基于简化基因组测序的籽叶两用茶树遗传分析

为明确42份籽叶两用茶树资源间的遗传关系,本研究采用双酶切RAD测序技术(ddRAD-seq)对其SNP进行了鉴定。测序数据统计显示:测序质量值Q30的均值为92.43%,GC含量均值为44.04%,共获得28 781 383个高质量SNP,其中纯合突变率均值为25.97%,杂合突变率均值为74.03%,表明其基因组杂合度高;通过SNP变异类型统计发现的6种变异类型以碱基转换为主;基于鉴定到的SNP进行的系统发育树、主成分分析以及遗传结构分析的结果基本一致,结果发现42份资源可以分为2个类群——云南亚种和武夷亚种,两个类群的资源间的亲缘关系较远,遗传多样性差异较大。