鼠曲草简单重复序列间扩增反应体系的建立及优化

目的通过建立并优化鼠曲草简单重复序列间扩增(ISSR-PCR)反应体系,为鼠曲草后续遗传多样性研究提供实验依据。方法本研究首先采用单因素实验法和全面实验法优化鼠曲草ISSR-PCR反应体系,然后在最适体系下,分步进行引物及其退火温度的筛选,最后验证该体系的可行性。结果ISSR-PCR最适反应体系包括10μl Premix Taq DNA聚合酶、0.3μmol/L引物、10 ng DNA模板、灭菌水加至20μl;从100条通用引物中最终筛选出10条引物;验证结果表明该体系稳定性高、重复性好,且选定引物多态性好。结论本研究首次建立了鼠曲草ISSR-PCR扩增体系,并筛选出合适的引物,为鼠曲草后续遗传多样性研究夯实了基础。

川芎简单序列重复间区多态性和扩增片段长度多态性分子标记技术多态性比较研究

目的寻找川芎的高效分子标记。方法以四川崇州、都江堰、新都3个产地的川芎为材料,应用100条简单序列重复间区多态性(ISSR)引物、64对扩增片段长度多态性(AFLP)引物对30个川芎个体进行多态性筛选。结果筛选到简单序列重复间区多态性特异性引物共10条,扩增片段长度多态性特异性引物共6对;分别扩增出106和256条条带,多态条带百分率分别为22.64%和22.27%。平均标记指数AFLP的检测效率(1.78)明显高于ISSR(0.42)。两种标记基于遗传相似值聚类分析结果存在着一定的差异,但用Mantel测试对两种方法检测的遗传一致度进行相关性分析表明,它们之间存在着显著的相关性(r=0.6975,p=0.014)。结论川芎具有较低的遗传多样性,AFLP更有效于ISSR。

正交设计优选味连简单序列重复间扩增多太性反应体系的研究

目的优化味连简单序列重复间扩增多太性(Coptis chinensisFranch.ISSR)反应体系。方法利用正交实验设计,从Mg2+,dNTP,引物,BSA这4种因素3个水平进行优化。结果确立了适合黄连ISSR分析的反应体系,即在25μl反应体系中,内含1×PCR buffer,1.5 mmol/LMg2+,200μmol/L dNTP,0.4μmol/L引物,40 ng模板,1UTaqDNA聚合酶,BSA 1μg/μl。结论利用此优化反应体系能得到清晰、稳定的图谱。

石斛属植物遗传多样性的简单重复间系列分析

目的研究我国石斛属植物问的亲缘关系。方法从55个ISSR引物中筛选出14个多态性好的引物对石斛属（Dendrobium）植物基因组DNA进行简单重复问序列（ISSR）分析。利用POPGENE32软件计算ISSR扩增产物的Neig基因多样性指数（H）和Shannon信息指数（I），标记系统的有效等位基因数（effective number of alleles，NE）。应用NTSYS（3．0）软件计算Neig遗传距离和遗传相似系数。按照非加权平均距离法（UPGMA）构建聚类关系图。结果14条引物共扩增出123条带，多态性带112条，约占总数的91．06％，平均每个引物扩增的DNA带数为8．79条。Neig基因多样性指数（H）为0．3519，Shannon信息指数（I）为0．5282，有效等位基因数（NE）为1．5945，种间的相似系数介于0．0909～0．6957，平均为0．3779。结论我国石斛品种的遗传基础比较丰富，ISSR分子标记构建的亲缘关系树状图与经典分类系统基本一致．

苎麻细胞质雄性不育“三系”ISSR特异片段克隆和序列分析

利用ISSR分子标记技术对苎麻细胞质雄性不育"三系"mtDNA进行多态性分析;在选用的38个IS-SR引物中,有6个引物的扩增产物在不育系、保持系和恢复系之间存在差异。对这些特异性片段进行克隆和序列测定,结果表明:片段21-MS全长956bp,包含一个525bp的完整编码区,共编码174个氨基酸。片段31-M/R全长778bp,包含一个404bp的不完整编码区,共编码134个氨基酸;其核苷酸和氨基酸序列与已报道的多种植物中的番茄红素β-环化酶基因分别存在71～76和73～77的同源性。

柞蚕品种资源遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对66份柞蚕（Antheraea pernyi）品种材料进行了遗传多样性研究。筛出的11个ISSR引物共扩增出118条带,其中多态性条带为107条,多态性比率为90.67%,遗传相似性系数范围在0.390~0.805之间。根据ISSR标记的结果,采用UPGMA聚类分析方法,将供试材料分为4大类群。研究结果表明,柞蚕品种的聚类与体色并没有一定的相关性。

38个紫薇品种亲缘关系的ISSR分析

紫薇是世界著名的夏季观赏花木之一,品种繁多、来源复杂,造成了紫薇品种在分类、鉴定上的困难。为探讨简单重复序列间扩增多态性(ISSR)分子标记方法在紫薇品种分类上的可行性,对引自美国的30个紫薇品种和中国的8个栽培品种进行ISSR亲缘关系分析。10条扩增带型清晰且重复性好的引物共获得81个位点,其中70条呈多态性,多态性百分比(PPB)为86.42%。38个紫薇品种的遗传相似性系数介于0.543 2～0.988 7,平均值为0.788 2。在遗传相似性系数0.736处,聚类结果(unweighted pair group method with arithmetic mean,UPGMA)显示,38个紫薇品种分为3个类群,在0.760处可进一步分为7个亚类群,表明ISSR标记技术能从分子水平上较为准确地体现紫薇品种间的亲缘关系。

ISSR和ITS分子标记在黑龙江省野生黑木耳遗传多样性上的应用

利用ISSR和ITS标记对黑龙江省采集的33株野生黑木耳菌株和8个黑龙江省常见栽培菌株进行遗传多样性分析,利用PCR-ISSR体系,选出9个ISSR引物对菌株DNA进行扩增,通过聚类分析对遗传多样性进行分析。结果表明,9个ISSR引物扩增条带103条条带,其中多态性条带95条,多态性比率为92.2%,平均每对引物扩增出条带11.4条,平均每对引物扩增出多态性条带10.6条,平均多态性比例为91.7%。多态性信息含量（PIC）变化在0.063~0.924之间。通过ITS序列对黑木耳菌株进行亲缘关系分析,利用软件ClustalX 1.83和MAGA 4.1进行系统发育分析分析。结果表明,黑木耳ITS1、5.8S、ITS2三个区信息为点比例达到52.1%,遗传位点丰富。两种标记方法均显示黑木耳野生菌株间遗传多样性优于栽培菌株。ISSR和ITS两种方法联合使用可得到较好结果。

香花油茶分子分类与鉴定

为给香花油茶归类地位的确认提供一定的分子依据,明确香花油茶的分类地位,通过ISSR标记技术,探究香花油茶与山茶属中形态特征相似的其它5个种之间的亲缘关系。结果表明:香花油茶与供试山茶属5个种(小果油茶、南荣油茶、窄叶短柱茶、普通油茶、攸县油茶)遗传距离较远,各自聚类显著,因此香花油茶不属于参试的5个山茶物种;其中与窄叶短柱茶的亲缘关系为近,遗传距离偏小,但遗传距离也远大于种内差异,且形态特征与窄叶短柱茶最为接近,推测香花油茶可能是山茶属短柱茶组1个新物种。

24个白桑(Morus alba L．)地方品种的遗传多样性分析

采用ISSR分子标记技术对山东、河北地区的24个白桑（Morus alba L．）地方品种资源进行了遗传多态性分析。筛选的13条ISSR引物共扩增86条扩增带，其中多态性条带63条，多态性比率为73．25％，ISSR标记遗传相似系数范围在0．6706～0．9529。通过类平均聚类（UPGMA）法分析，24份材料聚分为2大类。

湖南省稻水象甲的遗传多样性及入侵扩散特点

为全面了解湖南省稻水象甲的入侵扩散特点,运用简单重复序列间区(ISSR)分子标记方法及对比COⅠ基因、ITS2片段的序列信息,探讨全省17个地理种群的遗传多样性和扩散模式。结果表明:湖南省稻水象甲种群COⅠ基因、ITS2片段的序列非常保守,不能提供有效的多态性位点信息,而ISSR的多态性信息非常丰富,其多态性位点百分率可达93.24%;基于ISSR的数据分析发现,湖南省稻水象甲的Nei’s基因多样性指数为0.363 0,各地理种群间基因分化系数为0.414 3,种群之间的遗传距离与地理距离无相关性。湖南省稻水象甲地理种群分化不符合地理隔离模式,以人为因素导致的扩散为主,自然扩散为辅。

黄芩种质资源的ISSR分析

采用ISSR分子标记,对野生黄芩(Scutellaria baicalensis)54个种源基因组DNA进行PCR扩增.利用SPSS11.5软件对种源间亲缘关系进行分析,构建遗传性状图.结果表明,从100条ISSR引物中筛选出扩增条带多、清晰和稳定性好的9条引物,在黄芩54个种源中共得到2 279条带,1 577条为多态性条带,多态性位点68.73%,聚类分析将黄芩54个种源分为3个分支,表明野生黄芩种源间遗传变异丰富.

北方蚕区89份桑种质资源的ISSR标记遗传多样性分析

利用ISSR分子标记技术,对我国北方蚕区保存的89份桑种质资源的遗传多样性进行分析,为桑树的遗传改良和分子标记辅助育种提供基础信息。用筛选的具有多态性的11个ISSR引物对89份桑种质资源的基因组DNA进行PCR,共扩增出迁移率（分子质量）不同的DNA条带127条,其中多态性条带为125条,多态性比率达98.43%。89份桑种质资源之间存在较高的基因变异：平均观察等位基因数（na）为1.984 3,平均有效等位基因数（ne）为1.591 9,平均Nei＇s基因多样性指数（h）为0.345 6,平均Shannon＇s信息指数（I）为0.516 6。89份桑种质资源的遗传相似度在0.228 3~0.990 0之间,遗传距离在0.030 1~1.447 0之间。基于遗传距离的聚类分析显示,来自我国新疆地区和俄罗斯、乌克兰的地方品种资源聚为一支,来自山东、陕西地区的品种资源各自聚为一支,来自山西、河北地区的地方品种资源聚为一支,4份野生桑资源聚为一支。Arlequin3.5.1.3软件的AMOVA分析显示,89份桑种质资源的遗传变异固定指数（FST）=0.545 36,群体间的遗传变异率为54.54%,群体内的遗传变异率为45.46%（P〈0.001）,群体之间的基因交流属中等。

甘草不同品系种子特征特性比较与遗传多样性分析

试验研究了8个甘草(Glycyrrhiza uralensis)不同品系种子的特征、特性及其遗传多样性。结果表明:甘草不同品系间在种子大小、发芽率、发芽势等方面存在显著差异(P<0.05)。进一步利用ISSR标记对甘草8个品系的遗传多样性进行分析,发现甘草不同品系间存在明显的遗传多样性差异,共扩增出42条不同的产物,其中多态性片段34条(占80.95%),并发现了2条特异性带。通过计算遗传相似性系数,建立了UPGMA聚类图。

ISSR法鉴定中药黄精与卷叶黄精

目的:鉴别中药黄精和卷叶黄精,探索中药鉴别的新方法。方法:从原植物鉴定、显微鉴定和ISSR分析等方面着手。对随机引物进行筛选,选出两个引物,对样品进行PCR扩增,用电泳分离产物。结果:通过引物(AC)8T,(AG)8T等经PCR扩增产生足够的多态性谱带用于分析。结论:ISSR技术可应用于黄精和卷叶黄精的区分。

东北小麦白粉菌遗传多样性及其地域关联性分析

利用ISSR分子标记技术,分析从辽宁春麦区及山东、河南、湖北冬麦区收集并鉴定的26个小麦白粉菌生理小种的遗传多态性,并探讨菌株遗传多态性与其来源地的关联性。用18条ISSR引物对各小种的DNA进行扩增,其中8条引物能产生稳定的多态性图谱。多态性聚类分析结果显示,26个小麦白粉菌菌株可聚为4类,菌株的DNA多态性与其毒性多态性之间存在一定程度的关联性。依据ISSR聚类分析结果,辽宁春麦区和其他3省的优势小种、次优势小种按相应类群聚在一起,尤其是主要小种11号、411号与近邻山东冬麦区的小种聚为一类。说明东北春麦区小麦白粉病菌与南部冬麦区尤其是山东的小麦白粉病菌具有较高的亲缘关系,为东北春麦区白粉病初菌源来自山东等南部冬麦区的早期推论提供了DNA分子佐证。

基于ISSR的野生桑树桑黄菌株遗传多样性分析

为保护开发野生桑树桑黄种质资源,对17个不同来源的野生桑树桑黄菌株开展种内遗传多样性分析,利用简单重复序列间扩增(ISSR)分子标记技术对桑黄菌株DNA进行扩增,分析扩增条带,利用NTSYS软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果表明:16条ISSR引物中,有10条ISSR引物多态性丰富,条带清晰;10条引物共检测到904个位点,其中,多态性位点717个,多态性百分比79.3%。在DNA指纹图谱中,引物P5、P812扩增条带多态性最高。NTSYS-PC2.10e软件分析表明,17个桑树桑黄遗传相似系数为0.57～0.99。UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数(GS)约0.65处,可将17个桑树桑黄划分为2大类群:S4,S23,S26为一大类群,其余为一大类群。综上可知,桑树桑黄种质资源具有丰富的遗传多样性,ISSR分子标记可有效区分不同桑树桑黄菌株。

利用ISSR初步分析广西西甜瓜蔓枯病菌的遗传多样性

[目的]应用简单序列重复区间（Inter-simple sequence repeats,ISSR）分子标记技术对广西不同地方的西甜瓜蔓枯病菌进行ISSR分析,以了解其遗传多样性,为西甜瓜蔓枯病病原研究及制定合理的防治措施提供理论依据.[方法]选用20条引物,对采集于南宁市的15株西甜瓜蔓枯病菌和北海、桂林、柳州的4株西甜瓜蔓枯病菌进行ISSR-PCR分析,采用Powermarker V3.25软件分析其遗传结构.[结果]从20条随机引物中筛选出16条多态性较高的引物,共产生位点数233个,多态位点数115个,平均多态位点9.6个,平均多态百分率为49.4％.每条引物能扩增出7～20条谱带,扩增的片段大部分在300～3000 bp.基于Nei＇s遗传距离的聚类分析结果显示,供试材料可分为两个类群,两个来源于南宁市兴宁区的菌株单独归为一类,其余17株菌株基本聚在同一大类群中.[结论]来自广西不同地方的西甜瓜蔓枯病菌的遗传相似性较高,ISSR多态性与地理来源无显著相关性.

利用ISSR分子标记构建山东、河北省区鲁桑地方品种核心种质

开展桑树核心种质的研究有利于高效保存和利用桑树种质资源。根据15个ISSR引物扩增的98个ISSR分子标记的聚类结果和树状图,对来自山东、河北省区的46份鲁桑地方品种资源采用逐步聚类随机取样法选择核心种质,比较了样本数不同的4个核心样本群的多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei s遗传多样性指数和Shannon s信息指数等参数,最终选择了由11个样本组成的样本群作为核心种质。用统计软件SPSS对初始种质和核心种质群体的观测等位基因数、有效等位基因数、Nei s遗传多样性指数和Shannon s信息指数分别作t检验,可以看出核心种质虽然仅保留了初始种质23.91%的样品,但上述各参数在初始种质中的保有率分别为89.02%、89.03%、95%、102.24%、103.99%、101.26%,表明构建的核心种质能够代表初始种质。

秦岭地区华中五味子天然居群ISSR遗传多样性分析

应用简单重复序列间区(ISSR)分子标记技术对分布于秦岭地区3个华中五味子天然居群的90份个体进行了居群遗传结构及遗传多样性分析.12条ISSR引物共检测到77个位点,其中66个为多态位点,多态位点百分率(P)85.71%.Shannon信息指数(I)为0.507(平方根法)、0.395(贝叶斯法),基因多样性指数(H)为0.348(平方根法)、0.382(贝叶斯法),表明华中五味子具有丰富的遗传多样性.遗传分化系数在0.052～0.106之间(φST=0.106、FST=0.082、GST=0.066,θST=0.052),基因流(Nm)在2.108～4.558之间,说明华中五味子居群间的遗传分化较小,其遗传变异主要存在于居群内;不同定义的遗传分化系数差值较大,不宜进行直接比较.推测华中五味子雌雄异株、风媒或虫媒授粉、广域分布等生物学特征是其遗传多样性形成的主要原因.