个体单体型MSR(minimum SNP removal)问题是指如何利用个体的基因测序片断数据去掉最少的SNP(single-nucleotide polymorphisms)位点,以确定该个体单体型的计算问题.对此问题,Bafna等人提出了时间复杂度为O(2~kn^2m)的算法,其中,m为DNA...个体单体型MSR(minimum SNP removal)问题是指如何利用个体的基因测序片断数据去掉最少的SNP(single-nucleotide polymorphisms)位点,以确定该个体单体型的计算问题.对此问题,Bafna等人提出了时间复杂度为O(2~kn^2m)的算法,其中,m为DNA片断总数,n为SNP位点总数,k为片断中洞(片断中的空值位点)的个数.由于一个Mate-Pair片段中洞的个数可以达到100,因此,在片段数据中有Mate-Pair的情况下,Bafna的算法通常是不可行的.根据片段数据的特点提出了一个时间复杂度为O((n-1)(k_1-1)k_22^(2h)+(k_1+1)^(2h)+nk_2+mk_1)的新算法,其中,k_1为一个片断覆盖的最大SNP位点数(不大于n),k_2为覆盖同一SNP位点的片段的最大数(通常不大于19),h为覆盖同一SNP位点且在该位点取空值的片断的最大数(不大于k_2).该算法的时间复杂度与片断中洞的个数的最大值k没有直接的关系,在有Mate-Pair片断数据的情况下仍然能够有效地进行计算,具有良好的可扩展性和较高的实用价值.展开更多
根据 DNA 测序片段数据的特点,提出了一个时间复杂度为 O(nk_22^(k_2)+mlogm+mk_1)的单体型组装问题 MEC/GI 模型的参数化算法,其中 m 为片段数,n 为单体型的 SNP位点数,k_1 为一个片段覆盖的最大 SNP 位点数(通常小于10),k_2为覆盖同一...根据 DNA 测序片段数据的特点,提出了一个时间复杂度为 O(nk_22^(k_2)+mlogm+mk_1)的单体型组装问题 MEC/GI 模型的参数化算法,其中 m 为片段数,n 为单体型的 SNP位点数,k_1 为一个片段覆盖的最大 SNP 位点数(通常小于10),k_2为覆盖同一 SNP 位点的片段的最大数(通常不大于10)。对于实际 DNA 测序中的片段数据,即使 m 和 n 都相当大,该算法也可以在较短的时间得到 MEC/GI 模型的精确解,具有良好的可扩展性和较高的实用价值。展开更多
在数控机床高速加工过程中,常规采用的增量式递推算法采样插补技术由于后一步的计算都是建立在前一步结果的基础上,容易产生误差累积效应。为了解决这一问题,笔者提出了参数化插补算法,并建立了参数化插补轨迹模型,基于自动加减速控制原...在数控机床高速加工过程中,常规采用的增量式递推算法采样插补技术由于后一步的计算都是建立在前一步结果的基础上,容易产生误差累积效应。为了解决这一问题,笔者提出了参数化插补算法,并建立了参数化插补轨迹模型,基于自动加减速控制原理,自主开发设计了Windows XP SP3+RTX实时扩展数控系统软件平台,通过平台进行仿真实验。结果表明提出的参数化插补算法能有效解决累积误差的问题,同时能够很好地减小弓高误差。展开更多
In order to establish the lake eutrophic evaluation model for multiple indices,based on the gauge transformation,an index formula in the form of a logarithmic power function was proposed to design an eutrophic evaluat...In order to establish the lake eutrophic evaluation model for multiple indices,based on the gauge transformation,an index formula in the form of a logarithmic power function was proposed to design an eutrophic evaluation model for the ＂ normalized values＂ of multi-indexes.The parameters in the formula were also optimized by bee immune evolutionary algorithm（BEIEA）.The universal index formula was suitable to multiindices items for eutrophic evaluation.At the same time,the formula was applied to practical eutrophic evaluations in 10 regions of Dong Lake.The evaluation results were coincident with those obtained from the power function of weighted sums and also with actual conditions.It was shown that the bee immune evolutionary algorithm was suitable to the parameter optimization in the eutrophic evaluation model.展开更多
基金Supported by the National Natural Science Foundation of China under Grant No.60433020(国家自然科学基金)the Program for New Century Excellent Talents in University of China under Grant No.NCET-05-0683(新世纪优秀人才支持计划)+1 种基金the Program for Changjiang Scholars and Innovative Research Team in University of China under Grant No.IRT0661(国家教育部创新团队资助项目)the Scientific Research Fund of Hunan Provincial Education Department of China under Grant No.06C52(湖南省教育厅资助科研项目)
文摘个体单体型MSR(minimum SNP removal)问题是指如何利用个体的基因测序片断数据去掉最少的SNP(single-nucleotide polymorphisms)位点,以确定该个体单体型的计算问题.对此问题,Bafna等人提出了时间复杂度为O(2~kn^2m)的算法,其中,m为DNA片断总数,n为SNP位点总数,k为片断中洞(片断中的空值位点)的个数.由于一个Mate-Pair片段中洞的个数可以达到100,因此,在片段数据中有Mate-Pair的情况下,Bafna的算法通常是不可行的.根据片段数据的特点提出了一个时间复杂度为O((n-1)(k_1-1)k_22^(2h)+(k_1+1)^(2h)+nk_2+mk_1)的新算法,其中,k_1为一个片断覆盖的最大SNP位点数(不大于n),k_2为覆盖同一SNP位点的片段的最大数(通常不大于19),h为覆盖同一SNP位点且在该位点取空值的片断的最大数(不大于k_2).该算法的时间复杂度与片断中洞的个数的最大值k没有直接的关系,在有Mate-Pair片断数据的情况下仍然能够有效地进行计算,具有良好的可扩展性和较高的实用价值.
基金国家自然科学基金重点项目( the Key Project of National Science Foundation of China under Grant No.60433020) 湖南省教育厅资助科研课题( the Research Project of Department of Education of Hunan Province China under Grant No.06C526) 。
文摘根据 DNA 测序片段数据的特点,提出了一个时间复杂度为 O(nk_22^(k_2)+mlogm+mk_1)的单体型组装问题 MEC/GI 模型的参数化算法,其中 m 为片段数,n 为单体型的 SNP位点数,k_1 为一个片段覆盖的最大 SNP 位点数(通常小于10),k_2为覆盖同一 SNP 位点的片段的最大数(通常不大于10)。对于实际 DNA 测序中的片段数据,即使 m 和 n 都相当大,该算法也可以在较短的时间得到 MEC/GI 模型的精确解,具有良好的可扩展性和较高的实用价值。
文摘在数控机床高速加工过程中,常规采用的增量式递推算法采样插补技术由于后一步的计算都是建立在前一步结果的基础上,容易产生误差累积效应。为了解决这一问题,笔者提出了参数化插补算法,并建立了参数化插补轨迹模型,基于自动加减速控制原理,自主开发设计了Windows XP SP3+RTX实时扩展数控系统软件平台,通过平台进行仿真实验。结果表明提出的参数化插补算法能有效解决累积误差的问题,同时能够很好地减小弓高误差。
基金Supported by Science and Technology Basic Special Project(2009IM020100)National Natural Science Foundation of China(5077904250739002)~~
文摘In order to establish the lake eutrophic evaluation model for multiple indices,based on the gauge transformation,an index formula in the form of a logarithmic power function was proposed to design an eutrophic evaluation model for the ＂ normalized values＂ of multi-indexes.The parameters in the formula were also optimized by bee immune evolutionary algorithm（BEIEA）.The universal index formula was suitable to multiindices items for eutrophic evaluation.At the same time,the formula was applied to practical eutrophic evaluations in 10 regions of Dong Lake.The evaluation results were coincident with those obtained from the power function of weighted sums and also with actual conditions.It was shown that the bee immune evolutionary algorithm was suitable to the parameter optimization in the eutrophic evaluation model.
