罗田甜柿种质资源ISSR分子标记初步鉴定

分别采集湖北省罗田县、麻城市自然分布的28、8株罗田甜柿(Diospyros kaki Thunb cv.Oriental persimmon)古树优系及小涩柿、无核、宝盖、秋焰甜柿优系为研究材料,利用简单重复序列间扩增分子标记(Inter simple sequence repeat,ISSR)技术对40个甜柿优系进行初步认证及亲缘关系分析。结果表明:1从21条ISSR引物中筛选出了9条能够扩增出清晰、稳定条带的引物,9条引物共扩增出185条谱带,其中多态性条带有185条,多态性条带比率为100%;2应用NTSYS2.10e软件对扩增结果进行非加权组平均法(Unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类分析,40个甜柿优系大致被分为两大类,遗传相似系数从0.39到0.92;3罗田甜柿古树基因资源丰富,每个基因型都有其独特的指纹图谱,遗传多样性高。罗田甜柿优系间的亲缘关系与地理来源有一定的相关性,麻城市与罗田县地理位置交界区域的罗田甜柿资源相对集中在A区,其他地理位置采集优系集中在B区。分析结果可为罗田甜柿种质资源开发、基因资源保存、后期品种审定及鉴别提供理论依据。

基于ISSR分子标记的黄花倒水莲遗传多样性分析

旨在揭示黄花倒水莲资源的遗传多样性,分析其遗传差异,为黄花倒水莲的良种选育提供理论基础。以荷包山桂花居群为外类群,利用简单重复序列间扩增(Inter simple sequence repeat,ISSR)分子标记对来源于10个地区的黄花倒水莲自然居群进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果显示,用11条引物共扩增得到132条条带,其中91条为多态性条带(PPB),多态性条带比例为68.94%。在物种水平上,黄花倒水莲10个居群的Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon多样性指数(I)分别为0.1637、0.2501,表现出较高的遗传多样性,而在居群水平上,H、I的均值分别为0.0634、0.0988,表现出偏低的遗传多样性。Nei’s遗传多样性和分子方差分析(AMOVA)结果表明,黄花倒水莲的遗传变异主要发生在居群间,遗传分化程度较高(基因分化系数=0.6109,基因流=0.3185)。遗传一致度及聚类分析结果显示,黄花倒水莲各居群间的亲缘关系较近(遗传距离为0.032~0.182),与荷包山桂花居群的亲缘关系较远(遗传距离为0.428~0.536),在遗传一致度为0.630处可以将黄花倒水莲与荷包山桂花区分开,在遗传一致度为0.867处可以将10个黄花倒水莲居群分为3类。由于黄花倒水莲居群水平上的遗传多样性水平较低,今后应对黄花倒水莲野生资源进行合理利用与保护。

基于PCR技术的中药指纹图谱研究

指纹图谱技术已经应用于中药研究的许多领域.这类技术可以分为两大类,一类为基于光谱和色谱技术的化学指纹,从某种意义上讲,中药的指纹图谱可以被定义为中药经适当处理后通过光谱、色谱以及分子标记技术等现代分析方法得到的图谱或数据.在一定程度上,化学指纹图谱可以表明中药的质量,进而保证中药的疗效[1].……

RAPD and ISSR Markers of Fertility Restoring Gene for Aegilops kotschyi Cytoplasmic Male Sterility in Wheat

LK783 was found to be a good fertility restorer for K-type male sterility of wheat (Triticum aestivum L.). RAPD and ISSR (inter-simple sequence repeat polymorphism) markers were employed to map the major restoring gene in LK783. Maintainer and restorer DNA pools were established using the extreme sterile and fertile plants among KJ5418A//911289/LK783 F 1 population, respectively. Four hundred and eighteen RAPD primers and 33 ISSR primers were used for screening polymorphisms between the two pools, and amplification bands using a RAPD primer of OPK18 and an ISSR primer of UBC-845 were found polymorphic between the two pools. Linkage analysis showed that OPK18 450 and UBC-845 800 were linked to the restoring gene in LK783. The distance between the restoring gene and OPK18 450 was (15.07±6.28) cM (centiMorgan), with the distance between the restoring gene and UBC-845 800 being (8.20±4.85) cM. The marker of UBC-845 800 was located on chromosome 1BS by amplifying nulli-tetrasomics and 1B ditelosomics of Chinese Spring with the primer of UBC-845, indicating that the restoring gene in LK783 was located on 1BS. The breeding for new fertility restorer lines of K-type cytoplasmic male sterility of wheat would be facilitated by using the two markers.

白及种质资源遗传多样性分析

【目的】采用简单重复序列间扩增(ISSR)和相关序列扩增多态性(SRAP)等2种标记技术分析不同种源白及Bletilla striata样本的遗传多样性水平和遗传关系,为白及种质的鉴定、分类、保护和开发提供理论依据。【方法】从100个ISSR引物和238对SRAP引物组合中筛选出多态性高、扩增条带清晰、重复性好的引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,用Popgene 32.0计算来自浙江、云南、贵州和四川等省32个不同种源白及的遗传多样性参数和遗传距离,用NTSYS-pc 2.10e进行聚类分析。【结果】从100个ISSR引物中筛选出11个多态性较好的引物,共扩增出188个条带,平均每个引物扩增出17.09个条带,其中多态性位点174个,占总扩增片段的92.20%;从238对SRAP引物组合中筛选出11对多态性较好的引物组合,共扩增出216个条带,平均每个引物扩增出19.64个条带,其中多态性位点202个,占总扩增片段的93.52%。综合ISSR和SRAP的标记结果发现:四川白及种源的遗传多样性水平最高,贵州最低;非加权组平均法(UPGMA聚类)和主坐标分析(PCoA分析)结果显示:聚为一类的白及种源大多来自同一省份,云南省与四川省白及种源的遗传距离较近,浙江省和贵州省白及种源的遗传距离较近,说明遗传距离与地理距离存在一定的重合,但并不呈正相关。【结论】本研究所选白及种源间具有较高的遗传多样性,ISSR和SRAP标记技术均可有效揭示白及的遗传多样性和亲缘关系。

三种分子标记技术对有毒植物鉴定效能的评价

目的评价3种不同的分子标记技术对植物属级的鉴定能力以选出最适合在中毒现场快速鉴定有毒植物的分子技术。方法选取毛茛科、大戟科共18种19份有毒植物叶片样品,用改良十六烷基三甲基溴化铵法提取基因组DNA,分别使用随机扩增多态性DNA标记(RAPD)、简单重复序列问标记(ISSR)和DNA条形码技术进行物种鉴定(属级),使用NYSTS、SPSS、PAUP、MEGA软件进行聚类分析,比较3种DNA分子标记技术的准确性、可靠性、时效性和可操作性。结果准确性:RAPD技术未能鉴定样品的属级,ISSR技术和DNA条形码技术的鉴定准确率分别为68%和100%。可靠性:RAPD技术与ISSR技术主观影响率分别为44%、26%,条带重复率分别为47%、45%;DNA条形码技术trnH-psbA片段扩增成功率与测序成功率均为100%。时效性:从总DNA提取开始至得到最终鉴定结果,RAPD、ISSR、DNA条形码技术耗时分别为8.5、9.0、42.2 h。可操作性:RAPD与ISSR技术的鉴定工作可在普通实验室完成,DNA条形码技术的鉴定工作则需要特殊的测序设备。结论初步认为DNA条形码技术是比较适用于突发有毒植物中毒事件中快速病因判定的分子鉴定技术。

10种报春花亲缘关系的ISSR分析

利用简单重复序列间 (ISSR)标记对 10种报春花的种间变异进行了研究 ,从 4 0个引物中筛选出 11个能扩增出清晰带型并具多态性的引物 ,共扩增出了 86条DNA片段 ,分子量在 30 0～ 2 0 0 0bp之间 ,平均每条引物扩增出 7.81条DNA片段 .采用POPGENE软件 ,计算了种间的Nei氏距离 ,并用UPGMA法构建了系统树 ,结果表明 :这 10种报春花明显聚为三大类 :即鄂报春 ,无粉头序报春 ,灰岩报春聚为一类 ;滇北球花报春 ,报春花、欧报春聚为一类 ;香海仙报春 ,橘红灯台报春 ,霞红灯台报春 ,海仙花聚为一类 .其中第 3类与形态学分类结果一致 .