特异性SSR标记对水稻籼粳交RIL群体的分类研究

以七山占(典型籼稻)×秋光(典型粳稻)F8重组自交系群体为试材,用形态指数法和分子标记法对该群体的籼粳分化进行研究。结果表明:重组自交系群体由籼到粳呈偏粳的连续变化,与形态指数法相比,分子标记法判断该重组自交系群体更加偏粳;两种分类方法的符合度仅在50%左右;籼粳交后代群体的非随机组合值较低,其平均值R2=0.019。

基于SSR标记的5个西瓜新品种纯度鉴定及特异性分析的研究

为建立西瓜杂交种品种纯度的快速、准确、高效鉴定体系,利用SSR分子标记,对5个西瓜新品种纯度进行鉴定,并构建亲本的分子指纹图谱。以上海市农业科学院育成的5个西瓜新品种‘申选958’、‘双色冰淇淋’、‘黄晶’、‘圣女红2号’与‘圣女红3号’及其亲本的种子为试材,采用CTAB法从发芽种子的根尖中提取DNA。根据杂交种带型双亲互补的原则,利用SSR标记进行杂交种纯度及特异性鉴定研究。从28对SSR核心引物中筛选出5对特异性引物(引物BVWS00106、BVWS00209、BVWS0036、BVWS01734、BVWS00826),鉴定到这5个新品种的杂交种纯度均达到98%,并与各品种的大田植物学形态特征鉴定结果相比较,符合率高达98%以上。分析比较各亲本材料的SSR引物的多态性表现,构建了9份亲本材料的DNA指纹图谱。研究为西瓜杂交品种纯度快速检测和品种权保护提供了理论依据与技术支撑。

糜子特异性SSR标记的开发

根据山西农业大学农学院植物学实验室前期糜子测序所得的转录组序列,设计70对三碱基重复的SSR引物来扩增6份地域差异较远的糜子品种,筛选出多态性的引物。结果表明,70对引物中,67对可以扩增出条带,3对无扩增结果;67对有扩增结果的引物中,17对具多态性,50对没有多态性。利用17对引物扩增6份试材,共检测到47个等位变异;每个位点的等位变异数为2~4个,平均为2.8个;发现多态性信息含量介于0.239 2~0.671 3,基因多样性指数为0.277 8~0.722 3。该结果可为分子标记辅助育种及进化研究提供理论基础。

不同大麦品种特异性SSR分子标记的筛选

为探究鉴别大麦品种特异性所需要SSR标记的数量与鉴别效果,以国内外44个大麦品种为材料,并根据来源不同,将其分为江浙沪组、国内组和国际组;根据SSR标记的多态性及其分布,选取位于大麦7条染色体上的28个SSR标记对参试品种进行遗传多样性分析与特异性鉴定,研究鉴别不同来源组内不同品种所需的最少标记数和最佳标记数。结果表明,鉴别江浙沪组、国内组和国际组大麦品种所需要的最少SSR标记数分别为7、6和6个。考虑到分子标记在大麦染色体上分布的均匀性及其对同一来源组其他大麦品种鉴别的广适性,并结合各分子标记的多态性及不同分子标记组合的品种聚类效果,初步认为鉴别江浙沪组、国内组和国际组所需要的最佳SSR标记数分别为14、15和15个,说明15个SSR标记组合可以鉴别不同来源大麦品种的真实性和纯度。

基于SSR标记和形态性状的杂交玉米特异性和多样性分析

【目的】为探讨形态性状和SSR标记鉴定的差异,为玉米SSR标记鉴定规程的完善提供理论依据。【方法】用从SSR标记鉴定规程中筛选出20对核心引物,对45个杂交玉米品种进行特异性和多样性分析。同时,测试了45个杂交玉米品种38个必测性状,基于形态性状进行特异性和多样性分析,比较分析形态性状鉴定与SSR标记鉴定之间的差异关系。【结果】45个杂交玉米品种SSR标记鉴定和形态性状鉴定的特异性结果一致,45个杂交玉米品种均具有特异性。20对SSR核心引物在45个玉米杂交种中检测到218个等位变异,平均每对引物检测到10.90个;平均有效等位变异为3.1600;平均Shannon-Weaver多样性信息指数为2.8922。38个必测性状在45个玉米杂交种中检测到178个等位变异,平均每个性状检测到4.6842个;平均Shannon-Weaver多样性信息指数为1.2593;平均有效等位变异为2.7830。SSR标记和形态性状聚类分析显示,45个杂交玉米品种间的相似系数分别为0.62~0.94、0.31~0.68,聚类分析结果可将45个杂交玉米品种划分为3大类群,且两种聚类结果相似度较高。【结论】2个杂交种间的分子差异值是形态差异值的1.94倍,建议将SSR标记鉴定中分子差异值≥4作为一个申请品种具有特异性的判定标准。

利用小麦微卫星引物建立簇毛麦染色体组特异性标记

选位于普通小麦1A-7A、1B-7B、1D-7D染色体上的102对微卫星引物对多年生簇毛麦、二倍体簇毛麦、小麦-簇毛麦双二倍体与后代和普通小麦中国春、R25、R111、MY11进行了PCR扩增,发现引物对Xgwm301可以在含簇毛麦染色体的材料中扩出一条长415bp的特异片段(命名为Xgwm301/415),而所有供试小麦均未扩出此片段。进而用一套中国春-二倍体簇毛麦附加系来进行扩增,发现1V-7V染色体均可以扩出该片段,说明该片段为簇毛麦1V-7V染色体所共有。因此,Xgwm301/415是簇毛麦染色体组上的一个特异片段,可以用来快速跟踪检测导入到普通小麦背景中的簇毛麦染色体。

利用特异性分子标记分析水稻亲本的遗传特性

本文选用5个抗稻瘟病特异性标记、31对籼粳特异性标记及42对功能基因标记对万恢88等18份材料进行遗传分析。结果表明,万恢88仅在RM205所在区域检测出粳稻成分;5个稻瘟病抗性基因中,万恢88携带抗性基因Pi1和Pi2。61对SSR标记中有53对检出多态性,多态性位点百分率86.88%;检测到等位基因151个,平均每个标记检测到2.85个,等位基因变化范围2~5;其中有效等位基因数98.22个,占65%,平均有效等位基因数1.85个。遗传多样性指数（He）变化范围0.10~0.67,平均值0.43;多态性信息含量指数（PIC）变化范围0.46~0.82,平均值0.66。供试材料的相似系数（Gs）范围为0.38~0.94,平均值为0.68。聚类分析将供试材料在遗传相似系数0.486处划分为籼粳亚群,在遗传相似系数0.688处,籼稻亚群进一步划分为A、B两个类群,A类群仅包含IR24和万恢88两份材料,其它属于B群。

应用微卫星标记鉴别水稻籼粳亚种

应用70个微卫星标记分析了3个籼稻测验种和3个粳稻测验种的多态性 ,发现其中36个标记可以区分籼粳测验种。再以18个籼粳品种进一步筛选 ,找到了分布于12条染色体的21个籼粳特异性微卫星标记。在这21个标记中 ,20个在籼粳亚种间带型相异 ,其中7个在亚种内带型一致 ,13个在亚种内带型不一致 ;1个标记在12个籼稻品种和1个粳稻品种检测到相同的带型 ,其余11个粳稻品种具有另一种带型。微卫星标记和RFLP标记检测籼粳亚种不仅具有一致性 ,而且还有互补性。

2个国家区试棉花品种的遗传特异性分析

为对棉花品种进行特异性鉴别,利用SSR(simple sequence repeats)方法对参加国家区试的2个棉花品种(A1、A2)的遗传特异性进行了研究。同时,根据棉花植物新品种DUS(distinctness,uniformity and stability)测试指南,对上述2份材料进行了20个农艺性状的特异性分析。结果表明,2个棉花品种的指纹图谱相同且田间性状相似,是同一个品种。该方法弥补了以往只考虑利用SSR鉴定品种的特异性而没有考虑田间农艺性状鉴定与SSR鉴定差异的不足,可以更客观地反映品种的特异性。

利用SSR标记鉴定棉花杂交种子纯度的研究

在杂交棉花制种过程中,往往因母本去雄不彻底、高温转育、人为掺杂等原因而导致种子纯度不高,寻找快速准确的纯度检测方法是杂交棉花种子生产和经营急需解决的问题。本研究以杂交棉铜杂411及其双亲为材料,采用SSR分子标记技术筛选出双亲间的多态性产物NAU5120,并对铜杂411种子的纯度进行了检测,为杂交棉花铜杂411的种子纯度鉴定提供了一个准确、稳定、快捷、实用的检测方法。

鹅掌楸属种及杂种的SSR分子鉴定

以不同种源的鹅掌楸、北美鹅掌楸和不同组合的杂交鹅掌楸为试验材料,对176对SSR引物进行初筛、复筛,最后筛选出1对物种特异性SSR引物。该引物在鹅掌楸群体中特异性扩增出190bp的产物,在北美鹅掌楸群体中特异性扩增出180bp的产物,在杂交鹅掌楸群体中特异性扩增出180bp和190bp2种产物。该引物对鹅掌楸种间鉴别准确率达100%。

利用形态性状和SSR标记进行玉米品种的特异性鉴定

利用玉米DUS测试技术对20份玉米自交系的47个形态性状进行了调查,并进行SSR标记检测,结合这20份自交系的形态差异值和分子差异值进行品种特异性鉴定标准的分析。结果表明,根据20份自交系的差异值得出形态差异值≥2作为特异性判定的标准;根据形态差异值和分子差异值列出一个散点图,散点图表明形态差异值≥2和分子差异值≥2在判定品种的特异性上一致。因此,可以用分子标记差异值≥2作为品种特异性判定的标准,即SSR标记在两个及两个以上位点不同可以判定为不同品种。

利用InDel和SSILP标记分析北方粳型超级稻的遗传组成

为明确籼稻血缘对北方粳型超级稻育种的贡献,利用89对籼粳特异性引物(34对InDel和55对SSILP)对15份粳型超级稻品种以及与其系谱密切相关的21份材料(12份1977-1999年育成的常规粳稻品种和9份1963-2000年育成的日本品种)的遗传组成进行分析。结果表明,15份粳型超级稻品种均含有一定的籼型血缘,且不同地区超级稻品种所含籼型基因频率(Fi)有所不同;对不同年代育成的参试材料的Fi进行比较分析,发现超级稻品种籼型基因型频率最高,Fi为0.068;12份常规粳稻品种次之,Fi为0.033;9份日本品种几乎不含有籼型血缘,Fi为0.011;表明随着时间的推进,近现代以来育成品种的籼型基因频率逐渐增加。

西瓜新品种‘抗病948’和‘申抗988’杂交种纯度及其遗传特异性的SSR标记鉴定

本研究以西瓜杂交新品种‘抗病948’和‘申抗988’及其亲本种质为试验材料,采用SSR分子标记检测技术对其种子纯度及遗传特异性进行了鉴定研究。从38对SSR引物中筛选得到2对特异性引物(引物BVWS00209和BVWS00233)可以鉴定出‘抗病948’和‘申抗988’杂交种的纯度,结果表明:‘抗病948’与‘申抗988’的种子纯度分别为97%和98%。SSR标记鉴定结果与‘抗病948’和‘申抗988’的大田植物学形态特征鉴定结果符合率高达99%以上,并通过分析比较各亲本种质的SSR引物的多态性表现,构建出‘抗病948’和‘申抗988’亲本的DNA指纹图谱。本研究可为开展‘抗病948’和‘申抗988’西瓜新品种的杂交种纯度室内快速检测提供技术支撑。

小麦DUS测试已知品种DNA指纹数据库构建及其应用

为解决DUS测试中特异性测试近似品种筛选难的问题,本研究基于2256份DUS测试小麦已知品种构建DNA指纹数据库。首先利用81对SSR引物对96份小麦品种进行遗传相似度分析。结果表明,81对SSR引物扩增出84个位点,共检测到731个等位变异,每个位点的等位变异数在3~18之间,多态性信息指数(PIC)变化范围为0.29~0.89。选取42个SSR标记构建了2256份小麦品种DNA指纹数据库,共获得148493个数据,除引物barc14、xgwm341之外,其他引物数据缺失率在5%以内。对176份小麦品种进行DNA指纹数据采集和特异性测试,结果表明不具有特异性的申请品种与其最近似品种的遗传相似度都在90%以上;本研究基于42对SSR荧光标记引物构建了我国小麦DUS测试已知品种的DNA指纹数据库,确定近似品种筛选的遗传相似度阈值为80%,建议将与申请品种遗传相似度高于80%的已知品种作为近似品种进行田间种植和特异性评价。

5个常规香稻品种的指纹图谱及遗传相似性分析

利用48对SSR标记对来源于同一优质香型材料80-66的5个常规香稻品种进行了指纹分析及品种相似性和特异性分析,发现玉针香与玉柱香的遗传差异最小,农香18与玉针香、玉柱香的遗传差异次之,创香5号与玉针香、玉柱香、农香18的遗传差异第三,而板仓香糯为糯稻品种,与其它品种的遗传差异均较大。结果表明:将数字身份证、指纹图谱和坐标图形式的数字指纹三者结合,作为品种的指纹信息,可以更全面的反映该品种的特异性。

科技文摘

利用SSR标记构建萝卜种质资源分子身份证 为了保护我国特有的优异萝卜资源，促进资源的有效区分和合理利用，保障我国萝卜产业发展，目前需积极开展萝卜种质资源的特异性鉴定和种质识别技术研究。研究基于SSR分子标记、信息处理和图像处理技术，筛选出22对SSR引物对75份来源和特征不同的代表性萝卜种质进行鉴定，共扩增出153条带，其中多态性条带为87条，平均多态性位点百分率为55．49％，

High-throughput development of genome-wide locus-specific informative SSR markers in wheat

Dear Editor,Although simple sequence repeat(SSR)markers are not new,they are still useful and often used markers in molecular mapping and marker-assisted breeding,particularly in developing countries.However,locus-specific SSR markers could be more useful and informative in wheat breeding and genetic studies.In the present study,221,911 locus-specific SSR markers were designed.Verification of polymorphisms showed that the proportion of polymorphic markers increases with an increase in SSR size.Evaluation of the