PRRSV经典毒株、高致病毒株、类NADC30毒株及类NADC34毒株鉴别RT-PCR检测方法的建立及应用

为提高猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)不同流行毒株的快速鉴别诊断能力,本研究对近几年国内外流行的PRRSV不同毒株的Nsp2核苷酸序列进行比对,设计了1对可用于鉴别4类不同PRRSV毒株的简并引物,建立了鉴别PRRSV经典毒株(C-PRRSV)、高致病毒株(HP-PRRSV)、类NADC30毒株(NADC30-like)及类NADC34毒株(NADC34-like)的RT-PCR检测方法。结果显示,C-PRRSV、HP-PRRSV、NADC30-like、NADC34-like毒株Nsp2基因的扩增片段大小分别为1072 bp、982 bp、679 bp、772 bp,检测限分别为4.70×10 copies/μL、3.34×10^(2)copies/μL、8.57×10 copies/μL、5.71×10^(2)copies/μL,对其他常见猪病病原均未扩增出特异性条带,3次重复试验均能够扩增出均匀一致的目的片段;83份临床组织样品共检出阳性27份,其中NADC30-like毒株7份、NADC34-like毒株20份,与GP5基因检测结果的符合率为97.6%。上述结果表明,本研究建立的PRRSV鉴别RT-PCR检测方法特异性强、灵敏度高、重复性好,可用于C-PRRSV、HP-PRRSV、NADC30-like、NADC34-like毒株的快速鉴别和流行病学调查。

猪繁殖与呼吸综合征病毒类NADC34毒株的研究进展

猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)对我国养猪业构成严重威胁。PRRSV于1996年在我国被首次报道,随着时间推移,相继出现了几种致病性和传染性都不尽相同的亚型毒株,并引起了不同程度的流行。2017年,我国首次检测到类NADC34 PRRSV,并且该毒株的检出率逐年上升,有取代类NADC-30 PRRSV成为主要流行毒株的趋势。目前,该毒株已经在我国多个省份传播,并表现出不同程度的致病性和死亡率。本文回顾了类NADC34毒株在我国的流行情况、基因组特征、限制性片段长度多态性、重组情况、致病性和相关疫苗发展现状,以期为我国防控类NADC34 PRRSV提供科学依据。

1株重组类NADC34猪繁殖与呼吸综合征病毒分离鉴定与基因组特征分析

为分离天津地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)并分析其分子遗传进化关系,对来自该地区某猪场疑似PRRSV感染的样品进行RT-PCR检测,阳性样品接种猪肺泡巨噬细胞(PAMs),将出现细胞病变的PAMs进行有限稀释后进行间接免疫荧光鉴定,利用RT-PCR扩增分离纯化株全基因组序列并进行同源性及遗传进化分析,并对分离株进行重组分析和细胞嗜性试验。结果显示,分离获得1株PRRSV毒株(命名为TJbc2021),分离毒株不能感染Marc-145细胞;该毒株全基因组长为15 111 bp,与NADC34的核苷酸同源性最高,为95.2%,属于目前流行于中国的类NADC34 PRRSV,其Nsp2存在100个氨基酸缺失的分子特征;重组分析显示该毒株以谱系1.5毒株(NADC34-like)为主要亲本,以谱系1.8毒株(NADC30-like)为次要亲本,在14 082~14 635 nt(ORF6~ORF7)发生了基因重组。结果表明,分离并鉴定了1株重组类NADC34 PRRSV,可为该地区猪繁殖与呼吸综合征的防控提供参考。

中国新发L1A PRRSV变异株的出现与流行状况分析

2017年我国首次发现类NADC34 PRRSV,该类病毒属于L1A(Sublineage1.5)亚型。近年来,新发类NADC34 PRRSV在我国不断变异,已经成为危害我国养猪业重要的PRRSV亚型。为了确定新发类NADC34 PRRSV的流行特征,本研究从2021年~2023年37份新发类NADC34 PRRSV阳性病料样品中选择4份样品经PCR分段扩增PRRSV全基因组序列并测序,利用SeqMan软件拼接,获得了4株完整的PRRSV全基因组序列,相应的病毒分别命名为TZJ2165、TZJ2451、TZJ2756、WK621株。下载GenBank中所有中国类NADC34 PRRSV和美国L1C变异株的ORF5基因及NSP2基因序列,利用MEGA7.0构建上述PRRSV ORF5基因序列的遗传进化树,分析其遗传变异情况。利用Megalign软件分析各分支内ORF5基因序列的相似性,以及新发类NADC34 PRRSV NSP2氨基酸序列,分析其是否存在一致的氨基酸缺失特征。根据PRRSV ORF5基因的限制性片段多态性(RFLP)分类方法,对新发类NADC34 PRRSV的ORF5基因序列分类。利用Simplot软件分析新发类NADC34 PRRSV和L1C变异株全基因组序列中的重组事件。基于ORF5基因进化树结果显示,这4株新发类NADC34 PRRSV与之前分离的TZJ2007、BJ-20-06等12株PRRSV均属于L1A亚型,与早期类NADC34 PRRSV相比,这些病毒株形成了一个独立分支,将其命名为L1A变异株,且其ORF5基因序列的相似性≥93%。NSP2氨基酸序列比对分析发现,L1A变异株具有一致的131个氨基酸不连续缺失的分子特征。ORF5基因的RFLP模式分析结果显示,L1A变异株RFLP模式分为1-4-2、1-4-4、1-5-4、1-7-4和1-6-4,模式并不一致。重组分析结果显示,L1A变异株存在相似的重组模式,它们均是以NADC30株(类NADC30 PRRSV)为主要亲本,JXA1株(类HP-PRRSV)提供部分非结构蛋白基因区域、IA/2014/NADC34株(类NADC34 PRRSV)提供ORF2a~ORF6区域的重组病毒。目前L1A变异株已经在黑龙江、内蒙古、辽宁、北京、广西、江苏、四川、福建、山东、广东和山西等11个省份检出。通过与美国L1C变异株比较,发现二者流行特征有诸多相似性,鉴于L1C变异株对美国养猪业造成严重影响,加大对L1A变异株的监测力度至关重要。本研究聚焦新发类NADC34 PRRSV的流行及变化特征,对了解我国PRRSV流行现状以及对PRRS的防控均具有重要的指导意义。

中国与美国RFLP 1-4-4 lineage1C变异株同一分支PRRSV的全基因组序列分析

2020年美国报道了高致病性的RFLP 1-4-4 lineage 1C PRRSV变异株,其对猪的致死率达到17.5%。为了分析美国1-4-4 lineage1C PRRSV变异株与中国当前流行的PRRSV的关系,本研究对中国不同基因亚型的PRRSV与美国新发1-4-4 lineage1C PRRSV变异株进行遗传演化分析,结果显示,中国类NADC34 PRRSV与美国RFLP 1-4-4 lineage1C PRRSV变异株关系密切;其Nsp2推导氨基酸序列比对结果显示,中国类NADC34 PRRSV与美国RFLP 1-4-4 lineage1C PRRSV变异株在Nsp2区域存在相同的分子特征,即100个氨基酸(aa328~aa427)的连续缺失。PRRSV基因重组分析结果显示,美国RFLP 1-4-4 lineage1C PRRSV变异株是以类NADC34 IA14737-2016株为母本毒株,并由IA/2014/NADC34和NADC30病毒株提供重组基因片段的重组病毒,而中国早期的类NADC34 PRRSV是以IA/2014/NADC34株为母本毒株的重组病毒。美国早期的类NADC34 PRRSV对仔猪的致病力差异较大,而中国早期的类NADC34 PRRSV对仔猪多为中、低致病力。此外,中国HLJZD22-1812株与美国RFLP 1-4-4 lineage1C PRRSV变异株具有类似的重组模式、相同的Nsp2缺失特征、相同的1-4-4 ORF5限制性片段长度多态性(RFLP)模式,且均属于lineage1C分支。本研究结果首次表明美国RFLP 1-4-4 lineage1C PRRSV变异株与中国类NADC34(PRRSV)属于同一亚型分支,且具有一致的分子特征,提示类NADC34 PRRSV在我国的流行及演化情况需高度关注。