简单INDEL编码与其它空位编码方法的比较

不同的系统发育重建算法以不同的方式编码空位,但是不同的编码方式对系统发育分析结果的影响并不清楚。介绍了一种新的空位编码方式———简单indel编码,并将它与将空位编码成丢失的数据和编码成第5性状作了比较。统计分析表明,简单indel编码的确比将空位编码成丢失的数据更有效,但是与将空位编码成第5性状相比两者结果差异不大。而且,随着空位含量的降低,简单indel编码发挥的作用也减少。