川芎简单序列重复间区多态性和扩增片段长度多态性分子标记技术多态性比较研究

目的寻找川芎的高效分子标记。方法以四川崇州、都江堰、新都3个产地的川芎为材料,应用100条简单序列重复间区多态性(ISSR)引物、64对扩增片段长度多态性(AFLP)引物对30个川芎个体进行多态性筛选。结果筛选到简单序列重复间区多态性特异性引物共10条,扩增片段长度多态性特异性引物共6对;分别扩增出106和256条条带,多态条带百分率分别为22.64%和22.27%。平均标记指数AFLP的检测效率(1.78)明显高于ISSR(0.42)。两种标记基于遗传相似值聚类分析结果存在着一定的差异,但用Mantel测试对两种方法检测的遗传一致度进行相关性分析表明,它们之间存在着显著的相关性(r=0.6975,p=0.014)。结论川芎具有较低的遗传多样性,AFLP更有效于ISSR。

北方蚕区89份桑种质资源的ISSR标记遗传多样性分析

利用ISSR分子标记技术,对我国北方蚕区保存的89份桑种质资源的遗传多样性进行分析,为桑树的遗传改良和分子标记辅助育种提供基础信息。用筛选的具有多态性的11个ISSR引物对89份桑种质资源的基因组DNA进行PCR,共扩增出迁移率（分子质量）不同的DNA条带127条,其中多态性条带为125条,多态性比率达98.43%。89份桑种质资源之间存在较高的基因变异：平均观察等位基因数（na）为1.984 3,平均有效等位基因数（ne）为1.591 9,平均Nei＇s基因多样性指数（h）为0.345 6,平均Shannon＇s信息指数（I）为0.516 6。89份桑种质资源的遗传相似度在0.228 3~0.990 0之间,遗传距离在0.030 1~1.447 0之间。基于遗传距离的聚类分析显示,来自我国新疆地区和俄罗斯、乌克兰的地方品种资源聚为一支,来自山东、陕西地区的品种资源各自聚为一支,来自山西、河北地区的地方品种资源聚为一支,4份野生桑资源聚为一支。Arlequin3.5.1.3软件的AMOVA分析显示,89份桑种质资源的遗传变异固定指数（FST）=0.545 36,群体间的遗传变异率为54.54%,群体内的遗传变异率为45.46%（P〈0.001）,群体之间的基因交流属中等。

秦岭地区华中五味子天然居群ISSR遗传多样性分析

应用简单重复序列间区(ISSR)分子标记技术对分布于秦岭地区3个华中五味子天然居群的90份个体进行了居群遗传结构及遗传多样性分析.12条ISSR引物共检测到77个位点,其中66个为多态位点,多态位点百分率(P)85.71%.Shannon信息指数(I)为0.507(平方根法)、0.395(贝叶斯法),基因多样性指数(H)为0.348(平方根法)、0.382(贝叶斯法),表明华中五味子具有丰富的遗传多样性.遗传分化系数在0.052～0.106之间(φST=0.106、FST=0.082、GST=0.066,θST=0.052),基因流(Nm)在2.108～4.558之间,说明华中五味子居群间的遗传分化较小,其遗传变异主要存在于居群内;不同定义的遗传分化系数差值较大,不宜进行直接比较.推测华中五味子雌雄异株、风媒或虫媒授粉、广域分布等生物学特征是其遗传多样性形成的主要原因.

苎麻细胞质雄性不育“三系”ISSR特异片段克隆和序列分析

利用ISSR分子标记技术对苎麻细胞质雄性不育"三系"mtDNA进行多态性分析;在选用的38个IS-SR引物中,有6个引物的扩增产物在不育系、保持系和恢复系之间存在差异。对这些特异性片段进行克隆和序列测定,结果表明:片段21-MS全长956bp,包含一个525bp的完整编码区,共编码174个氨基酸。片段31-M/R全长778bp,包含一个404bp的不完整编码区,共编码134个氨基酸;其核苷酸和氨基酸序列与已报道的多种植物中的番茄红素β-环化酶基因分别存在71～76和73～77的同源性。

果梅ISSR-PCR反应体系的建立和优化

以果梅品种桃梅为试材，通过单因子试验分别研究了DNA模板浓度、引物浓度、Mg^2＋浓度、dNTPs浓度、退火温度及循环数等对果梅ISSR-PCR反应的影响．建立了果梅ISSR-PCR的最佳反应体系：20μL反应体系中含10×buffer2μL，2．5mmol／LMgCl2，0．2mmol／LdNTPs，0．32μmol／L引物，20～80ng模板DNA，1UTaq DNA聚合酶．利用优化的反应体系，对19个果梅品种进行体系稳定性检测，结果表明该反应体系的重复性和稳定性良好．

ISSR和ITS分子标记在黑龙江省野生黑木耳遗传多样性上的应用

利用ISSR和ITS标记对黑龙江省采集的33株野生黑木耳菌株和8个黑龙江省常见栽培菌株进行遗传多样性分析,利用PCR-ISSR体系,选出9个ISSR引物对菌株DNA进行扩增,通过聚类分析对遗传多样性进行分析。结果表明,9个ISSR引物扩增条带103条条带,其中多态性条带95条,多态性比率为92.2%,平均每对引物扩增出条带11.4条,平均每对引物扩增出多态性条带10.6条,平均多态性比例为91.7%。多态性信息含量（PIC）变化在0.063~0.924之间。通过ITS序列对黑木耳菌株进行亲缘关系分析,利用软件ClustalX 1.83和MAGA 4.1进行系统发育分析分析。结果表明,黑木耳ITS1、5.8S、ITS2三个区信息为点比例达到52.1%,遗传位点丰富。两种标记方法均显示黑木耳野生菌株间遗传多样性优于栽培菌株。ISSR和ITS两种方法联合使用可得到较好结果。

菜心ISSR-PCR反应体系的优化

以菜心（Brassica campestris L．ssp．Chinensis Var．utilis Tssen．et Lee．）为材料，对影响ISSR-PCR扩增结果的因素如Mg^2＋、Taq DNA聚合酶、dNTPs、Primer、模版DNA的浓度及引物退火温度、延伸时间和循环次数进行了探讨，确立了适合菜心ISSR-PCR分析的最佳反应体系和PCR扩增参数：在25pL反应体系中含10×buffer 2．5μL，2．0mmol／LMg^2＋，0．5U Taq DNA聚合酶，0．2mmol／LdNTPs，0．5μmol／L引物，30ng模板DNA．PCR扩增程序：94℃预变性3min；94℃变性1min，49．7～56℃退火（退火温度随引物不同而定）1min，72℃延伸45s，40个循环；72℃延伸5min．

玉米圆斑病菌(Bipolaris zeicola)遗传多样性ISSR分析

利用简单序列重复间隔区（inter-simple sequence repeats, ISSR）标记对玉米圆斑病菌（Bipolaris zeicola）的遗传多样性进行了分析。筛选出9个扩增多态性好且稳定的通用引物, 共扩增出47条DNA条带, 大小分布于250～2 000 bp之间, 其中多态性条带为33条, 为总条带数的70.21%。遗传距离为0.91处时, 所有菌株被聚为6个组。ISSR标记可以揭示菌株间的亲缘关系及差异性, 可用于玉米圆斑病菌遗传多样性研究。此外, 通过分子标记划分的类群与利用寄主反应型之间存在一定相关性, 但其关系并不密切。

ISSR分子标记及其在树木遗传育种研究中的应用

在比较ISSR和其它分子标记的原理和特点的基础上,综述了ISSR分子标记在树木遗传多样性研究、亲缘关系及系谱分析、优良种质和品种鉴定及遗传连锁图谱的构建等领域的研究进展,指出了目前ISSR分子标记在树木遗传改良和辅助育种等研究领域存在的问题,并提出今后的研究方向。

烟草根黑腐病菌ISSR标记的遗传多样性分析

为从分子水平揭示烟草根黑腐病菌的群体遗传学特性,应用简单重复性序列间区(ISSR)分子技术对我国重庆、甘肃、贵州、河南及云南5个不同烟草根黑腐病菌地理种群54株菌株进行了遗传多样性和分化研究。结果表明:用筛选的5个多态性引物扩增ISSR条带平均为9.6条(8~12条),其中多态性条带平均3.6条(2~5条)。总样本Nei's指数h为0.350 7,香农指数I为0.521 5;基因分化系数GST为0.338 9,基因流Nm为0.975 6。5个种群的遗传距离在0.113 4~0.275 2之间,河南种群和其他4个地理种群的遗传相似度均较高,遗传距离较近;贵州种群除与河南种群遗传相似度较高外(0.804 8),与其余种群的相似度均较低。NTsys 2.10e聚类分析结果显示,不同菌株遗传相似系数为0.82~1.00,当相似系数为0.84时,菌株聚为5支。说明我国烟草根黑腐病菌基因多样性较高,不同种群存在遗传分化现象,种群间基因流动大。

利用ISSR初步分析广西西甜瓜蔓枯病菌的遗传多样性

[目的]应用简单序列重复区间（Inter-simple sequence repeats,ISSR）分子标记技术对广西不同地方的西甜瓜蔓枯病菌进行ISSR分析,以了解其遗传多样性,为西甜瓜蔓枯病病原研究及制定合理的防治措施提供理论依据.[方法]选用20条引物,对采集于南宁市的15株西甜瓜蔓枯病菌和北海、桂林、柳州的4株西甜瓜蔓枯病菌进行ISSR-PCR分析,采用Powermarker V3.25软件分析其遗传结构.[结果]从20条随机引物中筛选出16条多态性较高的引物,共产生位点数233个,多态位点数115个,平均多态位点9.6个,平均多态百分率为49.4％.每条引物能扩增出7～20条谱带,扩增的片段大部分在300～3000 bp.基于Nei＇s遗传距离的聚类分析结果显示,供试材料可分为两个类群,两个来源于南宁市兴宁区的菌株单独归为一类,其余17株菌株基本聚在同一大类群中.[结论]来自广西不同地方的西甜瓜蔓枯病菌的遗传相似性较高,ISSR多态性与地理来源无显著相关性.

利用ISSR标记分析海南岛五节芒的遗传多样性

对7份来自海南不同地区的五节芒用ISSR标记分析,采用NTSYS-pc2.10y软件得到相似性系数后,用UPGMA法进行聚类分析。实验结果显示,从42条ISSR引物中筛选出了6条合适的ISSR引物,利用这6条引物对7份五节芒材料进行扩增,一共扩增出107条带,不同引物扩增条带数15～22条不等,平均每条引物产生17.8条带,其中104条为多态性条带,占总条带数的97.2%。样品之间的相似系数(GS)在0.4673～0.8318之间,平均值为0.6816;遗传距离(GD)在0.1682～0.5327之间,平均值为0.3184。研究结果表明海南岛的五节芒具有较高的遗传多样性水平,ISSR标记方法适用于五节芒的遗传多样性分析。

23株酿酒酵母ISSR指纹图谱分析及SCAR标记的建立

目的:构建酿酒酵母菌株的简单重复序列间多态性指纹图谱数据库并建立序列特异性扩增区(sequence characterized amplifi ed region,SCAR)标记技术,为酿酒酵母菌株的分类、遗传亲缘关系鉴定及菌种专利保护提供可靠的DNA分子标记技术依据。方法:在简单重复序列间多态性(inter-simple sequence repeat,ISSR)指纹数据分析基础上进行聚类分析并对菌种进行分类鉴定,同时将酿酒酵母菌株9号和15号中扩增获得的ISSR特异性DNA带转化为可以直接用于菌株快速鉴定的SCAR分子标记。结果:构建23株酿酒酵母的ISSR指纹图谱,并在相似系数为0.85水平上将23个供试菌株分为3大类,其中,1、2、4、7、15、16、17、19、20、21、23聚为第一类;10、11、12、13、14、18号菌株聚为第二类且10号和11号菌为同一菌株;3、5、6、8、9、22号菌聚为第三类且属于同一菌株。此外,利用所获得的2个特异性条带成功转化为序列特异性扩增区分子标记。结论:在生产上酿酒酵母菌株遗传背景差异不大,常存在同物异名现象,而采用ISSR指纹及其SCAR分子标记技术快速鉴定酿酒酵母菌株在工业生产上具有重要意义。

基于ISSR分子标记的黄花倒水莲遗传多样性分析

旨在揭示黄花倒水莲资源的遗传多样性,分析其遗传差异,为黄花倒水莲的良种选育提供理论基础。以荷包山桂花居群为外类群,利用简单重复序列间扩增(Inter simple sequence repeat,ISSR)分子标记对来源于10个地区的黄花倒水莲自然居群进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果显示,用11条引物共扩增得到132条条带,其中91条为多态性条带(PPB),多态性条带比例为68.94%。在物种水平上,黄花倒水莲10个居群的Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon多样性指数(I)分别为0.1637、0.2501,表现出较高的遗传多样性,而在居群水平上,H、I的均值分别为0.0634、0.0988,表现出偏低的遗传多样性。Nei’s遗传多样性和分子方差分析(AMOVA)结果表明,黄花倒水莲的遗传变异主要发生在居群间,遗传分化程度较高(基因分化系数=0.6109,基因流=0.3185)。遗传一致度及聚类分析结果显示,黄花倒水莲各居群间的亲缘关系较近(遗传距离为0.032~0.182),与荷包山桂花居群的亲缘关系较远(遗传距离为0.428~0.536),在遗传一致度为0.630处可以将黄花倒水莲与荷包山桂花区分开,在遗传一致度为0.867处可以将10个黄花倒水莲居群分为3类。由于黄花倒水莲居群水平上的遗传多样性水平较低,今后应对黄花倒水莲野生资源进行合理利用与保护。

褐苞薯蓣ISSR-PCR反应体系的建立与优化

通过单因素考察结合正交试验的方法,基于反应体系中Taq DNA聚合酶量、DNA模板用量、dNTPs浓度、引物浓度、Mg^(2+)浓度等因素对简单重复序列间扩增(ISSR)反应体系进行优化。结果表明,褐苞薯蓣ISSR-PCR的20μL最佳反应体系为Taq DNA聚合酶1. 875 U,DNA模板量52. 5 ng,d NTPs浓度0. 25 mmol/L,引物浓度0. 437 5μmol/L,Mg^(2+)浓度1. 5 mmol/L,10×Taq Buffer 2. 0μL,其余用dd H_2O补齐。

应用ISSR分子标记评价我国丝瓜种质资源遗传多样性

应用简单重复序列间扩增(ISSR)对73份丝瓜种质资源进行遗传多样性分析,从60条ISSR引物中筛选获得多态性引物15条,共扩增出99条DNA条带,平均每条引物扩增6.6条,多态性条带92条,非多态性条带7条,多态性比例在66.67%~100%,平均多态性比例为92.90%,种质间具有较高的遗传多样性,种质间遗传相似系数在0.4545~0.9596。通过UPGMA聚类分析可知,0.59为阈值时,分为2类,有棱丝瓜和普通丝瓜;0.66为阈值时,分为4类,分别是常山花斑普通丝瓜、绿色或淡绿色普通丝瓜、来源于浙西地区的短棍棒有棱丝瓜和来自两广地区的长棍棒有棱丝瓜。

ISSR标记技术及其在鸟类遗传研究中的应用

在微卫星即简单序列重复序列(SSR)标记基础上发展了简单序列重复间区(ISSR)标记,目前ISSR分子标记技术在遗传学研究上得到了较为广泛的应用,在鸟类研究上正在明显增加。文章介绍了ISSR分子标记技术的原理及特点,并从遗传多样性研究、种质资源评价、亲缘关系分析、分类研究、分子系统地理学研究五个方面探讨在鸟类遗传研究中ISSR分子标记的应用现状,同时对未来其发展进行了展望。

湖南省稻水象甲的遗传多样性及入侵扩散特点

为全面了解湖南省稻水象甲的入侵扩散特点,运用简单重复序列间区(ISSR)分子标记方法及对比COⅠ基因、ITS2片段的序列信息,探讨全省17个地理种群的遗传多样性和扩散模式。结果表明:湖南省稻水象甲种群COⅠ基因、ITS2片段的序列非常保守,不能提供有效的多态性位点信息,而ISSR的多态性信息非常丰富,其多态性位点百分率可达93.24%;基于ISSR的数据分析发现,湖南省稻水象甲的Nei’s基因多样性指数为0.363 0,各地理种群间基因分化系数为0.414 3,种群之间的遗传距离与地理距离无相关性。湖南省稻水象甲地理种群分化不符合地理隔离模式,以人为因素导致的扩散为主,自然扩散为辅。

甘草不同品系种子特征特性比较与遗传多样性分析

试验研究了8个甘草(Glycyrrhiza uralensis)不同品系种子的特征、特性及其遗传多样性。结果表明:甘草不同品系间在种子大小、发芽率、发芽势等方面存在显著差异(P<0.05)。进一步利用ISSR标记对甘草8个品系的遗传多样性进行分析,发现甘草不同品系间存在明显的遗传多样性差异,共扩增出42条不同的产物,其中多态性片段34条(占80.95%),并发现了2条特异性带。通过计算遗传相似性系数,建立了UPGMA聚类图。

白及种质资源遗传多样性分析

【目的】采用简单重复序列间扩增(ISSR)和相关序列扩增多态性(SRAP)等2种标记技术分析不同种源白及Bletilla striata样本的遗传多样性水平和遗传关系,为白及种质的鉴定、分类、保护和开发提供理论依据。【方法】从100个ISSR引物和238对SRAP引物组合中筛选出多态性高、扩增条带清晰、重复性好的引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,用Popgene 32.0计算来自浙江、云南、贵州和四川等省32个不同种源白及的遗传多样性参数和遗传距离,用NTSYS-pc 2.10e进行聚类分析。【结果】从100个ISSR引物中筛选出11个多态性较好的引物,共扩增出188个条带,平均每个引物扩增出17.09个条带,其中多态性位点174个,占总扩增片段的92.20%;从238对SRAP引物组合中筛选出11对多态性较好的引物组合,共扩增出216个条带,平均每个引物扩增出19.64个条带,其中多态性位点202个,占总扩增片段的93.52%。综合ISSR和SRAP的标记结果发现:四川白及种源的遗传多样性水平最高,贵州最低;非加权组平均法(UPGMA聚类)和主坐标分析(PCoA分析)结果显示:聚为一类的白及种源大多来自同一省份,云南省与四川省白及种源的遗传距离较近,浙江省和贵州省白及种源的遗传距离较近,说明遗传距离与地理距离存在一定的重合,但并不呈正相关。【结论】本研究所选白及种源间具有较高的遗传多样性,ISSR和SRAP标记技术均可有效揭示白及的遗传多样性和亲缘关系。