利用ＰＣＲ进行分析，重复性好。本文对主要农作物中ＳＳＲ的种类、数量、分布、分离及特性分析方法，ＳＳＲ多态性的检测，ＳＳＲ在品种鉴定与检测、种质资源及育种、基因组作图等方面的研究现状作了简要叙述，并对该技术的未来发展进行了预测。

乌头简单序列重复区间扩增条件的优化

目的保证乌头ISSR-PCR的稳定性、提高对乌头遗传多样性,亲缘关系分析、种质鉴定的可靠性。方法收集西南地区23个乌头材料,以Mg2+,dNTP,引物和聚合酶建立L9(34)正交设计,并同时考察模板和甲酰胺浓度及退火温度,建立适宜的ISSR-PCR体系。结果以Mg2+2.0 mmol/L、dNTP 0.25 mmol/L、引物0.3μmol/L、rTaq酶1U、模板1.5 ng/μl、甲酰胺2%及退火温度(Tm-3)℃的ISSR反应体系最优。结论实验建立的ISSR-PCR体系反应稳定,能用于乌头的ISSR分析。

酿酒葡萄品种遗传多样性的简单序列重复分析和分子身份证的建立

以10个红白酿酒葡萄品种为试材,采用简单序列重复(simple sequence repeats,SSR)分子标记技术,对供试材料进行了遗传多样性分析及分子身份证的构建。根据SSR-PCR聚丙烯酰胺凝胶图谱显示,选用的12对SSR引物共扩增出213个片段,多态性百分率为100%。利用NTSYSpc2. 10e软件进行遗传相似性系数分析,所有品种间的遗传相似系数变化范围在0. 71~0. 85之间,平均遗传相似系数为0. 76。通过非加权类平均法(unweighted pair-group method with arithmetic mean,UPGMA)进行聚类分析,在遗传相似系数0. 73处,将10个葡萄品种分成了2个类群,在一定程度上揭示了红白酿酒葡萄之间的亲缘关系。将扩增片段图谱按大小赋值后利用6对引物构建了酿酒葡萄分子身份证编码,可区分所有试材。同时,选择多态性高,重复性好的Vr ZAG79、Vr ZAG62、VVMD27、VVMD5和VVS2引物构建了酿酒葡萄品种的SSR位点荧光图谱,这为鉴定和检测葡萄品种及葡萄酒真实性和纯度提供了参考依据。

利用简单序列长度多态性(SSLP)定位水稻核育性恢复基因

利用397条SSR引物对D62A和红米水稻红宝石B的杂交F2代不育可育分离群体及双亲的12条染色体进行筛选,定位细胞质雄性不育恢复基因,发现在第7染色体上找到与主效恢复基因紧密连锁的分子标记RM182,遗传距离是7 4cM。

采用简单序列重复标记所鉴定的桃树、扁桃和亲缘种间的关系

桃树(Prunus persica)和扁桃(P．dulcis)是桃属Amygdalus亚属的两个物种，已在全球广泛用于商品种植。这些物种分别起源于亚洲东南部和中部，且代表了两个不同环境下的趋异进化。在野生种中发现了相关的桃属物种。以前几位研究者已报道了在非灌溉自然条件下这些桃属近缘种作为桃树和扁桃的根状茎的直接应用。

栽培花生变种的简单序列重复标记

花生（Arachis hypogaea L．）是全世界栽培的一个重要的油料作物。栽培花生有6个变种hypogaea、hirsuta、frastigiata、peruviana、aequatoriana和vulgaris。根据其表型性状和生长习性来看，头两个变种属于hypogaea亚种，后4个变种属于fastigiata亚种。

利用简单序列重复子研究棉花的转录基因

小随体，也称SSR(简单序列重复子)是一种在动植物中发现的顺序重复DNA序列变化最多的类型。基本结构是重复几次的少数碱基或者单个碱基对。这些重复子要么是完全顺序重复，要么是被几个非重复核苷酸打断或者是混合重复子。