人基质蛋白酶2(MMP-2)类血红素结构域原核表达优化

用构建的人基质蛋白酶-2(MMP-2)类血红素结构域原核表达载体PET25b-PEX转化大肠杆菌BL21(DE3),筛选阳性菌落LB液体培养基培养,异丙基--βD-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达产生的表达蛋白,大小约29 kD,与预期大小相符。设置不同的IPTG诱导终浓度,诱导时间,诱导时菌液OD值和LB液体培养基的pH值,SDS-PAGE电泳和软件分析发现,当IPTG浓度为0.7 mmol/L,诱导4 h,诱导时菌液OD值为0.7时,实验能获得最高的PEX蛋白表达;5 L大规模培养时,LB培养基pH值为7.5时,可获得较高的重组PEX蛋白表达。

靶向基质金属蛋白酶14类血红素结构域特异活性位点的确定及反义肽虚拟筛选

目的:确定基质金属蛋白酶14(MMP-14)类血红素结构域(HPX14)特异活性位点,虚拟筛选获得能与HPX14特异结合的短肽。方法:用metaPocket预测HPX14的活性口袋,多序列比对分析活性口袋的氨基酸残基特异性;基于M-I和R-B理论设计以特异活性位点为正义肽的反义肽库,并进行虚拟筛研究及结合特异性确定。结果:生物信息学分析确定了KGRGLTD为HPX14的特异活性位点,并构建了其1036条反义肽;通过2轮虚拟筛选,获得10条得分居前的与HPX14结合较好的反义肽,它们与HPX14具有较高的亲和力,并可能影响MMP-14同源二聚体的形成和MMP-14活性的抑制;VSETAPF、IGEPPPF是对接打分最好的2条短肽,与HPX14的结合具有特异性。结论:KGRGLTD是HPX14的特异活性位点,虚拟筛选得到的VSETAPF、IGEPPPF等反义肽与HPX14具有较高的亲和力,这为基于MMP-14的HPX结构域的靶向小分子多肽先导药物的发现提供了重要的前期工作基础与新思路。